청구법인은 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간중 주식회사 OOO으로부터 공급가액 30,000,000원인 6매의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액을 공제받았다.

OO세무서장은 주식회사 OOO을 조사하여 자료상으로 고발한 후 처분청에 쟁점세금계산서를 자료상과의 거래자료로 통보하였다.

처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보고 매입세액을 불공제하고 2004.12.10. 청구법인에게 부가가치세 5,013,500원(2002년 제1기분 1,732,500원, 2002년 제2기분 3,281,000원)을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.2.17. 이의신청을 거쳐 2005.6.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 주식회사 OOO으로부터 컴퓨터와 홈페이지구축에 관한 기술용역을 공급받은 후 쟁점세금계산서를 교부받고, 그 공급대가를 무통장입금방식등으로 지급하였는 바, 쟁점세금계산서는 실물거래후에 교부받은 정당한 세금계산서이므로 그 매입세액을 불공제한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

OO세무서장은 쟁점세금계산서를 교부한 주식회사 OOO을 조사하여 실사업주인 홍OO로부터 “쟁점세금계산서를 포함한 대부분의 매출세금계산서와 매입세금계산서가 가공세금계산서이며, 매출세금계산서의 공급대가를 금융거래조작에 의해 지급받은 것으로 위장하였다”고 확인받아 홍OO 및 주식회사 OOO을 자료상으로 고발하였고, 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급대가를 실제 지급하였는지 여부가 금융거래증빙등에 의해 객관적으로 확인되지 아니하며, 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급가액에 대응된 매출액을 신고한 내역을 제출하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서가 실물거래후에 교부받은 정당한 세금계산서인지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

(가) 청구법인은 소프트웨어개발공급업을 영위하면서 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간중 아래 <표>와 같이 디지털감시용 카메라시스템 개발업을 주업으로 영위하던 주식회사 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받았다.

OOOOOOOOO OOOOOOO OO

(OO O O)

(나) OO세무서장은 쟁점세금계산서를 교부한 주식회사 OOO을 조사하여 실질적인 사업주인 홍OO로부터 주식회사 OOO이 2001.11.20. ～2002.12.31. 기간중 청구법인과 OOOOOO 주식회사등 23개업체에 총매출세금계산서의 87.7%에 해당하는 공급가액 2,409,765,000원의 가공매출세액금계산서를 발행교부하고, 홍OO가 대표이사로 재직하고 있던 폐업법인인 주식회사 OOOOOOOO과 홍OO가 처 박OO명의로 운영하던 OOOOO등 3개 업체로부터 총매입세금계산서의 94.2%에 해당하는 공급가액 2,135,551,000원의 가공매입세금계산서를 수취한 사실을 확인받아 홍OO 및 청구법인을 자료상으로 고발한 후 2004.2.27. 처분청에 쟁점세금계산서를 자료상과의 거래자료로 통보하였다.

(다) 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하였다.

(라) 이러한 사실은 청구법인과 처분청이 제출한 청구법인의 2002년 제1기 및 제2기의 부가가치세 경정결의서 및 쟁점세금계산서 사본, OO세무서장의 주식회사 OOO에 대한 자료상조사서 및 고발서, OO세무서에서 작성한 홍OO에 대한 전말서, 이의신청결정문등에 의해 확인되며, 이에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 판 단

(가) 청구법인은 주식회사 OOO으로부터 컴퓨터와 홈페이지구축에 관한 기술용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 교부받았다고 주장하면서 주식회사 OOO의 실질적인 경영주인 홍OO의 인감증명서가 첨부된 실거래확인서를 제출하였으나, 홍OO의 확인서는 OO세무서장의 조사당시 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라고 확인하였다가 이를 번복한 것이므로 그 신빙성을 인정하기 어려운 점이 있고, 청구법인은 홈페이지구축을 위한 기술용역의 제공과 관련하여 주식회사 OOO이나 동 용역의 발주자와 체결한 용역계약서를 제출하지 못하고 있어 실제 주식회사 OOO, 청구법인 및 발주간에 홈페이지구축을 위한 기술용역의 수수내역을 확인할 수 없어 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급대가를 2002.5.9. ～2002.10.25. 기간중 4회에 걸쳐 13,000,000원은 현금으로 지급하고, 2003.1.9. 20,000,000원을 무통장입금방식으로 송금하였다고 주장하였으나, 현금지급액 13,000,000원은 청구법인의 OO은행 OOO 지점 계좌(OOOOOOOOOOOOOOO)에서 현금이 출금된 사실만 확인될 뿐 동 출금액이 주식회사 OOO에 지급되었는지 여부가 확인되지 아니하고, OO세무서장의 조사당시 주식회사 OOO의 실질 경영주인 홍OO가 "매입처가 사후에 소명자료로 제출할 수 있도록 사후에 매입처의 통장상 현금인출일에 맞추어 입금표를 작성해 주었다"고 진술한 점등으로 보아 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급대가중 13,000,000원을 현금으로 지급하였다고 인정하기 어려운 점이 있고, 무통장입금방식으로 지급하였다고 주장한 20,000,000원은 청구법인이 OO은행 OOOO지점에서 주식회사 OOO의 OO은행계좌(OOOOOOOOOOOOOOOOO)에 송금한 사실은 인정되나, 동 송금액의 출처나 동 송금액이 쟁점세금계산서의 공급대가인지 여부가 확인되지 아니하며, OO세무서장이 주식회사 OOO의 금융거래를 표본조사한 결과 OOOOOO 주식회사로부터 송금받은 329,833,900원과 주식회사 OOOOOO으로부터 송금받은 189,000,000원을 송금받은 후 즉시 인출하여 송금자에게 반환하는 방식으로 가공매출액의 입금내역을 조작한 사실이 확인되고 있어 청구법인이 실제 쟁점세금계산서의 공급대가중 20,000,000원을 무통장입금방식으로 지급하였다고 인정하기는 어렵다고 판단된다.

(다) 따라서, 청구법인이 주식회사 OOO으로부터 쟁점세금계산서의 공급가액에 해당하는 컴퓨터 및 홈페이지구축용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 교부받았다고 하는 주장은 받아들이기 어려우며, 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.