청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOO OOOO OOOO에 주소를 둔 사람으로서 부산시 중구 OO동 OO OOOO 소재 대지 195㎡(이하 “가”토지라 한다) 및 같은 곳 OOOOO 소재 대지 8.9㎡(이하 “나 토지”라 하며, “가”토지 및 “나”토지를 “쟁점토지”라 한다)를 60.1.12 취득하여 90.4.26 양도하고 자산양도차익을 기준시가로 계산한 후 장기보유특별공제를 적용하여 자산양도차익 예정신고를 이행한 데 대하여 처분청은 쟁점토지상에 위치한 건물은 무허가건물로서 쟁점토지가 소득세법시행령 제46조의3의 규정에 의한 장기보유특별공제대상에 해당되지 아니한다고 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하고 91.8.16 이 건 양도소득세 32,046,050원 및 동 방위세 6,991,870원을 결정고지하자 청구인은 이에 불복하여 91.9.27 심사청구를 거쳐 91.12.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구인은 60.1.12 쟁점토지를 취득하여 90.4.26 양도할 때까지 30여년간 보유하여 왔으며, 쟁점토지상에 위치한 건물은 52년도에 신축된 무허가건물로서 81년도의 정부의 무허가건물양성화시책 시행당시 건물등기를 경료하지는 못하였으나 관할구청의 재산세과세대장에 등재되어 계속하여 재산세를 납부하여 왔으므로 처분청이 단순히 동 지상건물이 무허가건물이라는 이유로 소득세법시행령 제46조의3의 규정에 의한 장기보유특별공제 적용을 배제하고 이 건 양도소득세부과함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

소득세법시행령 제46조의3의 규정에 의하면 토지의 경우 무허가 건축물이 있는 경우에는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없도록 되어 있고, 동법시행규칙 제18조의2 제2항에는 무허가건축물은 건축법 제15조(건축허가) 또는 제47조 제1항의 규정에 의한 허가 또는 신고없이 건축한 건축물과 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물로 규정하고 있는 바,

청구인의 쟁점토지상에 위치한 건물을 전시한 소득세법 시행규칙 제18조의2 제2항의 규정에 의한 무허가 건축물에 해당되므로 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

4. 쟁 점

이 건의 다툼은 쟁점토지가 소득세법 제23조 제2항 제2호 및 동법 시행령 제46조의3의 규정에 의한 장기보유특별공제 대상에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

이 건의 과세경위 및 청구주장을 보면 처분청은 청구인이 60.1.12 취득하여 90.4.26 양도한 쟁점토지상에 위치한 건물이 무허가건물로서 쟁점토지가 소득세법시행령 제46조의3의 규정에 의한 장기보유특별공제 적용대상이 되지 아니한다고 보아 동 특별공제적용을 배제하고 이 건 과세처분을 하였고, 청구인은 이에 대하여 쟁점토지상에 위치한 건물은 건축법에 의하여 허가를 받거나 신고를 하지 아니하고 건축한 건축물이지만 동 건물은 52년도에 신축한 후 89.4월 양도할 때까지 계속하여 재산세를 납부하여 온 사실이 재산세과세대장에 의하여 확인되므로 쟁점토지상의 건물이 무허가건물임을 이유로 장기보유특별공제 적용을 배제하여 이 건 과세처분한 것은 부당하다는 주장이다.

이 건과 관련한 법령규정인 소득세법 제23조 제2항 제2호의 규정에 의하면 토지 또는 건물로서 대통령령이 정하는 토지를 제외하고는 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 동법시행령 제46조의3의 규정을 보면 법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지라함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가건축물을 제외한다)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율(도시계획구역안의 토지 5배, 도시계획구역밖의 토지 10배)을 곱하여 산출한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다고 규정하고 있으며, 동법시행규칙 제18조의2 제2항에 의하면 동법시행령 제46조의3에서 재무부령이 정하는 무허가건축물이라함은 건축법 제5조 또는 제47조 제1항의 규정에 의한 허가를 받아야 하거나 신고를 하여야 할 건축물을 그 허가 또는 신고없이 건축한 건축물과 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물을 말한다고 규정하고 있다.

청구인은 52년 이후 쟁점토지상에 무허가건물이 존재하고 있었으나 81년도의 정부의 무허가건물양성화시책 시행시 양성화하지 못하고 소유하여 왔는 바, 동 부동산 소재지 관할구청이 비치된 재산세과세대장에 의하여 청구인이 계속하여 재산세를 납부해온 사실이 확인되므로 장기보유특별공제를 적용하여 과세하여야 한다고 주장하고 있으나, 전시한 규정에 의하면 지적법상의 대지로서 건축물이 없는 토지는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없도록 되어 있고 건축법상의 허가 또는 신고없이 건축한 건축물은 무허가건축물로서 동 건축물에서 제외되도록 하고 있는 바,

당심이 부산시 중구청장에게 조회하여 회신(건축 OOOOOOOOO, 92.2.11)받은 바에 의하면 쟁점토지상의 건물은 관할구청의 건축물관리대장에 등재되지 아니한 사실이 확인되고 있고,

또한, 지방세법 제81조의 규정에 의하면 재산세는 시·군내에 소재하는 건축물등 재산에 대하여 부과하는 것으로서 과세대상이 되는 건축물을 건축법에 의하여 허가, 신고된 건물로 한정하고 있지도 아니하므로 재산세 납부사실을 근거로 하여 장기보유특별공제를 적용 과세하여야 한다고 하는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.