청구법인은 운송업 및 운송주선업을 영위하고 있는 법인으로, 운송용역 수주량 중 일부를 운송알선업체인 OOO(주)에 의뢰하고 2000년 제1기 과세기간 중 동 법인으로부터 공급가액 116,820,300원 상당의 매입세금계산서(3매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액을 공제하여 당해 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

처분청은 청구법인이 OOO(주)로부터 운송알선수수료에 대하여만 세금계산서를 수수하여야 함에도 운송료 전액에 대한 세금계산서를 수수한 것은 공급가액이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 당해 매입세액을 불공제하여 2003.11.5. 청구법인에게 2000년 제1기분 부가가치세 22,184,180원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.12.5. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 화주로부터 운송용역을 수주하여 자기책임과 계산하에 운송용역을 제공하고 있고, 청구법인으로부터 일부를 하청받은 OOO(주)도 하청받은 운송용역에 대하여 자기책임과 계산하에 용역을 제공하고 있으므로, 청구법인이 OOO에 지급한 총액에 대하여 매입세금계산서를 수수함이 타당하다.

처분청은 총액이 아니라 알선수수료에 대해서만 세금계산서를 수수하여야 한다고 주장하나, 만약 OOO(주)가 알선수수료에 대해서만 세금계산서를 교부하였다면 이 또한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세하였을 것인 바, 쟁점세금계산서를 공급가액이 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

운송알선업자가 운송료 전액에 대하여 세금계산서를 교부하는 경우는 자기책임(자기명의, 자기계산)하에 운송용역이 이루어져야 하고 직접 화주에게 세금계산서를 교부한 경우에 한하여 정당한 세금계산서로 보는 것이나, 쟁점세금계산서의 경우 운송알선업자간에 수수한 세금계산서이므로 운송알선수수료 부분만을 매입세금계산서로 수취․공제받아야 마땅하므로 운송료 전액을 세금계산서로 수취한 것에 대하여 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서의 공급가액을 운송료 총액으로 하여야 하는지, 아니면 알선수수료로 하여야 하는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서 ”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

3. 공급가액과 부가가치세액

(2) 같은 법 시행령 제58조【위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 교부】② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

⑥ 용역의 공급에 대한 주선중개의 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

(3) 같은 법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항 ”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(4) 같은 법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액 ”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

(5) 같은 법 시행령 제48조【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금요금수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 법인명의로 화물자동차 7대를 보유하고 있고, 화물운송주선업을 영위하고 있는 OOO(주)는 차량을 보유하고 있지 아니한 사실, 청구법인이 화주로부터 의뢰받은 운송용역 수주량을 전부 처리하지 못하는 경우 그 일부를 OOO(주)에 용역의뢰하는 사실, 쟁점세금계산서의 거래가 가공거래가 아닌 실지거래로서 청구법인이 거래대금 128,502천원(공급대가)을 OOO(주)에 모두 지급한 사실, OOO(주)가 위 거래대금에 대하여 매출세금계산서를 발행․교부한 사실이 처분청이 제시하는 과세관련자료에 의하여 확인되며, 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 화물운송주선업을 영위하는 OOO(주)의 경우 운송용역(총액)에 대한 세금계산서를 발행․교부하는 것이 아니라 알선수수료에 대하여만 세금계산서를 발행․교부하여야 한다고 주장하고 있고, 청구법인은 OOO(주)에 지급한 전체금액(총액)에 대하여 세금계산서를 발행․교부하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청의 이 건 과세자료처리복명서에 의하면, OOO(주)가 청구법인에게 청구한 운송용역대금 청구내역에 운송용역 일정과 차량번호, 운반용적 등이 구체적으로 기록되어 있고, 청구법인으로부터 운송대금을 무통장 등으로 입금받은 점으로 보아 OOO(주)가 자기책임과 계산하에 청구법인으로부터 하청받은 운송용역을 이행․완료하고 있음이 확인되고 있다고 조사되어 있다.

(나) 부가가치세법 제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제48조 제1항의 규정에 의하면, 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가이며, 거래상대방으로부터 받은 모든 대금․요금․수수료 기타 모든 금전적 가치를 포함한다고 규정하고 있다.

(3) 용역의 공급자는 공급대가에 대하여 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하여 납부할 의무가 있는 바, OOO(주)가 화물운송주선업을 영위하는 법인이라고 하더라도, 청구법인으로부터 운송용역을 의뢰받고 자기의 책임과 계산하에 타인의 차량을 이용하여 운송용역을 제공하였다면, 그 대가로 받은 전체금액에 대하여 매출세금계산서를 발행․교부함이 타당하다 할 것(국세청 예규 부가 46015-1111, 1999.4.15.참조)이므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급가액이 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 과세처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.