가. 청구인은 1979.4.10. 경기도 OOO번지 토지를 취득하여 보유하다가 2007.12.14. OOO에 일괄양도하고, 2008.1.3 2007년 귀속 양도소득세 신고를 하면서 동소 282번지 291㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 비사업용 토지로 보아 60% 중과세율을 적용하였고, 나머지 토지는 기본세율을 적용하여 양도소득세 OOO을 납부하였다.

나. 청구인은 2009.1.13. 위 양도소득세 신고와 관련하여 쟁점토지가 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항의 규정에 따라 법률에 의해 사용이 제한된 토지로서 비사업용토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2009.2.6. 청구인의 경정청구를 인정하여 청구세액을 환급하였다.

다.OOOO국세청장은 OOO세무서에 대한 종합감사시 쟁점토지에 대한 시흥시청의 건축행위제한 공고기간(1994.3.4. ～ 1998.7.31.)을 제외한 나머지 기간은 건축행위가 제한되지 아니하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과할 것을 시정요구하였고, 처분청은 이에 근거하여 2012.4.13. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2012.5.29. 이의신청을 거쳐 2012.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지의 경우 토지구획정리사업이 환지방식으로 시행됨에 따라 구「도시계획법」에 의한 계획결정이 있고, 동법에 의한 “토지구획정리사업결정 지구”로 지정고시가 있는 경우, 청구인이 건축허가를 신청하면, 「건축법」에 의한 건축허가뿐만 아니라 구 「도시계획법」제4조에 의한 건축허가(행위등의 제한)와 구 「토지구획정리사업법」제39조(건축행위의 제한)에 의한 건축허가를 받아야 하는 법률상의 제한을 받게 되고, 이 경우 환지예정지역에서 건축허가를 받을 수 있다는 것은 생각할 수도 없으므로 당연히 「소득세법」상 법률에 의한 제한이 있는 것이다. 시흥시가 2005년 OOO에 대한 용역계약 상대자 선정공고를 하는 등 개발사업을 계속하기 위해 노력하였고, 건축허가가 재량행위임을 감안하면 쟁점토지에 대한 건축허가를 해주지 않았을 것은 명백하며, 지구단위내 토지에 대한 재산세 부과시 도로 예정지는 100% 감면, 공원 예정지는 50%감면을 해주는 등 2009년 사업구역 해제시까지 그 법률적 효력을 유지하고 있었고, 국토해양부의 유권해석에서도 “...도시계획결정에 의해 건축행위 등의 제한을 받고 있는 도시계획구역...”이라고 표현하고 있는 점을 보더라도 당연히 「소득세법」상 법률에 의한 제한이 있는 것에 해당한다.

쟁점토지가 속한 OOO에 대한 토지구획정리사업의 계획결정고시는 구 「도시계획법」제12조 제1항의 규정에 따라 결정되었으나,「토지구획정리사업법」은 2000.1.28., 「도시계획법」은 2002.2.4.각 폐지되었고, 위 법들을 통합한 「도시개발법」이 2000.1.28. 제정되었는바, 국토해양부는 2004.3.13. 「토지구획정리사업법」이 폐지됨에 따라 구「도시계획법」에 의해 결정된 토지구획정리사업에 대한 관련 법의 적용에 대해 규정하고 있는「도시개발법」 부칙(법률 제6853호, 2002.12.30.) 제2조의 규정을 적용·해석함에 있어 구「도시계획법」에 의한 도시계획으로 결정된 토지구획정리사업계획은 「도시개발법」 등의 규정에 의한 도시개발구역 등의 지정·고시를 거쳐 대외적 효력을 가진 도시개발구역 등의 지정 등으로 보아야 할 것이므로 별도의 고시는 필요없다고 해석하여 구「토지구획정리사업법」에 의한 계획결정 고시일이 「도시개발법」에 의한 지구단위 지정일이 되는 것이고, 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제8호에서도 「도시개발법」의 경우 지구단위 지정일로부터 양도일 또는 사업완료일까지 그리고 완료 후 2년까지는 비사업용 토지에서 제외하도록 하고 있으며, 국세청 세법해석사례(부동산거래관리-35, 2012.1.12.)에서도 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호에 따른 법령에 따라 사용이 제한되는 기간의 기산일을 토지구획정리사업지구로 지정된 날로 하고 있으므로 이 건의 경우에도 계획결정고시일인 1993.12.24.부터 법률에 의한 제한이 있는 것으로 보아야 한다

구 「토지구획정리사업법」제39조의 법문 중 “사업시행인가 등의 공고가 있은 날부터”라는 부분과 관련하여 토지구획정리사업계획결정은 도시계획 결정시 지구지정 인가신청기간 지정 등의 공고 등 모두를 포함하는 것으로 단순히 시업시행인가 공고만을 의미하는 것은 아니라 할 것이고, 이는 법문상 ‘사업시행인가 등’으로 규정한 것만 보아도 알 수 있다.

「도시개발법」상 제9조에 의한 지구단위지정은 계획단계에 이루어지는 것이고, 구「토지구획정리사업법」상으로도 당연히 계획결정단계에서 도시계획결정에 의해 지정고시되며, 사업시행인가 신청과는 무관하다. 처분청이 사업시행인가 신청이 없어서 지구단위지정이 없었다고 주장하는 것은 재개발사업 절차에 대한 이해부족에서 비롯된 것이다.

한편, 시흥시는 1994.3.4.부터 1998.7.31.까지 OOO 건축행위 등을 제한한다는 건축행위제한공고를 한 사실은 있으나, 경기도의 토지구획정리사업계획결정과 지적고시 등에 의한 사업지구지정이 있고 그에 따라 당연히 건축행위의 제한이 따르는 것으로, 시흥시의 제한공고가 별도로 없다 하더라도 건축행위의 제한은 이미 발생하는 것으로 보아야 한다. 결과 17년간 사업지구내 건축물의 신축·증축·개축 등이 사실상 불가능하여 한 건의 건축허가도 없었고, 실제로 건축행위제한공고기간 이후에도 건축허가를 얻지 못해 무허가공장, 창고, 건물들이 난립하여 시흥시에는 원상회복을 촉구한 적이 있으며, OOO 김OOO 목사도 교회사택의 건축허가를 받을 수 없어 무허가건물을 지어 살 수밖에 없었다고 확인하고 있다

대법원에서는 “법령 그 자체에 의해 직접 사용이 금지되거나 또는 제한된 것은 물론이고, 행정청이 법령에 규정된 사용의 금지 및 제한에 관한 권한 또는 「행정조직법」에 의해 부여된 일반적인 권한에 근거하여 그 행정작용의 일환으로 건축허가 등 토지이용에 관한 인·허가를 일체 해주지 않았다면 이는 법률에 의한 토지의 사용이 금지 또는 제한된 경우에 포함된다고 판결(대법원 1994.1.25. 선고, 93누2995 판결, 대법원 1996.1.23. 선고 95누2333 판결)하였는 바, OOO의 경우, 시흥시의 1994.3.4. ～ 1998.7.31. 건축제한 공고기간 뿐만 아니라 시흥시가 2008.8.16. OOO 일원 사실의견회신”에서, “당시의 제한공고를 지역주민 등(토지주등)은 현재까지도 제한된 것으로 착오판단하여 현재(공문상 2008.11.26.)까지 각종 건축행위를 하지 못하는 것으로 사료되며, (물론 우리시의 입장에서 보더라도 구획정리사업추진시 각종 지장물 등 존재시 추가공사비가 소요되는바 되도록 건축행위가 이루어지지 않음이 원활한 사업추진에 도움이 될 수 밖에 없음)”이라고 회신한 점에 비추어 설령, 청구인이 건축허가 신청을 하였더라도 시흥시가 사실상 건축허가를 내주지 않았을 것이라는 점을 보여주고 있다.

나. 처분청 의견

1993.12.24. 토지구획정리사업계획이 결정되어 건축물의 신축·개축·증축행위에 대해 시장의 허가를 받아야 하나, 건축허가가 제한되지 않은 점, 토지구획정리사업시행지구로 지정·공고된 경우라도 해당 토지가 경작 등 토지 본래의 용도에 사용이 제한되지 아니한 경우에는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당되지 아니하는 점, 1994.3.14부터 1998.7.31.까지 건축허가 등에 대한 제한이 있으나 그 외 기간은 건축허가가 가능한 점으로 보아 쟁점토지에 대한 제한은 특별한 제한이 아니라 통상적으로 수인하여야 할 제한에 불과하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법률에 따른 사용금지 등의 사유로 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)쟁점토지 양도와 관련하여 청구인이 양도소득세 신고한 내역은 다음 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOO OO

※경기도 OOO 대지 562㎡ 및 건물 173㎡의 양도에 대해서는 1세대1주택으로 양도소득세 계산에서 제외

(2)청구인이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점토지의 토지이용계획확인서(2007.8.17. 시흥시장 발행)에 의하면, 쟁점토지는 도시관리계획상 토지구획정리사업결정지구로 지정된 사실이 나타난다.

(3) 이 건 관련 처분청의 이의신청 결정서의 “사실관계” 내용을 종합하면, OOO지구 토지구획정리사업 진행내역은 다음 <표2>와 같고, OOO지구 토지구획정리사업에 대한 처분청의 사실조회(2009.1.19.)에 대하여 시흥시장은 향후 OOO지구 도시개발방안에 대하여 주민의견 및 「도시개발법」적용 등 관련 법에 적합한 방안을 결정하여 사업을 추진할 예정이며, 회신일 현재에는 도시개발사업의 시행은 없다고 회신한 것으로 나타난다.

<표2> 죽율지구 토지구획정리사업 진행내역

이에 앞서 시흥시장은 2008.11.26. 처분청에 회신한 OOO 일원 사실의견 회신”에서 1998.8.1.부터 2007년 8월까지 OOO내 건축행위 제한이 있었는지 여부에 대해 “지역주민의 개발사업 반대로 인해 지속적으로 건축행위 제한은 없었음”이라고 회신하였고, 1998.8.1.이후 건축건수에 대해 “OOO 일원 건축행위 허가 없음”이라고 회신하였다.

(4) 청구인이 제출한 토지구획정리사업에 관한 경과조치 관련 법제처회신내용에 의하면, 도시개발법(법률 제6853호, 2002.12.30.) 부칙 제2조의 규정에 의하여 종전 「도시계획법」에 의한 토지구획정리사업계획을 2002.12.30. 자로 개정된 법률에 따라 도시개발구역 등으로 지정된 것으로 봄에 있어 이를 별도로 고시하여야 하는지 여부에 대한 질의에 대해 법제처(안건번호 05-0017, 건설교통부 2005.10.6. 회신)는 “「도시개발법」(법률 제6853호, 2002.12.30.) 부칙 제2조의 규정을 적용·해석함에 있어 「도시계획법」의 규정에 의한 도시계획으로 결정된 토지구획정리사업계획은 「토지개발법」등의 규정에 의한 도시개발구역 등의 지정·고시를 거쳐 대외적 효력을 가진 도시개발구역 등의 지정등으로 보아야 할 것이므로, 별도의 고시는 필요없다 할 것입니다.”라고 유권해석한 사실이 나타난다.

(5) 민원인의 OOO 토지구획정리사업과 관련한 양도소득세 민원제기에 대해 시흥시장이 2008.8.5. 회신한 내용 중 OOO내 건축행위 제한공고와 관련된 내용은 다음과 같다.

<회신내용>

(6) 청구인은 OOO에 대한 시흥시의 건축행위 제한공고기간 이후에도 건축행위가 사실상 불가능하여 무허가공장, 창고, 건물등이 난립하였고, 시흥시가 이에 대해 원상회복을 촉구한 사실이 있다고 주장하며, 시흥시가 불법건축행위자에게 원상회복 불이행시 고발조치 및 행정대집행을 계고하는 계고서를 제출하였다.

(7) 청구인이 제출한 OOO 김OOO 목사의 사실확인서(2010.11.21.)에서 김OOO 목사는 OOO 위치한 교회 옆의 사택이 노후화되어 2002년 3월 멸실하고, 시흥시청 담당자에게 건축허가여부를 문의하였으나 “동 부지는 토지구획정리사업지구 안에 있어 건축허가를 내줄수 없다”고 하여 시흥시청의 건축허가 없이 판넬식 건물을 짓고 건축물 관리대장은 옛날 것을 두고 사용하였다는 취지의 사실을 확인하였다.

(8) 청구인은 시흥시의 토지구획정리사업 시행조례에서 OOO가 구 「토지구획정리사업법」상의 환지방식으로 사업이 진행되었으므로 동법의 대체법률인 「도시개발법」의 동일한 개발방식이라고 주장하며, 사업지구의 환지계획에 관한 사항을 규정(제9조등)한 시흥시의 OOO 토지구획정리사업시행조례를 제출하였다.

(9) 청구인은 시흥시가 OOO에 대해 재산세 부과시 공부상 지목에 따라 과세하는 것이 아니라 도시계획상 지목에 따라 과세(도로의 경우 100%감면, 공원의 경우 50%감면)하였다고 주장하며, 시흥시의 2007년도 토지 정기과세내역서를 제출하였다.

(10) 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 구「토지구획정리사업법」에 의해 토지구획정리사업결정 지구로 지정고시되어법률에 의해 사용이 금지 또는 제한되었으므로 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, ① 경기도지사는 1995.6.14. 쟁점토지가 포함된 시흥시 OOO에 대한 토지구획정리사업의 시행을 명령하였으나，주무관청인 시흥시가 지정기간 내에 사업시행인가 신청을 하지 아니하여 이후 토지구획정리사업이 실시되지 못하였는바, 위 지역에 대한 토지구획정리사업은 2009.12.9. 토지구획정리사업지구 지정이 해제될때까지 추상적인 사업계획 결정 단계에 머물러 있었을 뿐，구체적으로 사업시행인가 등 후속절차가 개시되어 토지소유자 등에게 법령상 토지사용 금지·제한의무가 부과된 사실이 없는 점, ② 시흥시 의회는 1997.12.22. 위 폐지안을 최종 가결하였고，시흥시 도시계획위원회는 1998.4.29. 시흥시 OOO에 대한 토지구획정리사업 폐지안을 가결하여 죽율지구 토지구획정리사업은 사실상 백지화되었고，시흥시는 이후 2009.12.9. 동 토지구획정리사업지구 지정이 해제될 때까지 위 지역 내의 건축행위를 제한하는 행정지도 내지 행정지침을 시행한 사실이 확인되지 아니하는 점, ③ 구「도시계획법」(2000.1.28. 법률 제6243호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항，제4조 제1항에 의하면，토지구획정리사업계획이 실시될 구역에서는 토지의 형질변경이나 건물의 신축행위 등에 관하여 시장 또는 군수의 허가를 받도록 되어 있을 뿐，해당 구역에 대한 주무관청의 건축허가권 자체를 제한하고 있지는 아니하여 쟁점토지에 관하여 토지구획정리사업계획 결정이 있었다는 사정만으로 위 토지가 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 금지·제한된 토지에 해당한다고 볼 수 없는 점, ④ 또한，구 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제1호에 의하여 비사업용 토지의 기간기준에서 제외되려면，토지를 취득한 후 당해 사업에 관한 인·허가 등을 적법하게 신청하였음에도 관련법규 또는 행정지도에 따라 건축허가를 받을 수 없게 된 경우여야 하는바, 청구인의 주장에 의하더라도 청구인은 쟁점토지를 취득한 이후 쟁점토지의 사용에 관하여 건물신축을 위한 형질·지목변경신청이나 건축허가신청을 한 사실이 확인되지 아니하므로 쟁점토지는 비사업용 토지에서 제외되는 기간기준 요건을 충족 하지 못한 점, ⑤ 쟁점토지에 대한 건축허가 제한기간 만료일인 1998.8.1.부터 쟁점토지의 양도일인 2007.12.14.까지 쟁점토지는 사실상 나대지 상태였고, 청구인이 위 기간 중 쟁점토지에 관한 건축허가를 받기 위한 준비행위에 착수하는 등 쟁점토지를 이용하려는 어떠한 시도나 노력을 한 사실이 나타나지 않는 점 등을 감안하면 쟁점토지는 법률에 의해 사용이 금지 또는 제한된 것으로 볼 수 없으므로 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보인다. 따라서 쟁점토지를 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.