가. 청구인은 1994.7.20. 매매로 취득한 OOO아파트 10동 205호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2003.5.10. OOO아파트 102동 1002호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2007.9.28. 양도하고2007.10.16. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정에 따라양도소득금액 OOO원을 전액 감면소득금액으로 보아 양도소득세OOO,OOO,OOO원을 감면세액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 2011.12월 OOO지방국세청장의 종합감사감사결과 시정지시에 따라 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 보아 2012.2.24. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.4.25. 이의신청을 거쳐 2012.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 재개발조합원이 소유한 종전주택을 재건축주택조합에 현물출자하고 관리처분계획에 따라 신축주택을 분양받은 것은 세법상 양도로 보아야 하며, 이를 환지로 보아 양도에 해당하지 아니한다는 국세청예규(부동산거래관리과-813, 2011.9.22.)는 부당하다.

(2) 신축주택의 양도소득감면규정을 한 조특법 제99조의3에 따르면, 신축주택 양도소득 중 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득에 대하여 감면을 배제한다는 국세청 예규(재산-227, 2009.1.20., 부동산거래-127, 2011.2.10.)의 내용과 같은 명문규정이 없음으로 부당하며, 청구인은 쟁점주택 취득일로부터 5년이 경과되지 아니한 시점에서 양도하였으므로 청구인의 쟁점주택 감면양도소득금액의 계산은 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용함은 부당하며, 설사 청구인의 쟁점주택의 양도소득금액 중 감면소득금액을 계산함에 있어서 조특법 시행령 제40조 제1항을 적용한다 하더라도 실정법에서 규정한 바와 같이 분모와 분자의 취득당시의 기준시가를 동일한 시점의 기준시가를 적용하여야 한다.

(3) 청구인이 신고한 신축주택의 양도에 따른 감면세액계산에 관한 국세청의 예규(서면4팀-2019, 2005.11.8.)는 청구인이 양도소득세의 과세표준신고 이전에 생산되고 또한 동 유권해석이 세무행정상 관행적으로 적용되어 오던 것이므로 그 후 이와 다른 내용의 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)가 생산된 경우라도 「국세기본법」제18조 제3항에 따라 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 따라서 새로운 유권해석에 의하여 신축주택 취득일 이후 5년 이내 양도소득금액만 감면하여 양도소득세를 경정한 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙과 소급과세금지원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 조합원이 소유한 토지, 건물을 재건축사업조합에 현물출자하고 사업시행완료로 같은 조합으로부터 건설된 건물의 관리처분계획에 따라 재건축한 건물을 분양받은 것은 환지로 보아 양도에 해당하지 아니하는것이다.

(2) 조특법 제99조의3 규정은 신축주택 취득자에 대하여 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하다.

(3) 청구인의 신의성실원칙 위배 주장에 대하여, 청구인이 과세관청의 공적 견해 표명이라고 주장하는 국세종합상담센터의 답변은 상담 내지 행정서비스의 한 방법이며 예규 또한 과세관청 내부의 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙으로서 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 않으므로 양도소득세 과세표준과 세액을 결정·경정한 후 그 결정·경정에 탈루 또는 오류가 있는 경우에 다시 경정하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 또한 소급과세금지는새로운 세법의 해석 이전에 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법해석이 명백히 존재하는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 청구인이 새로운 해석이라 주장하는 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전 예규의 과세특례대상 양도소득금액에 대한 답변이 불분명한 것을 명확하게 한 것이지 새로운 해석이라 볼 수 없어 처분청이 청구인의 쟁점주택취득일 이후 5년 이내 양도소득만 감면하여 경정한 것은 소급과세금지 원칙을 위배한 것이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 재건축조합원이 소유한 토지, 건물을 재건축조합에 현물출자시 양도에 해당된다는 청구주장의 당부

② 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례 적용시 재건축조합원의 신축주택에 대한 감면세액 계산방법의 타당성 여부

③ 쟁점주택의 양도에 대한 과세처분이신의성실원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 부당한 처분이라는청구주장 당부

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점주택은 극동아파트재건축주택조합에 종전주택을 출자하고1999.7.31. 재건축조합총회에서 관리처분을 한 후 재건축조합원으로서 분양받은 것으로 ‘신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)’에 사용승인(2003.5.10.)받은 사실이 OOO구청장의 사용검사필증에 의해 확인되므로 조특법 제99조의3의 ‘양도소득세 과세특례’적용을 받는 신축주택에 해당된다.

(나) 청구인은 2000.5.9. 재건축주택조합과 조합원 분담금 납부계약서(총분양대금 OOO원, 종전주택 평가액 OOO원, 조합원분담금 OOO원)를 작성하고 분양받은 쟁점주택에 대하여 2003.7.16. 소유권보존등기한 후 이를 2007.9.28. 양도(실지거래가액 OOO만원)하고 「소득세법 시행령」제166조 제2항 제1호에 따라 실지거래가액에 의한 양도차익OOO을 계산하고 장기보유특별공제액OOO을 차감한 OOO원을 양도소득금액으로 산정한 후 조특법 제99조의3에 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 이유로 전액 감면소득으로 신고하였고,

처분청은 쟁점주택이 조특법 제99조의3에 규정한 신축주택취득기간에 사용승인받은 주택에 해당되어 신축주택 감면요건은 충족하나, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득이 아니라고 보아 청구인이 신고한 감면소득금액 OOO원 중 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 감면소득금액 OOO원을 초과한 OOO원에 대하여는 감면부인하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 위 사실관계 및 관련법령 등을 근거로 재건축조합원이 소유한 토지, 건물을 재건축조합에 현물출자시 「소득세법」상 양도에 해당하는 지(쟁점①)에 관하여 본다.

(가) 청구인은 종전주택을 재건축주택조합에 현물출자한 것을 세법상 양도로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(나) 살피건대, 「소득세법」 제88조 및 같은 법 시행령 제152조 제1항에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하되 「토지구획정리사업법」 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지대신에 그 구역 내의 다른 토지로 바꾸어 주는 것은 환지로 보아 양도로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 청구인이 1999.8.27. 재건축주택조합에 신탁을 원인으로 종전주택의 소유권을 이전한 것은 종전주택을 유상으로 이전한 것이 아니라 재건축주택조합이 신축한 아파트를 분양받기로 약정하고 재건축주택조합을 수탁자로 하여 종전주택의 관리처분을 신탁한 것으로 이를 양도로 볼 수는 없다고 할 것이다(조심 1997서 1951, 1997.10.17. 같은 뜻임).

(2) 다음으로, 조특법 제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례 적용시 재건축조합원의 신축주택에 대한 감면세액 계산방법의 타당성 여부(쟁점②)에 관하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점주택을 조특법 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우로서, 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면하여야 한다고 주장하고 있다.

(나) 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 조특법 시행령 제40조에서 규정하고있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻).

(3) 쟁점주택의 양도에 대한 과세처분이 신의성실원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 부당한 처분에 해당되는지(쟁점③)에 관하여 본다.

청구인은 새로운 유권해석에 의하여 이 건 양도소득세를 부과처분한 것으로서 신의성실 원칙 및 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 2012서3601, 2012.10.11. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2001.12.29.법률 제6538호로 개정된 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고,당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)「조세특례제한법」 부칙 <제6762호, 2002.12.11.>

제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

②제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(3) 조세특례제한법 시행령

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4) 소득세법

제166조【양도차익의 산정 등】

①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후 양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전 양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비] × (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.(2007.2.28. 신설)

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분 양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가 전 양도차익}( 이하 이 조에서 “기존건물분 양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받는 경우 : 제1항 제2호에 따른 가액

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.<개정 2007.2.28>

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일 전후”는 “관리처분계획인가일 전후”로 본다.