청구인은 2003.6.10. 및 2003.6.13. OOOOO OOO OOO OOOOO 소재 대지 OOOOOO, OOOO OOOOOO 및 같은 구 OOO OOOOOOO OOOOO OOOO OOOOO(이하 “쟁점주택들”이라 함)을 양도하고 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

처분청은 쟁점주택들 양도당시 청구인이 쟁점주택들 외에 OOOOO OOO OOO OOOOOO OO OOOO, OOOO, OOOO, OOOO, OOOO, OOOO, OOOO O OOOOO OO(이하 “장기임대주택”이라 함)를 소유하고 있다 하여 쟁점주택들 양도당시 청구인이 1세대 3주택 이상을 보유하고 있는 것으로 보아 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여 2005.1.10. 청구인에게 2003년 귀속분 양도소득세 160,856,780원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 장기임대주택 취득당시부터 장기임대를 목적으로 신축하여 1997.8.20. OO구청에 임대사업자로 등록하고, 1997.4.1. OO세무서에 장기임대주택 사업자등록을 필한 후, 현재까지 임대하여 오고 있으며, 장기임대주택은 1세대 1주택 여부의 판정, 양도소득세 감면, 1세대 3주택자에 대한 양도소득세율 중과, 지방세 감면 등에서 세제상 지원하는 법령을 두고 있는 바, 최근 국세청에서 장기임대주택에 대하여 당해 거주자의 소유주택수에 포함된다는 유권해석(OOOOO, OOOOOOOOOO)을 하여 이 건 과세처분을 하였는 바, 이는 법령에 근거규정을 두지 아니하고 행정예규에 의하여 국민의 재산권을 침해한 것으로 조세법률주의에 위배되고, 설사 최근 부동산경기가 과열되어 이를 방지하기 위한 정책상의 필요에 따라 과세하는 것으로 해석을 변경하여야 한다면 새로운 해석 이전까지는 종전의 규정에 따라 행위한 납세자를 보호하여야 하므로 이 건 과세처분은 소급과세금지원칙에도 위반하는 처분으로 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점주택들 양도당시 장기임대주택을 보유하고 있었고, 장기임대주택은 가구별로 분양받은 것이므로 7개의 주택을 추가로 보유하고 있었다 할 것이며, 관련 예규(OOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OOOOOOO, OOOOOOOOO.)에 의거 양도소득세 감면대상인 장기임대주택을 포함하여 청구인을 1세대 3주택자로 보아 실지거래가액에 의하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1세대 3주택의 보유 주택수 계산시 장기임대주택을 제외할 수 있는지 여부

나. 관련법령

소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 실지거래가액 이라 한다)에 의한다.

7. 기타 당해 자산의 종류 보유기간 보유수 거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

소득세법시행령 제162조의 2【양도가액】⑤ 법 제96조 제1항 제7호에서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다.

조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 임대주택 이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003.6.10. 및 2003.6.13.에 쟁점주택들을 양도하였고, 쟁점주택들 양도당시 장기임대주택을 포함하여 총 9개의 주택을 소유하고 있고 이에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

이 건 다툼의 대상이 되고 있는 부분은 청구인이 양도한 쟁점주택들의 양도가액 산정에 관한 소득세법 제96조 제1항 단서 및 소득세법시행령 제162조의 2 제5항을 적용하는데 있어서 조세특례제한법 제97조의 규정에 의한 임대주택으로서 양도소득세가 감면되는 임대주택을 1세대 3주택의 주택수 계산에 있어서 제외하는 것이 타당한지 여부이다.

(2) 청구인은 소득세법 제104조 제1항 제2의 3호의 규정에 의한 중과세율(양도소득과세표준의 100분의 60) 적용에 있어서도 조세특례제한법 제97조의 규정에 의한 장기임대주택을 거주자의 주택으로 보지 않는다고 소득세법시행령 제167조의 3 제1항에서 규정하고 있으므로 이 건의 경우에도 동일한 취지를 적용하여야 한다고 주장하나,

청구인의경우와 같이 장기임대주택 외에 추가로 2개 이상의 일반주택을소유하고 있는 1세대 3주택자에게 실지거래가액으로 과세할 것인지 아니면, 기준시가로 과세할 것인지 여부는 조세정책상 판단할 문제로서 이를 법상 명시하여야 할 사항으로 보이며, 청구인의 경우에 중과세율 적용대상에 해당하지 않는다 하여 기준시가로 과세하여야 한다고 해석할 수는 없는 것으로 보인다. 따라서, 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 장기임대주택을 청구인의 보유주택으로 보아 1세대 3주택자에 해당한다 하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.