가. 청구법인은 테마수족관 개발 및 임대를 목적으로 2006.4.5. 설립된 외국인투자기업으로 2007년 2월 OOOOO OOO 해수욕장에서 해양수족관인 OOOOOOO(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 운영하고 있는 OOOOOOOOOOO(주)〔대표이사 김OO, 이하 “OOOOO”라 한다〕로부터 쟁점건물을 25,693,104,664원(공급가액)에 취득하고 매입세액 2,569,310,466원을 공제하여 2007년 1기 부가가치 과세표준예정신고를 하고, 2007.5.10. 부가가치세 2,464,372,967원을 환급받은 뒤, 쟁점건물의 입장료 수입금액이 면세사업에 해당한다는 조세심판원의 결정이 있자 2010.12.10. 면세사업에 해당하는 매입세액을 불공제하여 2,163,468,126원을 납부세액으로 하여 2007년 1기 부가가치세 과세표준수정신고를 하면서 매입처별합계표 불성실가산세 100,000,000원, 초과환급신고가산세 216,346,813원, 환급불성실가산세 850,242,974원을 감면신청하였다.

나.처분청은 환급불성실가산세는 감면배제하여 2011.4.5. 청구법인에게 2007년 1기분 부가가치세(가산세) 850,242,970원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여2011.5.18.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 양도자인 OOOOO가 2009년 11월 심판청구를 제기하여 쟁점건물의 수족관 입장료가 부가가치세 면제대상이라는 결정을 받기 전인 2007년 2월까지 동 입장료가 부가가치세 과세사업에 해당하는 것으로만 알았지 면세사업에 해당하는 것을 알지 못하고 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받았는바, 청구법인에게 귀책사유가 있다고 할 수 없어 거래당시 선량한 관리자의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당하므로 환급불성실가산세를 부과하는 것은 부당하고, 관련법령에서도 납세자가 그 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있을 뿐만 아니라 국세심판원 선결정례 및 대법원 판례도 이와 같은 취지인바, 처분청이 청구법인의 의무불이행이 정당하다고 판단하여 초과환급신고가산세를 면제하였음에도 지연납부에 대한 이자의 성격이 짙다하여 환급불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

환급불성실가산세는 초과환급신고가산세와는 달리 납세의무의 불이행에 대한 행정벌적 성격과 함께 지연납부에 대한 이자성격을 동시에 가진 세법상의 제재로 만약 청구법인의 주장을 인용한다면, 정상적으로 납세의무를 이행한 납세자와 비교하여 지연납부에 따른 기간이익을 주게 되므로 형평성의 차원에서도 금전이자 상당액을 부담하여야 함은 당연하다 할 것이므로 환급불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이쟁점건물을 취득하고 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 면세사업과 관련된 매입세액에 해당된다는 국세심판원의 결정에 따라 매입세액을 불공제하여 수정신고한데 대하여 환급불성실 가산세를 부과하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제47조의4【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3을 적용한다. 다만, 「부가가치세법」 제17조의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 국세기본법 시행령 제27조의4【납부ㆍ환급불성실가산세】

법 제47조의 5 제1항 또는 제2항에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2007년 2월경 쟁점건물을 OOOOO로부터 25,693,104,664원(공급가액)에 취득하고 매입세액 2,569,310,466원을 공제하여 2,464,372,967원을 환급세액으로 하여 2007년 1기 부가가치세 예정신고를 하였고, 2009년 11월 OOOOO가 수족관의 입장료 수입이 부가가치세 면세라는 취지로 조세심판원에 심판청구(사건번호 : 조심 2009부4166)를 제기하여 인용결정됨에 따라 청구법인은 2010년 12월 쟁점건물의 면세사업 해당분 매입세액인 2,163,468,126원을 매입세액에서 불공제하여 부가가치세 수정신고를 하고 동 세액을 납부하면서 관련 가산세에 대한 감면신청을 하였으며, 처분청은 청구법인이 감면신청한 가산세 중 초과환급신고가산세 및 환급불성실가산세는 감면배제하여 부가가치세를 고지·결정하였다가 청구법인이 과세전적부심사를 청구하자 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 것으로 보아 초과환급신고가산세는 감면하였으나, 환급불성실가산세는 지연납부에 대한 이자의 성격이 짙다하여 감면배제하고 이 건 부가가치세(가산세)를 과세하였다.

(2) 청구법인은 OOOOO가 쟁점건물 관련 입장료수입에 대하여 조세심판원으로부터 심판결정을 받기 전까지 입장료 수입이 과세사업인 것으로 알았기 때문에 부가가치세 매입세액이 포함된 세금계산서를 받아 매입세액을 공제하여 신고하였는바, 이는 청구법인이 의무를 불이행한 데 대한 정당한 사유에 해당하므로 환급불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 한편, 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 처분청은 조세심판원의 결정에 따라 OOOOO의 해당과세기간의 부가가치세를 경정결정하였으며, 쟁점건물 양도 및 입장료 수입과 관련하여 납부한 2007년 1기 예정분 부가가치세 환급결의 내용은 환급금 2,258,477,350원, 가산금 356,435,130원인 것으로 확인된다.

(4) 살피건대, 청구법인이 정당한 절차에 의하여 쟁점건물에 대한 매입세액을 환급받고 난 후에 조세심판원의 결정에 의하여 매입세액을 불공제받게 됨에 따라 초과환급신고 및 환급이 발생하였기 때문에 처분청이 초과환급신고가산세는 청구법인의 귀책사유가 없다고 하여감면하면서 환급불성실가산세를 부과하는 것은 부당한 측면이 있는 것으로 볼 수도 있겠으나, 납부(환급)불성실가산세는 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만 법정 납부기한과 납부일과의 기간에 대한 이자율에 해당하는 금액으로서 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있다 할 것인 바,

청구법인이 2007년 2월 쟁점건물의 취득으로 인한 매입세액을 2005년 7월 환급받은 후, 2010년 12월 수정신고를 하면서 당초 환급받은 매입세액을 납부함에 따라 사실상 매입세액의 공제로 인한 3년 10개월간의 이자수익을 얻은 점, OOOOO 또한 당초 납부한 세액을 환급받음과 동시에 환급가산금을 수령한 점 등을 감안할 때, 조세심판원의 심판결정에 따라 쟁점건물의 과세대상이 변경된 것이므로 청구법인의 귀책 사유에 해당하지 아니한다는 이유로 하여 이 건 환급불성실가산세를 감면하게 된다면, 정당한 이유없이 청구법인에게 위와 같은 이자수익 및 환급가산금의 특혜를 주는 결과를 초래하게 되어 조세형평성 차원에서 불합리하므로 지연납부의 이자성격에 해당하는 환급불성실가산세를 부과하는 것이 타당하다고 하겠다.

(5) 따라서, 처분청이 청구법인에게 환급불성실가산세를 부과하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.