2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 관급공사를 전문으로 하는 일반건설업체로서 2002년 제1기부터 2004년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 자료상인 OOOOOO건설주식회사 외 4개 업체로부터 실물거래없이 세금계산서 50매 1,728,000천원을 교부받은 과세자료가 파생됨에 따라, 처분청이 부가가치세 경정조사를 실시하여 2002년 제1기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 OOOOOO건설주식회사 외 12개 업체(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 실물거래없이 공급가액 2,595,614천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받은 사실을 확인하였다.

처분청은 쟁점세금계산서상 매입금액을 자료상으로부터 교부받은 가공세금계산서에 의한 것으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제하고, 동 매입금액을 가공원가로 보아 법인세 손금불산입하여 2006.9.1. 청구법인에게부가가치세 395,653,130원(2002년 제1기23,634,730원, 2002년 제2기 64,789,230원, 2003년 제1기 36,084,400원,2003년 제2기 47,625,790원, 2004년 제1기 85,482,140원, 2004년 제2기79,775,620원, 2005년 제1기 27,815,570원, 2005년 제2기 30,445,650원) 및 법인세 961,346,980원(2002사업연도 186,870,470원, 2003사업연도 204,990,170원, 2004사업연도 429,736,440원, 2005사업연도 139,749,900원)을 결정고지하고대표자 상여처분 2,855,175,530원(2002년 귀속 490,928,900원, 2003년 귀속 572,526,163, 2004년 귀속 1,295,483,200원, 2005년 귀속 496,237,274원)을 통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.11.23. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

건설업 특성상 현장에서 증빙없는 비용지출이 다량으로 발생할 뿐 아니라 투입된 비용에 대하여 세법에서 인정하는 적법한 증빙을 확보할 수 없거나 공사관련 피해보상 등 대외적으로 문제를 일으키는 경우차후에 공사수급에 어려움이 있게 되어 불가피하게 실질 증빙을 제시하지 못하거나 거래상대방이 노출을 기피하는 경우가 많은데, 이와 같이 공사관련 비용에 대하여 적법한 증빙을 교부받지 못하는 경우 이를 정상적으로 회계처리할 수 없어 부득이하게 이에 대한 보완책으로 사실과 다른 세금계산서를 수취한 바, 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 수취한 사실은 인정하나 이는 공사가 없었음에도 공사원가를 허위로 계상하거나 사외로 유출한 가공의 세금계산서를 매입한 것이 아니라 공사가 있었음에도 증빙확보의 필요상 사실과 다른 세금계산서를 매입한 것이므로 이에 대하여 원가자체를 부인하여 법인세와 부가가치세를 부과하고 대표자 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점세금계산서가 정상거래를 하고 교부받은 것이라 주장하며 증빙서류로 공사계약서 및 대금결제내역을 제시하고 있으나, 처분청의 금융조사결과 쟁점세금계산서는 청구법인이 물품대금을 입금하고 동 금액을 다시 출금하여 자금을 회수하는 등의 방법으로 금융거래를 조작한 사실이 확인되어 가공거래로 확정되었고, 청구법인이 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 사실과 다른 세금계산서임을 인정하면서도 이에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분이 잘못이라는 청구법인의 주장은 받아 들이기 어렵고, 청구법인이 현장에서 증빙없는 비용지출 등 장부에 계상하지 아니한 “공사관련 투입비용 중 공사원가 누락명세”의 지출금액은 투입비용이 장부상에 이미 반영되었는지 여부가 불분명하고 지출에 대한 증빙서류로 각서, 영수증, 신분증사본 등을 제시하고 있으나 이는 쌍방합의에 의하여 사후에 임의작성이 가능한 서류로서 금융거래내역 등 실제 지출을 확인할 객관적인 증빙서류로 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 부과하고, 대표자 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 실물거래없이 교부받은 세금계산서의 쟁점매입액에 대하여 공사원가를 부인하여 부가가치세와 법인세를 부과하고 대표자 상여로 소득처분한 것에 대한 적법성 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제17조【납부세액】②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법

제14조【각 사업연도의 소득】①내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

②내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

제19조【손금의 범위】①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

②제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(3) 법인세법시행령

제19조【손비의 범위】법 제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

3. 인건비

4. 고정자산의 수선비

5. 고정자산에 대한 감가상각비

5의 2. 특수관계자로부터 자산 양수를 하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 고정자산 가액이 제89조제1항ㆍ제2항의 규정에 의한 가액(이하 이 호에서 “시가”라 한다)에 미달하는 경우 다음 각호의 금액에 대하여 제24조 내지 제34조의 규정을 준용하여 계산한 감가상각비 상당액

가. 실제 취득가액이 시가를 초과하는 경우에는 시가와 장부에 계상한 가액과의 차이

나. 실제 취득가액이 시가에 미달하는 경우에는 실제 취득가액과 장부에 계상한 가액과의 차이

6. 자산의 임차료

7. 차입금이자

8. 대손금(부가가치세매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중 부가가치세법 제17조의2의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)

9. 자산의 평가차손

10. 제세공과금

11. 영업자가 조직한 단체로서 법인이거나 주무관청에 등록된 조합 또는 협회에 지급한 회비

12. 광산업의 탐광비(탐광을 위한 개발비를 포함한다)

13. 보건복지부장관이 정하는 무료진료권 또는 새마을진료권에 의하여 행한 무료진료의 가액

13의 2. 한국표준산업분류에 의한 음ㆍ식료품의 제조업ㆍ도매업 또는 소매업을 영위하는 내국법인이 당해 사업에서 발생한 잉여식품을 국가 또는 지방자치단체에 잉여식품활용사업자로 등록한 자 또는 잉여식품활용사업자가 지정하는 자에게 무상으로 기증하는 경우 그 기증한 잉여식품의 장부가액(이 경우 그 금액은 제35조제1호의 규정에 의한 기부금에 포함하지 아니한다)

14. 업무와 관련있는 해외시찰ㆍ훈련비

15. 초ㆍ중등교육법에 의하여 설치된 근로청소년을 위한 특별학급 또는 산업체부설 중ㆍ고등학교의 운영비

16. 근로자복지기본법에 의한 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 금품

17. 제1호 내지 제16호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제106조【소득처분】①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청은 청구법인이 2002년 제1기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래처로부터 실물거래없이 쟁점세금계산서를교부받은 사실을 확인하고, 쟁점세금계산서상 매입금액을 자료상으로부터 교부받은 가공세금계산서에 의한 것으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제하고, 동 매입금액을 가공원가로 보아 법인세 손금불산입하여 청구법인에게 이 건부가가치세 및 법인세를 결정고지하고, 대표자상여로 소득처분한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2)청구법인은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 인정하나, 건설업 특성상 공사와 관련하여 피해보상발생 등 대외적인 이미지 문제 등 차후에 공사수급에 어려움이 예상되어 불가피하게 실질 증빙을 제시하지 못하는 것 뿐, 공사실적이 없는데도 공사원가를 허위로 계상하거나 사외로 유출한 가공의 세금계산서를 매입한 것이 아니고 실제 공사를 하고 증빙확보의 필요상 사실과 다른 세금계산서를 매입한 것이므로 이에 대하여 원가자체를 부인하여 부가가치세 및 법인세를 부과하고 대표자 상여로 소득처분한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가)처분청이 2002년 제1기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부한 OOOOOO건설주식회사 외 12개 업체에 대하여 조사한 조사종결복명서에 의하면, 청구법인은토목·일반건축업을 주업으로 하여 1991.3.25. 설립된 법인으로 매출처는 주로 시청·구청·교육청에서 수주받은 도로포장공사·교실증축공사·교량공사 등 관급공사를 시행하는 토목·건설업체로서, 2002년 제1기부터2004년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 자료상으로 고발된 매입처 OOOOOO건설주식회사 외 4개 업체로부터 실물거래없이 세금계산서를 50매 1,728,000천원을 교부받은 과세자료에 대한 자료상조사 및 금융조회결과 매출처인 OOOOOO건설주식회사 외 4개 업체는 자료상으로 이미 고발되었으며, 청구법인이 실제 물품매입을 하고 물품대금을 보내준 것처럼 금융거래를 조작하였음이 확인되어 자료발생 1,728,000천원 전액을 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서임이 확인되었고, 매입대금 회수한 계좌로 추정되는 청구법인의 대표이사 한OO,과장 김OO, 주임 최OO 명의의 계좌를 조사한 바, 하청업체인 주식회사OO건설로부터 220,000천원, OO건설주식회사로부터 100,000천원이 재입금한 것으로 확인되어 정상가액보다 과다하게 계상하고 차액을 돌려받은 것으로 보아 가공세금계산서로 확정하였으며, 경기도 OO지청의 세금계산서 가공매입 혐의업체 고발의뢰(형사 제3부-1125, 2006.7.13.) 공문의 가공매입관련 조세포탈내역, 범죄사실내용, 관련인 진술내용에 의하면 주식회사 조일건재 외 5개 업체로부터 547,224천원이 실공급가액보다과다하게 기재하여 교부받은 가공세금계산서로 추가 확인하는 등 쟁점세금계산서의 공급가액 2,595,614천원을 가공거래로 확정한 것으로 되어 있다.

(나) 청구법인은 공동도급의 경우 대표 시공사가 공동도급사에 실행예상이익을 미리 확정하여 매출의 9∼10%를 공동도급비율에 따라 유보금으로 공동도급업체에 예치하여 두고 공사 후 정산하는 것이 공동도급상의 실제 시행형태인데, 이에 관하여 경리나 세무회계상 매입자료 및 비용처리를 할 수 없는 점, 현재 건설업계에는 내국인(일당 12∼13만원)에 비하여 노임이 상대적으로 저렴한 외국인근로자(일당 8∼9만원)를 많이 사용하는데, 이들은 대부분 불법체류자로서 주민등록이 되어 있지 아니하여 정상적인 비용처리를 할 수 없는 점, 하도급업체의 부도로 인한 인건비, 자재비 등을 대납하거나 각종 현장 민원 해결비, 2004년도 OOOO OOO OOO 개보수공사현장에서 수해복구비용을 지불하는 등 2002년부터 2005년까지의 공사관련 투입비용 중 29건 1,178백만원의 공사원가가 누락되었다고 주장한 바, 이 중 청구법인과 지방자치단체장(경리관)간에 체결한 시설공사도급계약서 및 시공실적증명서에 의하여 확인된 공사내역은 아래와 같다.

(다) 위 (나)의 표에서 확인된 공사내역 중 금강수계치수사업인양제개수사업을 살펴보면, 청구법인이 2000.5.19. 대전지방국토관리청과 체결한시설공사도급계약서에 의하면, 공사명은 금강수계치수사업인양제개수공사, 공사현장은 충청남도 청양군 청남면·인양면·대홍면·장평면 분향리 및 충청남도 부여군 규암면 금암리 일원, 총공사계약금액 13,189백만원 중 청구법인과 체결한 공사금액은 5,275백만원(40%), 공사계약기간은2000.5.24.부터 2000.12.31.까지로서 청구법인 외 다른 공동수급업체는주식회사 대저토건(184611-0001424), 동한종합건설주식회사(160111-0043797)로 기재되어 있고, 2004.12.30. 대전지방국토관리청이 확인한 시설공사시공실적증명서에 의하면, 계약일자는 2000.5.19., 착공일자는 2000.5.24., 준공일자는 2004.12.8.이고 총 공사금액은 13,189백만원, 준공금액은 12,897백만원, 관급금액은 291백만원이며, 청구법인이 시공한 공사내역은 하천개수공사로 축제공(성토·씨앗부착거적덮기), 호안공(호안불럭·휠터매트), 구조물공·배수통관공·부대공, 교량(라멘교)건설인 것으로 나타나 있다.

(라) 위 (다)에서 살펴본 금강수계치수사업인양제개수사업과 관련하여 청구법인이 지급한 농가피해보상금내역을 살펴보면, 기상청에서 발간된 2004년 기상연감에 의하면 2004.6.18.부터 2004.6.21.까지 장마로 인하여 금강일대의 집중호우(2004.6.20. 새벽 기습폭우)로 금강수위가 상승(193㎜)한 것으로 나타나 있고, 청구법인은 동 공사와 관련하여 2004.6.21. 수문을 설치할 예정이었으나 수문설치가 불가하여 비상대책으로 토류판을 제작하여 수문을 대체하기로 하였으나, 수압에 의하여 토류판이 수문바닥에 밀착되지 못하고 역류현상이 발생하여 주변농경지가 침수된 것으로 청구법인이 제출한 사고경위서에서 확인되고 있으며, 청구법인이 조사한 2004.6.20. 호우피해총괄표에 의하면 수박, 토마토, 메론 등 약 816,700,000원 상당의 농산물피해가 발생한 것으로 집계되어 있고, 농가피해보상과 관련하여 2004.7.3. 청구법인과 농가피해보상추진위원회(위원장 : 전수면)간에 체결된 합의서에 의하면, 보상금액은 650백만원으로 하고, 보상시기는 1차로 2004.7.15. 300백만원을 지급하고 나머지 350백만원은 2004.9.24.에 지급하며, 동 금액 외 어떠한 이의가 없도록 추진위원회 전체가 합의하고 합의한 사항에 대하여 일체의 민형사상 이의를 제기하지 아니하기로 한다고 되어 있다. 동 합의서에 따라 청구법인은 농가피해보상자 228명(대표 : 한상일)에게 2004.7.15. 300백만원, 2004.9.24. 300백만원, 2004.9.24. 50백만원, 합계 650백만원을 피해보상금으로 송금한 사실이 무통장입금증에 의하여 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면,청구법인은 건설사업자로서 2002년 제1기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세과세기간 중 쟁점거래처로부터 실물거래없이 가공·허위인 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 처분청의 자료상조사에서 확인된 점, 청구법인 스스로 공사관련 비용에 대하여 적법한 증빙을 교부받지 못하는 경우 이를 정상적으로 회계처리할 수 없어 이에 대한 보완책으로 사실과 다른 세금계산서인 쟁점세금계산서를 교부받았다고 인정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 다만,청구법인의 경우 일반건설업체로 신고한 매출액 규모에 비추어 처분청의 의견대로 청구법인이 주장하는 공사원가누락금액1,178백만원을 모두매입원가가 아닌 것으로 보기는 어려워 보이고, 매입원가 자체는 존재한다고 보는 것이 타당하다고 판단되므로, 청구법인이 주장하는 공사원가누락금액 1,178백만원 중 지방자치단체장과 체결한 시설공사도급계약서에 의하여 실제 공사한 실적이 있으면서, 농가피해보상추진위원회와 체결한 합의서 및 농가피해자 대표 한상일 외 227명에게 무통장입금증에의하여 지급한 사실이 객관적으로 확인되는 금강수계치수사업인양제개수사업 관련 농작물피해보상금 650백만원은 공사원가로 보아 법인세 손금산입하는 것이 타당하고, 나머지 공사원가누락금액에 대하여 청구법인은시설공사도급계약서 및 시공실적증명서를 제출하고 있으나 실제 공사대금을 지급하였다고 볼 만한 금융자료 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 공사원가에 해당한다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없는 것으로판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 4월 25일

주심조세심판관 박 동 식

배석조세심판관 김 홍 기

허 병 우

장 인 태