가. 청구인은 2002.7.3. OOO 토지와 건물(2002.7.11. 건물 멸실)을, 2002.9.30. 같은 곳 140-7 토지와 건물(2002.11.11. 건물 멸실)을 취득(140-8, 140-7 토지·건물을 합하여 이하 “종전주택”이라 한다)한 후 이를 멸실하고 다세대주택(이하 “신축주택”이라 한다)을 신축(2003.3.31. 사용승인)하여 보유하다가 2007.2.2. 이를 양도하고 양도소득세 신고시 양도소득금액에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에 근거하여 감면율을 100%로 하여 산출세액 OOO원 전액을 감면신청 하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에 의하여 종전주택 취득시점부터 신축주택 사용승인일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면금액을 재산정하여 2012.7.6. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.28. 이의신청을 거쳐 2013.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 종전주택을 취득한 후 즉시 멸실하고 2002.10.28 주택신축에 착공하여 2003.3.31. 사용승인을 받아 보유하다가 2007.2.2. 양도하였으므로 종전주택으로 인한 양도소득은 발생할 여지가 없고, 종전주택을 즉시 멸실하였으므로 나대지 위에 주택을 신축한 것이라 할 것이어서, 종전주택을 취득 후 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 발생할 수가 없는 것임에도 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득이 있는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 실질적으로 토지만을 취득하여 신축주택을 신축하였으므로 종전주택의 양도차익은 발생하지 않았다고 주장하나, 당초 종전주택이 멸실된 상태에서 신축주택을 취득한 것이 아니고 종전주택을 취득하여 이를 멸실하고 신축주택을 신축하였으므로 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 신축주택의 양도소득금액에 대해 과다감면소득금액을 부인한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인은 보유하고 있던 종전주택을 멸실하고 2003.3.31. 취득한 신축주택을 2007.2.2. 양도한 후 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 양도차익 계산 후 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액 감면을 신청하였으며, 처분청은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 따라 청구인의 감면신청 세액 OOO원 중 OOO원을 부인하고 납부불성실가산세를 가산하여 2012.7.6. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지한 사실이 확인된다.

(2)청구인은 종전주택을 취득하여 즉시 멸실하였으므로 종전주택으로 인한 양도소득은 발생할 여지가 없는 것이고 토지의 경우 종전주택 취득후 신축주택 취득일 전일까지 공시지가의 변동이 없었으므로 종전주택 취득후 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 없는 것이라며아래와 같이 감면산식의 분모에서 규정하는 취득당시 기준시가를 종전주택의 기준시가가 아니라 신축주택취득당시 기준시가로 보아 감면소득을 계산하였고,

처분청은 분모의 취득 당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득을 계산하였다.

(3) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지와 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 이후에 발생한 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분청의 이건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.