청구인은 1999.12.31 현재 주권상장법인인 OOOOOO주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)의 주식 44,760주(총발행주식의 4.9%)를 소유하던 대주주(3%이상)로서 2000년도중수차례에 걸쳐 청구외법인의 주식79,038주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1,216,610천원에 양도하고 관련 양도소득세를 신고·납부하지 아니하였다.

처분청은 2004.2.17 쟁점주식의 양도가액은 실지거래가액인 1,216,610천원으로, 취득가액은 선입선출법에 의한 991,295천원으로 산정하여 청구인에게 2000년 귀속 양도소득세 66,204,020원을 결정·고지하였다가, 청구인이 제기한 행정소송에 대하여 대법원은 쟁점주식의 취득가액을 후입선출법에 의하여 산정하는 것이 타당하나 처분청이 세액계산을 위한 관련자료를 제출하지 아니한다 하여 취소판결(OOOOOOOOO. 2007.4.13)을 함에 따라, 위 대법원판결에 의거 2004.2.17자로 부과한 양도소득세를 결정취소하고, 쟁점주식의 취득가액을 후입선출법에 의거 993,805,500원으로 산정하여 2007.6.8 청구인에게 2000년 귀속 양도소득세 61,852,930원을 경정고지하였다가 2007.7.10 과세예고통지를 하지 아니하였다는 사유로 2007.6.8자로 부과한 양도소득세를 결정취소하고, 청구인에게 2007.7.24. 동 과세예고통지를 다시 한 후 2007.10.18. 2000년 귀속 양도소득세 65,228,810원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.11.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 대법원 판결시까지 쟁점주식의 취득가액을 선입선출법에 의하여야 한다고 주장하다가 대법원 판결에 따라 후입선출법에 따라 이 건을 처분하고 있으나, 후입선출법에 의할 경우에도, 청구인에게 양도차익이 발생하지 않았다는 점을 이미 청구인이 위 소장에서 주장·입증한 바 있고, 처분청이 아무런 반박도 하지 못하고 있다. 따라서, 이미 대법원에서 확정된 사실관계에 반한 처분청의 주장은 이유가 없으므로 이 건 처분은 위법하다.

(2)이 건 부과처분은 국세부과의 제척기간인 “국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간”( 국세기본법 제26조의 2 제1항 제3호)이만료된 후에 부과되었음이 명백하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 후입선출법에 의하면 쟁점주식의 양도차익이 발생하지 않는다고 주장하나, 처분청은 대법원 판결이후 청구인에게 쟁점 주식의 거래내역 모두를 제출하도록 요구하였으나 2000년 거래분이라 구할 수 없다는 답변을 들어 직접 관련 증권거래회사에 의뢰한 매입·매도 주식수가 일치하는 거래내역에 의하여 결정하였고, 과세근거자료에 의하여 알 수 있듯이 2000년 귀속분 쟁점주식의 양도차익이 명백하게 발생하며, 기본적으로는 청구인이 당해 주식을 모두 매각하였기 때문에 선입선출법과 후입선출법을 적용함에 있어 취득가액의 차이는 크지 아니하므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 이 건 양도소득세 부과처분은 국세기본법 제26조의 2 제2항의 규정과 같이법원판결일로부터 1년 이내에 경정고지한 것으로 청구 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 2000년 양도한 쟁점주식에 대하여 후입선출법 적용시 양도차익이 발생하지 않는다는 청구주장의 당부

(2) 처분청이 판결에 의하여 재경정한 이 건 양도소득세 부과처분에 대하여 국세부과의 제척기간이 도과하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 쟁점(1) 관련

소득세법 제5조 【과세기간】① 소득세는 1월 1일부터 12월 31일까지의 1년분의 소득금액에 대하여 과세한다.

소득세법(2000.12.29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제94조 【양도소득의 범위】양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

3.한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

5. 제1호 내지 제4호 외에 대통령령이 정하는 자산(이하 “기타 자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것)

제157조 【토지등의 범위】

④ 법 제94조 제3호에서 "대통령령이 정하는 것" 이라 함은 증권거래법 제2조 제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 “유가증권시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등" 이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주 등”이라 한다)가양도하는 주식등을 말한다. 다만, 제158조 제1항 제1호ㆍ제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타 주주" 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주

제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2.-6. (생략)

⑤제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

(2) 쟁점(2) 관련

국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세ㆍ증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가.-다. (생략)

②다음 각호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고제1호의 규정에 의한 결정 또는판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정ㆍ판결 또는 상호합의에 따라경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구, 「감사원법」에 의한 심사청구 또는 「행정소송법」에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 쟁점주식 양도일의 직전사업연도 종료일인 1999.12.31.현재 주권상장법인인 청구외법인의 대주주에 해당하고, 2000년도중 쟁점주식을 1,216,610천원에 양도한 동 사실에 대하여는 당사자간 다툼이 없다.

(2) 처분청은 당초(2004.2.17.) 쟁점주식의 양도차익 계산시 그 취득시기가 분명하지 않는다 하여 선입선출법에 의하여 산정하고 2000년 귀속분 양도소득세66,204,020원을 부과하였다가 청구인이 제기한행정소송의 확정판결(대법원OOOOOOOOO, 2007.4.13 및 OOOOOO OOOOOOOOOO, 2006.12.21)에 따라, 후입선출법을 적용하여 양도가액은 1,216,610천원, 취득가액은 993,805천원 등으로 산정한 후 이 건 과세하였음이 법원판결문, 양도소득세 경정결의서, 우리투자증권 등의 쟁점주식 거래내역조회서, 쟁점주식의 취득 및 양도가액 결정내역자료 등의 심리 자료에 의하여 확인된다.

(3) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가)청구인은 위 법원판결문을 제시하면서 쟁점주식 양도에 대하여 후입선출법에 의하여 계산한다고 하더라도 양도차익이 발생하지 아니하며, 이에 대하여는 위 법원판결과 관련된 소장에서 주장·입증하였다는 주장인 바,OOOOOO OOO(OOOOOOOOOO, 2006.12.21)에 따르면, 원고(청구인)는 1997. 3.경부터 2000. 10.경까지 소외회사(청구외법인)의 주식을 매매하면서 1997년부터 1999년까지 약 2억 5,000만원의 손해를 보고, 2000년에는 약 2억원의 이익을 얻음으로써, 결국 원고는 3년 6개월간 약 5,000만원의 손해를 보았음에도 불구하고, 피고(처분청)가 1997년부터 1999년까지 주식매매로 입은 손해는 고려하지 아니한 채 2000년의 주식매매로 인한 이익만을 고려하여 한 이 건 처분은 위법하다고 적시되어 있다.

(나) 살피건대,청구인은2000년 양도분 쟁점주식의 양도차익에 대하여 그 이전 사업연도인 1997～1999년분 매매차손을 차감하면 사실상 양도차익이 없다는 주장인 바, 소득세법 제5조 제1항, 제94조 제1항에 의하면, 양도소득세는 토지 등 자신의 양도로 인하여 “당해연도”에 발생한 소득에 대하여 부과되는 것으로서, 과세기간(1월 1일부터 12월 31일) 내의 자산의 양도로 인한 소득금액을 모두 합산하여 누진세율을 적용하는 기간과세에 속하므로 그 귀속연도를 달리하는 소득이나 손해를 반영할 수 없다. 따라서 2000년 과세연도에 귀속된 쟁점주식의 양도로 인하여 발생한 소득을 기준으로 부과된 이 건에 대하여 그 귀속연도를 달리하는 1997～1999년도의 손해를 반영하여 달라는 청구 주장은 받아들이기 어렵다.

(4) 다음, 쟁점(2)에 대하여 보면,청구인은 국세기본법 제26조의 2 제1항 제3호의 규정을 적시하면서 처분청이 2007년 10월에 부과한 이 건 처분은 쟁점주식의 양도가 2000년에 발생하여 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한(2001년 5월)의 다음 날로부터 5년이 경과하여 취소되어야 한다는 주장이나, 청구인은 2000년 중 쟁점주식을 수 차례에 걸쳐 양도하면서 양도소득세를 신고납부하지 아니하였고, 국세기본법 제26조의 2 제1항 제2호에서, 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우의 국세부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 7년간으로 규정하고 있는 바, 2000년도에 양도한 쟁점주식에 대하여 처분청에서 2007.10.18. 경정하여 부과제척기간이 경과되지 아니하였으므로청구주장은 법리를 오해한 것으로 받아들이기 어렵다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008. 2. 19.

주심국세심판관 이 영 우

배석국세심판관 이 광 호

이 전 오