가. 청구법인과 처분청이 제출한 증빙서류에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(1) 청구법인은 대표이사 OOO가 2014.10.1. 설립한 법인으로, 2016.1.27. 처분청에게 OOO가 운영하는 개인사업장인 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 신고누락하였다면서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2015년 제1기∼제2기 부가가치세 합계 OOO원을 환급하라는 취지로 경정청구를 하였다.

(2) 처분청은 경정청구에 대해 별도의 결과통지를 하지 않고 있던 중, 청구법인의 경정청구에 대한 적정여부를 확인하기 위하여 2019.10.21.∼2019.12.5. 기간 동안 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 같은 기간 발급한 다른 세금계산서를 모두 전자세금계산서로 발급하였음에도 쟁점세금계산서만을 종이세금계산서로 발급한 점, 쟁점거래처와 청구법인이 체결한 용역거래는 특수관계자인 개인사업자와 법인간 거래로, 쟁점사업장이 쟁점세금계산서 건으로 수정신고한 후 납부세액을 미납하고 2017.3.9. 폐업한 것은 계속사업자인 청구법인의 세금부담을 줄이려는 의도로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서가 임의로 작성된 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 판단하여 매입세액 불공제 대상으로 보아 환급할 세액이 없는 것으로 하여 2019.12.17. 청구법인에게 세무조사결과통지(이하 “쟁점통지”라 한다)를 하였다.

(3) 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.4. 처분청에 이의신청을 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점통지에 의하여 경정청구 거부처분이 있음을 알았을 것으로 판단하여, 2020.6.18. 처분이 있음을 안 날(2019.12.17.)로부터 90일이 경과하여 제기된 위법한 신청으로 보아 ‘각하’ 결정하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.15. 심판청구를 제기하였다.

나. 청구법인은 가산세액이 기재된 사실 등에 의하여 쟁점통지를 경정청구 거부통지로 인지하지 못하였으므로 이후 납세고지서 또는 경정청구 거부통지서가 발부되기를 기다리느라 쟁점통지를 받은 날로부터 90일이 지난 후인 2020.5.4.에 이르러서야 이 건 이의신청서를 제출한 것이라 주장하고, 처분청은 쟁점통지로써 청구인이 경정청구 거부사실을 인지할 수 있었으므로 쟁점통지가 사실상 경정청구 거부통지에 해당한다는 의견인바, 처분청이 2019.12.17. 청구법인에게 한 쟁점통지의 주요 내용은 아래와 같다.

OOO

다. 「국세기본법」제55조 제1항은 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제1항 및 제66조 제6항은 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 이의신청을 제기하여야 한다고 규정하고 있다.

라. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청에서 청구법인에 대해 실시한 부가가치세 세목별조사는 청구법인의 경정청구에 대한 적정여부를 확인하기 위한 조사인 점, 쟁점통지 상에 예상고지세액이 ‘0’으로 기재되어 있어 고지서가 발부되지 않을 것이라는 사실을 예상할 수 있었으므로, 고지서 또는 추가적인 경정청구 거부통지서가 발부될 수 있다고 생각하였다는 사실만으로 「국세기본법」에서 규정하고 있는 불복청구기한에 대한 예외를 인정하기엔 부족한 점, 일반적으로 세무조사 결과통지는 일종의 ‘처분의 사전(예정)통보’ 성격으로 볼 수 있어 그 자체가 심판청구의 대상인 ‘처분’은 아니나, 재조사결정에 따른 세무조사 결과에 대한 불복의 경우와 같이 사안에 따라 세무조사 결과통지일 자체를 심판청구의 기산일로 보기도 하는 점, 쟁점통지는 청구법인의 경정청구에 대하여 환급할 세액이 없다는 처분청의 세무조사 결과를 통지한 것으로서 청구법인으로서는 쟁점통지를 통하여 경정청구 거부처분이 있었음을 인지하기에 충분하였을 것으로 보이므로, 그 형식이 경정청구 거부통지의 형식이 아니라고 하여 처분청이 추가적인 경정청구 거부통지를 할 것으로 기대하였다는 청구주장을 받아들이기 어려운바, 이에 대한 불복청구는 그 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 하여야 하는 점 등에 비추어 청구인은 쟁점통지를 수령한 날(2019.12.17.)로부터 90일을 경과하여 이의신청을 제기하였으므로 이 건 심판청구는 부적법한 전심절차에 터잡은 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법하므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.