가. 청구인, 청구인의 배우자 문OOO, 청구인의 자녀들 김OOO, 김OOO 및 김OOO(이하 “청구인등”이라 한다)은 중소기업인 OOO 주식회사[2011.3.16. 설립한 후 시장건물(1층 인삼소매점, 2층 인삼도매점 및 3층 식당으로서 이하 “시장시설물”이라 한다) 및 토지를 소유하는 법인으로서 이하 “청구외법인”이라 한다]의 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 2011.5.11. 현재 OOO주(청구외법인 주식의 100%로서 청구인 및 문OOO 각각 OOO주, 김OOO, 김OOO 및 김OOO 각각 OOO주)를 소유하고 있었다.

나. 청구인등은 쟁점주식 중 2011.6.30. OOO주(김OOO 및 문OOO 각각 OOO주, 김OOO OOO주, 김OOO OOO주, 김OOO OOO주)를, 2011.9.30. OOO주(김OOO OOO주, 문OOO OOO주, 김OOO OOO주, 김OOO OOO주, 김OOO OOO주)를 청구외 손OOO 등 81명에게 양도하고, 양도소득세 과세표준 및 세액 신고시 비상장 중소기업 주식의 양도소득세율 10%를 적용하여 양도소득세를 계산하고 이를 납부하였다.

다. 처분청은 2012년 10월 세무조사를 실시하여 청구인등이 쟁점주식을 양도한 것은 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 시설물이용권 관련 주식(시장시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리가 부여된 주식)을 양도한 것으로 보아 누진 양도소득세율(6%～38%)을 적용하여 2012.12.7. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.1.15. 이의신청을 거쳐 2013.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 특정시설물이용권 관련 규정에서 과세 대상은 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권과 관련된 주식이어야 하나, 청구외법인은 쟁점주식을 취득한 자와 약정한 사실 등이 없으므로 동 규정의 적용대상이 되지 아니한다. 특정시설물 이용권이란 특정 시설물 자체만을 이용할 목적으로 해당 사업자와 이용자 사이에 약정을 맺고 배타적 사용권이 부여된 증서를 의미한다 할 수 있고, 이로 인해「소득세법」에서는 기타자산 중 특정시설물이용권 주식( 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목)과 부동산과다보유법인의 주식( 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목) 양도를 “부동산 특정 보유비율”을 규정하여 이를 기준으로 과세대상을 명확히 구분하도록 규정하고 있다.

일반적으로 특정시설물에 부여된 배타적 이용권리가 시설물에 미치는 범위는 해당 시설물에 대해 모든 이용권을 부여받은 주주 또는 출자자에게만 전체 시설물에 대한 균등한 접근 및 사용권이 허용된다 할 것이므로 특정시설물 중 특정된 면적 또는 제한적인 일부 장소만을 사용할 수 있는 권리의 분양 또는 약정은 특정시설물이용권과 무관하다고 할 수 있다. 즉, 특정시설물이용권에 해당되기 위해서는 전체 시설물 면적(A 100) 내에서 위치와 면적에 상관없이 주주 또는 출자자에 한해 평등하고 균등한 전체 시설물(A 100) 이용권에 대한 보장 약정이 존재하여야 하지만, 이 건과 같이 처음부터 특정한 위치 및 면적(B 10) 배정 후 해당 위치 및 면적에 대해서만 이용권 부여되고 기타 면적(90)에 대해서는 이용할 수 없는 경우 특정시설물이용권이 아닌 실질적인 부동산의 양도에 해당한다고 할 수 있으므로 처분청이 쟁점주식을 특정시설물이용권부 주식으로 보아 과세함은 그 법 적용이 잘못되었다.

(2) 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 양도소득세 과세대상이 되는 특정시설물이용권 및 회원권이라 함은 당해 시설물을 이용하거나 다른 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 특정이용자와 발행회사간의 상호약정에 따라 특별히 부여되는 시설물이용권 및 회원권을 말하는 것(국세청 재산 1254-701, 1988.3.10. 같은 뜻)으로서,

「소득세법」상 특정시설물이용권 등에 해당되기 위해서는 ① 법인이 이용권 또는 회원권 등의 명칭으로 해당 시설물을 이용할 수 있는 권리가 부여된 증서를 발행하여야 하고, ② 해당법인과 주주는 주식을 소유한 주주만이 해당 시설물을 배타적으로 이용할 수 있도록 하는 상호약정을 체결하여야 하며, ③ 정관 등에서 특정시설물에 대한 배타적 사용권이 있는 주식의 양도제한 등을 규정하여 해당 주주 이외의 일반인들에 대한 접근을 엄격히 제한하여야 하고, ④ 해당 주식을 양도하는 경우 특정시설물에 대한 배타적 사용권이 즉시 상실되도록 하는 규정이 존재하여야 할 것인 바,

이 건의 경우 ① 청구외법인이 주주에 한하여 시장시설물을 자유롭게 이용할 수 있도록 하는 권리가 부여된 증서를 발행한 사실이 없고, ② 청구외법인과 주주 사이에 주식을 소유한 주주만이 시장시설물을 배타적으로 이용할 수 있도록 하는 상호약정을 체결한 사실이 없으며, ③ 청구외법인의 정관 등에 쟁점주식의 양도를 제한하는 규정을 두고 있지 아니하고, ④ 쟁점주식의 양도 후에도 시장의 시설물을 이용할 수 있는 권리가 상실되지 아니하는 점을 감안하면 쟁점주식을 특정시설물이용권부 주식에 해당하는 것으로 보아 과세함은 그 법 적용이 잘못되었다.

(3) 청구인등이 쟁점주식을 양도할 당시 청구외법인이 보유한 총자산 중 토지 및 건물 등 부동산가액이 차지하는 비율이 98.5%로서 부동산과다보유법인에 해당한다 할 것이고, 청구인등은 쟁점주식의 100% 보유를 통해 실질적으로 청구외법인의 소유부동산을 지배한 것이므로 쟁점주식의 양도는 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 특정시설물이용권부 주식이 아닌 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에서 규정하는 특정주식 또는 부동산과다보유법인의 주식의 양도에 해당하는 것으로 보아 관련 규정을 적용하여야 한다.

「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목의 규정은 부동산 보유비율이 높은 법인의 주식을 대량으로 양도하는 경우 또는 부동산 보유를 필수로 하는 법인 특정업종의 주식을 양도하는 경우 주식의 양도로써 부동산을 양도하는 것과 유사한 경제적 이익이 발생하는 것과 경제적 실질이 동일하므로 이를 일반 주식의 양도와 달리 실질을 부동산의 양도로 보아 양도소득세를 별도로 과세하겠다는 취지임을 감안할 때 청구인등이 쟁점주식을 양도한 것은 같은 법 시행령 제158조 제1항 제1호에서 규정하는 부동산과다보유법인의 주식을 양도한 경우에 해당하는 것으로 보아 관련 법적용을 함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 일반적으로 상가를 신축하여 분양하는 경우 상가를 구분등기하고 각 상가호수별로 소유권 이전하는 방식으로 분양하는 것이 원칙이나, 청구외법인이 소유하는 시장시설물은 각 점포별로 구분 등기를 할 수 없어 소유권이전방식이 아닌 주식에 부동산을 배타적으로 이용할 수 있는 권리를 부가하여 양도하였으므로 쟁점주식의 양도는 단순 중소기업의 주식의 양도가 아닌 특정시설물이용권부 주식의 양도로 보아야 한다.

(2) 사업자가 사업용자산에 대한 특정시설물이용권을 양도하는 경우 해당 거래는 부가가치세 및 소득세 등의 과세대상에 해당하는 것이나, 이 건의 경우 청구인등은 부가가치세 등을 회피할 목적으로 법인을 설립하여 법인 명의로 부동산을 취득한 후 개인인 청구인등이 소유하고 있는 법인의 주식을 양도하는 방식으로 사실상 점포를 분양하면서도 일반세율 보다 낮은 비상장주식의 양도세율(10%)을 적용하여 양도소득세의 부담을 줄이는 등 변칙적인 방법으로 조세회피를 도모하였는 바, 이는 부가가치세의 부담이 없는 청구외법인, 인삼을 판매하는 면세사업자인 매수자 및 주주의 이익에도 모두 부합하는 것이다.

(3) 청구인은 쟁점주식이 양도소득세 과세대상이 되는 특정시설물이용권 및 회원권에 해당하기 위해서는 청구외법인이 시설물이용권 증서를 발행하거나 정관에 상호약정 등의 규정이 존재하여야 하는 것으로 주장하고 있으나, 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 특정법인의 주식 등을 소유하는 것만으로 특정시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식 등을 포함하는 것으로 규정하고 있고, 청구외법인의 주식을 소유하는 것만으로도 청구외법인의 시장시설물을 직접 운영하거나 임대할 수 있는 배타적인 권리가 포함되어 있는 점을 감안하면 청구주장은 이유가 없다.

(4) 또한, 청구인은 쟁점주식을 양도한 행위가 특정시설물이용권을 부여한 것이 아닌 실질적으로 시장시설물을 분양한 것과 동일하므로 쟁점주식의 양도는 특정시설물이용권 관련 주식의 양도규정( 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목)이 아닌 특정주식( 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목)의 양도규정의 작용대상에 해당한다는 의견이나,특정주식의 양도규정은 부동산과다보유법인의 과점주주가 대량의 주식을 양도함으로써 부동산을 양도하는 것과 동일한 경제적 효과가 발생하는 것에 대하여 부동산양도와 동일한 세율을 적용하기 위해 제정된 것으로서 동 규정을 적용하기 위해서는 해당 주식이 일반적인 비상장주식이어야 하나 이 건 쟁점주식은 단순한 비상장주식이 아닌 특정시설물이용권이 결합된 형태의 주식의 양도에 해당하므로 동 규정의 적용대상이 아니며, 단지 청구외법인의 주주구성 및 부동산 보유현황이 특정주식의 양도규정 요건에 부합한다는 사실 하나만으로 부동산과다보유법인의 주식양도에 해당한다고 주장하고 있으나,쟁점주식거래의 경제적 실질 및 세법적용의 논리적 인과관계를 무시한 채 거래의 실질과는 전혀 무관한 법 규정을 제시하고 있으므로 이를 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식이 특정시설물이용권 관련 주식에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「소득세법」제104조 제1항 제1호는 제94조 제1항 제4호에 따른 자산은 제55조 제1항에 따른 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제104조 제1항 제11호는 중소기업의 주식등은 양도소득 과세표준의 100분의 10의 세율을 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제94조 제1항 제4호 나목 및 다목은 이용권·회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다)과 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득은 양도소득에 해당하는 것으로 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제158조 제1항 제1호는 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인과 당해 법인의 주식등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제158조 제2항은 제1항 제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년 내에 그들이 양도한 주식등을 합산한다. 이 경우 동항 본문 및 각호에 해당하는 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 청구외법인은 중소기업으로서 2011.3.16. 설립한 이후 2011.7.19. 청구인, 청구인의 배우자 문OOO, 청구인의 아들 김OOO으로부터 토지를 취득하고, 김OOO으로부터 신축 중이던 시장건물을 취득하여2011.9.28. 시장시설물을 완공하고 소유권보존등기를 하였으나 층 전체가 하나의 공간으로 된 구조로 바닥과 천장 등에 상가의 호수가 표시되어 있을 뿐, 각각의 상가별로 구분등기가 되어있지 아니한 사실이 처분청의 답변서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 2011년 청구인등의 청구외법인에 대한 보유주식 변동사황은 다음의 <표1>과 같다.

OOO

(4) 2011년에 쟁점주식 중 청구인등이 양도한 주식의 내역은 다음의 <표2>와 같다.

OOO

(5) 청구인등이 쟁점주식을 양도할 당시(2011년) 청구외법인의 대차대조표는 다음의 <표3>과 같다.

OOO

(6) 청구인은 쟁점주식의 양도를 중소기업 주식의 양도로 보아 10%의 세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 쟁점주식의 양도는 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 특정시설물이용권 관련 주식(시장시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리가 부여된 주식)의 양도에 해당한다 하여 누진 양도소득세율(6%～38%)을 적용하여 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 사실이 처분청의 조사복명서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(7) 처분청이 쟁점주식의 양도를 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 특정시설물이용권 관련 주식의 양도에 해당하는 것으로 본 이유는 다음과 같다.

(가) 청구외법인의 대표이사 김OOO은 OOO 점포를 주식양도 방식으로 분양하면서 1층 소매장은 OOO주, 2층 도매장은 OOO주를 배정하였고, 배정한 주식수는 특별한 의미는 없고 추후 시장이 활성화되면 각 점포주가 점포를 최대 3칸으로 나누어 매매할 수 있도록 임의로 산정한 것이라고 진술하였으며, 주식매매시 주식매매계약서와 함께 위탁관리계약서를 같이 작성하며 위탁관리계약서에는 주주가 분양받은 점포 호수가 기재되어 있고, 쟁점주식을 취득한 양수인들은 주식을 취득함으로써 시장내 점포를 분양받는 것으로 알고 취득하였다고 진술하였고, 이에 대한 증빙으로 청구외법인의 대표이사 김OOO 확인서 및 문답서, 주주 고OOO 및 최OOO의 확인서를 제시하였다.

(나) 2011.12.31. 기준 청구외법인 1주당 「상속세 및 증여세법」상 평가액은 OOO원에 불과하나, 2011.6.16. 거래된 주당 평균매매가는 OOO원이고, 2011.7.18. 이후 거래된 주당 평균매매가는 OOO원으로 상당한 차이가 있는바, 이는 양도한 쟁점주식이 특정 시장시설물을 배타적을 사용할 수 있는 점포사용권을 결합된 주식에 해당하므로 양도한 쟁점주식을 일반 중소기업주식에 해당하는 것으로 보기가 어렵다.

(다)주식매매계약서 제5조 제3항에「“을”(양수인)은 본 주식을 취득하므로 OOO(주)의소매○○호의 배타적인 사용권을 취득하며, “갑”(양도인)은 주식교부후 배타적인 사용권을 주장하지 못한다」고 규정되어있으나, 청구인등이 양도소득세 신고시의도적으로 배타적사용권을 규정한 제5조 제3항을 삭제한 형태의 계약서를 작성하여 제출한 사실이 확인된다.

(라) 현재 OOO은 공급과잉 등의 사유로 미분양상태로서 청구외법인은 각 상가에 대하여 미분양, 자가(쟁점주식의 양수인이 직접 점포를 사용), 회사임대, 개인임대(쟁점주식의 양수인이 상가를 임대)로 형태로 구분하여 점포를 관리하고 있는 바, 상가별 운영현황은 다음의 <표4>와 같고, 그에 대한 세부사항인 상가호수, 분양자수, 임대구분, 주주, 연락처, 임차인 및 임차인 연락처 등이 기재된 상가별 운영자명세를 제출하였다.

OOO

(마) 시장시설물은 각 상가별 소유자가 등기부상 구분등기 되어 있지 않고 청구외법인의 단독 소유로 되어 있어 주주의 점포사용권은 청구외법인과 주주간의 계약에 의한 것으로 대외적으로 명시되지 않은 상태로서 상인들이 사업자등록을 신청할 때 청구외법인은 보증금 등을 기재한 허위의 임대차계약서를 작성하여 주었고, 부가가치세 신고시 모든 입주자에 대하여 일률적으로 보증금 OOO원, 월임대료 OOO원으로 신고하였으나 청구외법인은 보증금과월세를수령하지 아니한 사실이 없고, 월임대료는 관리비를 수수한 것에 불과하다.

(바) 청구인은 특정시설물이용권은 배타적사용권 부여, 전체시설물에 대한 균등한 접근 및 사용권, 특정이용자와 발행회사간 상호약정, 증서의 발행, 정관의 양도제한규정 등이 있어야 한다고 주장하고 있으나, 법령의 근거없이주관적인 판단과 기존 판례의 특정부분만 발췌하여 주장하고 있는 내용으로서 과세대상 특정시설물이용권 관련 주식이 되기 위해서는 일반사용자보다 유리한 조건으로 시설물을 이용할 수 있는 권리를 부여받은 경우이면 충분하다 할 것이고, 정관에 양도제한 규정이존재해야 한다든지, 출자자 또는 주주 등의 자격 및 범위에 대해 기존 출자자 또는 주주 사이에만 주식양수도를 허용하는자격범위에 대해 제한하는 규정이 반드시 있어야 하는 것은 아니며, 골프회원권, 헬스회원권, 콘도미니엄이용권, 사우나회원권, 스키장회원권 등의 특정시설물이용권 경우 청구인의 주장과 같이 전체면적에 대한 균등한 접근이 허용되는 것이 일반적이나, 이 건의 경우 실질적인 분양형태로 주식을 양도하였으므로 당해 주주의 권리는 전체 시설물에 대하여 균등한 접근 및 사용권이 허용되는 것으로 보아야 한다.

(사) 청구인은 시장시설물을 주주 또는 출자자 이외의 다수의 제3자가 청구외법인과 임대차계약 등을 통해 자유롭게 이용한 사실이 임대현황 및 부동산임대차계약서를 통해 확인되고 있어 배타적사용권과 무관하다고 주장하고 있으나,주주는 주식을 취득함과 동시에 점포사용권을 취득하고, 본인의 취득목적(직접사용, 매매차익기대 등)에 따라 주주본인이 직접 점포를 사용할 수도 있고, 임대할 수도 있는 것으로 주주 아닌 자가 점포를 사용할 수 있다 하여 주식에 부여된 권리를 부정하는 근거가 될 수 없다.

(아) 청구인은 쟁점주식을 양도한 행위가 시설물이용권을 부여한 것이 아닌 실질적으로 시장시설물을 분양한 것과 동일하므로, 쟁점주식의 양도는 특정시설물이용권 관련 주식의 양도규정( 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목)이 아닌 특정주식( 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목)의 양도규정의 작용대상에 해당한다는 의견이나, 특정주식의 양도규정은 부동산과다보유법인의 과점주주가 대량의 주식을 양도함으로써 부동산을 양도하는 것과 동일한 경제적 효과가 발생하는 것에 대하여 부동산양도와 동일한 세율을 적용하기 위해 제정된 것으로, 이 경우 해당 주식은 일반적인 비상장주식이어야 하나, 이 건 쟁점주식은 단순한 비상장주식이 아닌 특정시설물이용권이 결합된 형태의 주식의 양도에 해당하므로 동 규정의 적용대상이 아니며, 청구인이 주장하듯이 쟁점주식의 양도를 부동산과다보유법인의 주식의 양도로 본다면 청구인등이 양도한 주식의 양도비율이 50% 이상에 해당하지 아니하여 누진 일반세율을 적용할 수 없는 문제가 있다.

(8) 청구인은 쟁점주식의 양도는 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 특정시설물이용권 관련 주식의 양도가 아님에도 누진 일반세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하고 있는 이유는 다음과 같다.

(가) 특정시설물이용권 관련 주식의 양도규정(법 제94조 제1항 제4호 나목)은 골프회원권 등을 주식양도방식으로 이전하는 경우에도 실질적으로 회원권을 양도한 것과 동일하게 과세할 수 있도록 규정한 것으로서 동 조문에서 과세하고자 하는 대상은 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권과 관련한 주식이어야 하나, 쟁점주식을 취득한 자는 쟁점시장시설물의 소유주인 청구외법인과 단체의 구성원이 되기 위한 어떠한 약정을 체결한 사실이 없으므로 쟁점주식은 동 규정의 적용대상이 되는 주식에 해당하지 아니한다.

(나) 일반적으로 특정시설물에 부여된 배타적 이용권리가 시설물에 미치는 범위는 해당 시설물에 대해 모든 이용권을 부여받은 주주 또는 출자자에게만 전체 시설물에 대한 균등한 접근 및 사용권이 허용된다 할 것이므로 특정시설물 중 특정된 면적 또는 제한적인 일부 장소만을 사용할 수 있는 권리의 분양 또는 약정은 특정시설물이용권과 무관하다고 할 수 있다. 즉, 특정시설물 이용권에 해당되기 위해서는 전체 시설물 면적(A 100) 내에서 위치와 면적에 상관없이 주주 또는 출자자에 한해 평등하고 균등한 전체 시설물(A 100) 이용권에 대한 보장 약정이 존재하여야 하지만, 이 건과 같이 처음부터 특정한 위치 및 면적(B 10) 배정 후 해당 위치 및 면적에 대해서만 이용권 부여되고 기타 면적(90)에 대해서는 이용할 수 없는 경우 특정시설물이용권이 아닌 실질적인 부동산의 양도에 해당한다고 할 수 있으므로 처분청이 쟁점주식을 특정시설물 이용권부 주식으로 보아 과세함은 그 법 적용이 잘못되었다.

(다) 이 건의 경우 ① 청구외법인이 주주에 한하여 시장시설물을 자유롭게 이용할 수 있도록 하는 권리가 부여된 증서를 발행한 사실이 없고, ② 청구외법인과 주주 사이에 주식을 소유한 주주만이 시장시설물을 배타적으로 이용할 수 있도록 하는 상호약정을 체결한 사실이 없으며, ③ 청구외법인의 정관 등에 쟁점주식의 양도를 제한하는 규정을 두고 있지 아니하고, ④ 쟁점주식의 양도 후에도 시장의 시설물을 이용할 수 있는 권리가 상실되지 아니하는 점을 감안하면 쟁점주식을 특정시설물이용권부 주식에 해당하는 것으로 보아 과세함은 그 법 적용이 잘못되었다.

(라) 청구인등이 쟁점주식을 양도할 당시 청구외법인이 보유한 총자산 중 토지 및 건물 등 부동산가액이 차지하는 비율이 98.5%로서 부동산과다보유법인에 해당한다 할 것이고, 청구인등은 쟁점주식의 100% 보유를 통해 실질적으로 청구외법인의 소유부동산을 지배한 것이므로 쟁점주식의 양도는 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 특정시설물이용권부 주식이 아닌 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에서 규정하는 특정주식 또는 부동산과다보유법인의 주식의 양도에 해당하는 것으로 보아 관련 규정을 적용하여야 한다.

(마) 쟁점주식이 특정시설물이용권이 부여된 주식에 해당한다면 쟁점주식을 취득하였다가 양도한 자는 시장시설물의 이용에 제한이 있어야 하지만, 주주 중 김OOO는 2012.9.1. 취득한 쟁점주식을 2012.9.28. 이OOO에게 양도한 후에도 시장시설물 중 제90호를 지속적으로 사용·수익하고 있는 사실을 감안하면 쟁점주식 양도 후 주주지위 상실 후에도 상가임대차 및 시장시설물이 이용 가능하며, 이를 통해 쟁점주식과 시장시설물이용권이 불가분의 결합관계가 없음이 확인된다고 주장하며 김OOO 확인서 및 임대차계약서 사본을 제출하였다.

(바) 청구외법인의 소유인 시장시설물은 청구외법인 주주 또는 출자자 이외의 다수의 제3자가 청구외법인과의 임대차계약 등을 통해 자유롭게 이용한 사실이 청구외법인의 임대현황 및 부동산임대차계약서, 처분청의 이의신청결정서를 통해 확인되는 바, 청구외법인의 시장시설물을 이용하기 위해서 쟁점주식를 반드시 취득해야 하는 것이 아니므로 쟁점주식을 배타적이용권이 부여되어 있는 주식이라고 보기는 어렵다.

(사) 처분청은 주식양수도계약서에 시장시설물에 대한 특정호수가 기재되어 있다하여 특정시설물이용권이 부여된 주식에 해당된다는 의견이나, 총 81건의 주식양수도계약서 중 시장시설물에 대한 특정호수가 기재되어 있는 경우는 3건에 불과하고, 특정호수가 지재되어 있다하여 특정시설물이용권과 관련된 주식으로 봄은 부당하다.

(아)청구외법인은 시장시설물에 대해 주주 및 일반인 모두에게임대료 및 관리비를 동일한 조건으로 수수하고 있고, 시장시설물및 토지에 대한 재산세 등을청구외법인이 납부한 사실 등을 감안할 때 쟁점주식을 취득하였다 하여 특정시설물 이용권으로서 배타적권리를 부여한 것으로 보기는 어렵다고 주장하며 임대차계약서, 재산세 납부영수증 및 금융거래내역을 제시하였다.

(9) 위와 같은 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청의 조사에서 시장시설물의 총 상가 265개 중 미분양 138개, 법인임대 19개, 분양자 전대 23개, 분양자 직접사용이 85개인 사실이 확인되고 있고,청구외법인의 대표이사 김OOO은 시장시설물 점포를 주식양도 방식으로 분양하면서 1층 소매장은 OOO주, 2층 도매장은 OOO주를 배정하였다고 확인하고 있는 점, 위탁관리계약서에는 주주가 분양받은 점포 호수가 기재되어 있는 점, 쟁점주식을 취득한 양수인들은 주식을 취득함으로써 시장내 점포를 분양받는 것으로 알고 취득하였다고 진술하고 있는 점 등을 감안하면 청구외법인의 주주인 청구인등이 쟁점주식을 매개로 하여 시장시설물을 분양한 것으로 볼 수 있다.

다만, 처분청이 쟁점주식 중 청구인등이 양도한 주식을 시설물이용권과 관련한 주식으로 본 과세근거인 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목은 “이용권·회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권과 주식을 소유하게 되는 것만으로도 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식”이라고 규정하고 있어, 과세대상이 되는 시설물이용권과 그 관련주식은 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권이어야 할 것이나, 쟁점시장시설물의 소유자인 청구외법인과 쟁점주식을 취득한 주주들 사이에 시장시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 하는 약정을 체결한 사실이 없고, 청구외법인의 정관이나 이사회에서 쟁점주식을 취득하는 주주들에게 시장시설물을 배타적으로 이용할 수 있는 권리를 부여한 사실이 없으며, 동 규정이 일반적으로 골프장, 헬스클럽 또는 콘도미니엄 등의 시설물이용권 및 그와 관련된 주식에 대한 규정이라고 볼 때 이 건과 같이 주주들간에 주식을 매개로 하여 특정한 상가를 분양하여 특정한 상가에 대한 임차권을 부여한 것으로 보이는 경우까지 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 시설물이용권과 관련된 주식으로 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서, 청구외법인이 부동산과다보유법인으로서 청구외법인의 주주인 청구인등이 쟁점주식을 50% 이상 양도하는 경우 「소득세법」제94조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제158조 제1항 제1호의 규정을 적용하여 양도소득세를 과세함은 별론으로 하더라도 처분청이 청구인등이 양도한 쟁점주식을 「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 시설물이용권 관련 주식으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.