가. 청구법인은 1991.4.25. 설립되어 OOO을 영위하는 법인으로, 1998년 3월 전라남도 OOO으로부터 공공임대주택사업 승인을 받았으며, 이하 23평형 650세대를 “쟁점아파트”라 한다)와 상가 27호를 준공한 후, 쟁점아파트에 대하여 임대사업을 영위하다가 2011년 230세대, 2012년 350세대를 각 일반분양하고, 2011사업연도 OOO원을 각 매출원가로 하여 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 2014.3.4.부터 2014.5.25.까지 청구법인에 대하여 법인세 조사를 실시한 결과, 청구법인이 2011사업연도 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)의 매출원가를 가공계상한 것으로 보아 익금산입 및 유보로 소득처분하고, 2007사업연도 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)의 전도금을 가공예금자산으로 계상하여 법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 익금산입 및 대표자 상여로 소득처분하였으며, 2012사업연도 중 청구법인의 OOO에게 지급한 중간정산 퇴직금 OOO원(「법인세법」상 임원 퇴직급여 한도초과액으로, 이하 “쟁점③금액”이라 한다)을 임의지급한 것으로 보아 손금불산입 및 대표자 상여로 소득처분하여 2014.11.11. 청구법인에게 법인세 2011사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하고, 2007년 귀속분 OOO원을 소득금액변동통지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.3. 이의신청을 제기하였고, 처분청은 2015.3.5. 이에 대해 기각결정을 하였다.

라. 처분청은 청구법인이 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무를 이행하지 아니하자, 2015.5.14. 청구법인에게 원천징수분 법인세 2007사업연도분 OOO원 및 법인세(지급명세서제출불성실가산세) 2007사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점아파트의 분양수입금액에 대하여 매출원가로 계상한 쟁점①금액은 가공매출원가가 아니다.

청구법인이 매출원가를 수정한 근거로 제출한 OOO의 입주자 모집공고 승인사항에 대하여 처분청은 승인신청시 청구법인이 직접 작성하여 제출한 서류에 불과하며, OOO이 승인한 23평형 세대당 분양전환가격 OOO원은 적정이윤이 포함된 금액이므로 분양원가가 아니고, 토지비에 대하여는 OOO이 감정평가한 사실이 없음을 들어 쟁점①금액을 근거없이 임의 증액한 것으로 보았다.

그러나, 매출원가의 적정여부는 건설원가 계산서류의 작성주체와 무관한 사항임에도 청구법인이 직접 작성하였다 하여 세법상 인정할 수 없다고 하나, 청구법인이 주장하는 쟁점아파트의 건설원가는 주무관청인 OOO이 당시의 「임대주택법」에 따라 공공건설 임대주택의 임대보증금 및 월임대료 산정을 위하여 건설원가로 승인한 공인가격이며, 법원 판결(광주지방법원 2013.4.12. 선고 2011가합3543 판결)에서도 인정한 건설원가를 처분청이 이를 부인하는 것은 부당하다.

「임대주택법 시행규칙」(2003.6.27. 건설교통부령 제360호로 개정되기 전의 것) 제3조의3 매각가격의 산정기준에 의하면 “분양전환가격은 건설원가와 감정평가금액의 산술평균가액으로 한다”고 규정하고 있음을 볼 때, 청구법인이 쟁점아파트에 대하여 감정평가를 하지 않았으므로 분양전환가격이 곧 건설원가라 할 수 있으며, 설령, 처분청의 의견대로 OOO이 승인한 쟁점아파트의 세대당 분양전환가격 OOO원에 적정이윤이 포함되어 있다 하여 이를 인정할 수 없다면, 처분청이 동종업체의 평균이윤율(통상 3～5%)을 조사확인하여 적정이윤을 차감한 금액으로 건설원가를 확정하여 과세표준과 세액을 결정하여야 한다.

처분청은 1997년 OOO의 입주자 모집공고 승인사항에 대하여 OOO에게 확인한 결과, OOO이 쟁점아파트의 토지를 감정평가한 사실이 없고, 건설원가는 청구법인이 직접 작성하여 제출하였다는 답변에 의해 청구주장을 인정할 수 없다 하나, OOO에게 조회하여 회신받은 공문서나 관련 공무원의 확인서 등 납득할 수 있는 반증서류를 제시하고 청구법인에게 소명할 기회를 주지 않은 것으로 보아 OOO에게 확인하지 않았거나 구두·전화 확인한 것으로 추정된다.

또한, 처분청은 쟁점아파트 건설원가의 적정여부에 대한 조사시, 건설원가를 구성하는 중요한 부분인 토지가액의 결정에 필요한 감정평가서를 제시할 경우, 이를 토지가액으로 인정하겠다고 하면서 청구법인에게 감정평가서를 요구하였으나, 청구법인은 사업승인 당시 OOO에게 직접 감정평가를 의뢰하였기 때문에 감정평가서를 보관하고 있지 아니하고, OOO의 승인 공문서상에 감정평가금액으로 기재된 점을 들어 쟁점아파트의 토지가액으로 인정하여 줄 것을 요구하였으나, 처분청은 감정평가서를 제시하지 아니하였다 하여 감정평가사실을 부인하고 토지가액에 대한 청구법인의 주장을 부인하였다.

청구법인의 정보공개청구결과, 1993.9.3. OOO이 한국감정원 등에게 감정평가의뢰한 사실이 있는 것으로 확인됨에도 처분청은 OOO에게 중요자료의 존재여부도 확인하지 않는 등 조사 및 심리를 소홀히 하여 실질과세원칙과 신의성실원칙에 반하는 결정을 하였다.

실지조사는 청구법인이 입증자료로 제시한 사항에 대하여 관련된 행정기관, 법원, 거래처에 출장하여 사실관계를 조사한 결과에 의해 과세표준과 세액을 결정하여야 함에도 OOO의 답변과 일부 보관중인 서류에 의해 계산한 금액으로 과세표준과 세액을 결정한 것은 부당하다.

처분청의 납세자보호위원회의 의결과 OOO의 조세범칙위원회의 의결에 따른 조사대상기간이 아닌 1993년부터 2007년의 거래사항에 대한 소급조사는 위법·부당하고, 건설원가의 계산을 위해서 건축개시(1993년) 기일까지 소급조사가 필요하다고 하더라도, 2차례에 걸친 시공사 부도로 인한 피해, 재고자산인 미분양주택에 대한 감가상각비 부당계상, 토지매입가액 과소계상, 분양자에 대한 분양해지로 인한 위약금 지급, 임대아파트에서 분양아파트로의 전환에 따른 리모델링 공사비 지출에 대한 증빙자료를 보존기한(5년)경과로 제시하지 못하여 건설원가를 조사확인할 수 없다면, 합리적이고 신뢰할 수 있는 국가기관이 승인한 세대당 분양전환가격OOO에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다.

또한, 청구법인은 분양전환에 따른 리모델링 공사대상 650세대 중 사실확인에 응한 112세대의 확인서를 제출하였으나, 처분청은 이에 대해 조사·확인하지 아니하고, 임대보증금 분쟁으로 공사하지 못했던 12세대에 대한 조사를 실시하여 공사 사실을 부인하는 진술과, 청구법인이 2003년 장부상 리모델링 공사비로 OOO원을 계상한 사실을 들어 2003년 이후는 공사를 하지 않은 것으로 판단하여 청구주장을 부인하였으나, 통상 아파트 리모델링 공사는 입주자 교체시 공가상태에서 공사하는 것으로 전체를 일시에 공사할 수 없어 2004년 이후에도 리모델링 공사를 하였으며, 이에 실제 공사한 세대수와 공사비에 대한 실지조사를 실시하여 리모델링 공사비를 확정하여 줄 것을 요청하였으나, 이를 해태하여 전체의 1.8%인 12세대에 대한 조사로 650세대에 대한 리모델링 공사의 적부를 추정함은 부당하므로 처분청에서 실지조사하여 가공으로 확인된 12세대에 대한 건설원가 OOO만 부인하여 경정하여야 한다.

또한, 1991년 이후 19년간 임대수입 등 경상수입없이 국민주택기금이자지급, 임대주택 유지, 관리비 지급으로 인해 발생한 결손금OOO원 중 법인세 과세표준신고시 「법인세법」상 용인되는 5년의이월결손금 공제액 OOO원으로 인해 법인설립 후 상여·배당처분 사실이 없음에도 조사일 현재유무형의 잔여자산가액이 장부상 OOO원(처분청에서 고지 전 사전압류)에 불과함은 결손금 발생으로 인한 사외유출이 분명하므로 처분청에서 임의증액으로 익금산입한 쟁점①금액에 대하여 유보처분을 취소하고 사외유출 처분하여야 한다.

(2) 쟁점②금액은 가지급금으로 가수금과 상계되어야 하고, 가수금과 상계할 수 없는 가지급금일 경우 가지급금에 대한 인정이자를 계산하여 결정하여야 하며, 국세부과제척기간이 경과된 2007 및 2008사업연도 귀속분의 소득금액변동통지는 무효이다.

처분청은 청구법인이 각 사업연도말 전도금 계정의 잔액을 0으로 맞추기 위해 이미 해지된 예금계좌에 쟁점②금액을 가공계상하였음이 확인되고 회수가능성이 없다고 판단하면서, 쟁점②금액을 대표자에 대한 가지급금으로 보기 위해서는 대표자가 이를 유용하고 있으며 회수할 것이 명백하다는 사실을 객관적으로 입증해야 함에도 이를 입증할 증빙서류를 제출하지 못하고 있다 하여 대표자 상여로 소득처분하였으나, 청구법인은 시공사의 부도로 공사 중단, 현장사무소의 수해, 분양계약 해지로 사업폐지 위기에 처하여, 토지매매 계약서류(일부 보관 중인 매매계약서도 매도상대방의 양도소득세 부담관계로 공시지가로 작성) 분실로 토지취득가액을 정확히 알 수 없어 1998년 아파트 완공 후 회계장부 작성시 OOO원으로 계상하였으나, 이는 취득 당시 시가가 불분명한 경우에 해당되어 「법인세법」상 인정되는 시가인 토지매입일(1997년)로부터 6월내 감정평가한 평균금액 OOO원이 과소 계상되었고, 상하수도 공사비 부담액 OOO원이 계상누락되었으므로 누락·과소계상된 OOO원은 부외원가이며, 이는 대표이사 가수금으로 대표이사가지급금 OOO원과 상계하여 대표자 상여처분을 취소하여야 한다.

쟁점②금액은 청구법인 OOO이 처분청의 문답조서에서진술한 바와 같이 리모델링 공사비와 현장관리비로 사용한 전도금중증빙서류를 수취하지 못하여 정산할 수 없었던 금액으로 유용하였음을시인하고, 사업을 계속하고 있는 법인으로서 예금자산계정에계상한 사실로 볼 때, 정산·회수될 것이 확실한 대표자 가지급금이므로쟁점②금액에 대한 가지급금 인정이자를 계산하여 세액을 경정하여야 한다.

청구법인은 리모델링 공사비와 현장 관리비로 사용한 전도금 중 결산시 증빙서류 수취분을 차감한 금액을 조세포탈 의도없이 예금계정에 대체처리한 것으로, 이는 사기 그 밖의 부정한 방법에 해당하지 않아 국세부과제척기간이 5년이며, 대표이사의 2007·2008년 귀속 종합소득세에 대한 부과제척기간 도과 등으로 이미 소멸하여 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없어 2007·2008사업연도 귀속분에 대한 소득금액변동통지 처분은 취소되어야 한다.

(3) 쟁점③금액은 청구법인의 임원퇴직금 지급규정에 의해 적법하게지급하였다.

청구법인의 임원퇴직금 지급규정은 「상법」 제368조에 의한 합법·유효한 규정이며, 동 지급규정의 제정 전과 제정 후의 임원퇴직금 지급과 비교하여 일관성 여부를 판단하는 것은 부당하고, 2014.4.30. 퇴직한 OOO 외 2명의 비상근임원에 대한 퇴직금 지급에 있어 같은 규정 제2조에 의해 가중치를 적용하지 않은 것은 적정하며, 수입금액이 없어 십수년 동안 결손금이 발생하다가 분양호조로 자금사정이 좋아져 대표자 급여를 인상하였고, 분양할 잔여량 감소로 수입금액 감소가 예상되어 급여를 인하한 것은 청구법인의 자금사정을 감안한 재량행위로 법인세를 부당히 감소시키기 위한 「법인세법」상 부당행위 계산부인의 대상에 해당되지 아니하며,

청구법인은 1991년 설립되어 1993년 아파트 사업계획승인을 얻어 아파트를 분양하였으나, 2차에 걸친 시공사 부도로 공기 내 완공할 수 없어 1998년 아파트 수분양자에게 위약금을 지급하고 공공건설임대아파트로 전환하였으며, 임대아파트 의무임대기간(5년) 경과 후에도 분양실적(2003년～2010년까지 총 650세대 중 19세대 분양)이 미진한 상태에서 임대료 등 경상수입 없이 매년 국민주택자금이자 및 운영자금으로 OOO원을 대표이사가 사채로 조달하여 부도 폐업하지 않고, 21년간 어렵게 유지하면서 2011 및 2012사업연도 총매출 OOO원을 달성한 공로로 볼 때, OOO에게 퇴직금을 과다지급한 것으로 볼 수 없다.

(4) 쟁점아파트 매출원가는 장부 및 증빙서류 보존기한(5년) 경과로 장부나 증빙서류가 없고, 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로 추계결정하여야 한다.

처분청의 쟁점아파트의 분양가격 대비 매출원가의 결정내용을 보면, 분양가액 OOO원, 매출이익률 47.3%로, 이는 동종 타 업체의 통상 매출이익률이 약 8%임에 비추어 현저히 비정상적이고, 청구법인은 1991년 설립하여 1993년 토지를 매입하고 분양아파트 사업계획을 승인받아 분양하였으나 분양부진(650세대 중 160세대 분양)과 2차에 걸친 시공사의 부도로 인한 2년여의 공사중단으로 분양해지, 현장사무소의 수해피해, 경리직원의 공백으로 1991년부터 1998년 준공일까지의 거래증빙 미수취 및 망실로 세법상 인정되는 장부 및 증빙서류를 구비하지 못하다가 1998년 건물완공 후 OOO에게 회계장부 작성과 회계감사대상이 아님에도 임의로 회계감사를 의뢰하였으나, OOO은 토지에 대한 감정평가 사실과 주무관청의 승인사항, 분양해지 위약금 지급사항을 고려하지 않고, 보관 중인 일부 증빙서류에 의해 형식적인 장부를 작성하고, 재고자산에 대한 감가상각비를 계상하는 등 부실한 결산보고서와 감사보고서를 작성하여 처분청에 법인세 과세표준과 세액신고서를 제출하였다.

처분청은 청구법인이 제출한 건설원가와 관련된 1991년부터 2010년까지의 입증서류에 대하여 사실관계와 거래금액에 대한 실지조사를 소홀히 하고, 부실하게 작성된 감사보고서와 처분청에 보유하고 있는 일부 서류에 의해 과세표준과 세액을 결정하였으나, 장부 및 증빙보존기한(5년) 경과로 과세표준과 세액 결정에 필요한 법적 증빙 및 자금지출증빙이 없어 제출하지 못함은 건설원가에 대한 장부나 증빙서류가 없고 그 중요한 부분이 미비한 경우에 해당되므로 처분청은 청구법인이 제시한 공사 관련 공문서와 그 외 증빙문건에 대한 사실관계를 확인조사한 후 실지조사방법에 의해 과세표준과 세액을 결정할 수 없다면, 동일 업종 평균 소득율(3～5%)로 추계결정함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①금액을 가공매출원가로 보아 법인세 등을 과세한 처분은정당하다.

청구법인은 주무관청인 OOO이 2003년에 「주택법」에 의하여 승인한 세대당 분양전환가격 OOO원을 쟁점아파트의 매출원가로 보아야 한다고 주장하나,

세무조사 당시 청구법인은 쟁점아파트에 대한 2011년 및 2012년 건설원가 관련 매입비용이 없음에도 법인세 신고시 제출한 손익계산서에 당기매입원가를 2011사업연도 OOO원으로 신고한 사실에 대하여 쟁점아파트의 신축과정 및 2003년 구조변경 공사시점에 실지 건설비용이 지출되었음에도 시공사의 부도 등으로 증빙을 받지 못해 건설원가로 계상하지 못했던 금액을 2010년 초에 발견하고, 위 금액을 쟁점아파트의 건설원가로 추가 계상한 것이라고 하면서, 2007～2012사업연도까지 회사보관용 대차대조표를 제시하였으며, 동 장부에는 법인세 신고시 제출된 대차대조표상 나타나지 않는 쟁점아파트에 대한 건물부분 자산금액 OOO 및 2007사업연도부터 2010사업연도까지 가수금 계정에 OOO원이 계속하여 표기되어 있었으며, 청구법인은 각기 다른 2가지의 대차대조표를 작성한 사유에 대하여 법인세 신고시 제출한 대차대조표는 쟁점아파트의 자산금액을 임대주택채권으로 재분류하여 동 임대주택채권을 임대보증금 및 국민주택기금차입금 등 부채와 서로 상계처리하고, 일부 자산 및 부채의 계정과목 등을 압축하여 작성·신고한 표준대차대조표이고, 회사보관용 대차대조표는 계정과목 등이 압축되기 전 원시대차대조표라고 주장함에 따라, 처분청은 자산 및 부채의 압축내용을 입증할 수 있는 근거 서류의 제시를 요구하였으나, 청구법인은 2008사업연도 이전 재무제표 등 세무 관련 서류는 보관하지 않는 것으로 답변하였다.

쟁점아파트 매출원가의 적정성을 검증하기 위해서는 2010사업연도말 청구법인이 보유한 정확한 자산 및 부채금액의 확인이 필요하였으며, 확인과정에서 청구법인이 OOO을 통하여 2004사업연도까지 외부회계감사를 받은 사실을 국세청 전산자료에서 확인하고, 전산자료에 입력된 청구법인의 1999사업연도부터 2004사업연도 회계감사보고서를 검토한바, 감사보고서에는 자산 및 부채가 상계처리 및 압축되지 않은 상태로 자세히 기록되어 있었으며, 또한 2004년 이후 청구법인은 2005년에 쟁점아파트 2세대를 분양한 것 외에는 2010년까지 쟁점아파트에 대한 자산금액의 증감없이 객관적으로 검증된 2004사업연도 감사보고서를 기준으로 2010년말 청구법인이 보유한 쟁점아파트에 대한 건물부분 자산가액을 계산한바, 총 OOO으로 확인된다.

위와 같이 쟁점아파트에 대하여 확인한 건물부분 자산금액 OOO원과 청구법인 보관용 대차대조표에 기재된 건물부분 자산금액 OOO원에 대하여, 청구법인은 쟁점아파트의 장부상 건설원가OOO가 OOO이 1997년 산정한 건설원가 OOO원에 비해 현저히 과소 계상되었음을 2010년에 발견하고, 임의증액 자산금액 OOO원을 2007사업연도 이후 결산서에 소급하여 수정기표하면서 대변에는 가수금 OOO원을 임의계상하여 장부를 수정하였으며, 임의증액한 사유를 토지매입비 미계상 OOO과 시공업체인 OOO의 부도로 인한 건설원가 미계상 OOO원 등이 누락된 것이라고 주장하여 확인한바,

첫째, 청구법인이 자산금액을 임의증액한 근거자료로 제시한 서류는 1997.6.10.자 OOO이 임대입주자 모집공고 승인시 공문에 첨부된 임대입주자 모집공고(안)이며, 위 공고(안)은 청구법인이 표준임대료를 OOO으로부터 승인받기 위하여 OOO에게 제출한 서류로, 동 서류에는 분양전환가격의 기초가 되는 세대별 임대주택분양가액이 OOO원으로 기재되어 있으나, 위 금액은 건설원가가 아닌 분양가로 확인되고, 서류상 건축비는 실지 지출비용이 아닌 국가가 제시한 표준건축비로 적정이윤이 포함된 금액이며, 또 토지비도 실지 증빙에 의한 취득가가 아닌 감정평가법인의 감정가액으로 기재되어 있어, 당시 청구법인이 임대입주자 모집공고(안) 작성시 책정한 분양가 산출근거 제시를 요구하였으나, 감정평가는 OOO이 한 것이고, 기타 증빙서류는 현재 보관하고 있지 않다고 하여 여수시청에 확인한 결과, 여수시청은 1997.6.10. OOO 임대입주자 모집공고 승인시 공문에 첨부된 임대입주자 모집공고(안)은 청구법인이 직접 작성하여 제출한 서류로 당시 OOO은 토지비에 대하여 감정평가를 한 사실이 없다고 답변하였으며,

둘째, 2003.3.31.자 OOO 입주자모집공고 승인시 첨부된 입주자모집(공급) 공고안도 청구법인이 직접 작성하여 OOO에게 제출한 서류로, 청구법인은 위 서류상의 세대당 분양가 OOO원은 1997.6.10.자 임대입주자 모집공고(안)의 세대당 임대주택분양가 OOO원을 더한 금액이라고 주장하면서, 당초 2003년 3월 입주자모집 공고 승인신청시 쟁점아파트에 대하여 세대당 OOO원의 리모델링 공사비를 인정하여 분양가를 책정해 줄 것을 OOO에게 요구하였으나, OOO이 OOO원만 인정하여 분양가를 승인해준 것이라고 주장하여 OOO이 보관중인 관련 서류를 확인한바, 청구법인이 OOO에게 제출한 리모델링 공사비 관련 첨부서류는 실제 지출증빙서류가 아닌 인테리어 공사업체로부터 받은 견적서로 확인되고, 청구법인은 조사과정에서 처음에는 리모델링 공사비가 세대당 OOO원이라고 주장하면서 증빙서류로 2003.4.15. 주식회사 OOO과 계약한 건축공사표준계약서(공사금액 OOO원)를 제출하였다가, 조사공무원이 사실확인을 하자 실지 계약서가 아닌 임의로 작성한 계약서라고 하면서 주장을 철회하고, 다시 리모델링 공사비로 OOO원의 비용이 지출되었다고 하면서 인테리어 공사업자 3명으로부터 받은 확인서를 제출하였으며, 동 확인서에는 청구법인이 보유한 쟁점아파트를 세대당 OOO원에 리모델링 공사를 한 것으로 기재되어 있어 위 확인서 작성자 중 2명을 상대로 문답한바, 위 확인서는 청구법인이 일방적으로 금액 등 내용을 작성하여 이들로부터 날인만 받은 것으로 확인되고, 이들은 일부 임차인이 없는 세대에 대하여 리모델링 공사를 한 사실은 있으나 전체 세대를 공사한 적은 없다고 진술하였으며, 또 OOO이 작성한 회계감사보고서에 2003년말 쟁점아파트의 임대입주자가 620세대로 입주비율이 97%로 기재되어 있는바, 당시 임차인이 없는 공가가 약 3%로 확인되고, 조사공무원이 쟁점아파트에 현지출장하여 표본으로 입주자 13세대를 선정하여 확인한바, 12세대는 리모델링 공사를 한 적이 없다고 진술한 점과 청구법인이 2003사업연도 법인세 신고시 제출한 분양원가명세서에도 리모델링공사비 등으로 OOO원을 신고한 사실로 보아 청구주장 리모델링 공사비는 기 결산서에 건설원가로 반영된 것으로 판단하였으며, 청구법인이 구조변경 공사를 하였다고 주장하면서 112세대로부터 날인을 받아 제출한 서류는 동, 호수와 확인자 성명만 연명으로 받아 제출한 확인서로 이는 실지거래를 입증할 대금결제내역이나 법적 증빙서류가 아니므로 구조변경 공사비 추가 주장을 인정하지 않았으며,

셋째, 청구법인은 조사과정에서 시공회사인 OOO 주식회사가 1995년 부도 전에 기시공한 건설원가 OOO 주식회사와 작성한 시설공사계약 특수조건 계약서상 기재금액)이 전액 장부에 누락되었다고 주장하였으나, 당시 법인세 신고시 제출된 공사원가명세서에는 OOO 주식회사가 시공한 것으로 판단된 건설원가 OOO원이 기신고된 것으로 확인되고, OOO 주식회사와 관련된 확실한 법적증빙 및 대금결제내역 등을 제시하지 못할 뿐만 아니라, 또 당시 OOO 주식회사가 부도로 인하여 법원에 법정관리를 받았다고 하면서도 OOO 주식회사의 법정관리대리인으로부터 받은 어떠한 채권 및 채무관련 조정서류도 제시하지 않아 OOO 주식회사와 관련된 추가 건설원가 주장을 인정하지 않았으며, 또, 청구법인이 쟁점아파트 대지 구입비용을 1993.6.18.자 감정평가한 금액으로 계상되어야 한다고 주장하나, 감정평가금액은 실지 대지구입비용이 될 수 없으며, 청구법인은 OOO을 통하여 장부에 의하여 토지비를 정상적으로 신고해 온 재무제표를 허위라고 하면서, 이제 와서 감정평가액으로 토지비를 계상해야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

위와 같이 청구법인은 쟁점아파트에 대하여 주무관청으로부터 임대입주자 모집공고 승인을 받을 당시 표준임대료 산정을 위해 책정된 임대전환분양가액을 청구법인의 건설원가라고 주장하나, 위 임대전환분양가액은 확실한 대금결제내역이나 증빙없이 청구법인이 임의로 산출한 가액으로 이를 건설원가로 인정할 수 없다.

또한, 청구법인이 공신력 있는 OOO을 통하여 쟁점아파트 신축시부터 2009사업연도까지 법인장부의 조정 및 신고 대리를 위임하여 법인세를 신고해 왔고, 2004사업연도까지는 OOO을 통하여 회계감사를 받았음에도 불구하고, 2011년과 2012년에 쟁점아파트가 일시에 분양된 결과, 분양소득의 결집과 이월결손금 OOO원이 공제기간 도과로 세부담이 급격히 증가하자, 세금을 면탈하기 위하여 2009년까지 OOO을 통하여 정상적으로 신고해 온 재무제표를 부정하고, 이제 와서 대지에 대한 감정평가액 및 시공사 부도 관련 공사비와 상하수도 부담비 등 일부 건설관련 서류를 제시하며 건설원가가 누락되었다고 주장하나, 청구법인이 누락되었다는 금액을 확인하기 위해서는 당초 법인세 신고 관련 장부와 증빙서류를 제시하여야 함에도 불구하고 단순히 일부 장부만 제시하면서 일방적으로 건설원가가 누락되었다고 주장하는 것은 설득력이 없으며, 이에 대한 입증책임은 청구법인에게 있다.

또, OOO이 승인한 분양원가 OOO원에 적정이윤이 포함된 가액이라면 동종 업체의 평균이익율(3～5%)을 확인하여 적정이윤을 차감한 금액으로 건설원가를 확정하여 달라고 주장하나, 이는 실지 증빙에 의한 근거과세를 부정한 일방적인 주장이다.

따라서, 처분청이 OOO이 작성한 가장 객관적이고 검증된청구법인의 2004사업연도 감사보고서를 근거로 쟁점아파트에 대한매출원가를 산정하여 가공매출원가를 적출하였으므로 당초 처분은정당하다.

한편, 청구법인은 처분청이 가공매출원가를 적출하여 손금불산입하고 유보로 소득처분한 것에 대하여 기타사외유출로 소득처분하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 2010년에 임의 증액한 쟁점아파트의 매출원가를 계상하면서 상대계정을 현금 유출이 없는 명목상 가수금으로 장부를 기록한 사실을 확인하였으므로 유보로 소득처분한 것은 정당하다.

(2) 쟁점②금액을 가공예금자산으로 보아 10년의 국세부과제척기간을적용하여 법인세 등을 과세한 처분은 정당하다.

청구법인은 가공예금자산으로 계상한 OOO의 가지급금으로 토지매입시 부외 지출된 OOO원과 상계처리되어야 하므로 상여처분을 취소하고 가지급금 인정이자를 계산하여야 한다고 주장하나,

청구법인은 사업연도 중에 법인계좌에서 현금을 인출하여 전도금으로 사용하다 사업연도말에 전도금 계정의 잔액을 OOO으로 맞추기 위하여, 연도말 전도금 잔액을 보통예금계좌OOO원을 이체한 것처럼 기장처리하였으나, 위 보통예금계좌는 기해지된 법인계좌로 전도금이 이체된 사실이 없는 가공예금자산으로 확인되고, 청구법인도 가공예금자산임을 시인하고 있다.

청구법인은 토지매입시 대표이사가 부외 OOO원(감정평가액과 장부가액과의 차액)을 지출하였다고 일방적으로 주장할 뿐, 이에 대한확실한 대금결제내역 및 관련 증빙서류를 제시하지 못하고 있다.

또한, 조세포탈의도가 없으므로 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하지 않아 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다는 청구주장에 대하여 보면, 청구법인은 이미 해지되어 존재하지 않은 예금계좌를 이용하여 부당하게 유출하였으므로 사기 그 밖의 부정한 행위에 해당한다고 볼 수 있으므로 10년의 국세부과제척기간을 적용한 것은 정당하다.

(3)청구법인 대표이사의 중간정산 퇴직금 OOO원(쟁점③금액)을부당하게 지급한 것으로 보아 법인세 등을 과세한 처분은 정당하다.

청구법인은 대표이사에 대한 퇴직금이 임시주주총회 결의로 임원에대한 임원퇴직금 지급규정(2011.3.2. 작성)에 의거 적법하게 지급하였다고주장하나,

청구법인이 2011.3.2.자 임시주주총회에서 임원퇴직금 지급규정을 제정하기 위하여 작성한 임시주주총회 의사록을 보면, 임시주주총회에 참석한 출석 주식수는 주주 3명에 13,000주로 되어 있으나, 법인 정관 제23조의 규정에 의하면, 주주총회의 의결방법은 발행주식 총수(30,000주)의 과반수에 해당하는 주식을 가진 주주의 출석으로 성립한다고 규정되어 있는바, 상기 임시주주총회는 출석주식수가 과반수 미달로 성립요건에 위배된 것으로 임시주주총회에서 제정된 임원퇴직금 지급규정도 당연히 무효이며,

대표이사에 대한 급여를 2011년 5월까지는 OOO원으로 급격히 상향하여 지급하다가 2012.6.30. 퇴직금 중간정산 후 2012년 7월부터는 다시 OOO원으로 급여를 다시 축소하여 지급한 사실과, 대표이사 본인의 퇴직급여는 2011.3.2.자 작성된 임원퇴직금 지급규정(최종연도 급여평균액×근속연수×직급별 가중치)을 적용하여 계산하였으나, 2013년 4월 퇴직한 감사 OOO 외 2명에 대한 임원들의 퇴직금은 임원퇴직금 지급규정에 명시된 직급별 가중치를 적용하지 않았다.

또한, 퇴직한 OOO 외 2명(감사 1명, 사내이사 2명)을 비상근임원이라고 주장하나, 조사 당시 회사가 보관하고 있는 어떤 서류에도 상근과 비상근의 구분이 없었으며, 특히, OOO은 퇴직전 월 평균급여가 2012년 OOO 급여와 비교해도 차이가 없는 것으로 보아 OOO이 비상근임원이라고 주장한 것은 설득력이 없으며,

또, 청구법인은 2010사업연도까지 계속 결손누적 법인으로 2011사업연도말 결손금처리계산서상 차기이월 미처리결손금이 OOO원 밖에 되지 않음에도 대표이사에 대한 거액의 퇴직금을 계상한 행위는 건전한 사회통념이나 경제적 합리성을 벗어난 것으로 이는 법인의 소득금액을 부당하게 감소시키기 위한 부당한 행위로 판단하여 대표이사에 대한 퇴직금을 「법인세법」상 임원에 대한 퇴직금 산정기준을 적용하여 계상한 당초 소득처분은 정당하다.

(4) 장부나 증빙서류가 없고 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로서 추계결정사유에 해당한다는 청구주장에 대하여 보면,

청구법인은 가장 검증되고 공신력 있는 OOO을 통하여 2009사업연도까지 계속하여 작성·신고한 재무제표가 있는 등 「법인세법」제68조 단서에서 정한 ‘천재·지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 경우’에 해당한다고 할 수 없으므로 추계결정 사유에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①금액을 쟁점아파트의 가공매출원가로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부

② 쟁점②금액을 가공예금자산으로 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 법인세 등을 부과한 처분의 당부

③ 쟁점③금액을 부당하게 지급된 대표이사 중간퇴직금으로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부

④장부나 증빙서류가 없어 추계결정사유에 해당한다는청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실관계가 나타난다.

(가) OOO의 2004사업연도 청구법인의 재무제표에 대한 감사보고서에는 2004사업연도말 쟁점아파트 건물 자산가액이 OOO원, 잔여 세대는 633세대이며, 재무제표 내용이 적정하다고 표기하고 있고, 청구법인은 2004년 이후 쟁점아파트를 2005년 2세대, 2011년 230세대, 2012년 350세대를 분양하였으며, 처분청이 가공매출원가로 본 쟁점①금액의 내역은 아래 <표>와 같고, 쟁점①금액의 상대계정은 가수금으로 계상되어 있다.

(나) 처분청이 당초 청구법인이 법인세 신고시 제출하고 OOO이 감사 적정의견을 표시한 2004사업연도 재무제표를 근거로 계산한2010사업연도말 기준 쟁점아파트의 세대당 건설원가 OOO에 토지 건설원가 OOO원을 더한 금액이고, 청구법인이 주장하는 세대당 건설원가 OOO이 1997년 승인한 건설원가 세대당 OOO원에 임대주택 분양전환에 따른 리모델링 공사비 OOO원을 더한 금액이다.

(다) 청구법인의 2007사업연도부터 2011사업연도까지의 전도금 계정별 원장에는 매년말 전도금 잔액 OOO원(쟁점②금액)을 보통예금계정인 예금자산으로 대체한 것으로 나타나고, 청구법인은 2012.6.29. 전도금에서 대체된 쟁점②금액을 자산가액의 상대계정인 가수금과 상계처리하였다.

(라) 청구법인의 정관 제36조(이사 및 감사의 보수와 퇴직금) 제2호에 ‘이사와 감사의 퇴직금의 지급은 주주총회 의결을 거친 임원퇴직금 지급규정에 의한다’라고 규정되어 있고, 2011.3.2. 임시주주총회를 개최하여 임원퇴직금 지급규정을 승인하였으며, 동 총회에 참석한 이사 OOO로 청구법인의 주주가 아닌 것으로 조사되었고, 동 임시주주총회의사록상 참여주식은 OOO으로 의사정족수에 미달하였다.

(마) 2013.4.30. 퇴직한 임원 OOO에게 퇴직금 지급시 임원퇴직금 지급규정 승인 내용인 직급별 가중치를 적용하지 않고 「근로자퇴직급여 보장법」을 준용하여 지급하였다.

(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실관계가 나타난다.

(가) OOO이 1997.6.10. ‘청구법인의 OOO 임대입주자 모집공고승인 신청 건에 대하여 검토결과 적합하다’는 취지의 승인 공문을 청구법인에게 발송하였으며, 붙임서류인 임대입주자 모집공고(안)에는 분양전환가격의 기초가 되는 임대주택 분양가가 OOO원(세대당)으로 기재되어 있다.

(나) OOO이 2003.3.31. ‘청구법인의 OOO 입주자 모집공고 승인 신청 건에 대하여 승인한다’는 취지의 승인 공문을 청구법인에게 발송하였으며, 붙임서류인 입주자 모집공고(안)에는 공급금액이OOO원(세대당)으로 기재되어 있다.

(다) 판결서(광주지방법원 2013.4.12. 선고 2011가합3543 판결)는 원고인 OOO 외 49명(쟁점아파트 임차인들)이 청구법인을 피고로 하여 분양전환가격OOO에는 쟁점아파트를 분양받을 수 없다며 제기한 소송으로 판결서상 쟁점아파트의 매출원가가 얼마인지는 명확히 나타나지 않는다.

(라) 청구법인은 쟁점아파트의 토지를 1993.3.18.부터 1993.5.1.까지 매매를 원인으로 취득하였고, 청구법인은 쟁점아파트의 토지에 대한 2개 감정평가기관OOO의 감정평가서를 제출하였는바, 동 평가서는 쟁점아파트 부지에 대한 택지비 산정을 목적으로 하고, 가격시점을 1993.5.18.로 하여 1993.9.2. 및 1993.9.3. 작성되었으며, 평가가격이 각 OOO되어 있는 반면, 청구법인이 장부상 계상한 토지가격은 OOO원으로 감정평가가격 평균액과 장부상 계상액의 차이는 OOO원으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점아파트의 분양수입금액에 대응하는 매출원가로 추가 계상한 쟁점①금액은 「임대주택법」에 의하여 구 건설교통부장관이 고시한 법정원가이고, 법원도 판결을 통해 인정한 원가이며, 쟁점아파트의 분양 전환 당시 리모델링 공사비 등을 감안한 실질 매출원가라고 주장하고, 처분청은 OOO이 1997년 및 2003년 각 승인한 쟁점아파트의 분양전환가격에는 적정이윤이 포함되어 있고, 청구법인이 견적서 등에 의해 임의작성한 금액에 대하여 주무관청이 단순히 승인한 것에 불과하여, OOO의 2004사업연도 청구법인의 감사보고서 등에 의해 작성한 쟁점아파트의 세대상 건설원가가 적정원가이므로 청구법인이 임의로 추가 계상한 쟁점①금액을 쟁점아파트의 매출원가로 인정할 수 없다는 의견인바,

청구법인이 제시한 OOO 승인 분양전환가격에는 적정 이윤이 포함된 것으로 조사된 점, 법원 판결서(광주지방법원 2013.4.12. 선고 2011가합3543 판결) 내용으로 쟁점아파트의 매출원가가 얼마인지를 알기 어려운 점 등에 비추어 쟁점①금액 전액을 쟁점아파트의 매출원가로 인정하기 어렵다 하겠다.

다만, 처분청이 산정한 매출원가로 매출이익률을 계산할 경우 그 이익률은 47.3%로 나타나는데, 이는 건설업계의 현실상 불합리해 보이는 점, 쟁점아파트의 토지 매입일로부터 6월내 2개의 감정평가기관이 평가한 감정평가 평균액이 OOO원인 것으로 나타나는 점, 청구법인은 시공사의 부도로 인하여 공사 중단, 현장사무소의 수해, 분양계약 해지로 사업폐지 위기에 처하여 토지매매 계약서류(일부 보관 중인 매매계약서도 매도상대방의 양도소득세 부담관계로 공시지가로 작성)를 분실하여 토지취득가액을 정확히 알 수 없어 1998년 아파트 완공 후 장부작성시 OOO원으로 임의 계상하였다고 주장하는 것으로 보아 OOO의 2004회계연도 감사보고서는 이러한 토지의 감정평가금액을 고려하지 않고 청구법인의 장부상 토지가액을 그대로 인정함으로써 결국 토지원가가 과소계상된 것으로 보이는 점, 쟁점임대아파트의 일반분양전환에 앞서 청구법인이 OOO에게 세대당 리모델링 공사비를 OOO원으로 인정하여 줄 것을 요구하였으나, OOO원만 인정하여 분양전환가격을 승인하여 주었다는 청구주장으로 보아 OOO이 리모델링 공사비를 분양전환가격에 포함하면서 이를 조정하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 2010사업연도말을 기준으로 쟁점아파트의 세대당 실질 건설원가(매출원가)로 평가한 OOO원은 토지원가 및 리모델링 공사비가 적정하게 반영되었다고 보기 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점아파트의 매출원가를 산정함에 있어 토지원가 및 리모델링 공사비가 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 각 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

한편, 청구법인은 처분청이 쟁점①금액에 대하여 손금불산입하고 유보로 소득처분한 것에 대하여 처분청의 조사일 현재 청구법인의 잔여자산가액이 OOO원에 불과한 것으로 보아 결손금 발생으로 사외유출된 것이 분명하므로 유보가 아닌 기타사외유출로 소득처분하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점①금액을 매출원가로 계상하면서 상대계정을 현금유출 없는 가수금으로 계상한 사실이 확인되므로 청구주장 사유만으로는 기타사외유출로 소득처분을 하여야 한다는 주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점②금액이 가지급금으로 가수금과 상계되어야 하며, 5년의 국세부과제척기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 2007년부터 2011년까지 이미 해지되어 실체가 없는 가공의 OOO에 각 사업연도말 전도금 잔액을 계속적으로 이체한 것으로 기장하여 온 점, 가공의 계좌에 법인의 자금을 이체한 것으로 허위 기장하여 부당하게 사외유출한 행위는 사기 그 밖의 부정한 행위로 볼 수 있는 점, 쟁점아파트 관련 토지매입비 OOO가 지출하였다는 입증자료의 제시가 없어 이를 대표이사 가수금으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점②금액을 가공예금으로 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 법인세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점③금액을 청구법인의 임원퇴직금 지급규정에 의해 적법하게 지급하였다고 주장하나, 임원퇴직금 지급규정을 제정한 청구법인의 2011.3.2.자 임시주주총회가 형식적 요건의 흠결이 있는 것으로 조사되어 동 임원퇴직금 지급규정을 유효한 규정이라고 보기 어려운 점, 대표이사에게만 동 규정을 적용하여 퇴직금을 지급하고 청구법인의 다른 임원에게는 동 규정을 적용하지 않았던 점 등에 비추어 처분청이 쟁점③금액을 부당하게 지급된 청구법인 대표이사의 중간퇴직금으로 보아 법인세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

마지막으로, 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 장부 및 증빙서류 보존기한의 경과로 장부나 증빙서류가 없고, 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하여 사업소득금액을 추계결정하여야 한다고 주장하나, 법인의 사업소득금액을 실지조사의 방법에 의해 경정함이 원칙이고, OOO이 작성한 2004사업연도 청구법인에 대한 감사보고서, 청구법인이 처분청에 신고한 법인세 신고내역, 쟁점아파트의 토지비에 대한 감정평가서 등을 근거로 쟁점아파트의 분양원가를 계산할 수 있으므로 추계결정 사유인 ‘소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하는 것으로 보기 어렵다 할 것이므로 사업소득금액을 추계결정하여야 한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 국세기본법

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

(2) 법인세법

제26조(과다경비 등의 손금불산입)다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5.제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제66조(결정 및 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

제68조(추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례) 제66조 제3항 단서에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조 제1호 및 제57조를 적용하지 아니한다. 다만, 천재지변 등으로 장부나그 밖의 증명서류가 멸실되어 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계하는경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 법인세법 시행령

제44조(퇴직급여의 손금불산입)④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1.정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

5. 제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산：취득 당시의 시가

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

제104조(추계결정 및 경정) ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1.소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여,기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나.귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는경우에 한한다.

(4) 상법

제368조(총회의 결의방법과 의결권의 행사) ① 총회의 결의는 이 법 또는 정관에 다른 정함이 있는 경우를 제외하고는 출석한 주주의 의결권의 과반수와 발행주식총수의 4분의 1 이상의 수로써 하여야 한다.

② 주주는 대리인으로 하여금 그 의결권을 행사하게 할 수 있다. 이 경우에는 그 대리인은 대리권을 증명하는 서면을 총회에 제출하여야 한다.

③ 총회의 결의에 관하여 특별한 이해관계가 있는 자는 의결권을 행사하지 못한다.

(5) 임대주택법 시행규칙(2003.6.27. 건설교통부령 제360호로 개정되기 전의 것)

제3조의3(매각가격의 산정기준) ① 영 제9조 제5항의 규정에 의한 공공건설임대주택 매각가격의 산정기준은 별표 1과 같다.

[별표 1] 공공건설임대주택 매각가격(분양전환가격)의 산정기준(제3조의3 관련)

1. 분양전환가격의 산정

가. 분양전환가격은 건설원가와 감정평가금액의 산출평균가액으로 한다.

나.분양전환가격은 임대주택의 건축비 및 택지비를 기준으로 분양전환 당시에 산정한 당해 주택의 가격(이하 “산정가격”이라한다)에서 임대기간중의 감가상각비를 공제한 금액을 초과할 수없다.

2. 항목별 산출방법

가. 건설원가

건설원가 ＝ 최초 입주자모집당시의 주택가격 ＋ 자기자금이자－ 감가상각비

(1) 최초 입주자모집당시의 주택가격

건축비 및 택지비를 기준으로 입주자모집승인권자가 산정한다.

(2) 자기자금이자

자기자금이자＝(최초 입주자모집당시의 주택가격－국민주택기금융자금－임대보증금과 임대료의 상호전환전 임대보증금)×이자율×임대기간

(가) 이자율 : 당해 임대주택의 임대개시일과 분양전환 당시 각각의 은행법에 의한 금융기관으로서 가계자금 대출시장의 점유율이 최상위인 금융기관의 1년만기 정기예금이자율의 산술평균이자율

(나) 임대기간 : 임대개시일부터 분양전환개시일 전일까지의 기간

(3) 감가상각비

계산은 임대기간중 법인세법시행령의 규정에 의한 계산방식에따른다.

나. 감정평가금액

분양하기로 결정된 날을 기준으로 2인의 감정평가업자가 평가한당해 주택의 감정평가금액의 산술평균금액으로 한다.

(1) 감정평가업자의 선정은 임대인과 임차인이 각각 1인씩을 선정하되, 임대인과 임차인이 선정하지 못할 불가피한 사유가 있는 때에는 관할 시장·군수가 선정한다.

(2) 감정평가에 필요한 비용은 임대인이 부담한다.

다. 산정가격

산정가격 ＝ 분양전환당시의 건축비 ＋ 입주자모집공고 당시의택지비 ＋ 택지비이자

ㅇ 택지비이자 ＝ 택지비 × 이자율 × 임대기간

이자율 및 임대기간의 계산은 자기자금이자의 계산과 같은 방법에 의한다.

라. 건축비 및 택지비

임대주택의 가격산정의 기준이 되는 건축비 및 택지비는 다음과같다.

(1) 건축비

(가) 건축비의 상한가격은 건설교통부장관이 따로 고시하는 가격(이하 “표준건축비”라 한다)으로 한다.

(나) 철골조로 건축하는 주택의 건축비는 표준건축비에 16퍼센트를 가산한 금액으로 한다.

(다) 주택사업자가 당해 주택의 시공 및 분양에 필요하여 납부한 보증수수료는 표준건축비에 포함할 수 있다.

(라) 사업계획승인권자로부터 최초 입주자모집공고에 포함하여승인을 얻은 지하층면적(지하주차장 면적을 포함한다)중 지상층 바닥면적 합계의 15분의 1까지는 표준건축비의 100퍼센트를 인정하고, 나머지 부분에 대하여는 표준건축비의 80퍼센트에 상당하는 금액을 건축비로 인정할 수 있다.

(마) 임대사업자는 임대주택의 건설과 관련된 법령 또는 조례 등의 개정으로 인하여 주택건설에 추가로 소요되는 비용은 이를 표준건축비에 가산할 수 있다.

(바) 임대사업자가 발코니샤시를 일괄시공하는 주택의 경우에는표준건축비의 5퍼센트를 가산할 수 있다.

(2) 택지비

(가) 국가·지방자치단체와 한국토지공사·대한주택공사 등 공공기관이 택지개발촉진법 등 법률에 의하여 개발·공급하는 택지(이하 “공공택지”라 한다)의 경우에는 그 공급가격

(나) 임대사업자가 공공택지외의 방법으로 취득 또는 보유하고있는 택지(이하 “사업자보유택지”라 한다)의 경우에는 최초 입주자모집공고전에 임대사업자의 비용부담으로 사업계획승인권자가 2인의 감정평가업자에게 의뢰하여 감정평가한 가격의 산술평균가격

(다) 공공택지의 택지비에 가산할 수 있는 항목은 다음과 같다.다만, 국가·지방자치단체·대한주택공사 또는 지방공사가 아닌 임대사업자의 경우에는 사업계획승인권자가 이를 사정하여 가산할 수 있다.

1) 택지를 공급받기 위하여 선수금·중도금 등 택지비의 일부또는 전부를 선납한 경우에는 선납일 이후 입주자모집공고일부터 6월까지의 택지대금에 대한 기간이자. 이 경우 기간이자는 최초 입주자모집공고 당시의 은행법에 의한 금융기관으로서 가계자금 대출시장의 점유율이 최상위인 금융기관의 1년만기 정기예금이자율을 적용하되, 일할계산한다.

2) 제세공과금·등기수수료 등 필요적 경비

3) 그밖에 택지와 관련된 것임을 증명할 수 있는 비용

(라) 사업자보유택지의 택지비에 가산할 수 있는 항목은 다음과같다. 이 경우 감정평가가 가능한 항목은 감정평가에 포함하여 감정평가하고, 감정평가가 곤란한 항목은 사업계획승인권자가 사정하여 가산할 수 있다.

1) 「주택건설촉진법」 제36조의 규정에 의하여 사업시행자가 부담하는 간선시설의 설치비용

2) 진입도로개설에 편입되는 사유지의 감정평가가격

3) 지장물의 철거비용

4) 기타 택지와 관련된 것을 증명할 수 있는 비용