청구인은 ’91.6.27 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 대지 390.9㎡에 근린생활시설 및 업무시설인 지하 2층, 지상 5층 건물 1,743.33㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 건축허가를 받아 ’91.8.20 청구외 주식회사 OO건설과 128,000,000원에 공사계약을 체결하여 ’92.10.29 준공(이하 “1차공사”라 한다)하였고, ’92.12.1 청구외 OO건설 주식회사와 쟁점건물 6·7층 증축(94평) 공사계약을 188,000,000원에 체결하고 같은달 위 OO건설주식회사와 조적 및 미장공사계약을 156,000,000원에 체결하여 ’93.6.18 준공(이하 “2차공사”라 한다)하였다.

청구인은 ’93.4.25 ’93.1기 부가가치세 예정신고시 청구외 OO건설주식회사로부터 ’93.1.15 ～ 동년 3.6까지 교부받은 3건의 세금계산서(공급가액 344,000,000원, 매입세액 34,400,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 포함한 매입세액 53,415,360원을 환급신청하였으나, 처분청은 청구인이 신고한 매입세액은 ’92.10.29 준공한 1차공사에 대한 매입세액으로서 공급시기가 사실과 다르다고 보아 ’93.5.16 청구인의 매입세액의 환급신청을 배제하고 (’93.1기 예정부 부가가치세 가산세) 5,341,530원을 부과하였다.

청구인은 이에 불복하여 ’93.7.15 이의신청, ’93.10.12 심사청구를 거쳐 ’94.1.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장과 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점건물을 ’91.6.27 건축허가를 득하여 ’92.10.29 준공하였으나 쟁점건물에 하자가 발생하여 ’92.12.1 청구외 OO건설주식회사(이하 “OO건설”이라 한다)와 위 하자부분에 대한 보수공사와 증축공사(6, 7층)를 각각 156,000,000원과 188,000,000원에 계약을 체결하여 ’93.6.18 공사를 완료하고, 이에 대한 쟁점세금계산서 3건 344,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 교부받아 ’93.1기 예정신고시 환급신고를 하자, 처분청에서는 쟁점금액은 1차공사시에 제공한 용역으로 ’92.10.29 이미 완료된 공사인데도 ’93.1기에 교부받아 제출한 세금계산서로 부가가치세법 제17조 제2항의 사실과 다른 세금계산서로 보아 환급세액 배제하고, 가산세 고지한 데 대하여 청구인은 쟁점금액을 청구외 OO건설로부터 하자보수공사와 증축공사에 대한 매입세금계산서로 정당하게 수취한 세금계산서이므로 당초 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구인은 쟁점건물을 ’91.8.20 청구외 주식회사 OO건설(이하 “OO건설”이라 한다)과 도급계약을 체결하고, 공사를 하여 ’92.10.29 준공하고 준공후 하자보수공사와 증축공사를 청구외 OO건설과 계약하고 공사를 완공하였다고 하면서 계약서를 제시하고 있으나, 처분청이 당초 환급조사시 쟁점건물을 공사한 청구외 OO건설(대표 OOO)의 전무이사 OOO이 서명 날인한 확인서를 보면 청구인은 ’91.9월경부터 쟁점건물의 1차공사시 조적공사와 미장공사를 하였으며, ’92.12월부터 증축공사를 시작하여 ’93.5.4 확인일 현재까지 공사진행이 80% 정도라고 하고 있고, 청구외 OO건설에서 발행한 세금계산서의 내용 또한 조적공사 및 미장공사라고 기재되어 있으며, 처분청의 조사서에서 청구인은 증축공사분에 대하여 ’93.5.4 현재까지 세금계산서 수취한 사실이 없다고 하고 있어, 청구인이 쟁점금액이 ’93.1 ～ ’93.3월까지의 공사분에 해당한다고 주장하는 것은 이유없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액불공제 대상인지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

용역의 공급시기를 규정하고 있는 부가가치세법시행령 제22조 제1호에 의하면 통상적인 공급의 경우에는 역무의 공급이 완료된 때를 공급시기로 규정하고, 그 제2호에 완성도기준지급, 중간지급, 연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 본다고 규정하고 있고, 같은법 제9조 제3항에서 용역의 공급시기 도래하기 전에 세금계산서를 교부한 경우에는 그 교부하는 때를 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있으며, 같은법 제17조 제2항 제1호에 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항(예정 및 확정신고시 제출)의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다. 이하 같다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계를 보면

청구인은 쟁점건물의 1차공사(지하 2층, 지상 5층)를 ’91.8.20에 청구외 OO건설과 공사기간은 ’91.9.1 ～ ’92.7.31로, 공사금액은 128,000,000원(부가가치세 별도)에 계약하여 ’92.10.29 준공하였고, 쟁점건물의 2차공사(지상 6, 7층)를 ’92.12.1 청구외 OO건설과 공사기간은 ’92.12.10 ～ ’93.5.15로, 공사금액은 188,000,000원(부가가치세 별도)에 계약하여 ’93.6.18 준공하였는 데 이와 별도로 청구인은 ’92.12 청구외 OO건설과 쟁점건물의 미장공사 및 조적공사에 대한 건설공사 하도급계약을 공사기간은 ’92.12.15 ～ ’93.5.15로 공사금액은 156,000,000원에 체결한 사실이 있다.

청구인은 청구외 OO건설로부터 ’93.1.15자 공급가액 120,000,000원, 동년 2.27자 공급가액은 84,000,000원, 동년 3.6자 공급가액 140,000,000원 3건 합계 344,000,000원의 쟁점세금계산서를 교부받아 ’93.1기 부가가치세 예정신고시 이를 신고하면서 동 매입세액 34,400,000원의 환급을 신청한 사실이 있다.

라. 청구인은 쟁점세금계산서의 매입세액은 1차공사후 하자가 발생되어 ’92.12.1 청구외 OO건설과 1차공사의 하자부분에 대한 보수공사와 2차공사를 각각 156,000,000원 및 188,000,000원에 계약하여 ’93.6.18 완공하였으나 공사대금은 미리 지급하고 교부받은 세금계산서이므로 정당한 매입세액이라고 주장하는 반면, 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액은 ’92.10.29 준공한 1차공사의 매입세액이므로 이는 사실과 다른 매입세액으로 매입세액 불공제 처분을 하였는 바, 이를 살펴보면,

(1) 청구인은 쟁점세금계산서의 공급가액 344,000,000원중 156,000,000원은 ’92.12. 청구외 OO건설과 계약한 1차공사의 하자보수공사의 대금이라고 하면서 건설공사하도급계약서를 제출하고 있으나 그 계약서에 공사명은 미장공사·조적공사로, 하도급공사명은 기타 부대노임공사로 되어 있어 하자보수공사가 아님을 알 수 있고, ’93.5.4 처분청 조사시 청구외 OO건설의 전무이사 OOO의 확인서에 의하면 청구외 OO건설은 1차공사시 조적공사 및 미장공사만 하였다고 확인한 점에서 위 공사대금은 ’92.10.29 준공된 OO건설의 1차공사의 대금으로 보이므로 이부분 청구주장은 신빙성이 없다.

(2) 청구인은 쟁점세금계산서의 공급가액 344,000,000원중 188,000,000원은 ’93.6.18 완공한 2차공사의 공사대금이라고 주장하고 있는바 이를 살펴보면 청구인은 ’92.12.1 청구외 OO건설과 제2차공사를 188,000,000원에 계약하여 ’93.6.18 준공검사 받은 사실이 공사도급계약서 및 준공검사서에 의하여 확인되고 있고 청구외 OO건설의 전무이사 OOO의 위 확인서에서도 청구외 OO건설은 ’92.12.10부터 2차공사(증축공사)를 전공사 94평을 도급받아 ’93.5.4 현재 공사진행(공정율 약 80%)하고 있음을 확인하고 있으며, 청구외 OO건설의 부사장인 OOO은 ’94.1.15 진술서에서 OO건설이 2차공사를 188,000,000원에 계약하여 사실상 공사가 ’93년 3월말경 완료되었다고 진술하고 있으므로 이를 모아 보면 청구외 OO건설이 제2차 공사를 188,000,000원에 시공한 사실은 확인되고 또한 세금계산서를 공급시기 이전에 교부받은 경우에도 적법한 세금계산서에 해당되므로 쟁점세금계산서 공급가액 344,000,000원중 188,000,000원은 제2차 공사의 공사대금이라는 청구주장은 신빙성이 있어 보인다.

(3) 그러나 쟁점세금계산서는 1차공사대금과 2차공사대금을 합한 344,000,000원에 대하여 3건으로 발행된 관계로 1차공사분과 2차공사분으로 구분하기 어려우나 ’93.1.15자 120,000,000원과 동년 2.27자 84,000,000원중 36,000,000원, 합계 156,000,000원은 1차공사 대금으로 보이고, 동년 2.27자 나머지 48,000,000원과 동년 3.6자 140,000,000원, 합계 188,000,000원은 2차공사 대금으로 보인다.

따라서 이건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.