가. 청구인은 1987.8.27. OOO동 925-5 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하였다가 종전주택을 헐고 다세대주택(6세대)을 신축(착공일자 2002.3.5., 사용승인일 2002.9.10., 이하 “신축주택”이라 한다)하여 2010.12.27. 조OOO에게 OOO백만원에 양도하고 2011.1.31. 양도소득세 예정신고를 하면서 「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득금액 OOO원에 대한 산출세액 OOO원 중 OOO원에 대하여 감면을 신청하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 「 조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여2012.2.10. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였고, 농어촌특별세 OOO원은 환급결정하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2011.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」 제99조의 3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정의 감면소득금액 계산산식은 아래와 같은바, 당해규정은 취득일로부터 5년간 양도소득금액에 대한 감면규정을 적용함에 있어 보유기간동안의 양도소득금액 총액을 경과기간별 양도차익으로 안분계산하여 감면하도록 규정하고 있는바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액과 신축주택취득일로부터 5년이되는 날까지의 양도소득금액에 대해 감면함이 정당하다.

(2) 양도소득세 예정신고한 종전주택의 취득가액 OOO원 및 필요경비 OOO원은 당초 신고내용대로 신축주택의 필요경비로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「 국세기본법」 제18조에 따르면 세법의 해석 및 적용에 있어서 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하여야 하며, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 및 관행에 의한 행위 또는 계산을 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의해 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있는바, 「조세특례제한법」 제99조의 3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 ① 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 명확히 규정되어 있고, 조세심판원의 선결정례 조심 2010서2935(2011.6.30.) 등에서 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 결정하고 있으며, ② 입법취지 및 합목적성(침체된 주택시장 활성화)에 비추어 종전주택을 취득하여 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 감면세액은 신축된 주택의 5년내 양도소득금액만 감면에 해당하고, 종전주택 취득시점부터 신주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면배제하여 감면세액을 산정함이 타당하다.

(2) 건축물과 부수토지를 함께 취득하여 상당기간동안 사용하다가 양도하는 경우로서 자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 멸실된 건축물의 취득가액은 양도자산의 양도가액과 직접 대응되는 비용으로 볼 수 없으므로 필요경비에 산입되지 않는 것(재산46014-541, 2000.5.3.)이고, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 또는 토지의 이용편의를 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이 있었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한하는 것인바(대법원 89누53,1990.01.25), 종전주택(건물 83.38㎡)을 1987.8.27 취득하여 보유하다가 2002.03.06. 종전주택을 멸실하고 2002.09.10. 새로운 다세대주택을 신축하여 임대하다 양도한 이건의 경우, 당초부터 토지만을 이용하려는 목적이 있었다고 보기 어려우므로 멸실된 종전주택의 취득가액 및 필요경비를 신축주택의 토지취득가액에 산입하여 양도차익을 산정해야한다는 청구인의 주장은 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「 조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부

② 종전주택의 취득가액 및 필요경비를 신축주택의 취득가액에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만,해당 신축주택이 「소득세법」제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2.자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2)조세특례제한법 시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등】①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 1987.8.27. 종전주택을취득하였고, 재건축으로 인해2002.9.10.신축주택을취득하여 보유하다가 2010.12.27. 양도하고2011.1.31.실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후 「 조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 「조세특례제한법」 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아이 건 양도소득세를 과세하였다.

(나)청구인의 경우, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은2007.9.9.임이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(다)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 「조세특례제한법」 제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있고, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「 조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 회신하고 있다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다.

(가)청구인은처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석한 것으로평등의 원칙에 위반되고,

감면소득금액 계산산식에 의하면 아래 <표> 등에서 보듯이 토지 취득일부터 신축주택 취득일까지 양도소득금액(A)과 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지 양도소득금액(B)은 감면대상소득금액이고 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날부터 양도일까지의 양도소득금액(C)은 과세대상 소득이라고 주장하고 있다.

<표>

①

②

③

④

토지취득일

신축주택 취득일

②의 날로부터

5년이 되는 날

양도일

또한, 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)에서도 위 산식 적용에 있어서 “취득당시” 또는 “취득일”을 “신축주택 취득일”로 보고 있으며, 이와 같은 계산에 의하면 당초 취득일로부터 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대하여는 감면이 적용된다 할 것임으로 처분청이 「조세특례제한법」 제99조의 3 규정의 감면에 대하여 2000년 법제정 이래 계속 청구인의 주장과 같은 생각으로 법적용을 하다가 최근 2011년에 와서 갑자기 태도를 바꿔 해석사례 등을 근거로 과세하는 것은형평성에 어긋나는 것으로 평등의 원칙에 위반된다고 주장하고 있다.

(나)그러나 「 조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 의하면신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때,신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다고 할 것이어서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(서울행정법원 2012.3.9. 선고 2011구단27363 판결 참조, 조심 2010서2935. 같은 뜻).

(3) 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은종전주택의 취득가액 OOO원 및 필요경비 OOO원을 신축주택의 양도시 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있다.그러나 청구인이 1987.8.27. 종전주택을 취득하였다가 멸실하고, 2002.9.10. 신축주택을 취득하여 임대하다가 양도하였으므로 멸실된 종전주택의 취득가액은 신축주택의 양도가액과 직접 대응되는 비용으로 볼 수 없어 신축주택의 취득가액에 산입하여 양도차익을 산정해야한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.