처분청 중 ○○시 ○○구청장은 학교법인인 청구인이 1996.7.24. 및 1997.12.24. ○○시 ○○구○○동○○번지외 5필지 토지 846.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 그 중 진입로로 사용중인 토지와 배구부숙소로 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한 529.9㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)를 정당한 사유없이 취득일로부터 유예기간 3년 이내에 학교용에 직접 사용하지 아니하였으므로 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 이 사건 쟁점토지의 취득가액(919,917,376원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 22,078,000원, 농어촌특별세 2,023,810원, 등록세 33,117,020원, 교육세 6,071,450원, 합계 63,290,280원(가산세 포함)을 2001.11.15. 부과고지하였고, ○○시○구청장은 청구인의 ○○시○구○○동○○번지 소재 사무소(이하 “이 사건 사무소”라 한다)에 대하여 출자금이 50억원을 초과하는 법인으로서 종업원이 100인 이하인 법인이므로 법인균등할 주민세 세율이 200,000원에 해당하는데도 기타 법인에 해당하는 것으로 보아 1997년도부터 1999년도까지 3개 연도분 법인균등할 주민세를 과소부과한 사실을 확인하고, 이 사건 사무소에 대하여 과소부과한 3개 연도분 법인균등할 주민세 450,000원, 교육세 112,500원, 합계 562,500원을 2001.10.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

첫째, 청구인이 1994년경 소속학교인 ○○고등학교와 ○○공업고등학교를 이전 및 확장하기로 결의하고, 이 사건 토지와 연접한 토지를 취득하여 우선 2000.12.26. ○○고등학교를 신축하여 이전하였으며, ○○공업고등학의 확장 공사가 진행중인 상태로서, ○○고등학교의 이전과 관련하여 ○○시 교육청으로부터 학교시설사업계획 승인과 ○○시로부터 도시계획심의 결정을 받으면서 기존 진입도로 부지가 폭 6m로 협소하므로 학생들의 원활한 통학을 위하여 진입도로를 폭 8m로 확장할 것을 조건으로 하여 승인을 받았으며, 이러한 승인조건에 따라 진입로 확장을 위하여 이 사건 토지와 그 지상의 주택 6가구를 취득한 후, 지상 주택중 진입로 개설에 장애가 되지 않는 1가구는 배구부 학생들의 숙소로 사용하고, 나머지 5가구의 주택을 철거하고 그 토지중 일부는 진입로를 조성하였고, 나머지 토지인 이 사건 쟁점토지는 학교의 교직원용 주차장으로 사용하고 있는 것으로서, 학교의 이전과 관련하여 진입로를 개설할 목적으로 취득한 토지중 일부를 진입로로 사용하고 나머지는 교직원 주차장으로 사용하고 있으므로 이는 교육용에 사용하고 있는 토지에 해당된다고 보아야 할 뿐만 아니라, 설령 교육용으로 사용하고 있다고 인정할 수 없다 하더라도 진입로 개설을 위하여 이 사건 토지를 취득하면서 지상 건축물이 있는 이 사건 토지를 진입로에 해당하는 토지만 분리하여 취득할 수 없어 부득이 하게 일괄 취득하였다가 일부는 진입로로 개설하고 남은 잔여지인 이 사건 쟁점토지를 택지취득허가를 받은 대로 주차장으로 사용하고 있는 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로, ○○시 ○○구청장이 이 사건 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하며,

둘째, ○○시 ○구청장은 청구인의 법인사무소인 이 사건 사무소에 대하여 청구인이 자본금이 50억원을 초과하는 법인으로 보아 법인균등할 주민세를 추가로 부과고지하였으나, 지방세법 제176조 제1항 제2호에서 법인균등할 주민세의 세율의 구분기준이 되는 법인의 자본금 또는 출자금이라 함은 상법 또는 민법상의 영리법인에게 적용할 수 있는 것으로서, 청구인과 같은 비영리법인은 법인등기부상 이러한 자본금 또는 출자금으로 등기되어 있지 않고, 기부 또는 출연받은 자산의 총액만이 등기되어 있을 뿐으로서, 이러한 법인등기부상 자산의 총액을 영리법인의 자본금 또는 출자금에 해당된다고 볼 수 없다 하겠으며, 행정자치부의 유권해석 사례에서도 청구인과 같은 학교법인을 기타 법인으로 본다고 해석하고 있는데도, 처분청이 등기부상 자산의 총액을 기준으로 법인균등할 세율을 적용한 것은 부당하며, 설령 자산총액을 기준으로 한다 하더라도 비영리법인인 학교법인의 교육용 기본재산을 제외한 수익용 기본재산으로만 판단하여야 할 것이며, 청구인의 수익용 기본재산은 25억원 정도이지만 수익사업과 관련한 종업원이 전혀 없는 기타 법인에 해당된다고 보아야 할 것으로서, ○○시 ○구청장이 이 사건 사무소에 대하여 법인균등할 주민세를 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구는 첫째, 학교법인이 진입로 개설목적으로 취득한 토지 중 진입로 개설후 잔여부지를 교직원 주차장으로 사용하는 것이 교육용에 사용하는 지 여부 및 정당한 사유가 있는 지 여부와 둘째, 법인균등할 주민세 세율적용이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)의 취득에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자를 비영리사업자로 규정하고 있으며, 지방세법 제176조 제1항 제2호에서 자본금 또는 출자금액과 종업원수에 따라 법인균등할 주민세율을 구분하면서 자본금액 또는 출자금액 50억원을 초과하는 법인으로서 과세기준일 현재 당해 사무소 등의 종업원수가 100인 이하인 법인과 자본금액 또는 출자금액 30억원 초과 50억원 이하인 법인으로서 과세기준일 현재 당해 사무소 등의 종업원수가 100인을 초과하는 법인의 사무소에 대하여는 200,000원의 법인균등할 주민세를 부과하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1994.7.30. 소속학교인 ○○고등학교를 이전하고, ○○공업고등학교는 확장하기로 이사회에서 의결한 후 학교이전 및 확장사업을 추진하는 과정에서, ○○시장은 1995.6.12. 도시계획시설 변경결정 및 지적승인을 하면서 폭 8m의 도로를 개설하도록 하였고, 같은 해 12.6. ○○시교육감은 학교시설사업 시행계획 승인(○○고등학교 이전, ○○공업고등학교 확장)을 하면서 승인조건에 폭 8m의 도로를 병행개설하도록 하고 교통영향평가 결과를 반영하도록 하였으며, 이러한 승인조건에 따라 청구인은 진입로를 확장할 목적으로 1996.6.14. 택지취득허가를 신청하면서 이 사건 토지중 진입로에 편입되는 토지는 기부채납하고, 나머지 잔여토지는 주차장 등으로 사용할 계획이라고 사용계획서를 제출하여, 같은 해 6.26. 택지취득허가를 받고, 이 사건 토지상의 건축물 6개동 중 진입로 확장에 장애가 되지 않는 1개동의 건축물을 제외한 5개동을 철거하고 진입로 확장공사를 하였고, 진입로 확장후 남은 잔여지인 이 사건 쟁점토지는 나대지 상태로 주차장으로 사용하고 있음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있고, 또한 청구인의 법인등기부상 자산의 총액으로 15,819,559,920원이 등기되어 있음을 알 수 있다.

이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면,

첫째, 청구인은 학교 진입로를 확장할 목적으로 취득한 토지 중 진입로 확장 후 잔여지를 취득목적대로 교직원 주차장으로 사용하고 있으므로 교육용에 직접 사용하는 토지에 해당될 뿐만 아니라 진입로 확장을 위하여 부득이하게 이 사건 토지를 모두 취득할 수 밖에 없었던 점을 고려하면 정당한 사유가 있는 경우에도 해당된다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인이 특별히 학교 구외에 주차장을 확보할 필요성이 있다는 등의 사정이 없이 진입로 확장 후 잔여부지를 나대지 상태로 일부 교직원들이 차량을 주차하고 있다고 하여 이러한 토지를 교육용에 사용하는 토지로 인정하기는 어렵다 하겠으며, 또한 이 사건 쟁점토지는 소속 학교를 이전 및 확장하는 사업추진과정에서 허가조건을 충족하기 위하여 진입로를 확장할 목적으로 취득하여 진입로 확장후 남은 잔여지로서, 취득세 등 비과세 대상인지 여부를 판단함에 있어서 정당한 사유라 함은 학교용으로 사용할 목적으로 취득한 토지를 불가피하게 유예기간내에 사용하지 못한 경우를 말하는 것으로 보아야 할 것으로, 이 사건 쟁점토지는 처음부터 학교용으로 사용할 목적으로 취득한 토지라고 볼 수는 없으므로, 이러한 토지를 유예기간내에 학교용에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부가 개입될 여지가 없이 취득세 등 추징대상에 해당된다고 보아야 할 것으로서, 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며,

둘째, 등기부상 자산의 총액만 등기되어 있을 뿐 자본금이나 출자금이 없으므로 기타 법인에 해당되는 법인균등할 세액을 부과하여야 할 뿐만 아니라 설령 자산의 총액을 기준으로 한다 하더라도 수익사업용 재산을 기준으로 하여야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 지방세법 제176조 제1항 제2호에서 법인균등할 세율을 규정하면서 법인의 자본금액 또는 출자금액과 종업원수를 기준으로 구분하여 세율을 차등적용하도록 규정하고 있고, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 엄격하게 해석하여야 할 것으로서, 비영리재단법인으로서의 성격을 갖고 있는 학교법인의 경우 자본금이나 출자금이 있을 수 없으므로 이러한 자본금이나 출자금이 없는 학교법인에 대하여 출연금에 해당하는 자산의 총액을 법인등기부상 등기하고 있다고 하여 이를 기준으로 법인균등할 주민세를 부과할 수는 없는 것이라 하겠으므로, 학교법인의 경우 자본금이나 출자금이 없는 기타 법인에 해당된다고 보아야 할 것으로서, 처분청이 자산의 총액을 기준으로 법인균등할 주민세를 부과고지한 처분은 잘못이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 1. 28.

행 정 자 치 부 장 관