가. 청구법인은 1960.12.27.부터 OOO에서 건설업, 주택신축판매업 등을 영위하는 법인으로, OOO와 2003.4.21. 체결한 OOO에 따라 25년간(2003.4.21.～2029.4.21.) 토지사용료를 지급하고 OOO을 개발․운영할 수 있는 권리를 취득한 후 동 사업을 시행하기 위하여 2003.6.17. OOO 주식회사(청구법인 지분 100%, 이하 “OOO”라 한다)를 설립하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.3.13.부터 2018.5.31.까지 청구법인에 대하여 법인통합조사를 실시하고 다음과 같은 조사내용 등을 처분청에 통보하였다.

(1) 청구법인은 2014.7.3. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에 OOO 발행주식 OOO를 OOO에 양도하는 내용의 양해각서를 체결하였으나, 이와 달리 2014년 12월 OOO의 유상감자(총 발행주식의 65%로, 감자대가는 OOO에 사모신종자본사채를 발행하여 조달하였으며, 이하 “쟁점유상감자”라 한다)를 실시하여 OOO가 청구법인에게 감자대가로 OOO을 지급하고, 유상감자 후 잔여주식OOO의 49%OOO를 OOO이 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에 운용을 위탁하고 있는 펀드인 OOO(이하 “OOO 펀드”라 한다)에 OOO원에 양도(1주당 OOO원으로, 이하 “쟁점잔여주식양도”라 하고, 쟁점유상감자와 합하여 “쟁점거래”라 한다)한 후 쟁점유상감자 대가를 지급받음에 따라 발생한 의제배당액 OOO원 중 「법인세법」제18조의3 제1항의 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하여 산정된 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금불산입하여 법인세를 신고하였는바, 조사청은 쟁점유상감자 대가는 사실상 주식양도 대가에 해당한다고 보아 쟁점금액을 익금산입하였다.

(2) 청구법인은 2013년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 16개 공동주택의 신축공사를 도급받아 시공하면서 세대별 발코니확장공사용역(이하 “쟁점발코니확장공사”라 한다)을 함께 공급하고 이를 국민주택규모(전용면적 85㎡ 이하)의 주택건설에 부수되는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 부가가치세 신고시 과세표준에 포함하지 아니하였으나, 조사청은 쟁점발코니확장공사가 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 관련 공급가액 OOO원을 부가가치세 과세표준에 포함하였다.

다. 처분청은 조사청의 과세자료에 따라 2018.7.4. 청구법인에게 법인세 합계 OOO을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래는 다른 거래당사자들의 의사를 반영하여 정상적으로 이루어진 거래임에도, 처분청이 조세회피 목적으로 이루어진 것이라는 이유로 쟁점금액에 대하여 수입배당금 익금불산입 규정을 적용한 처분은 부당하다.

(가) 청구법인은 2012년부터 2년 연속 적자가 발생하였고, 2014년 9월 당기순손실이 OOO원으로, 적자가 예상되는 상황이었는바, 3년 연속 적자가 발생할 경우 신규자본 조달 및 기존 차입금의 연장이 사실상 불가능하고, 유가증권시장 상장법인인 청구법인은 관리종목으로 지정될 위기에 처해 있었으며, 이에 2011～2015사업연도 중 OOO원에 이르는 주요 우량자산을 매각하고 300여명을 구조조정하며, OOO원 규모의 상환전환우선주를 발행하는 등 재무구조 개선을 위해 노력하였고, 2014년내 흑자전환을 위하여 OOO원 이상을 조달하고자 OOO 주식매각을 추진하였다.

(나) 청구법인과 OOO 간에 2003.4.21. 체결한 OOO에 의하면, 출자자 지분율을 10% 이상 변경시 OOO의 사전승인을 받아야 하고(제12조 제4항), 이를 위반할 경우 OOO가 시행자에게 서면통지로 사업기간의 만료 이전에 협약을 해지하고 사업시행자 지정의 취소 등 처분을 할 수 있다(제37조 제1항 제8호)고 규정하고 있으며, OOO 정관 제13조에서 “주식을 양도하고자 하는 주주는 양도의 상대방 및 양도하고자 하는 주식의 수를 기재한 서면을 가지고 이사회의 승인을 받아야 한다”고 규정하고 있는바, 청구법인은 당초 OOO 주식의 100% 매각을 추진하였으나, 승인권을 가지고 있는 OOO가 OOO의 안정적인 경영을 위하여 청구법인이 계속 참여할 것을 요구하면서 OOO의 충분한 자기자본의 확보 및 타 민간휴게소 사업자들의 경영권 양도를 억제하기 위하여 청구법인이 OOO 보유주식을 100% 매각하는 것을 반대하였다.

(다) OOO는 당초 주식의 양도에 반대하였으나, 청구법인이 재무구조 개선에 실패할 경우, OOO에 OOO원 정도를 대출한 채권자인 OOO은행 주식회사(이하 “OOO은행”이라 한다)가 OOO 주식에 설정한 질권을 행사하여 OOO 주식을 양도할 수 있다는 점을 알게된 후 협상에 나서게 되었고, OOO의 요구사항인 청구법인의 OOO 대주주 유지를 전제로 논의가 진행되었다.

(라) 쟁점거래 논의시 OOO은 투자를 통하여 투자금을 안정적으로 회수(주식보다 선순위인 사채 발행)하고 유상감자 및 사채발행을 통하여 OOO의 재무구조를 개선하며, 이자 및 배당 수취를 통하여 안정적으로 수익을 창출(경영성과와 연동하여 이자와 최저수익을 보장)하고자 하였는바, 결국 OOO과 OOO 간 협상을 통하여 신종자본사채를 발행OOO하여 기존 OOO은행으로부터 대출받은 대출금을 상환OOO하고, 남은 재원 등으로 쟁점유상감자를 실시하며 쟁점유상감자 후 잔여주식의 49%를 OOO 펀드에 양도하는 쟁점거래가 이루어졌다.

(마) 처분청은 쟁점거래가 조세를 회피할 목적이 있었다는 의견이나, 청구법인은 당시 세무상 이월결손금이 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원으로, 협상에서 열위인 청구법인의 법인세 절감은 거래구조 결정시 고려대상이 아니었고, 2015사업연도 법인세가 일부 과세된 것은 다른 세무조사시 2014사업연도를 귀속시기로 하여 처리한 대손금의 귀속시기가 2009사업연도로 조정된데 기인한 것으로 이러한 세무조정이 없었다면, 2015사업연도에도 법인세가 과세될 가능성이 없었으며, 쟁점거래를 통해 청구법인에게 유입된 현금이 당초 양해각서 작성시에 약정한 OOO원과 동일한 것은 2014사업연도말까지 조달해야 하는 목표금액이 OOO원이었기 때문이며, 신종자본사채 발행과 유상감자를 병행하는 거래형태는 OOO이 OOO 등 다른 사회간접자본 투자시 사용하는 방식이었을 뿐 청구법인의 조세절감목적과는 관련이 없다.

(바) OOO가 신종자본사채 발행을 통해 유상감자를 하였다고 할지라도 이는 앞서 설명한 바와 같이 OOO와 OOO의 사업상 필요(OOO은행 대출금 상환, 자본비율 유지, 안정적 수익 확보 등)로 인해 발행되었고, 조세심판원(조심 2010서2645, 2011.3.29.)도 “차입금 재원의 유상감자는 통상적으로 용인되므로 지급이자가 손금에 해당한다”고 결정한바 있으므로 이를 이유로 조세회피목적이 있었다고 보기 어렵다.

(2) 쟁점발코니확장공사는 국민주택 건설용역에 포함되어 일괄 시공되었으므로 부가가치세 면제대상이다.

(가) 아파트 신축공사의 시공사인 청구법인은 시행사에게 주택건설용역을 제공하면서 쟁점발코니확장공사를 본공사에 포함하여 일괄계약한 후 총 도급액을 산정하여 시공하였고, 계약금액이 변경될 경우 발코니확장공사 대금을 별도로 구분하지 아니하고 일괄적으로 변경하였으므로 쟁점발코니확장공사는 국민주택건설용역의 공급으로 보아 부가가치세 면제대상으로 봄이 타당하다.

(나) 처분청은 「주택법」상 발코니확장공사가 최종소비자인 수분양자의 선택에 따라 공급된다는 의견이나, 이는 시행사와 수분양자 간의 계약에 적용되는 것이고, 최종소비자인 수분양자가 선택한 발코니확장공사가 부가가치세 과세대상이라면, 중간단계의 사업자에 불과한 청구법인에게 부가가치세를 과세할 경우, 청구법인과 최종소비자에게 이중으로 부가가치세를 부과하는 결과를 초래한다.

(다) 설령, 쟁점발코니확장공사가 과세대상이라 할지라도 처분청은 16개 공사 중 12개 공사에 대하여 본공사와 발코니확장공사의 원가 조차 구분이 어려워 시행사의 건물분 총 분양가액 대비 시행사와 수분양자 간의 발코니확장공사비를 안분계산하여 쟁점발코니공사용역의 도급금액을 산정하였으나, 이는 근거과세원칙에 반하므로 공급가액의 산정근거가 명확하지 아니한 12개 공사와 관련된 부가가치세 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 주식양도거래를 쟁점유상감자와 쟁점잔여주식양도거래로 변경하여 쟁점금액을 익금불산입한 것은 조세회피목적으로 우회거래한 것이다.

(가) 청구법인은 2014.7.3. OOO이 OOO 지분 100%를 OOO원에 매각하는 양해각서를 체결하였으나, 이와 달리 OOO가 OOO에 신종자본사채를 발행하여 자금을 조달한 후 유상감자를 통해 청구법인에게 감자대가 OOO원을 지급하고, 감자 후 나머지 주식의 49%를 OOO에게 OOO원에 양도하였는바, 변경된 거래방식을 통해 청구법인에게 유입된 금액은 당초 양해각서상 약정한 계약금액OOO과 동일하고, 쟁점유상감자 및 쟁점잔여주식양도 대가는 객관적인 방법에 의해 평가된 것이 아니라, 당초 OOO 주식지분 100%를 매각하였을 때와 동일한 현금이 청구법인에게 유입되도록 역으로 산정되었다.

(나) 청구법인이 당초 OOO과 체결한 양해각서에 의하면, 청구법인이 OOO원을 100% 출자하여 운영자회사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)를 설립하고, OOO는 OOO와 책임임대차계약을 체결하여 임대보증금 OOO원을 OOO에 지급하도록 약정하였는바, 거래형태를 변경하여 쟁점거래를 하면서도 당초 양해각서 작성시 약정한 위 책임임대차계약을 그대로 승계하였다. 즉, 당초 주식양도계약이 쟁점거래로 변경된 후에도 청구법인에게 입금되는 현금유입액, 부수적인 합의사항은 그대로 유지된 것이다.

(다) OOO 펀드가 OOO의 신종자본사채를 인수하고 쟁점유상감자와 쟁점잔여주식양도 등이 독립적으로 발생한 것이 아니라, 사전 준비를 거쳐 동시에 진행되었고, 특히 OOO가 신종자본사채를 OOO 펀드에 발행하여 조달한 자금으로 쟁점유상감자의 대가를 청구법인에게 지급한 것은 사실상 당초 약정한 주식거래를 쟁점거래 방식으로 형태만 변경하여 진행하였다는 증거이며, 결국 쟁점유상감자와 쟁점잔여주식양도는 형식적으로 둘 이상의 거래로 보일지라도 사실상 연속된 하나의 거래이다.

(라) 변경된 거래를 통해 청구법인은 OOO의 51% 지분을 보유하게 되었으나, 동 지분의 실질적인 지배․관리권한은 OOO이 보유하고 있다. 이를 구체적으로 설명하면, 청구법인은 쟁점거래 후 잔여지분 51%에 대하여 OOO로부터 배당을 전혀 받을 수 없고(신종자본사채 발행조건에 의하면, OOO 이익잉여금 일체를 사채의 이자로 지급하도록 설정되어 있음), 휴게소 사업이 종료되는 2029년 이후에는 영업권 등이 OOO에 무상으로 이전되므로 주식의 가치가 없어지며, 청구법인과 OOO이 쟁점거래를 하면서 2014.12.29. 체결한 「공동기업약정서」에 의하면, 청구법인이 공동기업 약정 의무를 이행하지 않을 경우 잔여지분 51%를 OOO에게 1주당 100원에 매도하고 신종자본사채 전부를 인수하는 의무를 부여받았으며, 이를 담보하기 위하여 잔여지분 51%에 대한 근질권이 설정되어 있어 제3자에게 양도할 수도 없다.

(마) 청구법인은 2003년 청구법인과 OOO 간에 체결한 협약서를 근거로 OOO 주식양도가 OOO 승인사항이라고 주장하나, 「상법」제335조에서 주주는 원칙적으로 주식을 자유롭게 양도할 수 있다고 규정하고 있고, 별도로 법률과 정관에 규정없이 주주와 제3자 간에 체결한 주식양도 제한 협약은 법적 효력이 없으므로 청구법인이 OOO의 승인 없이 OOO 주식을 매각할 수 없다는 주장은 타당하지 아니하고, 동 협약서 제32조에는 ‘의무를 이행하는 것이 법령의 위반이 되는 경우’ 등 불가항력에 대한 면책규정을 두고 있으며, OOO와의 회의록(2014.10.30.)에 의하면, OOO는 “반드시 50%를 초과하여 매각할 수 없다고 생각하고 있는 것은 아니고, 다만 이와 같은 초과 매각시 위험을 방지할 수 있는 장치를 제시해 주어야 한다”는 입장이었으며, OOO의 반대로 거래형식의 변경이 불가피하였다면, 매각지분율을 낮추거나 잔여지분에 매수선택권(Call Option)을 부여하는 등 거래의 실질을 반영하면서 당사자의 목표를 충족시킬 수 있는 다양한 방법이 존재하였다.

(바) 자본잠식상태에 있어 정상적인 방법으로 유상감자가 불가능한 OOO가 이미 과세된 이익잉여금이 아닌 세무상 부채인 신종자본사채를 재원으로 쟁점유상감자를 실행한 것은 통상적인 유상감자 목적(주식의 가치 상승 및 회사 건전성 제고 등)이 아님을 알 수 있으며, 수입배당금 익금불산입 규정의 입법취지는 이중과세를 조정하기 위함인데, 이 건의 경우 쟁점유상감자의 대가를 법인세가 과세되는 이익잉여금이 아닌 편법적으로 발행한 신종자본사채를 재원으로 지급하였기 때문에 실제 발생한 소득(사실상 주식의 양도대가)에 대하여 청구법인과 OOO 어느 곳에서도 과세가 이루어지지 아니하여 쟁점금액의 과세소득에 대한 법인세를 회피한 것으로 보이므로 쟁점유상감자의 대가를 사실상 주식양도 대가로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 쟁점발코니확장공사는 국민주택규모의 아파트 공급에 필수적으로 부수하여 공급된다고 볼 수 없으므로 쟁점발코니확장공사는 부가가치세 과세대상에 해당한다.

(가) 발코니는 건축물의 내부와 외부를 연결하는 완충공간이며 건축물 외벽에 접하여 부가적으로 설치되는 공간으로서, 「주택법」제38조 제1항 제3호, 「공동주택 분양가격의 산정 등에 관한 규칙」제3조 및 제4조, 「발코니 등의 구조변경절차 및 설치기준」제7조에서 ‘분양가격에 포함되지 아니하는 품목’으로서 사업주체가 입주자 모집공고에 제시하여 입주자에게 추가로 선택할 수 있도록 하는 품목으로 ‘발코니 확장’을 규정하였고, 「공동주택의 발코니 설계 및 구조변경 업무처리 지침」에서 발코니 구조변경은 입주예정자의 선택사항으로써 사업주체로 하여금 입주예정자와 사이에 주택공급계약과 별도로 발코니 구조변경 공사계약을 체결하도록 규정하였으며, 이에 따라 대부분의 주택공급 사업자들은 공동주택을 공급함에 있어 주택공급계약과 별도로 발코니 확장 등의 계약을 체결하고 그 대금도 분양대금과는 별도로 수령하는 것이 일반적이다.

(나) 대법원 판례(2014.12.11. 선고 2014두40036 판결) 등에서도 발코니 확장공사는 독립된 부가가치세 과세대상으로 보고 있고, 불법적인 발코니 확장공사를 양성화하기 위하여 2005.12.2. 「주택법」을 개정하면서 발코니 등의 구조변경 절차를 고시하였으며, 발코니확장 공사 등의 소요원가를 주택의 공급원가와 구분하여 산정하고 한국토지주택공사 승인 신청시 제출하도록 하고 있으며, 분양계약시에도 분양계약과 구분하여 계약하도록 하였는바, 시행사가 시공사와 주택공사계약을 일괄로 도급계약하였다는 사실만으로 발코니확장공사를 주택 공사에 부수하는 공급으로 볼 수 없다.

(다) 처분청은 쟁점발코니확장공사의 공급가액을 산정하기 위하여 청구법인으로부터 투입원가내역을 제출받았고, 총 16개 공사 중 2개 공사에 대하여는 공사도급계약서상 발코니확장공사 도급금액이 확인되고, 2개 공사는 실제 투입원가를 기준으로 발코니확장공사 도급금액을 산정하였으며, 나머지 12개 공사는 실제투입원가 산정이 어려워 수분양자와 시행사 간 분양가액을 기준으로 안분하여 발코니확장공사 도급금액을 산정하였는바, 청구법인이 제출한 자료 등을 토대로 합리적으로 공급가액을 산정하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① OOO가 청구법인에게 지급한 유상감자 대가는 사실상 주식양도 대가에 해당된다고 보아 수입배당금 익금불산입 규정을 배제하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점발코니확장공사가 부가가치세 과세대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 2003.4.21. OOO와 OOO를 아래 ＜표1＞과 같이 체결하였는바, 주요내용은 다음과 같다.

2) 청구법인은 2014.7.3. OOO(투자자), OOO(대상회사)와 아래 ＜표2＞와 같은 양해각서를 체결하였는바, 투자자인 OOO은 청구법인이 보유한 OOO 주식 100%를 OOO에 인수하고, 청구법인이 100% 출자하여 설립한 OOO가 OOO가 소유한 OOO 및 부속시설 등을 책임임대차(임대보증금 OOO원을 OOO에 지급)하여 OOO를 운영하기로 약정한 것으로 나타난다.

3) 그러나 청구법인은 위 2)에 따라 OOO 주식 100%를 OOO에게 양도하는 방식으로 이전하지 아니하고, 우선 OOO 발행 주식 일부를 유상감자한 후, 그 잔여 주식 중 49%만을 OOO 펀드에 매각하기로 합의하였는바, 이에 따라 OOO는 2014.11.27. 주주총회에서 총 발행주식 OOO주 중 OOO주를 OOO으로 감자결의를 하고 2014.12.29. 쟁점유상감자를 한 후 2014.12.31. 청구법인에게 감자대가인 OOO원을 지급하였다.

4) 또한, 청구법인은 쟁점유상감자가 이루어진 2014.12.29. OOO과 유상감자 후 잔여주식OOO의 49%에 해당하는 OOO주를 OOO에 OOO 펀드에 양도하는 주식양수도계약을 체결하였는바, 같은 날 정산합의서(OOO 펀드는 청구법인에게 주식양수도계약에 따른 주식매매대금으로 OOO원을 지급하고, OOO는 쟁점유상감자 대가로 청구법인에게 OOO원을 지급하며, OOO 펀드는 OOO에 사채인수계약에 따른 사채인수대금으로 OOO원을 납입하고, OOO는 OOO에 책임임대차계약에 따른 보증금으로 OOO원을 지급하며, OOO는 OOO은행의 대출금 OOO원을 변제함), 사모신종자본사채 인수계약서, 주식근질권설정계약서(OOO 펀드는 청구법인의 보유주식 51%에 대하여 공동기업약정서의 의무 등을 담보하기 위하여 근질권을 설정함), 공동기업약정서(청구법인은 OOO 펀드의 동의 없이 청구법인이 보유하는 주식 51%를 처분하여서는 아니되고, OOO 펀드가 매수대상주식의 수량을 특정하여 이를 매수할 의사를 청구법인에게 서면통지한 경우 매매대금은 주식 총수에 1주당 OOO원을 곱하여 산정한 금액으로 응하여야 함) 등을 아래 ＜표3＞과 같이 동시에 체결하였다.

(나) 조사청의 청구법인에 대한 법인세 통합조사 복명서(2018년 6월) 등에 의하면, 조사청은 쟁점유상감자의 대가인 OOO원은 사실상 OOO 주식을 양도한데 대한 대가에 해당한다고 보아 쟁점유상감자 과정에서 발생한 의제배당소득 OOO원 중 지급이자 OOO원을 차감한 쟁점금액을 익금산입하여 이 건 처분을 하였는바, 청구법인은 조사시 처분청에 아래 ＜표4＞의 확인서(2018.5.31.)를 제출하였다.

(다) 조사청의 청구법인 재무팀장 류재익에 대한 문답서(2018.4.26.)의 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

(라) 조사청은 쟁점유상감자, 신종자본사채의 인수, 쟁점잔여주식양도 등은 독립된 별개의 거래가 아니라, 사전준비를 거쳐 청구법인에게 유입되는 현금이 동일하도록 거래방법만 변경하여 동시에 진행되었다고 주장하며, 아래 ＜표6＞의 진행과정 및 ＜그림＞을 제출하였다.

(마) 청구법인의 주장 및 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다.

1) 청구법인은 건설경기 침체에 따른 부실자산(미분양, 사업중단 등)으로 인해 2010년부터 대규모 적자가 발생하였고, 2014년에도 대규모 적자가 예상되며, 2014년 9월말을 기준으로 1년 이내에 만기가 도래하는 단기성 차입금이 OOO원에 달하였는바, 유가증권시장 상장법인인 청구법인은 이러한 적자가 계속된다면 관리종목에 지정될 위기에 처해있어 반드시 흑자전환을 해야하는 절박한 상황이었다고 주장하며 아래 ＜표7＞의 청구법인 재무현황, ＜표8＞의 차입금 만기현황, 언론보도자료[OOO 보도, 신용등급이 BB+ 이하가 되면 은행은 대출을 끊고 기존에 빌려준 자금이 있을 경우 바로 회수절차에 착수한다. (중략) … 신용등급 BBB-인 청구법인은 내년에 상환해야 하는 회사채가 OOO원으로, 이중 상반기에만 OOO원을 갚아야 함], 주요자산 매각현황(OOO까지 총 OOO원의 자산을 매각함) 등을 제출하였다.

2) 청구법인은 재무구조 개선을 위하여 2013.10.31. OOO을 자문사로 선정하고 2개 회사의 제안서를 비교한 후 2014.7.3. OOO과 OOO 주식을 100% 매각하기로 하는 양해각서를 체결하였는바, OOO은 OOO 주식 100%를 매수한 후 OOO의 최소 자본금을 10%로 낮추고 주식투자대금을 감자를 통해 회수할 계획이었고, 사모신종자본사채를 발행하여 기존 차입금을 상환하고, 청구법인이 OOO원을 투자하여 OOO를 설립하고 OOO에서 휴게소를 책임임차한 후 대신 운영하는 조건으로 보증금 OOO원을 OOO에 납입하고, 매년 최소 임대료로 OOO원 이상을 수취하여 수익을 올리고자 하였으며, 이를 위하여 OOO은 청구법인과의 협상시 OOO의 최소자본금을 총 공사비의 35%에서 10%로 인하하는 것에 대하여 OOO의 승인을 받을 것을 거래조건으로 요구하였다고 주장하며 OOO의 제안서(2014년 7월, OOO 지분매각, 책임임대차계약 체결, 본건 거래 이후 적절한 시기에 청구법인은 OOO의 승인 없이 OOO의 지분을 매각)를 제출하였다.

3) 그러나, OOO 지분구조 변경에 관한 승인권한을 가지고 있는 OOO는 청구법인이 OOO 주식을 매각할 경우 OOO의 안정적인 경영을 담보하기 어렵고, OOO이 원하는 재무구조로 개편할 경우 이자 부담 등으로 OOO의 재무구조가 악화되며, 청구법인의 주식양도를 허용할 경우 다른 휴게소를 운영하는 다수의 민간 사업자들이 휴게소 사업의 경영권을 외부에 양도할 것을 요구할 가능성이 높아질 것을 우려하여 OOO의 주식을 100% 매각하는 것을 반대하였다.

4) 청구법인은 실질적인 협상은 OOO와 OOO의 법률자문사인 OOO의 변호사들 간에 이루어졌는바, OOO가 OOO 주식매각을 반대하여 협상이 교착상태에 있던 중 OOO는 청구법인의 재무상황이 계속 악화될 경우 OOO은행이 청구법인의 OOO 지분에 설정한 질권을 OOO의 승인 없이 행사할 수 있다는 사실을 알게 되었고, 이에 OOO는 새로운 대안을 놓고 협상에 참여하게 되었다고 주장하며 ‘OOO - OOO 관계자간 회의록’(2014.10.30., OOO는 “청구법인이 흔들리면, OOO가 80%의 가격으로 사올 수 있는 계약상의 권리가 있다고 주장하였고, OOO은 계약상 OOO가 80%의 가격으로 사오는 권리가 반드시 확보되어 있다고 보기 어려우며, 그 전에 OOO은행에서 담보로 보유하고 있는 주식 질권을 행사하면 OOO의 개입 여지가 없어진다”고 대응함) 등을 제출하였다.

5) 쟁점거래 협상시 각 당사자가 자신의 사업상 필요에 따라 양보할 수 없었던 조건은 아래 ＜표9＞와 같은바, 쟁점거래 구조는 OOO과 OOO의 입장을 반영한 것이다.

6) 청구법인은 OOO이 OOO가 회계상 자본으로 분류되는 사모신종자본사채를 발행하는 방식으로 OOO은행 차입금을 상환하면, OOO은행의 질권을 해소하는 동시에 OOO 재무구조를 개선할 수 있다고 OOO를 설득하였고, 이에 따라 OOO는 사모신종자본사채의 발행조건 등을 검토하고, 본건 협약서에 대한 부속협약서(청구법인의 OOO 최대주주 지위 유지, OOO은행 차입금 전액 즉시 상환, OOO의 재무구조 및 OOO 서비스 수준 악화 방지, 미개발 잔여부지에 대한 개발계획 수립 등)를 체결하는 조건으로 OOO이 제안한 거래구조를 최종적으로 승인하였다고 주장하면서 청구법인의 주관사인 OOO 본부장 OOO의 경위서(2019.4.8.)를 제출하였다.

7) 청구법인은 신종자본사채가 발행되는 경우 OOO으로서는 별도의 배당결의 없이도 OOO의 경영성과에 연동하는 이자(실질적 배당)를 지급받을 수 있는 조건이어서, 투자금을 조기에 안정적으로 회수하기 용이한 쟁점거래 방식을 추진한 것으로 보이고, 실제로 OOO은 쟁점거래 후 지난 3년간 성과연동이자 명목으로 신종자본사채 발행가액의 약 40%에 달하는 OOO원을 지급받았다고 주장하며, 아래 ＜표10＞의 비교표와 신문기사 등을 제출하였다.

8) 청구법인은 OOO이 OOO 개발 투자 시에는 먼저 최저자본금 규모 축소 승인을 받고, 기존 주주의 지분 90%를 인수한 후, 주주사 차입금(이자율 11.9%)을 통하여 자금을 확보하고 유상감자 하는 방식으로 기존 투자금을 회수한 바 있는데, 이 건도 당초 OOO 개발 투자방식을 적용하여 OOO의 지분을 100% 인수하려 하였으나, OOO의 반대로 인하여 그 방식을 적용하기 어렵게 되자 기존 투자방식의 내용을 일부 변경하여 쟁점거래의 형식을 취하게 되었다고 주장하고 있다.

9) 조사청은 세무상 부채인 사모신종자본사채 발행금액을 재원으로 한 쟁점유상감자는 통상적인 유상감자가 아니라는 의견이나, 청구법인은 주주가 투자금을 회수하기 위하여 차입금을 재원으로 유상감자를 하는 사례가 있다고 주장하며, 언론보도자료OOO 등을 제출하였다.

10) 청구법인은 1998년부터 2000년까지 OOO 주식회사에 사업부지 취득자금을 대여한 후 OOO원을 회수하지 못하였고, 2010사업연도에「민법」상 소멸시효(10년)가 경과되었다고 보아 이를 세무상 대손처리하였으나, 2013년 조사청 세무조사시 동 대여금의 손금귀속시기는 2014년인 것으로 하여 과세되었고, 이로 인해 2014사업연도에 이월결손금이 OOO원에 이르렀다고 주장한다. 이후 조사청은 2018년 이 건 세무조사시 위 대손금의 귀속시기를 2014년이 아닌 2009년으로 조정하였고(청구법인은 후발적 경정청구를 하여 2009사업연도 법인세를 환급받음), 이로 인해 2015사업연도 법인세가 과세된 것으로, 청구법인은 2014년 말 쟁점거래시 위 대여금의 대손처리로 인하여 2014사업연도에 세무상 결손이 많이 발생된 상태였으므로 OOO과 OOO를 설득하여 세무상 부담을 줄이고자 지분매각을 쟁점거래로 재구성하여 익금불산입 규정을 적용받을 세무상 유인이 없었다는 의견이다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래가 다른 거래당사자의 의사를 반영하여 정상적으로 이루어진 거래이므로 쟁점금액에 대하여 수입배당금 익금불산입 규정을 배제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 2014.7.3. OOO 주식 100%를 OOO에 OOO원에 양도하기로 양해각서를 체결한 후, 2014.12.29. OOO에서 쟁점유상감자를 한 후 잔여주식의 49%를 매각하는 방법으로 거래구조를 변경하면서 당초 주식양수도계약이 쟁점거래로 변경된 후에도 청구법인에게 입금되는 현금유입액과 부수적인 합의사항이 동일하게 유지된 것으로 나타나는 점, 쟁점거래 후 청구법인이 OOO의 주식 51%를 보유하고 있으나, OOO과의 공동기업약정서 및 주식근질권설정계약서 등에 의하면, OOO의 대표이사를 OOO 측이 선임하고, 청구법인이 보유한 OOO 주식을 1주당 OOO원에 매수할 수 있는 권리를 OOO 측이 부여받는 등 청구법인이 보유한 OOO 주식의 지배·관리권한이 사실상 OOO에 이전된 것으로 보이는 점, 쟁점거래시 주식 1주당 대가는 객관적인 평가에 의해 산출한 것이 아니라 당초 OOO의 전체 주식을 매각했을 시 청구법인에 유입되는 현금액 OOO원을 기준으로 역으로 계산하여 쟁점유상감자의 대가OOO와 나머지 잔여주식 양수도 대가OOO를 산정한 것으로 조사된 점, 청구법인이 제출한 회의록, 주관사 직원경위서 등의 자료만으로는 다른 이해당사자에 의하여 불가피하게 거래구조가 변경되었다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 마지막으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구법인은 2013년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 아래 ＜표11＞의 16개 공동주택 신축공사를 도급받아 시공하면서 쟁점발코니확장공사를 함께 공급하고 이를 국민주택규모(전용면적 85㎡ 이하)의 주택건설에 부수되는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 부가가치세 신고시 과세표준에 포함하지 아니하였으나, 처분청은 청구법인이 공급한 쟁점발코니확장공사가 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 이 건 과세처분을 하였다.

(나) 청구법인이 조사시 조사청에 제출한 확인서(2018.5.31.)의 주요내용은 아래 ＜표12＞와 같다.

(다) 청구법인이 위 (나)의 확인서 제출시 첨부한 쟁점발코니확장공사 관련 공사대금 산출내역에 의하면, OOO 아파트 공사 외 1개 공사는 도급계약서를 토대로 발코니확장공사 비용을 산출하고, OOO 아파트 공사 외 1개 공사는 실제 투입원가를 토대로 발코니확장공사 비용을 산출하였으며, 나머지 12개 공사는 시행사와 수분양자 간의 분양가액 대비 확장공사비를 고려하여 총 도급금액 중 발코니확장공사 비용을 산정한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 이에 대하여 쟁점발코니확장공사는 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하고, 설령 과세대상이라 할지라도 처분청이 16개 공사 중 12개 공사에 대하여 본공사와 쟁점발코니확장공사의 원가 구분이 어려워 시행사의 건물분 총 분양가액 대비 시행사와 수분양자 간의 발코니확장공사비를 안분계산하여 쟁점발코니확장공사에 해당하는 공사대금을 산정하였는바, 이는 근거과세원칙에 반하므로 12개 공사와 관련하여 과세된 부분은 취소되어야 한다고 주장하며 ‘OOO 아파트 신축공사 도급계약서’(도급금액에 발코니 확장공사 포함이라고 표기되어 있고, 금액이 총 공사비와 구분되어 있지 않음)를 제출하였다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 발코니확장공사는 국민주택 건설용역에 통상적으로 부수되어 공급된 것이므로 부가가치세 면제대상에 해당하고, 과세대상이라 할지라도 투입원가가 확인되지 아니하는 공사와 관련된 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 발코니는 건축물의 내부와 외부를 연결하는 완충공간이며 외벽에 접하여 부가적으로 설치되는 공간으로서 공동주택의 경우 외벽의 내부선을 기준으로 산정한 전용면적에 포함되지 않으며 「건축법」에서도 발코니는 주거전용면적에서 제외하고 있는 점, 수분양자가 주택분양계약과는 별도로 발코니확장계약을 체결하고 그 대금도 주택분양대금과는 별개로 정하는 점, 발코니확장공사는 국민주택규모 아파트 공급에 필수적으로 부수되는 건설용역이 아닌 점 등에 비추어 쟁점발코니확장공사가 국민주택건설용역의 부수용역으로서 부가가치세 면제대상이라고 보기 어렵다.

또한, 쟁점발코니확장공사의 과세표준 산정이 적정한지를 보면, 처분청은 청구법인이 조사시 제출한 도급계약서, 공사원가자료, 시행사와 수분양자 간의 공급계약서 등을 토대로 국민주택 공사와 발코니 확장공사 비용이 구분되는 공사의 경우에는 이를 근거로 발코니확장공사의 공급가액을 산정하였고, 도급계약서 등을 기준으로 공급가액을 산정하는 것이 불가능한 경우에는 시행사들이 수분양자에게 공급한 공급가액에서 발코니 확장부분 공급가액이 차지하는 비율을 고려하여 청구법인이 시행사들에게 공급한 발코니 확장공사용역의 공급가액을 산정하였는바, 청구법인이 각각의 공급금액을 나누어 부가가치세 신고와 자료제출을 하지 않는 이상 시행사들이 수분양자에게 공급한 분양가액 대비 발코니확장부분 공급가액이 차지하는 비율과 청구법인이 시행사로부터 도급받은 발코니확장공사의 원가율이 동일하다는 것을 전제로 한 이 건 부가가치세 부과처분은 그 합리성을 인정할 수 있는 것으로 보이는 점, 공사도급계약서상 아파트 공사와 발코니 확장공사를 구분하지 아니하고 공사대금을 정한 후 납세자가 발코니 확장공사에 대하여 부가가치세 신고를 하거나 자료를 제출하지 않는다는 이유로 발코니확장공사의 공급가액을 산정할 수 없는 것으로 보게 되면 사실상 부가가치세의 과세 여부가 도급계약의 방식이나 납세자의 의사에 좌우되는 부당한 결과를 가져올 수 있는 점, 청구법인이 시행사들에게 공급한 발코니확장공사 부분과 시행사들이 수분양자에게 공급한 발코니 공급부분의 원가율이 다르다는 사정은 납세의무자가 제출한 자료에 기초하여 산정한 과세금액을 변경해야 하는 특별한 사정으로서 청구법인이 이를 증명해야 하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 공사도급계약서상 발코니확장공사비가 확인되지 아니하는 경우 부가가치세를 과세할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.