가. 청구법인은 2006.7.1.부터 운수업, 해운항공운수알선업 등을 영위하는 법인으로, 2010～2012사업연도에 주식회사 OOO(청구법인이 33.33%의 지분을 소유하고 있고, 2012.9.30. 폐업하였으며, 이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대여한 합계 OOO원 중 OOO원(이하 “쟁점채권”이라 한다)을 회수불능채권으로 보아 2013～2014사업연도에 대손상각OOO하고, 법인세 신고시 손금산입하였다.

나. 처분청은 2018.10.1.부터 2018.10.20.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점채권을 특수관계인에게 지급한 업무무관 가지급금으로 보아 대손금액을 손금불산입하여 2019.1.10. 청구법인에게 법인세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점채권 중 2010～2011사업연도의 대여금에서 발생한 대손금 OOO원은 특수관계인에게 지급한 업무무관 가지급금에 해당하지 아니한다.

(가) 2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정(2012.2.2. 시행)된 「법인세법 시행령」제87조 제1항에서 납세의무자와 거래상대방 양쪽 모두를 기준으로 특수관계인의 범위를 판단하는 ‘쌍방관계설’이 명문화되기 이전에 대법원(2011.7.21. 선고 2008두150 전원합의체 판결)은 “납세의무자인 법인을 기준으로 하여 그와 같은 법 시행령 제87조 제1항 각 호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다”는 ‘일방관계설’의 입장을 취하고 있었다.

(나) 청구법인만 쟁점거래처의 주식 33.33%를 보유하고 있을 뿐 쟁점거래처는 청구법인의 주식을 보유하고 있지 아니하므로 위 대법원 판례와 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 의하면, 2010～2011사업연도에는 청구법인을 기준으로 쟁점거래처는 특수관계인이 아니다(2012.2.2.부터 시행된 쌍방관계설에 의할 때, 쟁점거래처 기준으로 청구법인이 쟁점거래처의 주주로서 특수관계가 성립되므로, 쟁점거래처와 청구법인은 특수관계임).

(다) 처분청은 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부는 대손사유 발생 및 채권 처분 당시를 기준으로 판단하여야 한다는 대법원 판례(2014.7.24. 선고 2012두6247 판결)를 제시하였으나, 동 판례는 ‘최초 대여 시점에 특수관계자에게 업무무관 가지급금을 대여하였다가 대손사유가 발생하거나 당해 채권을 처분하기 전에 특수관계가 소멸된 사례’로서, 최초 대여시 특수관계가 아닌 자에게 대여하였다가 특수관계가 성립한 이후 대손사유가 발생한 이 건과는 사실관계가 달라 원용하기 어렵다.

(라) 국세청 유권해석(법규법인 2014-243, 2014.8.25., 법인세과-590, 2014.12.30., 이하 “쟁점예규”라 한다)에 의하면, “내국법인이 다른 내국법인과 특수관계가 성립되기 이전에 당해 법인의 업무와 관련없이 자금을 대여하였다가 특수관계가 성립한 이후 대손사유가 발생하는 경우 그 대손금은 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 것이다. 다만, 특수관계 성립 후 해당 대여금에 대해 회수가 지연된 경우로서 해당 대여금이 실질적으로 그 특수관계인에게 업무와 관련 없이 재대여한 것으로 인정되는 때에는 「법인세법」제28조 제1항 제4호 나목에 따른 업무무관 가지급금에 해당한다”고 되어 있는바, 과세관청은 단지 회수가 지연된 경우에 손금불산입하는 것이 아니라 실질적으로 재대여한 것으로 인정되어야 손금부인한다는 입장이다.

자금을 대여한 후 실질적으로 재대여한 것으로 인정되려면, 대여금을 상환받고 단기간 내에 다시 대여한 경우라든지, 대환대출 등 적어도 재대여의 정황이 인정되는 경우에 해당되어야 하나, 청구법인은 쟁점거래처로부터 실제로 OOO원을 회수하였고, 쟁점거래처를 상대로 민사소송 및 형사고소 등의 조치를 취하였는바, 자금을 대여한 후 실질적으로 재대여한 경우에 해당한다고 보아 쟁점예규의 단서부분을 적용하여 손금부인하는 것은 타당하지 아니하다.

(2) 쟁점예규에 의하면, “특수관계가 성립되기 이전에 당해 법인의 업무와 관련 없이 자금을 대여하였다가 특수관계가 성립한 이후 법정 대손사유가 발생하는 경우 그 대손금은 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다”고 되어 있었고, 다른 취지의 사례는 확인되지 아니하는바, 이 건과 같이 특수관계가 성립되기 전에 대여하였다가 성립 이후 대손사유가 발생한 경우 대손금을 손금산입할 수 있는지에 대하여 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 것으로 보이므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보아 쟁점채권 중 2010～2011사업연도에 쟁점거래처에 대한 대여금에서 발생한 OOO원과 관련된 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 청구법인은 2012사업연도에 쟁점거래처에 대여한 대여금에서 발생한 대손상각비 OOO원에 대하여 2016.6.28. OOO국세청으로부터 ‘법인세 신고 관련 해명자료 제출 안내’를 받고 성실하게 답변하였고, 이후 연락이 없어 청구법인의 주장이 받아들여진 것으로 이해하였으므로 동일한 건에 대하여 다시 세무조사를 하여 법인세를 경정한 이 건 처분은 중복조사 금지규정에 위반되는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점채권의 대손사유 발생시점이 청구법인과 쟁점거래처 간에 특수관계가 지속되던 시점이므로 쟁점채권 대손금액은 「법인세법」상 손금불산입 대상이 되는 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금의 대손금에 해당한다.

(가) 대법원 판례(2014.7.24. 선고 2012두6247 판결) 등에 의하면,“ 「법인세법」제19조의2 제2항 등의 입법취지는 법인이 특수관계자에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공하고 그 회수에 노력을 기울이지 아니하다가 대손사유가 발생하여 채권 회수가 불가능하게 된 경우에는 그 대손금을 손금불산입함으로써 특수관계자에 대한 비정상적인 자금대여관계를 유지하는 것을 제한하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있는 점, 법인이 특수관계자에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공한 후 대손사유가 발생하기 전에 특수관계가 소멸하였다면 더 이상 비정상적으로 자금을 대여하고 있는 것이라고 볼 수 없으므로 업무무관 가지급금에 대한 세법적 규제를 가할 필요가 없는 점 등을 종합하여 보면, 대손금을 손금에 산입할 수 없는 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부는 그 대손사유가 발생할 당시를 기준으로 판단하여야 한다”고 판시하고 있다.

(나) 이 건의 경우 쟁점거래처에 대한 대여 당시인 2010～2011사업연도를 기준으로 특수관계자인지 여부를 판단하는 것이 아니라 대손사유가 발생하여 대손금으로 회계처리한 2013～2014사업연도에 특수관계가 성립되고 있는지 여부를 판단하여야 할 것이므로 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 따라 쟁점거래처는 청구법인의 특수관계인에 해당하고, 쟁점채권을 특수관계인에 대한 가지급금에 해당한다고 보아 대손금액을 손금불산입한 이 건 처분은 타당하다.

(다) 쟁점예규에 의하면, “특수관계가 성립되기 이전에 당해 법인의 업무와 관련 없이 자금을 대여하였다가 특수관계가 성립한 이후 법정 대손사유가 발생하는 경우 그 대손금은 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하되 다만, 특수관계 성립 후 해당 대여금에 대해 회수가 지연된 경우로서 해당 대여금이 실질적으로 그 특수관계인에게 업무와 관련 없이 재대여한 것으로 인정되는 때에는 「법인세법」제19조의2 제2항 제2호에 따라 대손금을 손금에 산입할 수 없다”고 되어 있다.

청구법인이 쟁점거래처에 대여한 금원 중 2010～2011사업연도에 대여한 금원에서 발생한 대손금도 쟁점거래처가 2012.9.30. 폐업할 때까지 회수가 지연된 채권으로서, 특수관계인 범위에 관해 “본인도 특수관계인의 특수관계인으로 본다”는 쌍방관계설이 2012.2.2. 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 명문화된 후에도 개정 전과 마찬가지로 동일한 성격의 대여금채권으로 남아있었으므로 쟁점예규의 단서부분에 따라 쟁점채권에 대한 대손금을 모두 손금부인한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 쟁점예규의 단서내용을 보면, “특수관계가 성립한 후 일정 요건에 해당하는 경우 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금에 해당하여 대손금을 손금에 산입할 수 없다”고 명시되어 있는바, 쟁점거래처에 대한 자금대여는 동 단서에 따라 부과된 것이므로 청구법인에게 신고 및 납부 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(3) 청구법인은 쟁점채권 중 2012사업연도에 쟁점거래처에 대한 대여금에서 발생한 OOO원은 2014사업연도 대손상각비로 계상하였으며, 해당 대손금은 OOO국세청으로부터 ‘법인세 신고 관련 해명자료 제출 안내’를 받고 소명하였다고 주장하나, 동 해명자료 제출안내는 2013사업연도 손익계산서상 대손상각비와 관련된 것이므로 이에 대한 청구주장은 타당하지 아니하고, 해명자료 제출 요구가 부과처분을 목적으로 하였다고 단정하기 어려우며, 납세자나 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 직접 접촉하거나 사업장 등을 방문하지도 않았으므로 OOO국세청의 청구법인에 대한 해명자료 제출요구는 세무조사에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「법인세법」제19조의2 제2항에서 규정하는 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금의 해당여부 판단시점을 대손시점이 아닌 해당 가지급금의 대여시점으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

② 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금의 해당여부 판단시점에 대하여 세법해석상 견해대립이 있으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

③ OOO국세청장의 법인세 사후검증이 세무조사에 해당하므로 이 건 세무조사가 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2013～2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서의 대손충당금 및 대손금조정명세서에 의하면, 쟁점채권에 대한 대손상각 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

(2) OOO국세청장이 2016.6.28. 청구법인에게 발송한 “법인세 신고관련 해명자료 제출 안내” 문서에 의하면, “2013사업연도 손익계산서상 대손상각비 OOO원의 적정성을 확인할 수 있는 있는 자료를 2016.7.8.까지 제출”하도록 한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 세부주장과 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2011.12.31. 법률 제11124호로 「국세기본법」제2조 제20호(2012.1.1. 시행)가 개정되기 전에는 특수관계인 범위와 관련하여 대법원 판례에 따라 납세의무자를 기준으로만 판단하였다고 주장하며, 국세청에서 발간한 2012년 개정세법 해설(개정취지는 특수관계인 범위에 관해 세법간 통일성을 확보하는 한편 쌍방관계임을 입법적으로 명확화하기 위함이고, 2012.1.1.부터 시행한다고 기재되어 있음)을 제출하였다.

(나) 주식등변동상황명세서, 법인등기사항전부증명서 등에 의하면, 2010년부터 2012년까지 쟁점거래처의 주식 33.33%를 청구법인이 소유하고, 청구법인의 주식은 100% OOO이 소유(OOO이 쟁점거래처의 주식을 소유하고 있지는 않음)한 것으로 나타나며, 청구법인의 주식 100%를 소유하면서 2006～2009년 청구법인의 대표이사인 OOO이 2010.5.18.부터 2011.7.5.까지 쟁점거래처의 대표이사이고, 청구법인의 현 대표이사인 OOO(2014.6.25. 취임)이 2011.7.6.부터 2012.6.20.까지 쟁점거래처의 대표이사인 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 2010～2011사업연도에는 청구법인을 기준으로 쟁점거래처는 특수관계가 아니라고 주장하며, 아래 ＜표2＞를 제출하였다.

＜표2＞ 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 따른 특수관계인 판단