가. 청구법인은 2014.5.1. OOO주식회사로부터 인적분할되어 설립된 주식회사 OOO2014.8.1. 舊 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)한 후 현재의 상호로 변경하고 은행업으로 업종 전환한 법인이며, 쟁점합병은 지배·종속회사 간의 합병으로 청구법인이 피합병법인의 자산 및 부채의 장부가액을 그대로 승계하는 것으로 회계처리되었다.

한편, 피합병법인은 「은행법」에 따라 인가를 받아 설립된 은행으로 「교육세법」 제3조 제1호의 금융·보험업자에 해당하고, 2014.12.1. 합병일이 속하는 2014년 제3기에 대한 교육세 신고시 합병으로 승계한 자산의 시가와 장부가액의 차이 상당을 양도차익으로 하여 계산한 금액인 OOO과세표준에 포함하여 교육세를 신고·납부하였으며, 합병법인인 청구법인이 이를 승계하였다.

이후 청구법인은 2019.11.20. 피합병법인이 2014년 제3기 교육세 신고시 과세표준에 포함한 유가증권 등에 대한 처분이익 OOO을 과세표준에서 제외하여 교육세 OOO환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 이에 따라 위 경정청구 내용을 검토한 결과, 유가증권 등에 대한 처분이익을 교육세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 2020.1.29. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

피합병법인이 2014년 제3기 교육세 신고시 준용한 국세청의 유권해석(서면법규-176, 2014.2.27.)은 타당하지 아니하고, 「교육세법」에 근거 없이 수익금액에 가산한 유가증권 매각익 등 OOO기업회계기준에 따라 OOO되어야 하므로 당초 신고시 과세표준에 가산한 금액을 차감하여 과다납부한 교육세를 환급함이 타당하다.

(1) 「교육세법」 어디에도 「법인세법」 제52조에 따른 시가를 적격합병시 유가증권 매각에 따라 지급받은 금액으로 보아 수익금액을 계산할 근거는 없으므로 관련 수익금액은 OOO되어야 한다. 국세청은 유권해석에서 적격분할의 경우라도 「법인세법」 제52조에 따른 시가를 유가증권 매각에 따라 지급받은 금액으로 보아 수익금액을 계산하도록 회신하였으나, 이러한 회신을 뒷받침할 근거 규정은 「교육세법」 어디에도 없다. 조세법률주의원칙상 조세의 종목과 세율은 물론 그 밖의 과세요건(납세의무자, 과세물건, 과세표준, 과세기간 등)은 반드시 유효한 법률로 정해야 하는데, 「교육세법」은 물론 같은 법 시행령에서도 과세표준을 계산하는 근거가 될 규정이 전혀 없다. 따라서 쟁점합병으로 승계된 자산·부채와 관련한 수익금액 즉, 교육세 과세표준은 OOO되는 것이 타당하다.

(2) 금융·보험업자의 교육세 과세표준이 되는 수익금액은 회계상 수익금액을 의미하는 것으로 보아야 하는바, 피합병법인의 회계상 수익에 쟁점합병 관련 유가증권 매각익 등의 수익금액이 없으므로 교육세 과세표준에도 포함될 수 없다. 쟁점합병은 지배·종속회사 간의 합병으로 자산·부채가 기업회계기준상 장부가액으로 승계되었고, 손익계산서에 양도차익으로 계상된 금액도 없다. 「교육세법」에서는 금융·보험업자의 수익금액을 과세표준으로 정하면서 구체적인 계산방법 등은 정하지 아니하였는데, 다음과 같은 점을 토대로 판단할 때 교육세 과세표준이 되는 수익금액은 회계상 수익금액으로 해석함이 타당하다.

첫째, 「교육세법」 및 같은 법 시행령에서는 금융·보험업자의 교육세 과세표준이 되는 수익금액을 정하면서 일련의 회계용어로 각 항목을 열거하고 있다. 둘째, 「국세기본법」 제20조에서 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 기업회계를 존중하도록 규정하고 있으며, 또한 교육세 과세표준에 대한 기존 유권해석(기획재정부 금융세제과-160, 2016.7.11.)에서도 교육세 과세표준이 되는 수익금액의 범위를 정할 때 기업회계기준에 따르도록 하고 있다. 셋째, 교육세 도입 초창기에는 현재와 달리 「교육세법 시행령」 [별지 제2호서식 부표] 계정과목별 수익금액·과세제외·비과세 명세표 서식이 없는 대신 구비서류로 회계자료인 ‘합계잔액시산표’를 제출하도록 하였다. 넷째, 실무상으로도 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서 상의 총수입금액을 명세서의 과세대상 및 과세제외 수익금액으로 구분하여 신고한다. 이와 같이 교육세 과세표준이 되는 수익금액은 회계상 수익금액으로 이해하는 것이 타당하므로, 기업회계기준에 따라 작성된 피합병법인의 손익계산서상 계상되지 아니한 쟁점합병에 따른 유가증권 매각익 등을 교육세 과세표준에만 가산하는 것은 불합리하다.

(3) 쟁점합병시 실제로 적용한 「법인세법」의 적격합병 규정은 준용할 수 없는 것으로 보면서 합병차익 계산시 양도가액으로 보는 「법인세법」 제52조의 시가를 유가증권 매각에 따른 금액으로 보는 것은 타당하지 아니하다. 쟁점합병은 기업회계기준에서 뿐만 아니라 「법인세법」에서도 적격합병으로 장부가액으로 승계된 것으로 보아 아무런 손익을 인식하지 아니하였다. 국세청 유권해석에서는 「법인세법」 제44조의2 제1항을 준용하여 유가증권 등 매각에 따른 금액을 같은 법 제52조에 따른 시가로 하도록 규정한 것으로 이해되지만, 해당 규정을 교육세 과세표준 산정시 적용할 수 있는 근거는 없다.

만일 수익금액의 귀속시기에 대하여 「법인세법」 제40조 및 제43조를 준용하도록 정하고 있는 교육세법령에도 불구하고 「법인세법」의 다른 규정을 준용할 수 있다고 본다면 적격합병인 쟁점합병에 대해서는 「법인세법」 제44조 제2항을 적용하여 수익금액이 발생하지 않는 것으로 봄이 오히려 타당하다. 따라서 적격합병 규정을 원용할 수 없는 것으로 보는 한편, 「법인세법」 규정 중 관련성이 낮은 규정을 적용하여 교육세 과세표준을 계산하도록 한 유권해석은 불합리하다.

나. 처분청 의견

처분청이 포괄승계한 유가증권 등에 대한 처분이익 등을 이 건 교육세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 청구법인은 「교육세법」에는 「법인세법」 제52조에 따른 시가를 적격합병시 유가증권 매각에 따라 지급받은 금액으로 보아 수익금액을 계산할 근거가 없다고 주장하나, 동일·유사 쟁점에 대하여 법원은 기각으로 판결(서울행정법원 2019.12.20. 선고 2018구합90145 판결)하였고, 구「교육세법」 등은 구「법인세법」과는 달리 특정 항목의 ‘수익금액’을 과세표준으로 하고 있으므로, 합병으로 인하여 특정 항목에 관하여 수익이 발생하였다면 이를 과세대상에 포함하여야 하며, 구「교육세법」상 합병에 따른 자산의 이전 또한 원칙적으로 양도손익의 실현, 곧 수익의 발생을 계기로 파악함이 타당하므로 적격합병․분할이라는 이유만으로 임의로 수익 자체가 발생하지 아니하였다고 해석할 수 없고, 청구법인이 합병으로 인하여 별도의 손익을 인식하지 아니한 것은 적격합병에 대한 특례규정인 「법인세법」 제44조 제2항을 적용한 것으로, 이러한 특례가 적용되지 아니하는 교육세에서도 동일한 회계처리기준이 적용된다고 볼 수 없으며, 청구법인이 양도자산의 가액을 시가로 평가하고 양도차익을 계산하여 교육세를 신고·납부한 이상 그에 따르는 별도의 회계처리가 있었다고 봄이 타당하다.

(2) 또한, 구 교육세법령상 과세표준 자체는 ‘수익금액’으로 명시되어 있으므로 과세표준 산정의 법률상 근거가 없다고 보기 어렵고, 국세청의 유권해석(서면-2016-법인-4466, 2016.10.21.)에서도 피합병법인의 자산양도차익에 대한 교육세 과세표준은 합병등기일 현재 「법인세법」 제52조에 따른 시가에서 같은 법 제41조에 따라 계산한 취득가액을 차감한 금액을 말하는 것으로 해석하고 있어서, 과세관청은 해당 교육세의 ‘유가증권 매각익’ 중 합병에 대한 유가증권 매각익 계산 방법을 일괄되게 표명하고 있다.

(3) 「국세기본법」 제18조 제3항에 따르면 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보므로, 피합병법인이 준용한 국세청 예규(서면법규-176, 2014.2.27.)가 발표된 이후 2년이 지난 시점에서의 예규(서면-2016-법인-4466, 2016.10.21.)도 위 예규와 동일한 답변을 유지하고 있으므로 위 예규는 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것으로 볼 수 있고, 조심심판원도 교육세에 있어서 적격합병으로 자산을 장부가액으로 승계하여 처분이익을 OOO으로 보는 과세이연은 발생되지 않는다고 결정하였으므로(조심 2017서2221, 2018.9.27.), 이 건 교육세 과세표준에 유가증권 등의 처분손익이 포함된다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

합병법인이 포괄승계한 유가증권 등에 대한 처분이익을 교육세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제20조[기업회계의 존중] 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

(2) 교육세법(2014.1.1. 법률 제12157호로 개정된 것)

제5조[과세표준과 세율] ① 교육세는 다음 각 호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호의 경우에 한국은행법에 따른 한국은행과의 환매조건부외화자금매각거래(이하 “스와프거래”라 한다)와 관련하여 발생하는 수익금액에 대한 교육세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 스와프거래와 관련하여 발생하는 수익금액에서 그와 관련된 모든 비용을 공제한 금액을 초과하지 못한다.(중 략)

③ 제1항 제1호의 과세표준이 되는 수익금액이란 금융·보험업자가 수입한 이자, 배당금, 수수료, 보증료, 유가증권의 매각익·상환익(유가증권의 매각 또는 상환에 따라 지급받은 금액에서 「법인세법」 제41조에 따라 계산한 취득가액을 차감한 금액을 말한다), 보험료(책임준비금 및 비상위험준비금으로 적립되는 금액과 재보험료를 공제한다), 그 밖에 대통령령으로 정하는 금액을 말하며, 그 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

④ 제1항 제1호의 과세표준이 되는 수익금액은 제8조에 따른 각 과세기간분의 수익금액의 총액에 따른다.

제7조[금융ㆍ보험업자의 수익금액의 귀속시기] 금융ㆍ보험업자의 수익금액의 귀속시기에 관하여는 「법인세법」 제40조 및 제43조를 준용한다.

(3) 법인세법

제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

제44조[합병시 피합병법인에 대한 과세] ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식 등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식 등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식 등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식 등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

(4) 교육세법 시행령(2011.7.14. 대통령령 제23022호로 개정된 것)

제4조[금융보험업의 수익금액] ① 법 제5조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 수입할인료

2. 위탁자보수 및 이익분배금

3. 신탁보수

4. 대여료

5. 다음 각 목의 금액을 합산한 후의 순이익

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조 제7항에 따른 파생결합증권, 같은 항 제1호에 따른 증권 및 같은 법 제5조 제1항에 따른 파생상품(이하 이 호에서 “파생상품등”이라 한다) 거래의 손익을 통산한 순손익( 「법인세법 시행령」 제76조 제1항에 따른 통화선도 등의 평가손익 및 같은 조 제2항에 따른 환위험회피용통화선도등의 평가손익을 포함한다)

나. 외환(파생상품등은 제외한다)매매손익

6. 수입임대료

7. 고정자산처분익

8. 기타영업수익 및 영업외수익

다. 사실관계 및 판단

(1) 피합병법인의 납세의무를 승계받은 청구법인은 2019.11.20. 아래 ＜표＞와 같이 피합병법인이 2014.12.1. 2014년 제3기 교육세 신고시 가산한 포괄승계된 유가증권 등에 대한 처분이익 OOO을 과세표준에서 제외하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 유가증권 등에 대한 처분이익을 교육세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 2020.1.29. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

＜표＞ 경정청구 내역

(단위 : 원)

(2) 피합병법인은 2014년 제3기 교육세 신고시 다음과 같은 국세청 예규를 준용하여 합병으로 승계한 자산의 시가와 장부가액과의 차이를 양도차익으로 계산한 금액을 과세표준에 포함한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점합병을 적격합병으로 보아 「법인세법」 제44조 제3항 제1호를 적용하여 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 회계처리를 하였는바, 청구법인의 2015.3.31.자 감사보고서 중 합병회계처리와 관련한 내용은 다음과 같다.

(4) 기획재정부는 교육세 납세의무자인 금융·보험업자가 적격합병으로 인하여 합병법인에게 자산을 양도한 경우 자산양도손익에 대하여 「법인세법」과 같이 과세이연이 가능한지 여부에 대한 질의에 대하여 다음과 같이 과세이연이 불가능하다는 취지로 회신하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 적격합병으로 인하여 승계한 자산 중 교육세의 과세표준이 되는 수익금액을 「법인세법」 제52조 제2항이 정한 ‘시가’가 아닌 기업회계기준에 따라 ‘장부가액’으로 산정하여야 하므로 합병법인이 포괄승계한 유가증권 등에 대한 처분이익을 교육세 과세표준에서 제외하여 과다납부한 교육세를 환급하여야 한다고 주장하나, 「교육세법」 제3조 제1호는 금융‧보험업자의 수익금액의 1천분의 5를 교육세로 납부하도록 정하고 있고, 여기서 ‘수익금액’은 금융·보험업자가 수입한 이자, 배당금, 수수료, 보증료, 유가증권의 매각익·상환익(유가증권의 매각 또는 상환에 따라 지급받은 금액에서 「법인세법」 제41조에 따라 계산한 취득가액을 차감한 금액을 말한다), 보험료(책임준비금 및 비상위험준비금으로 적립되는 금액과 재보험료를 공제한다), 그 밖에 대통령령으로 정하는 금액을 말하며(제5조 제3항), 같은 법 시행령 제4조 제1항 제7호 및 제8호에 의하면 위 수익금액에는 고정자산처분익과 기타영업수익 및 영업외수익이 포함된다고 규정하고 있는바,

교육세법령상 과세표준 자체는 ‘수익금액’으로 명시되어 있으므로 과세표준 산정의 법률상 근거가 없다고 할 수 없고, 교육세법령은 법인세법령과는 달리 특정 항목의 ‘수익금액’을 과세표준으로 하고 있으므로 합병이나 분할로 인하여 특정 항목에 관하여 수익이 발생하였다면 그 특정 항목의 시가를 과세대상에 포함할 필요가 있는 점, 법인세법령은 원칙적으로 합병‧분할에 따른 자산의 이전도 양도손익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도손익의 산정방법을 규정하면서 예외적으로 적격합병‧분할의 경우에 한하여 양도손익을 없는 것으로 하고 합병법인 또는 분할법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있으나, 교육세법령상 법인세법령의 적격합병‧분할에 관한 규정을 준용하거나 그와 유사한 규정을 두고 있지 않는 이상 적격합병이라는 이유만으로 임의로 수익 자체가 발생하지 아니하였다고 해석할 수는 없는 점, 청구법인이 쟁점합병으로 인하여 별도의 손익을 인식하지 않은 것은 적격합병에 대한 특례규정인 「법인세법」 제44조 제3항에 따른 것이므로, 그러한 특례가 적용되지 아니하는 교육세에서도 동일한 회계처리기준이 적용된다고 할 수는 없는 점 등에 비추어 피합병법인이 2014년 제3기에 대한 교육세 신고시 합병으로 승계한 자산의 시가와 장부가액과의 차이를 양도차익으로 산정하여 교육세 과세표준에 포함한 것은 객관적이고 합리적인 산정방법이라 할 것이다.

따라서 처분청이 유가증권 등에 대한 처분이익을 교육세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.