가. 청구법인은 2011.4.1. 「지방공기업법」에 의하여 설립된 OOO(이하 “종전법인”이라 한다)의 합병에 따라 신설된 지방공사로서 2011.5.16. OOO으로부터 OOO 잡종지 17,688.9㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 현물출자 받아 취득한 후 2011.6.2. 처분청에 OOO(2011.6.2. 조례 제4200호로 개정되기 전의 것, 이하 “감면조례”라 한다) 제13조 제2항 규정에 의한 감면대상으로 신고하여 취득세를 면제받았다.

나. 청구법인은 처분청으로부터 이 사건 토지를 취득한 날로부터 1년 내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우 면제받은 취득세 등을 신고납부하여야 한다는 안내를 받고, 2012.6.14. 「지방세법」제11조 제1항에 따른 일반세율과 같은 법 제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고한 다음, 2012.6.29. 처분청에 이 사건 토지가 「조세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제2항에 따른 감면대상에 해당한다고 보아 처분청에 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2012.7.2. 감면이 불가함을 청구법인에게 통지하고, 신고 후 미납부한 OOO원(가산세 포함)을 2012.7.13. 청구법인에게 무납부고지 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.11. 이의신청을 거쳐 2013.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 종전법인 중 OOO가 2010.5.12. OOO으로부터 이 사건 토지를 현물출자 받기로 하여 2010년 10월 OOO 이사회의 의결을 거쳐 등기하고자 하였으나, 행정안전부의 지방공기업별 경영개선명령인 통합추진의 권고로 인하여 OOO의 자산으로 등기가 불가능하게 되어 청구법인 설립 이전에 자산으로 등재할 수 없었으며, 그 후 행정안전부장관의 공기업선진화 방침에 따라 종전법인의 흡수·합병 이후에 이 사건 토지를 취득한 것은 종전법인의 자산으로 인정되어야 할 정당한 사유에 해당하는것으로서, 이 사건 토지를 합병에 따라 양수한 재산으로 보아 「조세특례제한법」제120조 제2항 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다.

(2) 청구법인의 정관에 토지개발을 위한 토지의 ‘비축’이 사업목적으로 등재되어 있으며, 감면조례의 취지가 지방공기업에 대한 재정지원에 있는 점, 청구법인의 사업목적이 주민의 복리증진에 있는 점, 2010년 현물출자 추진 시 이 사건 토지는제1종 지구단위계획(특별계획구역) 시행지침에 의거개발하여야 하는 토지로 주 허용용도가 방송영상산업 관련시설로 제한되어 있어 가격, 용도, 규모 및 입지적 한계 등 사업대상지의 제약을 극복하기 위해서는 우선 사업시행자 유치가 선행된 후 지구단위계획상의 용도를 현실적으로 변경하여 다양한 유치시설 등이 가능하도록 지구단위계획 변경 절차를 이행하는데 장기간의 시간이 필요하며, OOO에 입지하여 자체 집객력이 있는시설의 유치가 반드시 필요한 지역으로 세계 금융시장의 악재속에 부동산개발은 타당성 검토 및 민간자본 유치를 위한 투자의향 타진 등의 신중한접근이 필요하고, 인허가 절차이행과 개발계획수립 및 사업자 구성에 따른기간이 장기간 소요됨에 따라 동 부지에 대한 현물출자 후 1년 이내 개발사업착수는 불가한 여건인 점,행정안전부 지침에 의한 예상치 못한 통합으로 업무추진이 원활할 수 없었던 점, 이 사건 토지를 사용하기 위해 진지한 노력을 다한 점 등에 비추어이 사건 토지를 유예기간 내에 고유목적에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’를 인정하여야 하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제120조 제2항 및 같은 법 시행령 제116조 제7항에서 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병에 따라 양수하는 재산의 취득에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있는바, 위 규정에서 ‘합병에 따라 양수하는 재산’이라 함은 법인이 합병을 함으로써 해산된 법인의 부동산 등을 취득하는 경우를 의미하는 것이다.

그런데, 청구법인의 경우 OOO가 2010년 4월 이 사건 토지의 현물출자에 대한 의회의 승인을 얻어 2010년 5월 현물출자 증서를 발급하고 동시에 현물출자에 따른 이행각서를 제출받은 사실을 볼 때, 그 당시 이 사건 토지를 합병전 OOO에게 현물출자를 하고자 하는 계획이 있었던 것으로는 보이나, 실제로는 OOO의 합병으로 2011.4.1. 청구법인이 설립된 이후인 2011.5.16. OOO으로부터 이 사건 토지를 취득한 이상, 위 규정을 적용할 여지가 없다 할 것이다.

(2) 감면조례에서 “직접 사용”이란 당해 공사가 부동산 취득 후 의무사용기간 내에 자기명의로 취득목적에 맞게 사용하는 하는 것을 의미하는 것으로, 비록 청구법인의 정관에 토지의 취득·비축을 청구법인 업무의 하나로 규정하고 있다 하더라도, 청구법인이 이 사건 토지를 취득·보유하는 것만으로는 고유 업무에 직접 사용하는 것으로 인정하기는 어렵다(대법원 1999.4.23. 선고, 97누11423 판결 참조) 하겠고,

위 감면조례에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과세하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2009.1.15. 선고, 2006두14926 판결 참조),

청구법인의 경우,이 사건 토지는 일반상업지역으로 취득할 당시 1년 이내에 그 목적사업으로 직접 사용할 수 없는 법령이나 외부적 사유는 없었으며, 취득 이전인 2010.7.6.(합병전) OOO가 현 도시관리계획 하에 활용방안(교육시설)을 검토한 사실이 있었던 점을 볼 때, 사업 계획의 수립 및 관련 인허가 절차 이행 등 준비기간이 장기간이 소요된다는 사실은 이 사건 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 「조세특례제한법」제120조 제2항의 법인 간 합병에 따른 재산의 취득으로 볼 수 있는지 여부

② 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 자본확충 목적으로 부동산을 현물출자 받아 사업을 추진하는 과정에서 부동산의 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) OOO감면조례

제13조(지방공사 등에 대한 감면) ① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 전동차에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한정한다)에 대하여는 등록면허세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다. (단서 생략)

③ 제1항 및 제2항의 경우 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법

제120조(취득세의 면제 등) ② 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산의 취득에 대하여는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다. (단서 생략)

(3) 조세특례제한법 시행령

제116조 ⑦ 법 제120조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 합병"이란 합병일 현재 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 합병일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우만 해당한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 "합병법인"이라 한다) 간의 합병을 말한다.

(4) 지방공기업법

제1조(목적) 이 법은 지방자치단체가 직접 설치·경영하거나, 법인을 설립하여 경영하는 기업의 운영에 필요한 사항을 정하여 그 경영을 합리화함으로써 지방자치의 발전과 주민복리의 증진에 이바지함을 목적으로 한다.

제2조(적용 범위) ① 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다) 중 제5조에 따라 지방자치단체가 직접 설치ㆍ경영하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사업(이하 "지방직영기업"이라 한다)과 제3장 및 제4장에 따라 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.

1. 수도사업(마을상수도사업은 제외한다)

2. 공업용수도사업

3. 궤도사업(도시철도사업을 포함한다)

4. 자동차운송사업

5. 지방도로사업(유료도로사업만 해당한다)

6. 하수도사업

7. 주택사업

8. 토지개발사업

제49조(설립) ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 "공사"라 한다)를 설립할 수 있다. 다만, 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 공사를 설립하기 전에 관할 시·도지사와 협의하여야 한다.

② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.

(5) OOO(청구법인) 설립 및 운영 조례

제1조(목적) 이 조례는 「지방공기업법」 제49조에 따라 OOO의 설립과 운영에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제4조(자본금) ⓛ공사의 수권자본금은 정관으로 정하고 OOO가 전액 현금 또는 현물로 출자한다.

제21조(사업) 공사는 다음 각 호에 해당하는 사업을 한다.

1. 토지개발 등을 위한 토지의 취득·개발·비축 및 공급·임대관리

2. 주택 및 일반건축물의 건설, 개량, 공급, 임대 및 관리

3. 관광지, 리조트 등 위락단지 조성 및 관리

7. 국가 또는 시가 대행 또는 위탁한 업무 등

(6) OOO(청구법인) 정관

제16조 ① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 행한다.

1. 토지개발 등을 위한 토지의 취득·개발·비축 및 공급·임대관리

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기사항일부증명서 등을 보면, 청구법인은 「지방공기업법」에 따른 지방공사로서 ‘지방공기업선진화계획’에 따라 2011.4.1. OOO의 합병과 OOO의 100% 출자로 설립된 것으로 나타나며, 합병 전 종전법인의 설립일과 합병당시 자산가액은 아래 <표>와 같다.

(2) OOO의 이 사건 토지에 대한 현물출자 관련 추진내역을 보면, 다음과 같이 나타난다.

(가) OOO은 2010.2.18. OOO 설립 후 2010.4.20. OOO의 승인을 얻어 합병 전인 2010.5.12. OOO의 자본금을 증자하고자 출자증서를 첨부하여 OOO에게 현물출자 문서를 발송하였으며, 위 “현물출자에 따른 이행각서”상의 주요 내용은 다음과 같이 되어 있다.

1) 현물출자한 재산에 대하여 공사는 시와의 협의 없이 임의로 처분할 수 없으며, 시가 공공의 목적 또는 부득이한 사정으로 인하여 출자재산이 필요하다고 인정할 경우, 공사는 해당재산을 시에 환원하여야 한다.

2) 현물출자된 재산은 출자 전 시가 사용할 때의 본래의 기능이 존속되어야 하며, 공사는 기능유지에 지장을 주어서는 아니 된다. 다만, 시와 협의된 경우에는 그러하지 아니하다.

3) 공사에 큰 자본금이 필요하지 않다고 판단되어 시의 현물출자 재산의 환원요구가 있을 경우, 공사는 이에 따라야 한다.

(나) OOO는 2010.5.12. 이 사건 토지에 대한 현물출자 증서를 받으면서 실제로 주식을 발행하거나, 현물출자(증자)에 따른 회계처리를 하지 아니하였는바, 이 사건 토지의 현물출자에 따른 등기가 2010.3.19. 행정안전부의 ‘지방공기업 경영효율화 선진화방안 확정’, 2010년 5월 실시된 신설 지방공기업의 경영실태 점검 및 2010년 6월 신설 지방공사 통합 권고 등의 방침에 따라 OOO의 이사회 안건으로 상정되지 못한 것으로 나타난다.

(다) OOO은 2010.9.27. 행정안전부로부터 신설공기업인 OOO간의 통합 추진 권고를 받고, 2010.11.16. 통합추진 기본계획을 확정한 다음, 2011.3.31. 위 종전법인의 해산 후 2011.4.1. 청구법인으로 통합 출범되었다.

(3) 2011.4.11. 현물출자 관련 청구법인의 이사회 승인 보고서 등에서 확인된 이 사건 토지의 출자 목적을 보면, 설립자본금 OOO원으로는 신규사업 추진이 불가하므로 현물출자를 통하여 청구법인의 자본금을 확충(공사채발행 등)함으로써 목적사업의 추진이 원활히 이루어지도록 하고자 하는데 있는 것으로 나타난다.

(4) 청구법인의 ‘현물출자인수증’을 보면, OOO은 청구법인이 설립된 이후인 2011.5.16. 청구법인에게 이 사건 토지를 현물출자OOO하여 청구법인이 이를 인수한 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 이 사건 토지 및 OOO 토지의 현물출자를 통한 주식매수에 따라 자본금이 OOO원이 증가되었고, 2011.6.2. 이를 법인등기부등본에 등기하였다.

(6) 청구법인은 2011.5.16. 취득한 이 사건 토지가 현물출자로 취득한 것으로서 구OOO」 제13조 제2항 규정에 따른 감면대상이라 하여 2011.6.2. 처분청에 취득신고를 하고, 같은 날 소유권이전등기를 경료하였다.

(7) 처분청 세무공무원이 2012.6.19. 이 사건 토지에 출장하여 확인한 후 작성한 결과보고서와 촬영사진에 의하면, 이 사건 토지는 농작물이 심겨져 있는 것으로 나타나며, 청구법인은 이 사건 토지의 원활한 사업추진을 위하여 2013.1.25. 무단경작 방지용 담장을 설치하였다.

(8) 이 사건 토지의 사용용도 제한 및 용도변경 내역 등을 보면, 다음과 같다.

(가) 이 사건 토지 취득 당시의 ‘토지이용계획확인서’를 보면, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 일반상업지역, 제1종지구단위계획구역으로 나타나며, 그에 따른 OOO 제185조(허용용도)에서 주용도는 방송영상산업관련시설, 허용용도는 OOO으로 하도록 되어 있고, 제186조(건축물의 높이)에서 최저층수 5층 이상, 최고층수 10층 이하로 하도록 되어 있다.

(나) 위 (가)에서 OOO 제1종지구단위계획 중 ‘특별계획구역’이란 지구단위계획구역 중에서 현상설계 등에 의하여 창의적 개발안을 받아들일 필요가 있거나 계획의 수립 및 실현에 상당한 기간이 걸릴 것으로 예상되어 충분한 시간을 가질 필요가 있을 때 별도의 개발안을 만들어 지구단위계획으로 수용 결정하는 구역을 말하는 것으로 나타나며, 허용용도 중 OOO은 벤처기업집적시설, 소프트웨어진흥시설, 도시형공장 등의 시설을 말하는 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 이 사건 토지의 사용을 원활히 하기 위하여 OOO에 지구단위계획 변경 요청 등의 노력을 통하여 2013.2.19. 지구단위계획 변경고시가 이루어졌는바, 동 변경고시를 통하여 이 사건 토지의 대지분할이 가능하도록 하고, 주용도(방송영상시설)를 권장용도로 변경하며, ‘특별계획구역’ 지정이 폐지됨으로써 본격적인 사업추진이 가능하게 되었다.

(9) 청구법인이 2011.5.16. 이 사건 토지를 취득하기 전후 종전법인인 OOO 및 청구법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 추진한 내용은 다음과 같이 나타난다.

(10) 청구법인의 목적사업을 보면, 법인등기부등본 및 정관 제16조 제1항 제1호에 ‘토지개발 등을 위한 토지의 취득·개발·비축 및 공급·임대관리’로 되어 있다.

(11) 위 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 쟁점별로 살펴본다.

(가) 쟁점①에 대하여 본다.

「조세특례제한법」제120조 제2항 및 같은 법 시행령 제116조 제7항에서 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병에 따라 양수하는 재산의 취득에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있는바, 위 규정에서 ‘합병에 따라 양수하는 재산’이라 함은 법인이 합병을 함으로써 해산된 법인의 부동산 등을 취득하는 경우를 의미하는 것으로, 청구법인의 경우 종전법인 간의 합병에 따라 이 사건 토지를 취득한 것이 아니라 종전법인의 합병일(2011.4.1.) 이후인 2011.5.16. OOO으로부터 이 사건 토지를 현물출자로 취득하여 증자한 이상, 위 규정의 적용대상이 아니라고 하겠으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(나) 쟁점②에 대하여 본다.

구OOO」제13조 제1항과 제3항에서 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 하면서 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 하겠는바(대법원 2009.8.20. 선고, 2008두11372 판결 등 참조),

위 규정에서 “직접 사용”이란 부동산 취득 후 의무사용기간 내에 그 사용용도에 맞게 사용하는 하는 것을 의미하는 것으로, 비록 청구법인의 정관에 토지의 취득·개발·비축 및 공급 등을 목적사업의 하나로 규정하고 있다 하더라도 청구법인이 이 사건 토지를 취득한 상태로 단순히 보유하고 있는 것만으로는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 인정하기는 어렵다고 하겠고,

또한, “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라 할지라도 부동산 취득 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것(대법원 1998.7.10. 선고, 98두726 판결 참조)으로,이 사건 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 OOO 제1종지구단위계획구역 중 특별계획구역으로 지정되었다고 하더라도 이러한 사실은 청구법인이 이 사건 토지를 취득하기 전에 충분히 알 수 있었다고 보이는 점, 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에청구법인 내부적으로 제1종지구단위계획시행지침을 재검토하고,OOO과 지구단위계획을 변경하고자 협의한 사실 외에 어떠한 사업도 진행한 사실이 나타나지 않는 점 등에 비추어 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하기는 어렵다고 하겠다.

따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.