1. 관련법령.

(1) 국세기본법 제55조【불 복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(2) 국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고 결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고 결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(3) 국세기본법 제68조【청구기간】① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조제2항의 규정을 준용한다.

2. 적법한 심판청구인지 여부

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 제시증빙에 의하여 이 건 심판청구가 이루어 진 과정을 보면 아래와 같다.

(가) 청구법인은의약품 제조업을 영위하는 법인으로서 2003～2005 사업연도 법인세와 관련하여 해외특수관계자와의 거래에 대한 인정이자 계산을 법인세법 시행령 제89조에 따른 당좌대출이자율(11.27%)에서 국제조세조정에관한법률 시행령 제15조제3호에의한 이자율(국제금융시장의 실세이자율을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율 : LIBOR 12month)로 변경하여 경정해 달라는 청구를2006.9.8.제기하여, 2006.12.14. 법인세 133,535,340원과 그에따른 환급가산금 10,612,240원을 처분청으로부터 환급받은 사실이 경정청구서 및 경정청구 결과통지서에 의해 확인된다.

(나) 또한,청구법인은 경정청구기간이 경과한 2002 사업연도 법인세에 대해서도 기경정청구건과 동일한 방식에 의해 처리되어 있다는 이유를 들어 230,919,475원의 인정이자를 감액하여 기납부한 세금을 환급해 주도록 요청하는 법인세 직권경정의뢰서를 2007.3.8. 처분청에 제기하였다.

처분청은 이에 대하여 2007.5.12 고충처리위원회를 개최하여 납세자 고충해소차원에서 청구법인의 직권경정의뢰를 받아들이기로 결정하고 2007.6.15.청구법인에게 2002 사업연도 법인세82,641,240원을 환급하였음이 법인세 과세표준 및 세액경정결의서에 나타난다.

(다) 청구법인은 2007.6.15.에 처분청이 환급한 법인세와 관련하여 환급가산금이 포함되지 아니하였다고 하여 이의 시정을 요청하는 법인세등 직권경정의뢰서를 2007.6.20 제출하였고, 처분청은 이에 대해 경정청구기간이 경과한 2002 사업연도 법인세 환급과 관련한 가산금은 지급하지 아니한다는 내용의 답변을 2007.7.6. 청구법인에 통보하였다.

(라) 청구법인은 법인세등 직권경정의뢰를 수용할 수 없다는 처분청의 통지에 대하여 2007.8.23. 이 건 심판청구를 제기하였다.

(2) 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 보면, 국세기본법 제45조의 2 제1항에서 ‘과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년〔2005년 7월 13일 법 개정으로 경정청구기간을 당초 2년에서 3년으로 1년 연장하였으며, 동 개정규정은 2005년 7월 13일 당시 종전의 규정에 따른 기간(2년)이 경과하지 아니한 분부터 적용함〕이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 그 제1호에서는 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’라고 규정하고 있다.

청구법인이 2006.9.8. 제기한 2003～2005 사업연도 법인세 관련 경정청구에 대해서는 경정청구기간이 3년으로 확대시행되는 시점인 2005년 7월 13일 당시에 종전 규정에 의한 기간(2년)이 경과하지 아니한 상태이므로 변경된 경정청구기간 3년이 적용되어 적법한 청구라고 할 수 있으나, 2007.6.20. 청구법인이 2002 사업연도 법인세 환급과 관련된 가산금 미지급분을 지급해 달라는 취지로 처분청에 제출한 직권경정의뢰서는 2005년 7월 13일 개정규정(경정청구기간을 3년으로 연장) 시행전에 이미 과세표준신고서 제출시기로부터 2년이 경과한 시점에서 이루어져 경정청구기간이 2005.3.31일에 이미 완료되었다는 사실을 감안할 때 적법한 경정청구로 인정될 수는 없다고 하겠다.

따라서 처분청이 경정청구기간을 경과한 사안에 대해 납세자의 고충해소차원에서 직권으로 경정하여 기납부한 법인세를 환급해 주는 것은 별론으로 하더라도, 경정청구기간을 명백하게 경과한 상태에서 제출된 이 건 법인세등 직권경정의뢰는 법률에 규정된 납세자의 권리에서 이루어진 것이라기보다는 처분청의 자율적인 처리를 기대하는 단순한 민원의 성격에 해당된다고 할 수 있으며, 이러한 직권경정요청에 대한 처분청의 수용거부통지 역시 민원의 회신에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분이라고 할 수는 없는 것(OOO,2006. 4.25. 외 다수 같은 뜻)이므로 이 건 심판청구는 불복대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 적법한 청구가 아니라고 판단된다.

3. 결론

이 건 심판청구는 적법한 심판청구가 아니므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.