가. 청구인은 2007.5.2. OOOOO OO OOO OOOOO OOOO OOOOOOOO OOOOOO OOOOOO”이라는 상호로 사업자등록 후 중고자동차 수출업을 영위하는 계속사업자로, 2007년 제2기부터 2009년 제2기 부가가치세 과세기간중 「조세특례제한법」제108조의 재활용폐자원 매입세액공제특례규정을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 연간 공급대가 4,800만원 이상자·일반과세자·총급여 2,000만원 이상자(이하 “부당공제유형자들”이라 한다)로부터의 매입신고분에 대하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제를배제하여 2010.3.29. 청구인에게 부가가치세 18,086,680원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.13. 이의신청을 거쳐 2010.9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

거래상대방의 연간 공급대가가 4,800만원 이상인지를 거래당시에는 전혀 알 수 없었고 거래 또한 단 1회로 사업자가 아닌 것으로 판단하여 매입세액공제를 신청한 것이므로 불공제하더라도 처분청이 직권으로 사업자등록 후 그 이후 거래분에 대하여 불공제하는 것이 타당하고, 일반과세자로부터 구입한 경우도 그 자동차가 가정용(비업무용)으로 사용되고 자동차 구입 및 비용을 재무제표에 반영하지 않았다면 재활용폐자원 매입세액 공제가 가능할 것이며(국심2003구2833, 2004.2.27.), 급여소득자로부터 중고자동차를 매입한 것은 매입세액 불공제 사유가 아님에도 2,000만원 이상 급여소득자와의 거래분에 대하여 재활용폐자원 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

부당공제유형자들로부터의 매입분에 대하여 청구인이 제출한 서류에 의하여는 당해 거래가 실지거래임을 인정할 수 없고 실지거래여부를 확인할 수 있는 증빙자료를 제출하지 않고 있으므로 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제108조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 국가, 지방자치단체 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 2013년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 106분의 6(중고자동차에 대해서는 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 110분의 10을, 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 109분의 9를 각각 적용한다)을 곱하여 계산한 금액을 「부가가치세법」 제17조 제1항에 따른 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

②제1항에따라재활용폐자원을수집하는사업자가재활용폐자원에대한부가가치세매입세액공제특례를적용받는경우에는부가가치세확정신고를할때해당과세기간에해당사업자가공급한재활용폐자원과관련한부가가치세과세표준에100분의80(2007년12월31일까지취득한재활용폐자원에대해서는100분의90을적용한다)을곱하여계산한금액에서세금계산서를발급받고매입한재활용폐자원매입가액(해당사업자의사업용고정자산매입가액은제외한다)을뺀금액을한도로하여계산한매입세액을매출세액에서공제할수있다.이경우「부가가치세법」제18조에따른예정신고및같은법제24조제2항에따른환급신고를할때이미재활용폐자원매입세액공제를받은경우에는같은법제19조에따른확정신고를할때정산하여야한다.

③제1항및제2항을적용하는경우재활용폐자원및중고자동차를수집하는사업자의범위,재활용폐자원및중고자동차의범위,매입세액공제방법,그밖에필요한사항은대통령령으로정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제110조【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례】① 법 제108조 제1항에서 "기타 대통령령이 정하는 자"라 함은 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 「부가가치세법」 제25조에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

2. 「자동차관리법」에 의하여 중고자동차매매업등록을 한 자

4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

1.재활용폐자원

2. 중고품 : 「자동차관리법」에 따른 자동차(중고자동차에 한한다)

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 「부가가치세법」 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조의규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 다음 각호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1.공급자의등록번호(개인의경우에는주민등록번호)와명칭및대표자의성명(개인의경우에는그의성명)

2.취득가액

(3) 부가가치세법 제25조【간이과세】① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 "공급대가"라 한다)가 4천800만원이상 동금액의 100분의 130에 해당하는 금액이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "간이과세자"라 한다)에 대하여는 제4장부터 제6장까지의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다.다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1.간이과세가적용되지아니하는다른사업장을보유하고있는사업자

2.업종ㆍ규모ㆍ지역등을고려하여대통령령이정하는사업자

⑤ 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1력년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 부가가치세법 시행령 제74조【간이과세의 범위】① 법 제25조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 4천800만원을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 이의신청(2010.4.13.)에 대하여 처분청은 실제매입에 관한 사실관계를 조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 결정하는 것으로 결정(OOO 2010-66, 2010.5.13)하였으며, 동 결정에 따라 재조사한 결과 당초 처분이 정당하다는 세무조사결과를 2010.6.25. 청구인에게 통지한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청이 조사한 바에 의하면,청구인의 거래상대방 중 일반사업규모이상으로 분류된 OOOO 2007년 연간판매액이 241,881천원에 달하여 연간 공급대가가 4,800만원을 초과하는 것으로 나타나는 등 재활용폐자원 관련 부당공제 내역은 아래 <표>와 같다.

O OO OOOOO O,OOOOO OO, OO OOOO O,OOOOO OO

(3) 재조사 결과에 따르면, 부당공제유형자들부터 실제로 매입하였는지를 확인하기 위하여 매입관련 서류를 요청하였으나, 청구인은 중고자동차매매중개상으로부터 매입하였다면서 실소유자인 부당공제유형자들과 작성한 매매계약서는 없다고 하였고, 청구인이 제출한 통장입·출금내역에도 실소유자인 부당공제유형자들의 이름은 나오지 않고중고자동차매매 중개상과의 거래내역만 확인된다고 기재되어 있다.

(4) 살피건대, 청구인은 중고자동차매매 중개상으로부터 중고자동차를 구입한 것으로 나타나고, 실제공급자와의 매매관련 서류 등 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로, 재활용폐자원 등의 거래내용이 사실과 다른 경우 매입세액을 공제하지 아니하도록 규정한 「조세특례제한법 시행령」제110조 제5항 규정에 따라 처분청이 청구인의 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.