가. 청구법인은 OOO동 923-6 대지 4,379.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 고유목적사업에 사용할 OOO센터를 신축할 목적으로 1995.4.26. 취득하여 공사를 진행하다 시공사의 워크아웃과 재원부족으로 1999년에 공사를 중단하였다가 재개를 위해 2008.5.29. OOO구청에 재착공 신고를 하고 2008년 귀속 재산세 감면을 받았으나, OOO구청장은 2009년 공사현장 조사시 청구법인이 2008년 5월에 공사를 재개하지 않은 사실을 확인하고 2009.11.6. 감면된 재산세 OOO원을 고지하고 처분청에 통보하였다.

나. 이에 따라 처분청은 쟁점토지를 ‘정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 건축물’로서 별도합산과세 대상에서 제외된 종합합산과세 대상에 해당한다고 보아 2010.8.9. 청구법인에게 2008년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 고지하였다.

청구법인은 쟁점토지에 대한 건물공사가 2008년까지 중단된 것에는 정당한 사유가 있었다는 취지로 행정소송을 제기하여 승소하였고OOO, 처분청은 그 결과에 따라 종합합산과세 대상에서 제외하여 2012.7.9. 별도합산과세 대상으로 하여 2008년 귀속 종합부동산세를 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 위 행정법원 판결이 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 의한 판결에 의한 경정청구 대상이라고 보아, 종합합산과세 대상으로 이미 납부한 2005년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2006년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2007년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2009년 귀속 종합부동산세 OOO원에 대해서도 별도합산과세 대상으로 경정해 줄 것을 2012.7.11. 처분청에 경정청구 하였으나 처분청은 청구법인의 경정청구는 후발적 경정청구 사유에 해당되지 아니한 것으로 보고, 2005년～2007년 귀속 종합부동산세는 부과제척기간 및 경정청구기간이 경과하였고, 2009년 귀속 종합부동산세는 불복청구기간이 경과하였다 하여 2012.8.27. 청구법인에게 경정청구거부 통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.2. 이의신청을 거쳐 2013.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「국세기본법」에서는 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 그 확정된 것을 안 날로부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다. 여기서 “판결”이란 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그것이 판결의 주문과 이유에 의하여 객관적으로 확인되는 경우(부산지방법원 2010구합3955, 2011.1.27.) 또는 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말한다(조심 2009중2012, 2009.12.14. 참조).

OOO행정법원의 판결OOO은 주문에서 2008년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세의 각 부과처분을 취소한다고 하면서 이유의 판단에서는 정당한 사유없이 6개월 이상 공사가 중단된 상태였는지 여부에 이 사건의 쟁점이라고 규정하고, 결과적으로 건물의 공사착공부터 완공까지의 상황으로 보아 착공이 이루어진 1996년 4월경부터 이 사건 과세기준일인 2008.6.1. 당시까지 공사가 중단된 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 판단하였고, 따라서 쟁점토지는 별도합산과세 대상으로 보아야 한다고 판단하였다.

상기 판결은 1996년 4월경부터 2008.6.1.까지 건물의 공사가 중단된 정당한 사유를 쟁점으로 하여 명확히 다투고 있으며, 이를 판결의 이유 부분에서 객관적으로 확인할 수 있으므로 「국세기본법」 제45조의2 제2항에서 규정하는 판결에 부합하는 것이다.

또한, 종합부동산세 과세대상인 토지의 별도합산과세 대상여부는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 계산하는 데 영향을 미치는 것으로, 판결의 결과가 쟁점토지의 「지방세법」 제182조에 따른 구분에 영향을 미쳐 종합부동산세의 과세표준 및 세액의 계산에 직접적인 영향을 주었으므로 위 판결은 「국세기본법」 제45조의2 제2항에서 규정하는 판결에 부합하는 것이다.

따라서, 판결에 의하여 쟁점토지의 구분이 별도합산과세 대상으로 확정된 것은 경정청구 사유에 해당하는 것이며, 청구법인은 상기에 따라 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 의거 경정을 청구할 수 있는 것이므로 처분은 부당하다.

또한, 종합부동산세는 재산세 부과처분에 예속되는 것이 아니므로, 재산세 부과처분이 잘못되었다면 이와 달리 집행될 수 있는 것이며, 그 결과 2008년 종합부동산세도 행정법원에서 재산세는 종합합산대상 토지로 부과처분되었으나, 종합부동산세는 별도합산과세 대상토지로 보아 과세되는 것이 타당하다고 판결하였는바, 재산세가 종합합산으로 부과되었다고 해서 종합부동산세가 별도합산으로 부과될 수 없다는 처분청 주장은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2008년 귀속 종합부동산세 부과처분취소 판결문을 근거로 2005년∼2007년 및 2009년 귀속 종합부동산세를 경정하여 줄 것을 요청하고 있으나, 판결이란 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하며, 그 영향은 당해 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니라 할 것(수원지방법원 2009구합9162, 2010.4.21.)이므로, 해당 판결 내용은 2008년 귀속 종합부동산세만 해당되는 것으로 확정판결의 내용과 과세기간을 달리하는 사안에 대한 경정청구가 「국세기본법」 45조의2 제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고, 종합부동산세 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등 과세요건이 되는 사실관계가 다른 것으로 확정된 것도 아니며, 종합부동산세에 선행되어 과세되는 재산세 부과처분 역시 쟁점토지를 현재까지 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세 대상으로 구분하고 있다.

따라서, 청구법인이 제시한 판결문은 행정소송 대상인 2008년 귀속 종합부동산세에만 국한된 것으로 2005년∼2007년 귀속 종합부동산세에 대한 후발적 경정청구대상이 아니고, 국세부과제척기간 및 경정청구기간이 경과되었으며, 2009년 귀속 종합부동산세는 2009.12.15. 납기로 결정·고지한 건으로 불복청구기간이 경과되었으므로 경정청구 거부 통지는 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

법원의 2008년 귀속 종합부동산세 부과처분의 취소 판결이 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호의 판결에 해당되어 2005년～2007년 및 2009년 귀속 종합부동산세에 대하여 후발적 경정청구할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2 [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

제45조의2 [경정 등의 청구] ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 종합부동산세법

제11조 [과세방법] 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제182조 제1항 제1호의 규정에 의한 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 동법 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

(3) 지방세법

제182조 [과세대상의 구분] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

(4) 지방세법 시행령

제131조 [건축물의 범위 등] ① 제131조의2 제1항의 규정에 의한 건축물의 범위에는 행정안전부령이 정하는 지상정착물, 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 건축물 및 건축중인 건축물을 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 건축물을 제외한다.

제131조의2 [별도합산과세대상토지의 범위] ① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물의 부속토지"라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다. (각 호 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 「지방세법」 제288조 제2항에 규정하는 재산세 등이 감면되는 문화예술단체로서, 1995.4.26. 취득한 쟁점토지에 고유목적에 사용할 건물을 신축하다가 1999년부터 2007년까지 공사중단(공사진행율 53%)되어 동 기간에 쟁점토지에 대한 재산세 등 지방세를 감면받지 못하였으며, 청구법인은 2008.5.29. OOO구청에 재착공 신고를 하였고, 2008년 귀속 쟁점토지분 재산세 감면신청을 하였으나, 2009년 4월 청구법인은 주식회사 OOO종합건설의 투자 불이행과 청구법인의 자금부족 등의 사유로 공사계약을 해지하였으며, 2010년 4월 정부지원금 OOO억원과 은행차입금으로 공사재원을 확보하고 OOO건설 주식회사를 시공사로 선정한 후 2010년 5월 재착공 공사를 진행하여 2011년 11월 경 사용승인을 받았다.

(나) OOO구청은 2009년 공사 현장조사를 하여 청구법인이 2008년 5월에 실제 공사재개를 하지 않고 2010년 4월에 공사재개를 한 것으로 보아 감면배제하고, 2009.11.6. 2008년 귀속 쟁점토지분 재산세 OOO원을 수시 부과하였으며, 청구법인은 이에 대한 불복없이 2009.11.19. 납부하였으나, 처분청이 2008년 귀속 재산세 수시부과자료에 의거 2010.8.9. 종합부동산세 과세대상인 쟁점토지분의 종합합산과세 대상으로 2008년 귀속 종합부동산세 등을 경정·고지한 것에 대하여, 청구법인은 쟁점토지분 종합부동산세를 부과함에 있어 재산세와는 별개로 종합부동산세 과세대상 여부를 검토하여야 한다고 주장하면서 이의신청, 심판청구를 거쳐 2012.5.29. OOO행정법원의 판결OOO을 받았다(항소포기로 판결 확정).

(다) OOO행정법원 OOO 사건은 소송수행청의 의견과 달리 OOO고등검찰청의 “항소포기 지휘”에 따라 2012.5.29. 확정되었으며, 처분청은 2012.6.6. 종합합산과세 대상으로 과세한 2008년 귀속 종합부동산세(농특세 포함) OOO만원을 취소한 후, 2012.7.9. 별도합산과세 대상으로 구분하여 종합부동산세를 부과하였다.

(라) 국세통합전산망에 의하면, 처분청은 청구법인이 쟁점토지에 대한 2005년～2007년 귀속 종합부동산세를 신고·무납부하여 고지하였으며, 2009년 귀속 종합부동산세를 부과·고지한 것으로 아래와 같이 나타난다.

(OO : OO)

(마) 서울행정법원의 판결에 따라 연도별 쟁점토지분 재산세 및 종합부동산세 과세현황은 아래와 같다.

(2) 청구법인은 법원 판결문에서 건물의 공사착공부터 완공까지의 상황으로 보아 착공이 이루어진 1996년 4월경부터 과세기준일인 2008.6.1. 당시까지 공사가 중단된 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 판단하고 있으므로 2008년만 귀속되는 판결이 아니라 2005년부터 2007년까지도 모두 귀속되는 판결이라고 주장하면서 아래 증빙서류를 제시하고 있다.

(가) 청구법인이 제시한 OOO센터 공사 진행상황은 아래와 같이 나타난다.

(나) OOO행정법원 판결문OOO의 주문 및 주요판단 내용은 아래와 같이 나타난다.

(3) 살피건대, 「국세기본법」 제45조 제2항의 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있고, 이 중 같은 항 제1호의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2009두22379, 2011.7.28. 참조) 할 것이다. 또한, 판결로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 당해소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설령 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것은 아니라(조심 2010서2829, 2011.6.28. 참조) 할 것이다.

청구법인은 OOO행정법원이 1996년 4월부터 2008.6.1.까지 쟁점토지에 공사가 중단된 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 판단하였으므로 2005년～2007년까지 모두 귀속되는 판결이라고 주장하나, OOO행정법원 판결OOO은 납세의무 성립 당시 이미 존재한 사실관계에 대하여 과세관청과 법적 판단을 다르게 하여 2008년 귀속 종합부동산세를 취소한 것이지 2005년～2007년 및 2009년의 종합부동산세의 신고·납부 또는 부과·고지행위를 무효로 보거나 취소하여야 한다는 판결로 보기 어려운 점, 청구법인이 2005년～2007년 및 2009년 귀속 종합부동산세의 과세표준 및 세액에 대하여 「국세기본법」에 따른 경정청구 또는 이의신청, 심판(심사)청구를 함으로써 구제를 신청할 수 있었던 점, 과세관청에 의한 관계 법령의 해석과 다르게 해석을 한 OOO행정법원 판결OOO은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용으로 확정되었다고 볼 수 없는 점 등으로 볼 때, 2008년 귀속 종합부동산세에 대한 법원의 판결은 「국세기본법」 제45조의2 제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 보기 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 2005년～2007년 및 2009년 귀속 종합부동산세에 대하여 경정청구기간 또는 불복청구기간이 경과한 것으로 보아, 청구법인의 경정청구를 거부한 통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.