가. 청구법인은 2003.3.18. 개업하여 중소형 디스플레이의 유리 소재를 화학물질인 불산을 이용하여 얇게 가공(식각)하는 업체로, 2013년 1월경부터 2013년 5월경까지 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 OOO원(공급가액) 상당의 불산을 공급받은 것으로 하여 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.5.17.～2017.6.5. 청구법인에 대한 세무조사(이하 “2차 조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO원 상당의 불산을 공급받고 세금계산서는 사실과 다르게 OOO이 OOO에게, OOO은 다시 청구법인에게 각 교부한 것으로 보아 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2017.7.17. 청구법인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2017.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO 청구법인 간의 불산거래(이하 “쟁점거래”라 한다)의 당사자들이 모두 실질 사업자들이고, 쟁점세금계산서 또한 정상적으로 체결된 상품공급계약에 의하여 작성되어 실제 재화의 공급이 있었을 뿐만 아니라, 2013년 5월에 실시한 OOO 및 청구법인에 대한 세무조사(이하 “1차 조사”라 한다)에서 쟁점거래 관련 거래증빙 일체를 제출하여 정상거래임을 이미 인정받은 점을 더하여 보면 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보기는 어렵다.

OOO은 OOO 서비스종합 전문기업으로 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 연관된 식각업체들을 대상으로 불산의 구매대행을 제안하다가 2011.7.21. 관련 유해화학물질 알선중개업허가를 받았으며,

쟁점거래는 ① 청구법인이 수요에 따라 원자재(불산)를 OOO의 웹사이트(이하 “OOO”이라 한다)를 통해 발주하고, ② OOO은 이를 접수하여 OOO에 출고지시하며, ③ OOO은 수입컨테이너야드에 보관 중인 원자재를 청구법인에 배송하고, ④ 청구법인의 납품확인 후 OOO이 세금계산서를 발행하며, ⑤ 청구법인은 OOO에 물품대금을 결제하고, OOO은 청구법인의 정산유무와 상관없이 OOO에 대금지급을 하는 시스템에 의해 통제되는바, 쟁점거래는 가공거래가 아니다.

또한, 조사청이 1차 조사에서 쟁점거래를 정상거래로 인정하고 2013.8.19. 세무조사결과통지를 함으로써 과세관청의 공적인 견해표명이 있었고, 이를 신뢰한 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 1차 조사와 다르게 2차 조사에서 쟁점거래를 가공거래로 보아 한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에도 반한다.

(2) 1차 조사 당시 쟁점거래와 관련하여 조사대상기간인 2012년 및 2013년 제1기분 거래증빙 일체를 조사청에 제출하고 소명한 사실이 있으며, 조사청은 특별한 언급 없이 조사를 종결하였으므로 2017년도에 실시한 2차 세무조사에서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 중복조사에 해당한다.

당초 청구법인은 OOO으로부터 불산을 직접 공급받다가 OOO이 모회사인 OOO을 배경으로 OOO에는 영업망 확충을 지원해 주고, 청구법인에는 구매대행을 하더라도 별도의 손해가 발생하지 않는다는 논리로 회유와 압박을 계속하여 2012.2.1. 이후 OOO으로부터 불산을 매입하게 되었고,

청구법인에 대한 1차 조사 과정에서 쟁점거래의 가공거래 혐의에 대한 소명요구를 받고 조사대상기간(2011년․2012년) 및 연결 기간인 2013년 제1기분 거래증빙 일체(세금계산서, 거래명세서, 송장, 회계전표 등)를 제출하였고, 당시 조사청은 OOO의 거래처까지 방문하여 관련 서류를 확인한 끝에 쟁점거래를 정상거래로 판명하였음에도 불구하고,

조사청은 그로부터 4년여가 지난 2017.4.6. OOO에 대하여 2차 조사를 하면서 1차 조사시 정상거래로 인정하였던 쟁점거래를 다시 사실과 다른 세금계산서 거래로 본바, 이는 1․2차 조사 간 세법적용(해석) 관점 차이에 따른 과세로, 특별한 사정이 없는 한 동일 세목․과세기간에 대하여 재조사를 금지한 「국세기본법」 제81조의4 제2항에 위배되므로 이를 기초로 한 이 건 처분 역시 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래의 관계자들(청구법인의 대표이사 OOO의 대표이사 OOO)은 “사실상 거래관계에서 갑의 지위에 있는 OOO의 매출액 부풀리기 목적으로 쟁점거래를 시작하게 되었다”는 취지로 진술한 사실이 있고, 다수의 판례에서는 명목상 거래형태에 상관 없이 외형 부풀리기 거래는 정상거래가 아니라고 판시하고 있다.

OOO의 컴퓨터에서 OOO이 OOO에 불산을 납품했던 기간인 2012～2013년의 매출처를 OOO이 아닌 청구법인으로 기재하여 관리하고 있었고, OOO을 포함하여 쟁점거래를 하기 전후 운송납품과정에 일체 변동이 없으며, OOO은 실물을 직접 보관배송한 사실이 없고, 쟁점거래와 관련하여 수수된 세금계산서의 작성일자, 발행건수, 수량, 금액 등이 완전히 동일하며, 청구법인은 OOO이 재고위험을 부담한다고 주장하나 쟁점거래는 해당 물량이 청구법인에 100% 다시 전달됨을 전제로 한 것이고, 해당 거래로 인한 OOO의 이윤은 전혀 없는바, 쟁점거래가 정상거래라는 청구주장은 수긍하기 어렵다.

또한, 조사청은 납세자의 쟁점거래에 대하여 조사결과통지서 등으로 정당하다고 공적인 견해를 표명한 사실이 없으며, 납세자도 이를 신뢰하여 쟁점거래를 계속한 사실이 없을 뿐만 아니라 쟁점거래는 가공거래로 세법에 명백히 위반되는 허위거래에 해당되므로 신의성실의 원칙 적용 대상이 아니다.

(2) 1․2차 조사는 조사대상세목이 법인세 통합조사로 동일하나 조사대상기간이 2011․2012사업연도(1차 조사) 및 2013사업연도(2차 조사)로 다르고, 청구법인이 1차 조사때 소명하였다고 주장하는 2013년 제1기 예정분 쟁점거래 자료는 1차 조사시 조사대상기간에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 당시 조사청이 작성한 쟁점거래 혐의금액(2012년 OOO원)에도 포함되어 있지 아니한바, 2차 조사는 1차 조사와 조사대상기간이 중복되는 재조사가 아니다.

쟁점거래의 특수관계법인인 동시에 2차 조사의 주조사 대상인 OOO의 대표이사 OOO은 “1차 조사 당시 OOO은 쟁점거래와 관련하여 지금처럼 구체적으로 조사하지 않았고, 별도로 자료 제출한 사실이 없으며 간단한 사실관계만 확인하였다”고 진술한바, 쟁점거래의 사실관계를 정확히 파악하기 위해서는 OOO에 대한 조사가 필수적이나 1차 조사는 이 부분이 부족하였음을 알 수 있고,

실제 2차 조사에서 쟁점거래를 가공거래로 판단한 근거는 거래 경위 및 형태에 대한 OOO의 구체적인 진술과 OOO의 컴퓨터에서 확보한 자료인바, 2차 조사는 새로운 탈루사실이 확인되어 과세한 것이므로 중복조사가 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점거래를 실물거래 없는 가공거래로 보아 과세한 처분의 당부

② 이 건 세무조사가 중복조사에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

＜쟁점① 관련＞

(1) 부가가치세법

제17조 [납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조 [결정 및 경정] ① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

＜쟁점② 관련＞

(1)국세기본법

제81조의4 [세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.

제81조의6 [세무조사 관할 및 대상자 선정] ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

제81조의9 [세무조사 범위 확대의 제한] ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제63조의2 [세무조사를 다시 할 수 있는 경우] 법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 「조세범처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 「조세범처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①과 관련하여 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) OOO(쟁점거래 당시 OOO의 대표이사)은, 조사청이 2017.5.10. 작성한 문답서에서, OOO이 쟁점거래를 요청한 이유에 대하여 ‘OOO은 OOO계열의 MRO(기업소모성자재)업체로 OOO의 매출액을 높이기 위하여 OOO과 청구법인 사이에 OOO을 끼워서 거래하도록 요청하였다’(5쪽)고 하면서, ‘청구법인이 (쟁점거래에 대하여) 어렵겠다고 의사를 밝히자 OOO에서 그럼 앞으로 OOO 뿐 아니라 OOO관련 업체와는 거래를 못할 것이라고 엄포를 놓았으며, 해당거래를 진행해주면 OOO관련 업체 중 화학약품을 필요로 하는 업체들에 대한 정보 및 영업가능하도록 연결해주겠다고 회유도 하였다. 당시 OOO을 통한 추가 거래처 연결시 OOO이 몇 프로의 수수료만 챙기고 거래처로 공급하자고 구체적인 이야기도 하였다’(6쪽)고 하였고, 쟁점거래를 정상거래로 보는지에 대하여 ‘쟁점거래가 재화는 OOO을 통하지 않고 직접 OOO로 납품되었고, 세금계산서와 자금은 OOO을 통하여 왔다갔다 했지만, 현재도 OOO을 포함한 다수의 중계업체들이 중계하는 화학약품 거래의 경우 OOO을 거치지 않고 매입처에서 매출처로 바로 납품되지만 세금계산서는 OOO이 수취․발행하고 있다. OOO과의 거래도 이와 다를바 없다고 생각한다’(9쪽) ‘(쟁점거래에 대하여) 가공거래라고 전혀 생각하지 않았다’(14쪽 상단)고 진술하였다.

(나) OOO(청구법인의 쟁점거래 당시 대표이사)은, 조사청이 2017.6.15. 작성한 심문조서에서, OOO이 제안한 쟁점거래에 대하여 ‘초기 거래후 거래관계를 빼앗아가는 대기업의 행태를 익히 아는 실정에서 굳이 대기업의 구매대행을 하는 OOO을 포함하여 거래할 이유가 없었기에 처음에는 거절하였다’(2쪽 하단)고 하였고, 쟁점거래가 진행된 계기에 대하여 ‘OOO의 엄포로 사실상 다른 매출거래로 인하여 OOO쪽으로부터 자유로울 수 없는 청구법인의 입장에서 거래처 확장에 대한 욕심도 있고 해서 해당 요구(쟁점거래)를 들어줄 수 밖에 없었다’(3쪽 중간)고 하였으며, OOO이 수수료를 가져갔는지에 대하여 ‘당초 OOO은 청구법인 납품분을 포함한 전체 거래에 대하여 OOO의 마진(수수료)을 지급해 줄 것을 요청하였으나 청구법인의 입장에서는 기존의 거래관계로 인하여 납품권한이 청구법인에 있는 거래에 OOO을 포함한다 해도 굳이 수수료를 지급할 이유가 없어, 그 이후에 OOO이 연결해 줄 거래처에 대해서는 수수료를 지급하기로 했다’(3쪽 하단)고 하였고, OOO으로부터 재화의 납품 없이 세금계산서만 끊어달라는 요청을 받았는지에 대하여 ‘실제 OOO으로부터 재화를 납품받았고, 이에 따른 거래명세서, 세금계산서에 의해 결제가 이루어졌다. 재화의 이동은 청구법인의 발주에 의하여 OOO이 OOO에 작업지시를 하였고 이에 따라 컨테이너야드에 있던 재화가 최종고객인 OOO로 직접 원재료가 납품된 것이다’(4쪽 중간)고 하였으며, 쟁점거래를 중단한 계기에 대하여 ‘최초 계약시 해당 불산거래 외에도 OOO은 다른 매출처들을 알아봐 주겠다던 OOO의 당초 제안이 잘 지켜지지 않던 차에, 조사청으로부터 1차 조사를 받으면서 쟁점거래에 문제가 있다 하여 동 거래를 지속할 이유가 없을 것 같아서 중단하였다’(5쪽)고 진술하였다.

(다) 청구법인이 작성한 ‘OOO 거래일지’(2011.2.24.～2013.6.27.)에기재된 주요 내용은 다음과 같다.

1) 2011.2.24. 청구법인과 OOO 간의 쟁점거래 관련 1차 협의에서 OOO의 OOO 과장 등은 ‘OOO은 청구법인에서 사용 중인 화학물질 구매대행을 희망하는데, OOO은 과거에도 OOO과 OOO 사이에서 불산 중계무역을 한 적이 있다’, ‘OOO 입장에서는 매출확대가 우선이며 마진에는 관심이 없으며, OOO지역이 매출 목표달성에 미달 중이어서 OOO관계사와의 매출확대 지시가 상부로부터 있었다’는 등의 의견을 개진하였으며, 2012.1.17. 쟁점거래 관련 2차 협의에서 불산 구매대행거래를 시작하기로 하고 결재기일, 계산서 발행 등 실무협의가 있었다.

2) 2013년 3월경 OOO는 OOO에 대금지급일자를 마감후 14일에서 45일로 변경하여 줄 것을 요청하였고, 2013.4.1. OOO은 ‘3월 마감분을 OOO에는 14일 이내에 기존방식대로 지급하고 청구법인으로부터는 45일 현금입금을 수용하겠다’, ‘OOO 고객이면서 OOO나 OOO의 1차 협력사는 채권양도계약을 체결하여야 한다’고 이메일로 회신하였다.

3) 2013.4.23. 청구법인과 OOO 간에 채권양도계약을 체결하고, 대금결제방식에 대하여 OOO에서 ‘4월 마감분부터는 다시 마감후 15일로 변경하자’고 하자, 청구법인은 과도하게 갑OOO의 입장에서 업무가 진행된다고 토로하면서 당초 약속한 OOO의 거래처 다변화와 매출 신장이 이루어지고 있지 않으니 이번 기회에 OOO과 OOO가 직거래 할 수 있도록 하였으면 한다고 통보하였다.

4) 2013.5.30. 쟁점거래를 직거래로 바꾸자는 청구법인의 의견에 대하여, OOO은 청구법인의 입장은 이해하나 사업계획대비 실적이 줄어든 상황이라 OOO과 계속 거래를 하겠다는 의사를 표시하였고, 청구법인은 쟁점거래가 OOO 및 청구법인에는 도움이 되지 않으므로 2013년 5월까지만 하고 더 이상 거래를 하지 않겠다는 입장을 통보하면서 청구법인을 비롯한 관계사가 조사청으로부터 세무조사를 받고 있음을 전달하였다.

5) 2013.6.10. 및 2013.6.24. 1차 조사에서 조사청이 쟁점거래를 가공거래로 보고 있어 거래의 정당성을 소명할 필요가 있으므로 OOO이 적극 대응해 줄 것을 요청하였고, OOO에서는 본사(회계팀 등)와 협의한바 문제가 없다고 회신하였다.

(라) 청구법인은 OOO의 구매대행업체인 OOO과 거래하는 모든 업체들은 OOO의 자체 전산시스템인 OOO을 이용하여야 하기 때문에 쟁점거래의 경우에도 발주, 거래명세서, 출하지시, 납품확인 등 전 과정에서 OOO이 구축한 전자상거래시스템인 OOO을 이용하여 이루어졌다고 주장하면서, 발주서, OOO에서 화면캡쳐한 쟁점거래 관련 거래명세서․자재출고지시서, 대금지급내역, 청구법인과 OOO 간에 작성된 상품공급계약서(2012.2.1.), 청구법인이 OOO에 대하여 보유하고 있는 채권을 OOO에 양도(담보물 제공)하기로 한 채권양도계약서(2013.4.23.) 등을, 그 외 OOO이 불산제품을 취득하기 위하여 필요한 유해화학물질판매업 변경허가증(2017.2.6.) 등을 심리자료로 제출하였다.

(마) 우리 원 선결정례(조심 2016서1118, 2017.1.31.)에 의하면, OOO이 운용하는 전자상거래시스템인 OOO이 OOO과 OOO 간 대·중소기업 상생 출연 협약(2007년 8월)에 따라 중소기업의 원가절감 및 수익성 향상에 도움을 주고자 전자상거래보증을 통하여 원부자재 구매에 필요한 담보나 결제자금을 지원하기 위해 설계된 것으로 나타난다.

(바) 조사청이 청구법인에 대한 1차 조사 당시 작성한 내부서류인 ‘(조사)진행사항’에서, ‘OOO 우회거래 OOO원(가공매입․매출)’이 포함되어 있으나, 1차 조사 후 통보된 세무조사결과통지서 등에서 쟁점거래와 관련하여 과세한 사실은 없는 것으로 확인된다.

(사) 청구법인 및 OOO 등의 「조세범처벌법」 위반 혐의와 관련하여, OOO검찰청 OOO은 “쟁점거래 중 2012년 거래에 대하여 1차 조사를 통하여 과세 등 없이 종결된 사실이 있고, OOO과 청구법인 간의 양자 거래가 3자 거래로 전환된 계기가 OOO의 회유와 협박성 영업행위에 따른 것으로 보여지나, OOO의 우월적 지위에서의 거래요구, OOO이 중개수수료를 수취하지 않은 사실, OOO의 내부문서에서 OOO이 거래처로 확인되지 않는 사실, 1차 조사 이후 쟁점거래를 중단한 사실만으로는 OOO 및 청구법인과 OOO 간의 쟁점거래 전체를 가공거래로 판단할 증거로 보기 어렵다고 보여지고, 1차 조사 당시 OOO과 청구법인이 2012년 2월부터 2013년 3월(2013년 제1기분)까지의 거래 자료를 모두 제출하였고, 당시 조사대상기간에 해당하는 2012년 거래분에 대하여 정상거래라고 판단하였음에도, 4년이 경과한 시점에 동일한 거래행위에 대하여 재조사 후 2013년 거래분만을 두고 가공거래라고 판단하는 것은 법적 안정성 측면에서 부당하다”는 취지로 불기소결정(2017형제14383, 2017.11.27.)을 하였다.

(아) 한편, 위 (사)의 불기소결정서에 의하면, OOO의 전 대표이사인 OOO은 ‘처분청이 이 건 처분 근거의 하나로 제시한 OOO의 내부문서(매출현황표 등)에는 양자 거래가 3자 거래로 전환된 이후에도 거래상대방으로 OOO이 아닌 청구법인이 기재되어 있는 이유에 대하여, 실질적으로 물건이 납품되는 업체로 표기한 것’이라고 검찰에서 진술하였고, 청구법인은 ‘1차 조사 이후 쟁점거래를 중단한 이유에 대하여 굳이 조사를 받아가면서까지 매출확대 실익이 없는 상황에서 거래를 이어갈 필요가 없다고 판단하였기 때문’이라고 진술한 것으로 기재되어 있다.

(자) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

1) 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다고 할 것인데, 조사청은 1차 조사와 과세쟁점은 동일하나 조사대상 기간을 달리하는 2차 조사에서 쟁점거래를 매출부풀리기 목적에서 실제 물건은 OOO에서 청구법인으로 납품되면서 세금계산서 및 대금결제만 OOO을 거쳤고, OOO이 청구법인과 쟁점거래를 하면서 중개수수료를 받지 않았으며, OOO의 내부문서상 거래처가 청구법인으로 기재되어 있다는 사실 등을 이유로 청구법인과 OOO 간의 불산공급거래를 가공거래로 보았다.

2) 그렇지만, 계약의 내용은 사적자치의 원칙에 따라 거래당사자들 간에 자율적으로 정할 수 있는 것인바, 청구법인과 OOO 간에 쟁점거래에 앞서 결제방식 등에 대한 구체적인 논의가 오랜 기간동안 있었으며, 일반적인 가공거래와는 달리 청구법인이 OOO에 대금지급을 담보하는 채권을 제공하고, OOO의 전자상거래시스템을 통하여 발주․출하지시․납품확인 등 쟁점거래의 전 과정이 단계적으로 이루어진 점, OOO이 청구법인으로부터 중개수수료를 수취하지 않은 것은 당시 OOO의 입장에서는 매출확대를 위한 신규시장 진입이 필요하였고 청구법인 등도 기존 거래에 OOO을 참여시키는 대가로 향후 OOO으로부터 대기업의 거래처들을 소개받음으로써 거래처를 확장할 욕심이 있어 양자의 이익이 부합하였므로, 종전부터 있던 양자 거래에 대하여는 거래 초기 수수료가 없는 것으로 하고, 향후 OOO이 연결하는 중개거래에 대하여는 수수료를 받기로 약정한 것으로 보이는바, OOO이 거래 초기 시장진입을 위하여 필요한 할인행위로 볼 수 있는 점, OOO의 내부문서에 거래처로 청구법인이 기재되어 있는 것은 양자 거래를 3자 거래로 전환한 후에도 OOO이 청구법인에 물건을 바로 납품하였기 때문에 OOO의 전 대표이사 OOO의 진술과 같이 내부문서에는 편의상 청구법인을 거래처로 기재한 것으로도 볼 수 있는 점, 더욱이 청구법인 등의 「조세범처벌법」 위반(가공거래) 혐의에 대하여 검찰에서 범죄혐의를 인정할 증거가 부족하다 하여 불기소결정한 사실 등에 비추어 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

(2) 쟁점②는 쟁점①에서 청구주장이 받아들여져 더 이상 심리의 실익이 없으므로 별도 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.