가. 청구인은 1988.7.25. 건축자재 판매업 등을 목적사업으로 하고, 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOO번지로 하여 설립된청구외주식회사 OOOO(이하 “청구외 종전법인”이라 한다)가1999.12.1. 상법 제520조의2제1항규정에 의하여 해산으로 말소되었으나2002.3.2.회사계속등기를 필하고, 같은 날 상호와목적사업을 건설업 및 부동산 매매 및 분양·임대업 등으로 변경등기한후,2003.11.27.서울특별시OOO OOO OOOOOO번지 토지 1,521.4㎡(이하“이 건토지”라 한다)를 취득하여2006.3.28. 동 지상에 주상복합건축물 18,826.76㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라한다) 취득한 후,일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 2003.11.27.과 2006.4.7. 각각 신고납부 하였다.

나.처분청은 사실상 청구인의 설립일을 회사계속등기일인 2002.3.2로 보고, 이로부터 5년 이내에 취득·등기한 이 건 부동산을 대도시내에서 법인 설립일로부터 5년 이내에 대도시내에서 취득하여등기한 부동산으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 24,001,456,150원을과세표준으로하고지방세법제138조제1항제3호의등록세 중과세율을적용하여산출한세액에서 기 신고납부한 등록세 등을 차감한등록세 771,751,620원,지방교육세142,181,840원 합계 913,933,460원(가산세 포함)을2007.8.10. 청구인에게 부과고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.7. 이의신청을 하여 2007.12.22.이의신청 결정기관인 서울특별시장으로부터 기각결정을 받고,2008.3.18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은법인의 경우 당해 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 당해법인의설립일은 당초 설립등기일이고 폐업한 법인이 사업실적이 없는 상태에서 법인의 임원, 자본, 상호, 목적사업을 변경하는 경우 법인의 동일성이 상실된다고 볼 수 없는 것임에도법인 설립일로부터5년이 경과한 후 취득등기한 이 건 부동산에대하여처분청이등록세를중과세한처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

처분청은 청구인의 경우 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여해산 등기된 청구외 종전법인을2002.3.2.회사 계속등기를 하고 같은 날상호와 본점, 목적사업, 임원 등을 변경한 사실을볼 때, 이는 청구외 종전법인과는 경제적 실질을 달리하고 있는 것으로서 회사계속 등기일이청구인이 실질적으로 설립된 날이라 할 것이므로 이로부터 5년이내에 취득 등기한 이 건 부동산에 대하여 지방세법 제138조제1항제3호의등록세 중과세율을적용하여산출한 등록세 등을 부과고지한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 휴면법인을 인수한 후 회사 계속등기 및 상호등을 변경 등기하고 부동산을 취득 등기한경우, 회사계속 등기일을법인설립일로 보아 이로부터 5년이내취득 등기한부동산에 대하여 등록세를중과세하는 것이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법 제124조(납세의무자)등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.

(2)지방세법제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(3)지방세법 시행령제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의설치및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(4) 상법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

(5)상법제434조(정관변경의 특별결의)제433조제1항의 결의는 출석한 주주의의결권의 3분의 2 이상의 수와발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써하여야 한다.

(6) 상법 제520조의2(휴면회사의 해산) ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외 종전법인은 1988.7.25. 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOOOO번지로, 목적사업을 건축자재 판매업, 건축공사 시공업, 관련 부대사업으로 하여 설립되었고, 1999.12.1. 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산되었으며,2002.3.2. 회사 계속등기를 필하고, 같은 날 상호를 OOOOOO 주식회사로, 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOOO번지로, 목적사업을건설업, 부동산 매매 및 분양 임대업 등으로 변경하고, 대표이사 등 임원진 전부를 변경한 후, 2002.3.4.사업자등록을 하였으며, 2003.11.27. 이 건 토지를 취득하여,2006.3.28. 동 지상에 이 건 건축물을 신축하여 사용승인을 받은 사실을 알 수 있다.

(2) 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기보다는법인의 실질적인 설립행위를 포함하는 것으로 해석할 수 있고 같은 항제2호에서도 대도시 내로의법인 본점 등의 전입은법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고규정하는바, 전입과설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다고 판단된다.

(3) 지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2제2항제1호에서는 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바, 위 규정들은부동산 취득등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에없다고 할 것( 서울고등법원 2007.12.4.선고 2007누12691 참조)으로 판단된다.

(4)청구인의 경우 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기된청구외 종전법인을 2002.3.2. 회사계속등기를 하고, 같은 날상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하였으며,2002.3.4. 사업자 등록을한 사실을볼 때,비록, 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써청구외 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런차이를 찾을 수 없으므로 청구외 종전법인의 회사 계속 등기를 한 날인2002.3.2. 청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 이날부터5년 이내인2003.11.27.과 2006.4.7.에청구인이 이 건 부동산의 소유권이전 및 소유권보존등기를 각각 필한 것은 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조제2항에서 규정하는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을등기한 것에 해당하므로 처분청이 이 건 등록세 등을 중과세한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 7월 16일