가. 청구법인은 2007.8.24. 설립되어 서울특별시 OOO 공동주택 신축승인을 받으면서 승인조건으로 인근 서울특별시 OOO에 위치한 OOO초등학교와 OOO중학교의 부족교실 등을 증축(이하 “기부채납건물”이라 한다)하여 공동주택 사용승인전까지 서울특별시 OOO지원청에 기부채납하기로 하였는데, 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중 기부채납건물과 관련하여 수취한 매입세금계산서 상 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 건축관련 세액으로 보고 건축물의 예정사용면적비율로 안분계산하여 불공제액을 산출하고 부가가치세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청장(감사관)은 쟁점매입세액을 공동주택 신축, 분양사업 전체의 진행을 위하여 소요된 공통매입세액으로 보아 사업전체의 공급가액비율에 따라 안분계산하도록 지적하자 처분청은 이에 따라 2011.3.14. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 63,232,110원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 주택신축·분양사업을 목적사업으로 시행하는 법인으로서 부가가치세법상 과세·면세 겸영사업자에 해당하고, 위 시행사업과 관련하여 기부채납건축물 건축용역을 국가(OOO 교육장)에 건축허가 조건으로 공급하였으므로 쟁점매입세액은 이에 시설물건축과 직접 관련하여 수취한 세금계산서상의 매입세액이 분명하다할 것이며,

설령 처분청에서 보는 바와 같이 쟁점매입세액이 청구법인의 주택신축·분양사업 전체와 관련된 매입이고, 이에 대한 실지사업 귀속을 구분할 수 없어 공통매입세액의 안분계산의 대상이 된다고 하더라도 쟁점매입세액은 시설물건축용역 공급과 직접 관련된 매입세액으로서 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 제3호에 의해서라도 총 사용면적을 기준으로안분계산하는 것이 지극히 타당하다고 할 것이므로 처분청이 오인하고 과세한 총 예정공급가액기준이 아니라 사용면적기준을 적용하여 안분계산하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

청구법인의 주장대로 기부채납시설물 공급과 주택신축·분양과 별도의 공급으로 본다면 무상기부채납은 「부가가치세법」제12조 제1항 제19호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로서 당해 기부채납과 관련하여 지급한 공사비의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당할 것이며,

청구법인의 자기의 사업 즉, 주택신축·분양사업 전체의 진행을 위한 승인조건에 따라 무상기부채납이 이루어진 것이므로 공제대상 매입세액에 해당하며, 청구법인은 과·면세 겸영사업자이므로 쟁점매입세액은 「부가가치세법 시행령」제61조에 의거 안분계산 대상이며, 기부채납건물은 청구법인의 자기의 사업과 관련한 과세대상 물건인 국민주택규모초과 주택 및 상가건물의 현장밖에 위치하고 있어 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항에 규정된 건물신축과 직접 관련이 없는 것이므로 사업 전체의 진행을 위하여 소요된 경비로 보아 사업전체의 공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

인근 공동주택 신축사업 승인조건으로 증축하여 기부채납한 학교건물의 매입세액을 공동주택 관련 공통매입세액으로 보아 총예정공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율 상당액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 체결한 관련 협약서, 세금계산서 등의 심리자료에 의하면,

(가) 청구법인은 2009.12.30. 당시 서울특별시OOO 교육장과 ‘OOO 공동주택 신축사업에 따른 OOO 교사 증축·환경개선공사 협약’을 체결하고, 학교용지부담금 중 일부로 서울OOO초·중학교의 부족한 교사 등을 증축하여 조건없이 기부채납하기로 하였는데, 추정소요공사비는 약 OOO원이며 OOO 준공 6개월전까지 완공하기로 하였다.

(나) 위 협약에 따라서 기부채납건물과 관련하여 아래 <표>와 같은 매입 및 쟁점매입세액 발생하였다.

<표> 기부채납건물 관련 매입 및 쟁점매입세액 내역

OOO

(2) 청구법인의 부가가치세 신고자료, 서울지방국세청장 감사시 지적사항(현지시정), 현지시정에 대한 검토의견, 부가가치세 경정결의서 등의 심리자료에 의하면,

(가) 청구법인은 쟁점매입액을 건축경비로 보면서 동 건축경비 관련 매입세액을 건물의 총예정사용면적(104,767,418,714㎡) 중 면세사용면적(49,836,554,118㎡)이 차지하는 비율(47.57%)에 의하여 안분하여 불공제액을 산출하였는데,

당시 청구법인은 분양경비 등 공통매입세액을 총공급가액(OOO원) 중 면세공급가액(OOO원)이 차지하는 비율(87.33%)에 의하여 불공제액을 산출하고 있었다.

(나) 이에 대하여, 처분청은 단지 내 학교 증축관련 매입세액은 전체 사업에 효익이 미치므로 토지공급가액을 포함한 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율을 적용하여 안분하여야 함에도 건물분에 대한 면세공급비율을 적용하여 매입세액을 과다공제하였다는 서울지방국세청장의 감사지적에 따라서, 쟁점매입세액에 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율(87.33%)을 곱하여 불공제액(OOO원)을 산출한 후 처분청이 계산한 불공제액(OOO원)과의 차액(OOO원)을 매입세액에서 추가 불공제하여 이 건 과세처분을 하였다.

(3) 살피건대, 사업자가 자기사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기부하기로 하고 완공 즉시 기부채납하는 경우에는 이는 조건없는 무상기부채납으로서 「부가가치세법」 제12조 제1항 제19호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로서 당해 기부채납 대상 재화의 취득과 관련하여 교부받은 세금계산서 의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당하다고 할 것이나, 사업자가 자기의 사업을 위하여 행정청으로부터 그 사업의 허가조건에 따라 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하기로 하고 완공 즉시 기부채납하는 경우에는 그 재화의 취득과 관련된 매입세액은 자기의 사업과 관련된 매입세액으로 보아야 할 것이고, 자기의 사업이 과·면세 겸업인 경우에는 「부가가치세법 시행령」제61조의 규정에 따라 안분계산하여야 하는 것인 바(국심 2005부3139, 2006.6.21.; 재정경제부 부가가치세제과-534, 2007.7.13.; 부가가치세과-3947, 2008.10.31. 참조),

청구법인은 인근의 OOO 공동주택 사업의 승인조건으로 서울OOO초·중학교의 부족한 교사 등 기부채납한 것이므로, 쟁점매입세액을 청구인의 매출세액에서 공제할 수 있는 것이고, 청구인이 과세·면세사업 겸영사업자로서 이미 공통매입세액을 처분청에서 계산한 바와 같이 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 의하여 안분계산하고 있었던 것으로 나타나고, 이 건 처분시 처분청이 이에 따라서 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보고 이를 공급가액 중 면세공급가액의 비율에 의하여 불공제액을 산출하여 과세한 것이므로 이에 달리 잘못이 있다 할 수는 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.