청구법인은 2004.1.8 개업한 이래 제조업(전원장치 등)을 영위하는 법인으로 2004년 제1기중 주식회사 OOOOO(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 공급가액 293,025,000원의 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 매입액을 손금산입하여 2004사업연도(1.1.～12.31.) 법인세 신고를 하였다.

2005년 5월 OOOO국세청장은 청구외법인에 대해 자료상혐의자 조사(2005.5.12.～2005.7.7.)를 하였고, 쟁점세금계산서에 대한 거래사실여부 조사에서 쟁점세금계산서가 가공으로 확인되었다.

청구법인은 2005.6.21. 쟁점세금계산서의 공급대가 322,327,500원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 회수한 후 익금산입하고 유보로 소득처분하여 2004사업연도 법인세 수정신고를 하였다.

처분청은 청구법인이 2005.6.21. 2004사업연도 법인세 수정신고를 하면서 쟁점금액을 익금산입한 후 유보로 소득처분한 것은 2005년 5월 OOOO국세청장의 청구외법인에 대한 세무조사에서 쟁점세금계산서가 가공으로 확인된 이후의 수정신고이므로, 이는 법인세법시행령 제106조 제4항 단서 규정에 해당한다 하여 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 2007.2.7. 청구법인에게 2004년도 322,327,500원의 소득금액변동통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.4.2. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분한 것은, OOO OOOOOOOOO(2005.6.13), OOOOO OOOOOOOO호(2005.9.1) 등의 예규에 의하면 ‘경정이 있을 것을 미리 알고’의 의미가 처분청으로부터 과세자료안내문 등을 송달받은 경우만을 의미하는 것이지 거래상대방(청구외법인)이 세무조사를 받는다는 것은 이에 해당하지 아니한다고 하고 있으므로, 청구법인이 2005.6.21. 처분청으로부터 과세자료안내문 등을 송달받기 전에 쟁점금액을 회수하고 법인세 수정신고를 하였으므로 국세기본법상 신의성실원칙에 위배되며,

국세기본법 제49조 및 같은법 시행령 제29조에서 ‘경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우라 함은 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수된 것을 알고’ 라고 규정되어 있고, 여기서 ‘조사’라 함은 거래처 관할세무서 확인조사 내지는 소명안내문 송달을 의미하는 것이 아님에도 처분청이 동 규정을 유추·확장해석하여 이 건을 처분한 것은 조세법률주의 과세요건 명확주의에 위배되고, 또한, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하고 그 대가로 현금을 유출한 것으로 기장하였으나 수정회계처리를 통하여 2005.6.21. 동 현금을 사내유입하였음에도 처분청이 사외유출되고 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자에게 상여처분한 것은 실질적인 경제적 사실을 부인하고 과세한 부당한 처분이므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 이 건 처분이 신의성실의 원칙, 조세법률주의에 의한 과세요건 명확주의, 실질과세원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 현행 법인세법시행령 제106조 제4항 단서 규정은 예시적 규정에 불과한 것으로 법인이 경정결정이 있을 것을 예견하고 수정신고하는 경우에는 단서 규정에 해당하는 것으로 보아 사내유보로 처분할 수 없는 것(OOO OOOOOOOO, 2005.6.13. 같은뜻)이고, 청구외법인에 대한 세무조사과정에서 청구법인이 쟁점세금계산서가 가공이라는 사실을 안 후에 법인세 수정신고를 하였으므로 동 수정신고는 청구법인이 스스로 자기 잘못을 시정한 것도 아니어서 청구주장이 이유없고,

또한, 청구법인이 인용하는 예규(OOOOO OOOOOOOO, 2005.9.1. 등)는 법인세법시행령 제106조 제4항이 2003.12.30. 개정되기 전의 것이고, 이 건은 2005.2.16. 신설된 법인세법시행령 제106조 제4항에 따라 처분하였으므로 신의성실의 원칙 및 조세법률주의 과세요건 명확주의에도 위배되지 아니하고, 이 건은 2004사업연도에 청구법인이 실지 매입사실이 없는 가공금액을 허위로 원가에 반영하여 법인세 등을 탈루한 명백한 사실에 따라 처분한 것으로 실질과세 원칙에도 위배되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 거래상대방(청구외법인)의 세무조사에서 쟁점세금계산서가 가공으로 확인된 이후 법인세 수정신고를 하였으므로 이는 법인세법시행령 제106조 제4항 단서 규정에 해당한다 하여 쟁점금액을 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】 관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한경과후 6월이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

국세기본법시행령 제29조 【수정신고에 의한 가산세의 면제】 ② 법 제49조 단서에서 “경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우”라 함은 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우를 말한다.

(2) 법인세법 제4조 【실질과세】② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

(3) 법인세법 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령 제106조【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호안 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

④ 내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005.2.19. 신설)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2004사업연도에 쟁점세금계산서를 수취하고 매입액을 손금산입하여 2005.3.31. 2004사업연도 법인세 신고를 하였다가, 2005.6.21. 쟁점금액을 회수하여 익금산입하고 유보로 소득처분하여 2004사업연도 법인세 수정신고를 한데 대하여, 처분청은 청구법인이 한 위 수정신고 및 소득처분은 법인세법시행령 제106조 제4항 단서 규정에 해당한다 하여 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 이 건 소득금액변동통지한 사실이 경정결의서, 소득금액변동통지서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) OOOO국세청장이 청구외법인에 대하여 2005.5.12.부터 2005.7.7.까지 세무조사한 내용을 보면, 청구외법인은 2004년 제2기 예정신고 후 무단폐업하였으며 자료상혐의자와의 매입 및 매출이 과다하여 위장·가공거래를 통한 자료상혐의자에 해당되어 조사하였고, 조사결과 위장·가공세금계산서 수수사실을 확인하고 자료상으로 확정하여 청구외법인, 대표자 OOO, 자료상 실행위자 이재원 등을 조세범처벌법 제11조의 2 제4항 및 조세범처벌절차법 제9조 제3항의 규정에 의하여 관할관청에 고발한 것으로 되어 있고, 조사과정에서 청구법인 등 거래상대방에 대하여도 거래사실여부에 대한 조사를 하였으며, 그 결과 쟁점세금계산서도 가공으로 조사확인된 것으로 되어 있다.

(3) 청구법인은 당초 2004년중에 (차변) 상품 293,025,000원, 예수금 29,302,500원 (대변) 현금 322,327,500원으로 회계처리하였던 것을 2005.1.1. (차변) 가지급금 322,327,500원 (대변) 상품 293,025,000원, 예수금 29,302,500원으로 회계처리하고, 2005.6.21.에는 (차변) 현금 322,327,500원 (대변) 가지급금 322,327,500원으로 회계처리하여 2005.6.21. 쟁점금액을 현금으로 회수하여 익금산입하고 유보로 소득처분하여 2004사업연도 법인세 수정신고를 한 것은 정당함에도 처분청이 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 신의성실의 원칙, 조세법률주의에 의한 과세요건 명확주의, 실질과세원칙에 위배된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 이 건 처분의 근거가 된 법인세법시행령 제106조 제4항의 개정, 삭제, 신설의 연혁을 보면, 2001.1.1. 이전에는 ‘내국법인이 국세기본법 제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다’고 되어 있었으나, 2001.1.1. 이후(2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정)에는 ‘다만, 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’라는 단서가 실설되었고, 2002.1.1.이후(2001.12.31. 대통령령 제17457호 개정)에는 단서가 ‘다만, 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 개정되었으며, 2004.1.1.이후(2003.12.30. 대통령령 제18174호 개정)에는 제4항이 삭제되었다가, 2005.2.19.이후(2005.2.19. 대통령령 제18706호 개정)에는 ‘내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’라는 제4항이 신설되었다.

(나) 청구법인이 2005.6.21. 처분청에 한 2004사업연도 법인세 수정신고는 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 신설된 법인세법시행령 제106조 제4항의 규정이 적용되는 것이며, 청구법인이 인용한 OOO OOOOOOOOO(2005.6.13) 및 OOOOO OOOOOOOOO(2005.9.1)의 예규는 신설된 법인세법시행령 제106조 제4항 이 전의 규정에 따른 예규로 보이고 동 예규는 법인세법시행령 제106조 제4항의 개정 및 신설에 따라 변경된 것으로 나타난다.

(4) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 자료상 조사의 경우 조사착수시점부터 매출처·매입처에 대해 관련 세금계산서의 거래사실 여부를 조회하거나 조사하여 이들 거래처로부터 제시된 자료에 근거하여 위장·가공세금계산서를 확정한 후, 이를 거래처 관할세무서장에게 과세자료를 파생하는 바, 청구법인은 OOOO국세청장이 청구외법인에 대하여 자료상혐의자 조사를 착수한 후 쟁점세금계산서의 거래사실 여부에 대한 조사과정에서 동 세금계산서가 가공이라는 사실을 알았을 것이고 결국 쟁점세금계산서상의 거래가 가공으로 확인된 후 법인세 수정신고를 한 것으로 판단되는 바, 이는 OOOO국세청장이 처분청에 쟁점세금계산서 관련 과세자료를 통보하고 이에 따라 처분청으로부터 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고를 한 경우에 해당한다 할 것이므로 청구법인이 쟁점금액을 익금산입하고 유보로 소득처분한 법인세 수정신고를 인정하지 아니하고 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 타당하다고 판단되므로(OO OOOOOOOOO, 2007.3.28. 외 다수 같은뜻), 처분청의 이 건 처분이 신의성실의 원칙, 조세법률주의에 의한 과세요건 명확주의 및 실질과세원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다