청구인은 서울특별시 금천구 OO동 OOOOOO 대지 660.5㎡, 지하1층 지상 2층 건물 639.74㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 소유하고 가전제품 도소매 및 부동산임대업에 사용하다가 94.4.18 청구외 OOO에게 양도한 후 쟁점부동산의 양도가액 760,000,000원중 건물가액이 50,000,000원인 것으로 하여 세금계산서를 발행하고 동 건물가액을 과세표준으로 하여 부가가치세 신고를 하였다.

처분청은 쟁점부동산의 건물과 토지의 가격구분이 불분명하다 하여 지방세 과세시가표준액으로 안분계산한 건물가액에 의해 과세표준을 산정하고 94.1.20 청구인에게 1994년 제1기분 부가가치세 12,319,110원을 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 95.3.20 심사청구를 거쳐 95.6.15 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 쟁점부동산을 건물 50,000,000원, 토지 710,000,000원에 양도하고 세금계산서를 발행, 건물가액에 대한 부가가치세를 거래징수하여 신고납부하였으며, 당초 작성된 계약서에 의하여 법무사에게 등기신청을 의뢰하였으나 동 법무사가 검인계약서상에 당초 계약의 특약사항인 건물가액이 기재를 누락한 사실이 발견되어 동 특약사항을 기재한 계약서를 당시 작성하여 검인을 필하였는 바, 처분청은 종전 검인계약서상 토지, 건물가액을 구분하지 아니하였다 하여 지방세과세시가표준액으로 안분계산한 건물가액에 의하여 이 건 부과처분을 하였으나 청구인이 당초 작성한 계약서 및 정정하여 작성하고 검인받은 계약서에 근거하여 건물의 공급가액을 50,000,000원으로 해서 과세하여야 하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

청구인은 쟁점부동산중 건물가액이 50,000,000원이라고 주장하나 처분청이 제출한 매매계약서에는 토지, 건물의 구분없이 전체가액을 760,000,000원으로 기재하고 있고 청구인은 합리적이고 분명하게 토지, 건물의 가액을 구분할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 부득이 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 단서에 따라 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 의해 건물의 공급가액을 안분계산하여야 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 매매가액을 토지, 건물의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구는 쟁점부동산의 건물분 부가가치세 과세표준을 지방세법에 의한 과세시가표준액으로 안분계산하여 과세한 처분의 당부에 다툼이 있다.

나. 부가가치세법 제13조 제5항에서 『제1항 내지 제4항 이외의 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하고, 같은 법 시행령 제48조의2 제3항에서 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.』고 규정하고 있는 바, 일반적으로 매매게약서상의 매매대금이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있으며 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 할 것이나 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명하거나 그 구분기재된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산하여야 할 것이다(국심 94서1112, 94.6.3 외 다수 같은 뜻).

다. 청구인이 쟁점부동산을 760,000,000원에 매도한 사실에는 다툼이 없으나 쟁점부동산의 토지와 건물 각각의 공급가액을 어떻게 산정할 것인지에 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 처분청은 쟁점부동산의 매매가액중 토지와 건물의 가액구분이 불분명하다 하여 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 의하여 안분계산해서 건물의 공급가액을 152,659,287원으로 보고 이 건 부과처분을 한데 대하여 청구인은 쟁점부동산의 매매시 토지, 건물을 구분하여 거래가액을 정하였으므로 그에 따라 과세하여야 한다고 주장하면서 소유권이전등기이후에 검인받은 매매계약서를 제시하고 있고, 당해 계약서에 건물가액을 50,000,000원으로 한다고 기재하고 있으나, 쟁점부동산의 건물은 당초 단층창고 148.7㎡이던 것을 89.5.31 현재의 건물로 대규모 증축을 한 후 5년이 경과하지 아니하였음에도 불구하고 건물의 가액이 토지에 비하여 지나치게 낮은 가격일 뿐아니라 청구인은 토지 및 건물의 가액을 구분한 합당한 근거를 제시하지 못하고 있으므로 청구인이 주장하는 토지와 건물 각각의 가액은 실지거래가액으로 인정하기 어렵다 할 것이다.

그렇다면 달리 토지·건물 각각의 실지거래가액을 확인할 수 있는 근거가 없기 때문에 쟁점부동산의 건물에 대한 과세표준은 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우로서 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산하여야 할 것이므로 처분청이 동 과세시가표준액으로 안분계산하여 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.