가. 청구인은 2014.12.16.부터 부(父) OOO 소유의 OOO 토지 및 건물을 임차하여 “OOO”라는 상호로 음식점업을 영위하다가, 2017.9.14. 위 토지 위에 청구인의 비용으로 기존 건물을 철거하고 건물을 신축하여 임대인 명의로 소유권 보존등기를 마쳐주는 조건으로 토지 및 건물 임대차계약OOO을 체결하였다.

나. 청구인은 쟁점 임대차계약과 같이 본인의 비용으로 일반음식점 용도의 143.2㎡ 규모 철근콘크리트 단층건물 1동 및 총 121.44㎡ 규모 철근콘크리트 2층 건물 1동(이하 모두 합하여 “쟁점건물”이라 한다)을 준공하여 2017.9.14. 임대인 OOO 명의로 소유권보존등기를 마친 후, 2017년 제2기분 부가가치세 신고 시 쟁점건물 신축관련 매입세액에 대하여 환급신청 하였고, 처분청은 2018.2.22. 청구인에게 OOO원을 환급하였다.

다. OOO국세청장은 OOO세무서장에 대한 정기감사를 실시하여 청구인이 본인 부담으로 임차한 토지 위에 건물을 신축하여 토지소유자 명의로 소유권보존등기를 한 것을 「부가가치세법」 제6조에서 규정하는 재화의 공급에 해당하는 것으로 보아 청구인에게 쟁점건물 신축에 소요된 신축공사비 공급가액을 부가가치세 과세표준으로 하여 과세하도록 지시하였고, 처분청은 2019.4.12. 청구인에게 2017년 제2기분 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「부가가치세법」 제10조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조에 의하면 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것은 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정하고 있고, 이와 관련하여 타인 소유 토지를 임차하고 그 토지 위에 건물을 신축하여 사업 개시 전에 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 사업자에게 포괄적으로 승계시키는 경우 사업의 양도에 해당(서면3팀-1524, 2007.5.17.)하며, 임대용 건물이 완공되기 전에 그 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우에는 사업의 양도에 해당(소비 46015-58, 2003.3.3., 서삼 46015-10423, 2003.3.13.)하는 것으로 보고 있다.

청구인이 쟁점건물을 부친에게 양도할 당시 청구인은 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였으므로 쟁점건물 양수도에 부가가치세를 과세할 수 없다.

나. 처분청 의견

사업자가 타인 소유의 토지 위에 건물을 신축하여 일정기간 동안 사용하기로 약정하고 토지소유자의 명의로 신축건물을 보존등기하는 경우 해당 건축물의 이전은 재화의 공급에 해당하는 것(부가가치세법 집행기준 6-14-2)인바, 쟁점건물은 임대인과 임차인인 청구인의 약정에 의하여 임대인 명의로 신축건물에 대한 보존등기가 이루어진 것으로서 처분청이 이에 대하여 재화의 공급으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

한편, 청구인은 쟁점건물의 양도를 부가가치세가 부과되지 아니하는 임대사업의 포괄적 양도에 해당한다고 주장하나, 청구인은 임대사업 이력이 없는 음식점업을 영위하는 사업자인 점, 쟁점건물을 담보로 하여 OOO로부터 차입한 근저당권부 채무를 임대인이 인수하지 아니한 점, 청구인의 음식점업은 일반과세사업자로 등록된 것에 비해 쟁점건물의 임대사업은 간이과세사업자로 등록된 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점건물의 양도를 부가가치세가 부과되지 아니하는 임대사업의 포괄적 양도로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점건물을 신축하여 부친(임대인, 토지소유자)에게 양도한 것은 사업의 포괄적 양수도에 해당하므로 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제4조[과세대상] 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

제9조[재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제10조[재화 공급의 특례] ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제23조[재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도] 법 제10조 제9항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 「법인세법」 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점건물을 부친에게 양도할 당시 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였으므로 쟁점건물 양수도에 부가가치세를 과세할 수 없다고 주장하며, 쟁점건물 부동산등기부등본, 건축물 대장 등을 제출하였다.

(가) 쟁점건물 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점건물은 2017.9.14. 청구인의 부(父) OOO을 소유권자로 하여 소유권보존등기가 경료된 점, 2017.9.28. 근저당권자를 OOO로 하고 채무자를 청구인으로 하며 채권최고액을 OOO원으로 하는 근저당권설정등기가 경료된 점이 확인된다.

(나) 쟁점건물 건축물대장에 의하면, 쟁점건물은 2017.9.11. 건축주를 OOO으로 하여 건축허가를 받았고 2017.9.13. 사용승인된 것으로 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점건물의 양도를 부가가치세가 부과되지 아니하는 임대사업의 포괄적 양도로 볼 수 없다는 의견이며, 제출된 약정서, 세금계산서 등 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인과 OOO은 2017.9.14. OOO 소유의 OOO 외 2필지의 임대와 관련하여 다음과 같이 약정한 것으로 확인된다.

(나) 청구인은 2017.12.29. OOO로부터 쟁점건물 신축공사와 관련하여 공사대금 공급가액을 OOO원으로 하는 세금계산서를 수령한 것으로 확인된다.

(다) OOO은 쟁점건물의 임대와 관련하여 2017.9.14. 임대사업자로 등록(간이과세자)하고 월 임대료를 OOO원으로 하여 임대소득을 신고한 것으로 확인된다.

(라) 사업자기본사항 조회에 의하면 청구인은 2014.12.16. 쟁점건물 소재지를 사업장으로 하여 음식점업 사업자등록(상호 “OOO”)을 하여 사업을 영위하고 있는 것으로 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

청구인은 쟁점건물을 부친에게 양도할 당시 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였으므로 쟁점건물 양수도에 부가가치세를 과세할 수 없다고 주장한다.

그러나 부가가치세가 부과되는 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것으로 정하여진 ‘사업의 양도’라 함은 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적ㆍ인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것(대법원 2008.12.24. 선고 2006두17895 판결)인바, 청구인은 임대사업 이력이 없는 음식점업을 영위하는 사업자인 점, 쟁점건물을 담보로 하여 OOO로부터 차입한 근저당권부 채무를 임대인이 인수하지 아니한 점, 청구인의 음식점업은 일반과세사업자로 등록된 것에 비해 쟁점건물의 임대사업은 간이과세사업자로 등록된 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점건물의 양도를 부가가치세가 부과되지 아니하는 임대사업의 포괄적 양도로 보기 어려운 것으로 판단된다.

한편, 임차인이 타인 소유의 토지 위에 건물을 신축하여 일정기간 동안 사용하기로 약정하고 토지소유자의 명의로 신축건물을 보존등기하는 경우 해당 건축물의 이전은 재화의 공급에 해당(조심 2011서3458, 2011.12.30.)하는 바, 이를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.