가. 청구법인은 2006.6.1. 설립되어 OOO시 일대에서 건물신축공사업을 영위하는 업체이고, 청구법인의 대표자 염OOO, 염OOO(염OOO의 형), 염OOO(염OOO의 여동생), 윤OOO(염OOO의 배우자) 등은 OOO 일대 임야를 취득하여 공장부지로 용도변경, 공장신축 등을 하면서 청구법인과 서로 세금계산서를 수수하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2012.12.13.부터 2013.4.20. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여,

청구법인이 2009년 조OOO에게 매출세금계산서 OOO원을 발급하였으나 염OOO의 친인척 명의의 계좌에서 OOO원을 인출한 금원으로 청구법인의 계좌에 공사대금으로 입금하는 방법으로 금융증빙을 허위로 갖춘 사실(가공매출), 또한 이러한 거짓매출세금계산서에 대응시키기 위하여 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)로부터 OOO원(이하 “쟁점ⓛ세금계산서”라 한다), 주식회사 OOO(종전 상호는 주식회사 OOO로 이하 OOO이라 한다)로부터 OOO원(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다),주식회사 OOO로부터 OOO원 합계 OOO원을 거짓으로 매입세금계산서를 수취한 사실(가공매입) 및 2011년에 청구법인이 염OOO에게 거짓매출세금계산서 OOO원을 발급하고(가공매출) 이에 대응시키기 위하여 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점③세금계산서”라 한다)를 교부받아 이를 공사원가로 계상한 사실(가공매입) 등을 조사하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2013.5.20. 청구법인에게 2006년 제2기～2011년 제2기 부가가치세 합계 OOO 및 2006～2011사업연도 법인세 합계 OOO을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.22. 이의신청을 거쳐 2013.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 조OOO이 발주한 OOO 외 8필지 공장건물 신축공사(이하 “OOO 현장”이라고 한다)와 관련하여 2009년 매출세금계산서 OOO원을 발급하였고, 이에 대응하는 공사원가로서 OOO로부터 OOO원, OOO로부터 OOO원, OOO로부터 OOO원, 합계 OOO원의 세금계산서를 수취하여 공사원가로 처리하였으나, 처분청은 조OOO 현장의 매출세금계산서를 가공으로 판단하고 이에 대응하는 매입도 당연히 가공으로 보아 손금불산입하였다.

(1) (쟁점ⓛ세금계산서 관련) 청구법인이 OOO로부터 매입한 금액 OOO원 중 OOO원은 OOO 현장의 진입로 개설 관련 실지 철근콘크리트공사를 발주하여 수취한 것이고, 나머지 금액 OOO원은 OOO외 4필지 소재 공장신축공사(이하 “OOO 현장”이라 한다)의 하도급계약과 관련하여 발생한 것이다.

다만, 세금계산서의 비고란에 공사현장명을 잘못 표기한 사유는 OOO 현장의 공사이익률이 낮은 반면, OOO 현장은 공사이익률이 높아서 이를 서로 상쇄하기 위해서 타 공사현장 원가를 마치 OOO현장의 원가인 것처럼 은폐하기 위하여 기록한 것에 불과하고, 이는 OOO의 확인서 및 매입세금계산서, 금융거래증빙으로 확인이 가능하다. 처분청은 OOO로부터의 매입금액에 대하여 대금의 가공여부를 확인하지도 아니하고 단지 세금계산서에 현장명이 OOO 현장으로 기입된 것만으로 손금불산입하였으나, 청구법인이 대금을 계좌이체하였으며 돌려받지도 아니하였으므로 OOO로부터 수취한 OOO원의 매입세금계산서는 실지공사와 관련하여 수취한 것으로 인정하여야 한다.

(2) (쟁점②세금계산서 관련) OOO로부터 수취한 매입세금계산서 OOO원 중 2009.4.30. 발행분 OOO원과 2009.5.31. 발행분 OOO원은 OOO 현장이 아닌 OOO의 토목공사(이하 OOO현장”이라 한다)와 관련된 것이고, 2009.10.31. 발행분 OOO원은 OOO 신축과 관련하여 수취한 것으로 OOO 현장에 대응하는 것은 아니나 실제로 거래한 것이며, 나머지 OOO원은 청구법인이 OOO 현장과 관련하여 실물거래에 의해 수취한 것이므로 이를 사실과 다른 것으로 본 처분은 잘못이다.

(3) (쟁점③세금계산서 관련) 청구법인은 2011사업연도에 공사원가 및 판관비의 합계액이 수입금액을 초과하는 결손상태였고, 발생한 결손을 그대로 두면 종합건설업 등록과 입찰조건을 유지하기가 어려웠으며, 이에 청구법인은 OOO 공사현장(이하 “OOO 현장”이라 한다)에 매출세금계산서 OOO원을 거짓으로 교부하게 되었다.

처분청은 OOO 현장의 원가로 계상된 OOO원을 별다른 조사도 없이 매출이 허위라 하여 전액 부인하였으나, 이 원가는 다른 결손현장에 투입된 원가를 가공매출로 인하여 과다한 이익이 나는OOO 현장의 원가로 투입하여 현장별 이익을 평준화시키기 위하여 서로대체한 것으로 가공원가로 볼 수 없다. 따라서 공사원가 OOO원을 손금불산입한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) (쟁점ⓛ·②세금계산서 관련) 청구법인의 OOO 및 OOO로부터의 세금계산서 수취와 관련하여, 조OOO은 OOO지방검찰청의 심문과정에서 “청구법인과의 실지 공사대금은 OOO원이나, 총도급계약서를 OOO원으로 작성한 사유는 당사자 쌍방의 이익을 위하여 사실과 다르게 작성하였다”라고 진술하였고,

조OOO이 청구법인 명의의 계좌에 입금한 공사대금의 원천은 염OOO 및 염OOO의 친인척 명의의 계좌에서 출금된 자금으로 확인되었으며, 세무조사 과정에서의 금융확인 및 당사자 진술에 의해 조OOO이 공사비 명목으로 2006.10.13.부터 2007.4.18.까지 염OOO 명의의 계좌 등에 OOO원을 이미 입금한 사유가 공장건물 신축비용이라고 확인된 사실로 보아 2009년에 교부한 매출세금계산서는 실물거래 없는 가공거래에 의한 것이다.

또한, 청구법인은 허위 세금계산서 수취와 관련하여 위 가공매출에 대응시키기 위해 허위로 공사원가로 계상한 OOO원 중 OOO원만 조OOO이 발주한 공사현장의 대응원가이고, 나머지는 타 공사현장의 공사원가로서 이는 현장별 이익률을 조절하기 위한 것이라고 주장하나, 청구법인이 작성하여 보관하고 있는 관련 장부 및 매입세금계산서 비고란에 분명히 “OOO의 공사현장”으로 명백히 기록하고 있고, 청구인이 다른 공사현장이라고 주장하는 OOO 현장 및 OOO 현장 등은 청구법인의 장부상에 수입금액 및 원가를 기록한 사실이 전혀 없을 뿐만 아니라 실지 거래사실에 대한 대금결제 증빙 등 구체적이고 명백한 입증 없이 막연한 주장에 불과하며, 현장별 이익률을 조절하기 위하여 타 현장의 공사원가를 끌어와 가공매출에 대응하는 원가로 계상하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없다.

(2) (쟁점③세금계산서 관련) 청구법인은 실지 사업내용대로 손익을 계산하면 손금이 익금을 초과하게 되고 그럴 경우 결국 결손법인이 되어 종합건설업 등록과 입찰조건을 유지하기 어려워져 어쩔 수 없이 염OOO에게 매출세금계산서를 사실과 다르게 과다교부하고 형식상 타 현장의 공사원가를 대응원가로 계상하는 방법으로 공사수익을 인식하였다고 주장하나,

염OOO은 위 거짓세금계산서를 수취하여 부동산 취득원가를 부풀리는 수법으로 부동산 양도차익을 과소신고 하였다가 2012년 9월경 OOO지방국세청 감사관실의 지적으로 양도소득세 OOO원을 2012.10.24. 수정신고·납부한 사실이 있어 청구법인이 거짓세금계산서를 교부한 목적은 염OOO의 부동산 양도차익을 축소하는 데에 공조하기 위한 것이 분명히 확인되었고, 매입세금계산서 역시 실지 거래사실 없이 허위로 수취한 매입세금계산서임이 확인되었음에도 청구주장에 대한 아무런 증빙 없이 단순히 현장별 공사수익을 조절하기 위하여 타 공사현장의 매입세금계산서라고 막연히 주장만 하는 것에 불과하므로 청구법인의 주장은 신빙성이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 수취한 쟁점ⓛ·②·③세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서인지 여부

나. 관련 법률

(1) 법인세법

제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제67조【소득 처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 청구법인이 수취한 쟁점①세금계산서OOO 및 쟁점②세금계산서OOO가 가공세금계산서인지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 조사청의 법인세 조사종결보고서의 관련 내용을 보면, 청구법인은 2009년 제1기에 조OOO에게 OOO백만원의 매출세금계산서를 발급하였으나, 거래대금은 염OOO의 자금을 조OOO 명의로 5회에 걸쳐 청구법인의 OOO 예금계좌에 OOO백만원(공급대가 상당액을 입금한 것으로 조사되었으므로, 조OOO에게 발급한 OOO백만원의 매출세금계산서는 가공세금계산서에 해당하고, 이에 청구법인이 대응하는 공사원가로서 반영한 쟁점ⓛ세금계산서OOO 및 쟁점②세금계산서OOO는 모두 가공세금계산서로서 관련 매입세액을 불공제하고 법인세 소득금액계산시 손금불산입하여야 한다.

(나) 청구법인은 쟁점ⓛ세금계산서와 관련하여 OOO이 작성한 확인서(2013.7.5.), 청구법인이 OOO과 작성한 2건의 계약서 등을 증빙으로 제시하였다.

(다) 청구법인은 쟁점②세금계산서와 관련하여 청구법인의 다른 사업장의 세금계산서를 OOO 공사현장의 세금계산서로 한 것이라고 주장하면서, 청구법인이 다른 공사현장OOO에서 OOO로부터 수취하였다는 세금계산서 내역, OOO에 대한 거래처원장(선급금) 및 선급금의 지급과 관련된 통장 사본 등을 제출하였다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이조OOO에게 발급한 OOO백만원의 매출세금계산서는 조사청의 금융조사 등을 거쳐 가공매출로 확정되었으므로, 이에 대응하는 원가로 기재된쟁점ⓛ세금계산서 및 쟁점②세금계산서는 다른 특별한 사정이 없는 한 가공거래에 의한 것으로 볼 것인 점, 청구법인은 쟁점ⓛ세금계산서OOO 중 OOO백만원의 경우 OOO 현장의 진입로 개설과 관련하여 철근콘크리트 공사를 발주하여 수취하였다고 하나 이를 입증할 수 있는 충분한 증빙이 제시되지 아니하였고, 나머지 OOO백만원도 실제로는 OOO 현장에서 공장신축공사를 한 것을 현장별 공사이익률의 편차가 있어 OOO의 현장으로 잘못 표시하였다고 하나, OOO 현장과 관련된 수입금액이나 대응되는 공사원가가 청구법인의 장부에 기록되어 있지 아니하여 이러한 주장을 믿기 어려워 보이는 점, 청구법인은 쟁점②세금계산서OOO 중 OOO백만원의 경우 OOO 현장의 토목공사 및 OOO 신축공사를 한 것을 OOO 현장으로 잘못 표시한 것에 불과하다고 주장하나 OOO 현장 등과 관련된 수입금액이나 대응되는 공사원가가 청구법인의 장부에 기록되어 있지 아니하여 이러한 주장을 믿기 어려워 보이고, 나머지 OOO백만원의 경우도 구체적인 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점ⓛ세금계산서 및 쟁점②세금계산서와 관련한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 다음으로 청구법인이 수취한 쟁점③세금계산서OOO가 가공세금계산서인지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 조사청의 법인세 조사종결보고서의 쟁점③세금계산서 관련 내용을 보면, 청구법인이 2011년 제2기에 염OOO(청구법인 대표이사 염OOO의 여동생)에게 발급한 매출세금계산서 OOO백만원 중 토목공사부분 OOO백만원은 가짜세금계산서를 교부한 것으로 확인되어 익금불산입하고, 이에 대응되는 가공원가 쟁점③세금계산서 OOO백만원은 이를 손금불산입한다고 되어 있다.

(나) 처분청은 염OOO이 위 거짓세금계산서를 수취하여 부동산 취득원가를 부풀리는 수법으로 부동산 양도차익을 과소신고 하였다가 2012년 9월경 OOO지방국세청 감사관실의 지적으로 양도소득세 OOO원을 2012.10.24. 수정신고·납부한 사실이 있으므로, 청구법인이 거짓세금계산서를 교부한 목적은 염OOO의 부동산 양도차익을 축소하는 데에 공조하기 위한 것임이 분명히 확인되었고, 매입세금계산서 역시 실지 거래사실 없이 허위로 수취한 매입세금계산서임이 확인되었다는 의견을 제시하였다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 다른 공사현장에서 발생한 실제 공사원가와 관련된 세금계산서를 현장별 공사수익을 조절하기 위하여 염OOO으로부터 쟁점③세금계산서를 받은 것이라고 주장하나, 이를 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙이 부족해 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.