가. 청구인은 2003.1.7. OOO창고용지 1,276㎡ 및 같은 동 OOO도로 48㎡ 합계 1,324㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 2003.12.29. 지상에 기타건물 492.4㎡를 신축하여 보유하다가 2019.5.6. 쟁점토지와 건물을 양도한 후 2019.7.31. 쟁점토지의 취득가액을 환산가액인 OOO산정하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO예정신고·납부하였다.

나. 청구인은 예정신고 당시 쟁점토지의 취득계약서를 찾지 못하여 환산가액으로 신고하였으나, 이후 쟁점토지의 실제취득계약서(이하 “쟁점취득계약서”라 한다)를 발견하여 2019.8.21. 쟁점토지의 쟁점취득계약서상 취득가액인 OOO(당초 청구인은 쟁점토지 1,324㎡를 포함하여 1,372㎡를 취득하였으므로 총 취득가액 OOO을 안분계산함)을 실지취득가액으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO환급하여 줄 것을 경정청구하였고, 처분청은 2019.10.21. 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.5. 이의신청을 거쳐 2020.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점취득계약서상 매매가액이 기준시가 대비 6배에 이르고 청구인이 이에 대한 금융증빙을 제출하지 못하여 동 매매가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없다는 의견이나, 쟁점토지는 OOO에서 등록전환되었고, 임야에서 창고용지로 형질변경되면서 실거래가격이 이미 공시된 개별공시지가와 차이가 발생할 수밖에 없는 상황이었으며, 쟁점토지의 지목변경 후 고시된 개별공시지가는 이를 반영하여 대폭 상승한 것으로 나타난다.

또한, 쟁점토지 취득 당시(2003년) 관행은 매매대금을 계좌이체하지 아니하고 주로 수표로 직접 매도인에게 지급하는 것이었기에 매매대금이 거래상대방의 계좌로 어떻게 입금되었는지를 확인하기 어려우나, 취득 당시 청구인의 자금흐름과 자금출처 관련 금융증빙으로 쟁점토지의 실지취득가액이 입증된다고 볼 수 있다.

(2) 처분청은 쟁점토지 등기부상 매도인OOO쟁점취득계약서상 매도인OOO상이하여 쟁점취득계약서를 신빙성이 없다고 보았으나, 쟁점취득계약서상 매도인 OOO청구인과 오래전부터 알고 지낸 지인(동창)으로 쟁점토지의 개발에 관여하였고, OOO“등기부등본상 소유자인 OOO외 1인의 위임을 받아 쟁점토지의 매매계약을 청구인과 체결하였고 매매대금 중 개발비용을 제외한 금액을 등기부등본상 전소유자들에게 지급하였다”고 확인하고 있다.

처분청에서 쟁점취득계약서, 영수증 등의 진위여부를 구분하기 위하여 국세청 첨단탈세방지담당관실에 문서감정까지 의뢰하였으나 진위여부를 확인하지 못하였고, 다만 계약서상의 중개인의 인장이 OOO부동산중개사무소 등록대장에 등록된 인장과 다른 것으로 감정되었으나, 등록대장상 중개인의 인장은 2004년 이후 등록된 인장이고 쟁점취득계약서는 2002년 12월에 작성된 계약서이며, 중개인의 인장이 다르다하여 쟁점취득계약서의 진위여부에 영향을 미치는 것은 아니다.

청구인의 입장에서는 쟁점토지에 대한 소유권만 이전되면 되었기에 친분이 있는 OOO계약하는 것이 안전하다고 생각했고 쟁점취득계약서의 내용에 따라 쟁점토지의 매매대금을 지급하고 소유권을 이전받았는바, 쟁점취득계약서상의 매도인이 등기부등본상의 전소유자와 상이하다는 이유만으로 사실 확인도 없이 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지의 취득 당시 개별공시지가가 토지현황을 제대로 반영하지 못하여 실거래가격과 많은 차이가 발생하는 점, 처분청의 문서감정내용이 쟁점취득계약서가 허위라는 입증을 하지 못하고 있는 점, 제시된 계좌해지 및 인출내역을 통하여 쟁점취득계약서상 거래대금의 입증이 가능하므로 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 공부상 지목변경시점과 쟁점취득계약서상 매매계약일 사이에 1년 이상의 시차가 존재하는 점에 비추어 계약일 당시 이미 토지현황이 변경된 상태였다는 청구인의 주장은 신뢰하기 어렵고, 쟁점취득계약서의 문서감정 결과 동 계약서에 날인된 중개사 인장이 지방자치단체에 등록된 인장과 다르다는 점이 쟁점취득계약서의 허위를 입증하는 것이라고 볼 수 있다.

(2) 또한, 쟁점토지의 실소유자인 OOO외 1인의 쟁점토지 매매관련 위임내용이 OOO확인서 외에 쟁점취득계약서에서 확인되지 않는 점, OOO확인서에 의하면 매매대금 중 개발비 등을 제외하고 실소유자에게 지급된 것으로 되어 있는 점, 청구인이 거래대금의 금융증빙으로 제출한 계좌거래내역상 인출금액이 실제 쟁점토지의 취득대금으로 사용되었는지를 알 수 없는 점, 쟁점취득계약서 작성일(계약일, 2002.12.16.)에는 자금인출이 없는 점, 쟁점취득계약서상 잔금지급일이 없는 점, 쟁점토지의 소유권이전 등기접수일(2003.1.7.) 이후 양도대금 잔금 OOO인출(2003.1.10., 2003.1.24.)된 점, 쟁점취득계약서 작성일 현재 쟁점계약서상 중개업자 OOO폐업상태였던 점 등에 비추어 청구인이 주장하는 쟁점토지의 취득가액이 객관적인 증빙에 의하여 확인되는 실지거래가액이라 보기는 어렵다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조[양도자산의 필요경비] ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2[추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액