가.청구법인이 수입금액을 신고누락한 것으로 본 배차일지상 택시운행 건수 10,882건 중 운송수입이 정상입금된 129건(5,160,000원)과 택시기사가 교육 중이던 3건(120,000원)은 신고누락금액에서 제외하고, 신규채용한 택시기사의 시용기간 운행이라고 주장하는 4,246건(169,840,000원)에 대하여는 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하며,

나. 주주 OOO에 대한 차량운용리스비용 44,390,000원(2007년 귀속분 21,230,000원, 2008년 귀속분 23,160,000원)을 손금불산입하고 배당처분하여 소득금액변동통지한 처분은 이를 손금에 산입하고, 관련 소득금액변동통지는 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 처분청은 청구법인에 대하여 세무조사한 결과, 청구법인이 2004년 ～ 2007년 사업연도 중 대표이사 OOO에게 보유부동산을 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인한 405,661천원과 운송수입 누락금액 692,628천원을 익금산입하고, 접대비불분명 금액 12,182천원, 차량운용리스비용 44,390천원 및 업무무관비용 16,753천원을 손금불산입하는 등으로 과세표준 및 세액을 경정하여 2009.2.11. 청구법인에게 법인세 253,985,640원(2004사업연도분 12,432,540원, 2005사업연도분 16,322,190원, 2006사업연도분 60,224,000원, 2007사업연도분 165,006,910원) 및 부가가치세 157,341,460원(2004년 제1기분 3,454,840원, 2004년 제2기분 437,250원, 2005년 제1기분 205,510원, 2005년 제2기분 49,167,280원, 2006년 제1기분 54,093,330원, 2006년 제2기분 22,386,000원, 2007년 제1기분 19,769,220원, 2007년 제2기분 7,828,030원)을 경정·고지하고,

위 익금산입 및 손금불산입한 금액 중 저가양도분302,605,000원(2004년 귀속분 2,605,000원, 2007년 귀속분 300,000,000원), 운송수입금액 누락분 435,280,000원(2004년 귀속분 26,920,000원, 2005년 귀속분 79,160,000원, 2006년 귀속분 221,120,000원, 2007년 귀속분 108,080,000원), 접대비 불분명 금액분 12,182,030원(2004년 귀속분 2,314,130원, 2006년 귀속분 900,000원, 2007년 귀속분 8,967,900원) 및 2006년 귀속분 업무무관비용 16,753,998원은 대표이사 OOO에 대한 상여로, 차량운용리스비용 44,390,000원(2007년 귀속분 21,230,000원, 2008년 귀속분 23,160,000원)은 주주 OOO에 대한 배당으로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 특수관계자인 청구법인의 대표이사 OOO에게법인 소유 택시회사 부지를 OOO의 감정평가액인 1,020,210,000원〔1㎡당 2,600,000원, OOO이 OOO 대지 196.4㎡ 및 같은 동OOO 대지 196㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 지가변동률, 지역요인, 개별요인 등을 참작하여 적정하게 평가(위 OOO 대지 196.4㎡는 510,640,000원으로, 위 397-19 대지 196㎡는 509,600,900원으로 평가하였음)〕보다 낮은 986,040,000원에 양도한 것은 회사의 자금사정이 어려워서 대표이사가 자금을 조달해 주려고 한 의도였던바, 이는 조세의 부담을 부당히 감소시키려고 한 행위가 아니다. 따라서 처분청이 「법인세법 시행령」제89조에서 시가가 불분명한 경우에 감정가액을 우선 적용하는 규정이 있음에도 불구하고 쟁점토지가 개별공시지가 보다 낮게 매매되었다는 이유만으로 감정가액을 무시하고 부당행위계산부인한 이 건 처분은 부당하다.

또한, 「법인세법 시행령」제88조 제3항(2007.2.28. 신설)은 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액이상인 경우에 한하여 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2007.4.25.자로 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였으므로 「법인세법 시행령」제88조 제3항을 적용한 부당행위계산부인대상에 해당하지 아니한다.

(2) 청구법인의 배차담당자가 운행기사에게 택시를 배차하기 전에 작성하는 배차일지는 운송일보(배차일지→ 수납일보→ 운송일보 순으로 작성됨)를 만들기 위한 결재라인을 밟지 아니하는 택시회사의 참고자료로서 배차연습일지라고 하는데, 택시기사들의 여러 가지 사정으로 택시들의 운휴표시가 되지 않을 수 있는바, 청구법인은 이 건 세무조사시 처분청에 동 배차일지상 운휴택시의 배차운행에 따른 수입금액 누락액이 230,360천원(5,759건×40,000원)이라고 자료협조한 사실이 있으나, 심판청구 후 5,186건이 잘못되었음이 확인되었다.

따라서 처분청이 청구법인의 택시운행과 관련한 배차일지상 운휴표시가 되어 있는 차량 및 점으로 표시된 차량 등(10,882건)을 월대차량의 비밀표시로 보아 제보자가 제시한 일부 입금표를 참고로 435,280천원(10,882건×40,000원)을 수입금액 누락액이라고 단정한 것은 근거과세 원칙을 무시한 부당한 과세이다.

(3) 처분청이 청구법인의 창업주인 OOO에 대한 급여와 상여금을 부인하는 과세예고를 하였으나, 이사회결의서에 근거한 임원보수 한도내에서 급여 등을 지급한 사실과 관련 4대보험이 신고된 사실 및 중요사안에 대하여 결재한 사실 등이 있어 과세전적부심사에서 인용결정을 받았다. 따라서 OOO이 중요서류에 서명이나 날인을 하였고, 대표이사로부터 전화보고도 받았으며, 자택에서 만나 의사결정도 하는 등 실제 청구법인의 업무에 관여하였으므로 차량운용리스료의 배당처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 양도당시 개별공시지가 평가액이 1,389,096천원이고, OOO의 감정평가액은 1,020,240천원인데, 청구법인은 쟁점토지를 대표이사 OOO에게 개별공시지가 대비 70.9%인 986,040천원에 저가양도하였다.

OOO의 위 평가액에 대한 회신내용을 검토한바, 용도상 택시회사 주차장으로 사용되는 일단지를 분리하여 평가하는 문제점이 있고, 표준지를 부당하게 선정하였으며〔OOO은 OOO구청의 공시지가 평가시 표준지인 같은 동 OOO(택시회사 출입구 인접토지)보다 한 구획 건너인 같은 동 OOO(대로변 상가건물) 및 용도지역에 맞지 않는 같은 동 OOO(다세대주택)를 표준지로 선택하였음〕, 구체적인 증감율이나 제반요인에 대한 분석내용없이 평가하는 등 그 감정가액이 합리성이 결여된 가액으로 시가를 적정하게 반영한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점토지에 대한 감정가액은 합리성이 결여되었기에 공시지가 평가액을 시가로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 수입금액을 누락하기 위하여 운행중인 택시의 일정대수를 운행하지 않은 것처럼 운송일보상에는 운휴처리하고 실제로는 배차운행하여 운송수입금액을 별도관리하였는바(청구법인의 전 상무인 OOO와 전 비서 겸 경리담당인 OOO은 운송일보상 운휴처리된 택시가 배차일지에 따라 배차되어 운행한 것은 사실이고, 1회당 입금액은 4만원이며, 입금액의 관리는 청구법인의 대표이사인 OOO의 OOO 5개 개인계좌에 입금관리한 것이 사실이라고 답변하였음), 처분청은 청구법인이 보관하고 있는 운송일보와 배차일지를 비교하여 2004년 ～ 2007년 중 운송일보상 운휴처리된 택시가 배차일지상 배차운행(운전기사 성명앞에 점으로 표기)된 총 10,882건(운휴택시의 1회 배차운행 수입금은 40,000～50,000원으로 정규택시 운행수입금 93,000～96,000원과 차이가 발생하고 있으나, 그 원인은 1회 배차에 따른 가스비, 사고위험 처리비 등 모든 운행비용이 기사부담이어서 낮은 것이며, 운행기록일보의 기록에서도 4～5만원의 기록사실이 확인되므로 최저금액인 1회 배차당 4만원으로 결정하였음)의 배차기록을 확인하여 과세한 이 건 처분은 근거과세 원칙을 준수한 정당한 처분이다.

(3) OOO은 청구법인의 주주(지분율 34.6%)로서 1998.11.18. 공동 대표이사를 사임하고 뇌경색증 및 폐렴 등 노환으로 OOO에 수시로 입·퇴원하는 환자로서 회사에 출근하지 못하고 있고, 2004년 ～ 2007년 기간 중에는 간병인을 둘 정도로 건강이 악화되어 청구법인의 경영에 참여할 수 없었는바, OOO의 고급승용차(링컨타운카 1대) 보유에 대한 운용리스비용에 대하여 업무무관비용으로 보아 비용부인하고 배당처분하여 한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점토지를 대표이사에게 개별공시지가보다 낮은 가액에 양도한 것에 대하여 부당행위계산부인한 처분의 당부

(2) 운휴택시 배차운행 수입금액(435,280천원)을 신고누락하였는지 여부

(3) 주주 OOO에 대한 차량 운용리스경비(44,390천원)를 손금부인하고 배당처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정된 것)

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.(이하 생략)

(2) 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정된 것)

제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조 【과다경비 등의 손금불산입】다음 각호의 손비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

3. 여비 및 교육ㆍ훈련비

4. 보험사업(농업협동조합법 및 수산업협동조합법에 의한 공제사업을 포함한다. 이하 같다)을 영위하는 법인의 사업비

5. 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비

6. 제1호 내지 제5호외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령이 정하는 것

제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정된 것)

제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

제88조 【부당행위계산의 유형 등】(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정된 것)

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만，재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

⑥ 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 상속세 및 증여세법 제39조ㆍ제39조의 2, 동법시행령 제28조 제3항 내지 제6항 및 동법시행령 제29조 제3항의 규정을 준용한다. 이 경우 “대주주”ㆍ "지배주주 등" 및 “특수관계에 있는 자”는 이 영에 의한 “특수관계자”로 보고, "이익" 및 “대통령령이 정하는 이익”은 “특수관계자에게 분여한 이익”으로 보되, 그 이익 중 "1억원(동 시행령 제28조 제3항을 준용하는 경우에는 3억원) 이상" 은 이를 적용하지 아니한다.

제106조 【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(4)상속세 및 증여세법(2003.12.30. 법률 제7010호로 개정된 것)

제35조【저가ㆍ고가양도에 따른 이익의 증여 등】① 다음 각호의 1에 해당하는 자에 대하여는 당해 재산을 양수 또는 양도한 때에 그 대가와 시가와의 차액에 상당하는 금액으로서 대통령령이 정하는 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 한다.

1. 타인으로부터 시가보다 낮은 가액으로 재산을 양수하는 경우에는 그 재산의 양수자

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 특수관계에 있는 자외의 자간에 재산을 양수 또는 양도한 경우에는 거래의 관행상 정당한 사유없이 시가보다 현저히 낮은 가액 또는 현저히 높은 가액으로 재산을 양수 또는 양도한 경우에 한하여 그 대가와 시가와의 차액에 상당하는 금액을 증여받은 것으로 추정하여 대통령령이 정하는 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

③ 제2항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자, 현저히 낮은 가액 또는 현저히 높은 가액의 범위는 대통령령으로 정한다.

(5) 상속세 및 증여세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19899호로 개정된 것)

제26조 (저가·고가양도에 따른 이익의 계산방법 등) ① 법 제35조 제1항 제1호에서 "낮은 가액"이라 함은 양수한 재산(다음 각호의 것을 제외한다)의 시가(법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조 및 제31조에서 "시가"라 한다)에서 그 대가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30이상 차이가 있거나 그 차액이 3억원 이상인 경우의 그 대가를 말한다.

1. 법 제40조 제1항의 규정에 의한 전환사채 등

2. 「증권거래법」에 의하여 한국증권거래소에 상장되거나 한국증권업협회에 등록되어 있는 법인의 주식 및 출자지분으로서 한국증권거래소 또는 협회중개시장에서 거래된 것(제33조 제2항의 규정에 의한 시간외시장에서 매매된 것을 제외한다)

② 법 제35조 제1항 제2호에서 "높은 가액"이라 함은 양도한 재산(제1항 각호의 것을 제외한다)의 대가에서 그 시가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30이상 차이가 있거나 그 차액이 3억원이상인 경우의 그 대가를 말한다.

③ 법 제35조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 이익"이라 함은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 계산한 대가와 시가와의 차액에서 다음 각호의 가액중 적은 금액을 차감한 가액을 말한다.

1. 시가에서 대가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상이거나 대가에서 시가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상인 경우에는 시가의 100분의 30에 상당하는 가액

2. 3억원

④ 법 제35조 제2항에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 양도자 또는 양수자(이하 이 항에서 "양도자 등"이라 한다)와 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 제19조 제2항 제1호·제2호·제4호 내지 제8호의 규정에 해당되는 자. 이 경우 "주주 등 1인"은 "양도자 등"으로 본다.

2. 재정경제부령이 정하는 기업집단의 소속기업 또는 그 기업의 임원인 자와 다음 각목의 1의 관계에 있는 자

가. 기업집단소속의 다른 기업

나. 기업집단을 사실상 지배하는 자

다. 나목의 자의 친족

3. 임원의 임면권의 행사 또는 사업방침의 결정등을 통하여 당해 법인의 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자

⑤ 법 제35조 제2항에서 "현저히 낮은 가액"이라 함은 양수한 재산(제1항 각호의 것을 제외한다)의 시가에서 그 대가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상 차이가 있는 경우의 그 대가를 말한다.

⑥ 법 제35조 제2항에서 "현저히 높은 가액"이라 함은 양도한 자산(제1항 각호의 것을 제외한다)의 대가에서 그 시가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상 차이가 있는 경우의 그 대가를 말한다.

⑦ 법 제35조 제2항에서 "대통령령이 정하는 이익"이라 함은 제5항 및 제6항의 규정에 의하여 계산한 대가와 시가와의 차액에서 각각 3억원을 차감한 가액을 말한다.

⑧ 제1항·제2항·제5항 및 제6항의 규정에 의한 대가 및 시가의 산정기준일은 당해 재산의 대금을 청산한 날( 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 해당하는 경우에는 각각 동항 제1호 내지 제3호에 규정된 날을 말하며, 이하 이 항에서 "산정기준일"이라 한다)을 기준으로 하되, 매매계약후 환율의 급격한 변동 등으로 인하여 산정기준일로 하는 것이 불합리하다고 인정되는 경우에는 매매계약일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제35조의 규정을 적용함에 있어서 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우(제1항 제2호의 규정에 의한 시간외시장에서 매매된 경우를 포함한다)에는 제1항 내지 제8항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 상속세 또는 증여세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

제61조 【부동산 등의 평가】① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토 지

지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

(6) 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률

제11조 【개별공시지가의 결정ㆍ공시 등】① 시장ㆍ군수 또는 구청장은 「개발이익환수에 관한 법률」에 의한 개발부담금의 부과 그 밖의 다른 법령이 정하는 목적을 위한 지가산정에 사용하도록 하기 위하여 제20조의 규정에 의한 시ㆍ군ㆍ구부동산평가위원회의 심의를 거쳐 매년 공시지가의 공시기준일 현재 관할구역안의 개별토지의 단위면적당 가격(이하 “개별공시지가”라 한다)을 결정ㆍ공시하고, 이를 관계행정기관등에 제공하여야 한다. 다만, 표준지로 선정된 토지, 조세 또는 부담금 등의 부과대상이 아닌 토지 그 밖에 대통령령이 정하는 토지에 대하여는 개별공시지가를 결정ㆍ공시하지 아니할 수 있다. 이 경우 표준지로 선정된 토지에 대하여는 당해 토지의 공시지가를 개별공시지가로 본다.

③ 시장ㆍ군수 또는 구청장이 개별공시지가를 결정ㆍ공시하는 경우에는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 하나 또는 둘 이상의 표준지의 공시지가를 기준으로 토지가격비준표를 사용하여 지가를 산정하되, 당해 토지의 가격과 표준지공시지가가 균형을 유지하도록 하여야 한다.

제12조 【개별공시지가에 대한 이의신청】① 개별공시지가에 대하여 이의가 있는 자는 개별공시지가의 결정ㆍ공시일부터 30일 이내에 서면으로 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 이의를 신청할 수 있다.

② 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항의 규정에 의한 이의신청기간이 만료된 날부터 30일 이내에 이의신청을 심사하여 그 결과를 신청인에게 서면으로 통지하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수 또는 구청장은 이의신청의 내용이 타당하다고 인정될 때에는 제11조의 규정에 따라 당해 개별공시지가를 조정하여 다시 결정ㆍ공시하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 「법인세법 시행령」제89조에서 시가가 불분명한 경우에 감정가액을 우선 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제88조 제3항에서 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액이상인 경우에 한하여 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 규정하고 있는바, OOO을 통하여 적정하게 평가된 감정평가액보다 조금 낮은 가액으로 쟁점토지를 청구법인의 대표이사에게 양도하였으므로 부당행위계산부인대상에 해당하지 아니하며, 또한 대표이사가 회사의 자금을 조달하려는 의도에서 매입한 것이지 조세의 부담을 부당히 감소시키려고 한 행위가 아니므로 부당행위계산부인대상에 해당하지 아니한다고 주장하고 있다.

(나) 청구법인은 대표이사 OOO에게 2004.6.10. OOO 대지 29.75㎡ 및 건물 28㎡를 양도하였고, 2004.6.29. 같은 동OOO 대지 160.8㎡를 양도하였으며, 2007.5.17. 쟁점토지인 같은 동 OOO 대지 196.4㎡ 및 같은 동 OOO 대지 196㎡ 양도하였는바, 쟁점토지의 양도내역과 당시 청구법인이 OOO 등에 의뢰하여 감정평가한 내역은 아래 표와 같다.

OOO

(다) OOO이 2009.3.6. 청구법인에게 송부한 가격산출근거 통보OOO를 보면, 쟁점토지와 유사한 이용가치를 지닌 인근지역 내 표준지의 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동추이 및 당해토지의 위치·형상·환경 등 토지의 객관적 가치에 영향을 미치는 제요인과 인근 지가수준 등을 종합적으로 참작하여 정상평가하였고, 비교공시지가 표준지를 같은 동 OOO 대지 166㎡〔2007.1.1.기준, 주·상복합용지, 제3종 일반주거지역, 소로한변, 세로 장방형 평지, 공시지가 1㎡당 2,350,000원, 용도지역이 동일한 것 중에서 지목 및 이용상황이 동일 또는 유사하며 지리적으로 근접하여 있는 표준지를 선정하였음〕로 하고, 인근 유사용도 토지 같은 동 OOO 대지 평가 전례(1㎡당 2,500,000원, 가격시점 2007.3.30.)를 감안하여 아래 표와 같이 평가한 내용이 나타나고 있다.

OOO

또한, OOO에서 처분청의 감정평가서상 저가평가 원인에 대하여 회신한 내용OOO에 의하면, 쟁점토지는 건축물대장상 2필지 일단으로 건물 1동이 소재하고 있는 반면, OOO구청이 쟁점토지와 일단지(용도상 불가분의 관계에 있는 2필지 이상의 일단의 토지를 의미함)로 조사한 같은 동 397-2, -6, -7, -8, -9, -13은 나대지로 보이는 등 일단지 파악의 오류로 개별공지시가의 산정에 오류가 있는 등으로 인하여 OOO의 평가금액과 차이가 발생한 것으로 보인다고 답변하고 있다.

(라) 처분청의 심리자료에 의하면, OOO구청장은 쟁점토지가대로변에 접하고 있는 같은 동 OOO와 일단의 토지로서 표준지를 대로변에 위치한 같은 동 OOO로 적용하였고, 같은 동 OOO는 ‘ㄱ’자 형태의 부정형 토지로 낮은 배율을 적용한 것으로 나타나고 있으며,

OOO

처분청은 OOO의 평가액에 대한 회신내용을 검토한 바, 용도상 택시회사 주차장으로 사용되는 일단지를 분리하여 평가한 문제점이 있고, 표준지를 부당하게 선정하였으며, 구체적인 증감율이나 제반요인에 대한 분석내용 없이 평가하는 등 그 감정가액이 합리성이 결여된 가액으로 시가를 적정하게 반영한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점토지에 대한 감정가액은 합리성이 결여되었다는 의견이다.

(마) 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제89조에서 규정하고 있는 부당행위계산의 부인을 함에 있어서 “시가”란 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 말하는 것으로 이러한 시가가 없는 경우에 부동산은 「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액과 「상속세 및 증여세법」제61조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있는바, 그 기준이 되는 감정평가법인의 감정가액은 어디까지나 객관적이고 합리적인 교환가격을 반영한 적절한 가액이어야 할 것이다OOO.

살피건대, 청구법인의 쟁점토지 양도가액이 개별공시지가 대비 70.9%인바, 이에 대해 청구법인은 OOO의 감정가액을 근거로 양도하였다고 주장하고 있으나, 개별공시지가는 「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률」에 의하여 국토해양부장관 또는 시장·군수·구청장이 결정하는 것으로서, 동 결정에 이의가 있는 자는 위 법률에 의한 이의신청 등 별도의 불복절차를 통하여 구제받을 사항이라 할 것OOO이고, 위에서 본 바와 같이 OOO과 쟁점토지의 개별공시지가를 결정한 OOO구청장이 선정한 쟁점토지의 표준지가 서로 다를 뿐 아니라 개별공시지가가 현저히 불합리하게 산정되었다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 개별공시지가를 근거로 청구법인이 쟁점토지를 대표이사 OOO에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다 할 것이고, 쟁점토지의 감정가액을 시가로 보아 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액이상인 경우가 아니므로 부당행위계산부인대상이 아니라는 청구주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 처분청은 청구법인의 운송일보에 ‘운휴’로 기재되어 있는 것 중 배차일지상 수기로 성명이 기재되어 있는 내용을 배차운행된 것으로 보아 아래 <표>와 같이 과세한 것으로 나타나고 있다.

<표> 처분청 운행수입 누락금액 산출내역

OOO

(나) 청구법인의 배차담당자인 OOO은 확인서(2009.6.18.)에서 상기 본인은 당시 배차담당자로 근무하면서 배차일지에 표시된 운전기사 앞 또는 위에 점을 찍어 기억에 도움이 될 수 있도록 표시를 해 놓았고, 배차실에서 회사를 방문하여 월대기사를 하겠다고 이력서를 제출한 사람들의 월대기사 명단을 가지고 있다가 월대기사가 출근하면 운행기록 일보에 차량번호와 입금액 그리고 이름을 표시하여 쉬는 차로 배차하였고, 입금이 확인되었을 때는 현금을 OOO 배차부장이 전 OOO 상무에게 전달하고 운송기록일보는 보관할 필요가 없는 자료이므로 폐기하였다고 확인하고 있으며, 청구법인의 OOO 부장은 진술서(2009.6.18.)에서 2005년에 전 OOO 상무가 직원들의 업무활성화를 위한다는 명분하에 하루 한사람의 월대기사 입금을 직접받아 이를 본인에게 전달해 줄 것을 요구하였으며, 이 자금으로 월별로 직원회식 및 특별한 경우에 사용하겠으니 그리 알고 있으라 하여 본인은 배차실무진에게 직접 받아 전 OOO 상무에게 전달하였다고 확인하였다.

(다) 청구법인이 제시한 배차일지 및 운송일보, 계정별원장, 대차대조표 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 청구법인의 운송일보(차번, 성명, 실입금액이 주간과 야간으로 구분되어 일자별로 기재되어 있고 담당에서 사장까지 결재된 것으로 나타나고 있음)에 기재된 실입금액은 계정별원장과 손익계산서상 청구법인의 수입금액으로 반영된 것으로 나타나 있고(2006년 운송수입 : 5,598백만원 등), 배차일보상 운행하지 않아 공란인 것과 수기로 성명이 기재된 내용이 운송일보에는 ‘운휴’로 기재되어 있는 것으로 나타나고 있다.

(라) 청구법인은 처분청이 청구법인의 택시운행과 관련한 배차일지상 운휴표시가 되어 있는 차량 및 점으로 표시된 차량 등(10,882건)을 월대차량으로 보고, 이에 탈세제보자가 제시한 일부 입금표를 참고로 435,280천원(10,882건×40,000원)의 수입금액을 누락한 것으로 보아 과세한 처분은 근거과세 원칙을 무시한 부당한 과세이므로 아래 표의 금액은 수입누락금액에서 제외하여야 한다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 본다.

OOO

1) 청구법인이 제시한 OOO 홈페이지에는 2006.9.21.OOO, 2006.9.26. OOO, 2006.10.26. OOO이 교육받은 것으로 나타나 있고, 처분청 과세근거 자료에 동 3명이 포함되어 있는 것으로 나타난다.

2) 청구법인은 운송수입금액을 정상으로 입금한 내역을 다시 과세하였다고 하여 배차연습지 및 운송일보 사본을 제시하고 있고, 동 내용에는 배차연습지 및 운송일보에 동일인으로 기재된 45건, 배차연습지와 운송일보에는 차량번호는 같으나 다른 이름으로 기재된 84건이 확인되고 있다.

3) 청구법인이 임금협정서와 함께 제시한 2005.6.29. 작성한 별도 노·사 합의서에는 사용자측 청구법인 대표이사 OOO와 근로자측 청구법인 노동조합 위원장 OOO이 청구법인이 취업규칙 제2장 제8조에 적격심사를 위한 시용 및 수습기간에 대한 규정을 두고 있으나, 회사 형편상 3개월의 시용기간을 준수하기 어려워 보완하기로 합의한다고 하면서 첫째, 3개월의 수습기간은 그대로 유지하되 시용기간을 1개월로 하고 그 외 2개월은 유상으로 하고, 둘째, 유상입금액은 일 30,000원으로 하며(월 30,000원으로 기재되어 있으나 잘못 기재된 것이라고 함), 연료 및 급여 기타 4대보험은 정식 채용된 때부터 적용하며, 동 합의서 효력은 2005.7.1.부터 2006.6.30.까지로 한다고 기재되어 있다.

또한, 청구법인은 청구법인이 노사합의에 의해 신규운전기사에게 최고 1개월까지 시용기간이라 하여 무상승무하면서 지리 및 기타 서비스업무를 연수하였다고 하면서 129명의 청구법인 택시기사가 연서한 확인서를 제시하였다.

(마) 위와 같은 사실들을 종합하여 볼 때, 처분청은 탈세제보에 따라 435,280천원(10,882건)의 운행수입이 신고누락된 것으로 보아 과세하였으나, 위에서 본 바와 같이 정상입금된 것으로 확인되는 129건(5,160,000원)과 OOO에서 당해 기사들이 교육받은 것으로 나타나는 3건(120,000원)은 수입누락금액에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이고, 노사합의에 의해 신규운전기사에게 최고 1개월까지 시용기간이라 하여 무상승무를 제공하였다는 4,246건(169,840,000원)에 대하여는 사실여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 처분청은 청구법인의 차량운용리스비용에 대하여 조사한 결과, 아래 <표>와 같이 주주인 OOO(대표이사 OOO의 아버지)이 사용자로 되어 있는 승용차인 링컨타운카의 운용리스 비용 44,390,000원을 손금불산입하고 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지하였음이 처분청 심리자료에 나타나 있다.

<표> 처분청의 운용리스 비용 조사내역

OOO

(나) 이에 대해 청구법인은 처분청이 OOO에 대한 급여와 상여금을 부인하는 과세예고를 하였다가 과세전적부심사시 OOO이 실제 청구법인의 업무에 관여한 사실을 확인하고 이를 인정한 사실을 들어 OOO이 사용한 차량에 대한 운용리스료의 배당처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

(다) 처분청은 과세전적부심사에서 ‘청구법인의 회장 OOO은 건강상 이유로 상근은 하지 아니하였으나, 20여년간 대표이사로 재직하였고, 지분율 34.6%의 대주주로서 회사의 경영에 참여할 위치에 있었을 뿐 아니라 회사경영에 참여한 사실도 여러 결재서류와 주주총회와 이사회회의록에 의하여 확인되고, OOO의 급여는 이사회 결의에 의한 임원보수한도액 범위 내에서 산정되었으며, 회장이라는 직책에 비추어볼 때 이를 「법인세법」상의 과다경비로 보아 손금불산입한 것은 타당성이 결여된 것으로 보여지는바, 사실상 경영에 참여한 사실이 인정되는 비상근 임원에게 급여를 지급한 것이 법인의 규모, 영업내용 등으로 보아 조세를 부당히 감소시킨 것으로 인정되지 않는 금액은 손금에 산입하는 것이므로 OOO에게 지급한 급여 및 상여금을 과다경비로 보아 손금불산입한 처분은 잘못되었다’고 판단하여 인용하였음이 확인된다.

(라) 이 건 운용리스 계약서에 의하면, 청구법인이 OOO로부터 링컨타운카 1대OOO를 리스기간 36개월 동안 리스료 1,930,000원(매월 5일에 납입)에 리스계약한 내용이 나타나고 있다.

(마) 청구법인의 상무인 OOO는 확인서에서 OOO 회장이 건강이 좋지 아니하여 수행기사의 부축을 받아 회사에 나왔고, 회사의 중요한 사항이 있을 때(이사회 등)는 몸이 불편한 가운데에도 참석하였다고 확인하고 있으며, 수행기사인 OOO은 2009.8.10. 작성한 확인서에서 OOO 회장이 출·퇴근 시에OOO 차량을 이용하였다고 확인하고 있다.

(바) 처분청이 제시한 OOO이 2008.9.11. 발행한 OOO의 진단서에는 병명이 음식 또는 구토물에 의한 폐렴과 상세불명의 뇌경색증으로 기재되어 있고, 향후 치료의견에는동 질환으로 의심되어 항상제를 사용하며 37.2°C 발열과 가래가 감소하는 양상을 보이는 상태로 퇴원한다고 기재되어 있으며, OOO이 처분청에 회신한 공문에는 OOO이 2003년 1월부터 2007년 12월까지 입내원건수가 85건(입내원일수가 1일인 경우가 67건임), 입내원일수는 121일로 나타나고 있다.

(사) 살피건대, OOO이 20여년간 대표이사로 재직하였고, 처분청 스스로 위에서 본 바와 같이 OOO이 지분율 34.6%의 대주주로서 회사의 경영에 참여할 위치에 있을 뿐 아니라 실제로 회사경영에 참여한 사실을 결재서류, 주주총회 및 이사회회의록에 의하여 확인하고 있는바, OOO이 사용자로 되어 있는 링컨타운카의 운용리스비용 44,390,000원은 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.