가. 청구법인은 OOO 외 4필지 토지 1,960㎡ 중 1,676.8㎡ 및 그 지상건물 중 지상4·5층 점포 176개호(총 2,240.03㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 부속토지를 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO과OOO로부터 매입하면서 토지와 건물가액을 구분하지아니하고 총 OOO에 매입한 후 매도인으로부터 건물분 세금계산서 2매(공급가액 각 OOO, OOO, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2013년 제2기 부가가치세 예정 조기환급 신고를 하면서 OOO의 환급신청을 하였다.

나. 처분청은 2013년 11월 환급 현장확인을 실시한 결과, 쟁점부동산의토지·건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 「부가가치세법 시행령」제64조 제1호에 의해 안분하여 쟁점건물분 공급가액을 OOO으로산정한 후 2013년 제2기 부가가치세 OOO을 OOO 청구법인에게 환급하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 쟁점건물가액의 결정과정이 객관적이지 못하다고 하여청구법인이 산정한 토지와 쟁점건물의 가액이 불분명하다고 보고 있지만, 청구법인과 매도인은 OOO의 OOO 기준 감정가액 OOO과 OOO의 OOO. 기준 감정가액 OOO의 평균가액 OOO을 참고로 하여 아래 [표1]과같이 토지 1,676.80㎡ 중 지상권이 제한된 1,172.554㎡를 제외한 504.24㎡에 대한 기준시가와 쟁점건물의 기준시가를 기준으로 토지및 쟁점건물의 가액을 검토하였고, 또한, 아래 [표2]와 같이OOO의 감정평가서상 감정평가액을 기준으로 매매금액OOO을 안분계산하여 토지 및 쟁점건물의 가액을 산정한 후 비교검토하였으며, 최종적으로 지상권이 제한된 면적을 제외한 토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분계산한 쟁점건물가액과OOO의 감정평가서상의 토지와 쟁점건물의 가액으로 안분계산하여 쟁점건물가액의 평균가액 OOO을 구하였으며, 이에 아래 [표3]과 같이 매도인의 결산서상 자료를 기준으로 산정한 쟁점건물의 가액OOO과 위 평균가액OOO의 차이가 미미함에 따라 취득원가로 건물가액을 결정하였으므로, 쟁점건물의 가액은 객관적인 산출근거에 의한 것으로 보아야 할 것이다.

[표1] 기준시가에 따른 안분내역

[표2] OOO의 감정평가서상 평가가액에 따른 안분내역

[표3] 매도인 결산서에 따른 안분내역

설령, 매매계약서상 토지와 쟁점건물의 가액 산정과정이 객관적이지못하다고 하더라도 쟁점부동산의 등기된 전체 토지 1,676.80㎡ 중1,172.554㎡는 지상권이 상당기간 제한되어 있으므로 이러한 현실적인지상권 제한을 고려하지 아니한 채 전체 토지와 쟁점건물의 기준시가에따라 매매가액을 안분계산한 처분청의 결정은 매매계약일 현재 토지의이용도와 효용도에 비추어 토지가액이 상대적으로 과대평가되는 모순이발생하여 부당하고, 1994년 건물 준공 이후 매도인의 감가상각을 고려하더라도 19여년의 물가상승률 등을 고려할 때 철근콘크리트 구조와 슬라브 지붕의 집단상가 건물가액을 OOO으로 정하는 것은계약일 현재의 시장상황에서 현실성이 없으므로 매매계약서상 토지와쟁점건물의 가액은 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 사회통념 등에 비추어 합당한 것으로 인정되어야 한다.

한편, 처분청은 OOO의 감정평가서가 환급 현지확인이후 소급하여 작성된 것이라고 주장하나, OOO의 감정평가서는 OOO에 이미 작성되어 있었지만 청구법인의 자금사정으로즉시 수령하지 못하여 처분청의 환급 현장확인시 제시하지 못하였을뿐 앞서 언급한 바와 같이 청구법인과 매도인은 OOO의현장조사와 가격조사 과정에서 알게 된 토지와 쟁점건물의 가액 및 매도인의 결산서상 자료를 참고하여 토지와 쟁점건물의 가액을 산정하였고, 이후 청구법인은 OOO 감정평가수수료를 지급하고OOO의 감정평가서를 수령하였으므로, 단지 청구법인의 자금사정으로 감정평가서를 늦게 수령하였다는 사실과 세금계산서 발급일이OOO이라는 사실만으로 환급 현장확인 이후OOO이 쟁점부동산을 소급 감정하여 토지와 쟁점건물의 안분근거를 만들어냈다고 본 것은 잘못된 판단이라 하겠다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산 매매계약서를 살펴보면 ‘매매대금 총액은 OOO이고 쟁점건물분 부가가치세는 별도로 하며 부가가치세는 양도인이정한다’ 라고 되어 있고, 환급 현장확인 당시 청구법인에게 토지와 건물가액의 안분계산 근거를 요청한 바, 매도인OOO의 부동산 취득시점의 건물 장부가액을 양도시의 건물가액으로 정하고 나머지를 토지가액으로 결정하였다고 하면서 건물매매가액내역을 제출하였으며, 청구법인이 제출한 감정평가서의 작성자는OOO이 아니라 OOO과OOO이었고, 두 법인 모두 집단상가의 특성상 토지와 건물을 구분할실익이 없다고 하여 일괄하여 감정하였을 뿐만 아니라 청구법인은 당시토지와 쟁점건물을 구분 기재한 감정평가서는 없다고 진술하였다.

또한, OOO의 감정서는 작성일이 OOO로 되어 있으나, 청구법인과 OOO의 전자세금계산서 작성일이 OOO인 점, 매도인 OOO의 체납액은 각각 OOO이고, 청구법인의 주주OOO은 OOO의 동생으로, 청구법인은 청구법인의 부가가치세 경정으로 매도인에게 환급 발생시 체납에 충당될 것을 우려하였던 점등으로 보아 처분청의 환급 현장확인 이후 OOO이 쟁점부동산을 소급 감정하여 토지와 쟁점건물의 안분근거를 추후 만들어낸 것으로, 청구법인과 매도인의 매매계약서 작성시 토지와 쟁점건물의안분계산에 이를 참고하였다는 것은 신빙성이 없다.

더구나 환급 현장확인시 청구법인이 제시한 ‘매도인의 부동산 취득시점의 건물 장부가액을 양도시의 건물가액으로 정하고 나머지를 토지가액으로 결정하였다’는 부동산 안분계산 근거를 기초로 검토한바, 이는취득일로부터 16년이 경과한 건물이 감가상각으로 그 가치가 감소되었다는 점과 토지의 공시지가가 1996년 OOO에서 2013년 OOO으로 5배 이상 증가하였다는 점 등이 토지와 쟁점건물의 안분계산에 반영되지 아니함으로써 토지와 쟁점건물의 구분이 건물의 규모, 형태 등 사회통념에 비추어 합당하다고 인정되지 아니하여불분명한 것으로 판단되므로 「부가가치세법 시행령」 제48조의 규정에 의하여 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 이 건 처분은 정당하다.

한편, 청구법인은 OOO의 감정평가서에 의한 감정평가액을 기준으로 매매금액을 안분계산하여 토지 및 건물가액을 산정하였다고 주장하나, 처분청의 환급 현장확인시 청구법인은 OOO과OOO 2개의 감정평가서 이외 다른 감정평가서는 존재하지않는다고 진술한 점, OOO은 청구법인에게 감정평가서를OOO 발송하였음에도, 청구법인은 그 이전인 OOO 매매계약체결시 이러한 감정평가서를 근거로 건물가액을 안분하였다고 주장하고 있는 점, 청구법인은 OOO의 감정평가서를 기준으로 안분하였다고 주장하지만 매매계약서상 안분가액이 위 금액과 일치하지아니한 점 등에 비추어 보면, OOO의 감정평가서는 환급현지확인 이후 소급 감정하여 토지와 건물의 안분근거를 추후 만들어낸것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 토지가액과 쟁점건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 「부가 가치세법 시행령」 제64조 제1호에 의해 쟁점건물의 공급가액을 산정하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제29조 [과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. ～ 6. (생 략)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제64조 [토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산]법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청은 쟁점부동산 매매계약서에 구분된 토지와 쟁점건물의 가액이 건물의 규모, 형태 등 으로 보아불분명하다고 보아 「부가 가치세법 시행령」 제64조 제1호에 의해 안분(총매매가액을 토지와 쟁점건물의 기준시가 비율로 안분)하여 쟁점건물분 공급가액을 OOO으로 산정한 후 청구법인이 환급청구한 2013년 제2기 부가가치세 OOO 중 OOO을 OOO 청구법인에게 환급한 것으로 나타난다.

(2) 「부가가치세법」 제29조 제1항과 제9항 및 같은 법 시행령 제64조에 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 하고 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 다만 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의가액의 구분이 불분명한 경우,토지와 건물 등에 대한 「소득 세법」제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액으로 한다. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세 기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례 하여 안분 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 청구법인이 OOO와 체결한 매매계약서에는 쟁점부동산 거래가액은OOO이고 특약사항에는 아래 [표4]와 같이 쟁점 부동산의 토지가액과 건물가액이 구분 표시되어있는바,

[표4] 특약사항(쟁점부동산의 토지·건물가액)

처분청은 위 계약서상 특약사항은 부가가치세 신고 당시 뿐만 아니라 현지확인 당시에도 제출되지 아니하였다가 그 이후에 제출된것으로 조사하였다.

(4) 청구법인이 당초 신고시 첨부한 쟁점부동산에 대한OOO의 감정평가서OOO와 OOO의 감정평가서OOO에는 토지와 건물을 일괄하여 평가한 가액OOO이 기재 되어 있고, 추후 제출한 OOO의 감정평가서에만 토지·건물을 구분하여 평가한 가액OOO이 기재되어 있다.

(5)청구법인이 당초 제출한 위 (3)의OOO의 감정평가서는매매계약체결일OOO 이후인OOO 청구법인에게 발송된 것으로 나타나는 바, OOO이 OOO 청구법인에게 한 회신(업무협조 요청의 건에 관한 회신)에는 “OOO의 기간동안 현장 및 가격조사를 실시하였고, 현장 및 가격조사 완료시기인 OOO을 기준시점으로 하여 감정평가를 진행하였으며, 작성시기는OOO이고, OOO 청구법인에 감정평가서를 발송하였다. 당사는 본 감정평가업무를 완료한 이후 청구법인에 감정평가수수료 입금을 요청하면서 감정평가수수료 입금이 확인된 이후 감정평가서를 발송하겠다고 하였지만 청구법인의 사정으로 인하여 감정평가수수료의 입금이 지연되었으며, OOO 감정평가수수료의 입금이 확인되어 OOO 감정평가서를 발송하게 되었다”라고 기재되어 있다.

(6) 청구법인이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 매도인의 재무상태표를 보면, 매도인은 각 회계연도마다 쟁점건물에 대하여 감가 상각을 하였음이 법인세 신고서에 첨부된 재무제표로 확인되고, 쟁점부동산 거래당사자들은 동 결산서를 기준으로 쟁점부동산의 토지· 쟁점건물 가액을 각각 OOO과 OOO으로 산정하였다고 주장하고 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구 법인이 OOO로부터 쟁점부동산을 매입하면서 2개 감정평가법인OOO의 감정평가액, 토지와 건물의 기준시가, 매도인의 결산서상 자료를 기준으로 토지와 쟁점건물의 가액을 87.7%와 12.3%로 안분하여 산정하였다는 청구주장이 제출증빙으로 확인되는 점 등으로 보아 쟁점부동산의 토지가액과 쟁점건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 거래가액 중 토지의 가액과 쟁점건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 기준시가에 따라 토지가액과 쟁점건물의 가액을 안분계산하여 한 이 건 환급처분은 잘못이 있는 것으로판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.