가. 청구법인은 주식회사 OOO(OOO, 이하 “모회사”라 한다)의 100% 자회사로서 2010.8.2. 설립되어 OOO을 본점소재지로 하여 부동산 임대업 및 건물관리업 등을 영위하는 법인으로, 2012.12.1. OOO로부터 95건의 부동산을 현물출자 받으면서 모회사의 부동산 사업부 직원들도 청구법인으로 전출하였는바, 그 중 일부는 퇴직금을 중간정산하고 일부는 자회사인 청구법인으로 퇴직금을 승계하였다.

나. 이후 2014년 12월, 청구법인은 구조조정의 일환으로 모회사 입사일 기준 근속연수 15년 이상 직원을 대상으로 특별명예퇴직을 실시하였는바, 명예퇴직자에 대하여는 법정퇴직금 외에 특별명예퇴직보상금(명예퇴직금, 특별가산금 및 근속가산금을 합산한 것으로, 이하 “쟁점명예퇴직금”이라 한다)을 지급한 후, 당초 퇴직금 중간정산자는 자회사(청구법인) 전입일부터 퇴직일까지, 퇴직금 미정산자는 모회사 입사일부터 퇴직일까지를 근속연수로 각각 적용하여 2014년 귀속 퇴직소득세 OOO을 원천징수하여 신고․납부하였다.

다. 2019.6.27. 청구법인은 위 특별명예퇴직자 중 당초 모회사에서 청구법인으로 전출시 퇴직금 중간정산자 OOO의 퇴직소득 계산시 쟁점명예퇴직금에 대한 근속연수 기산일을 청구법인 전입일이 아닌 모회사 입사일로 적용하여야 한다고 주장하면서 과다 납부한 2014년 귀속 원천징수분 퇴직소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 ‘ 「소득세법 시행령」제105조에 따라 퇴직소득에 대하여 중간정산을 한 자는 퇴직소득 중간지급일의 다음날부터 퇴직한 날까지를 근속연수로 계산하고 있다’는 이유로 2019.9.4. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「소득세법」제105조 제1항에서 “근속연수는 근로를 제공하기 시작한 날 또는 퇴직소득 중간지급일의 다음날부터 퇴직한 날까지로 한다”고 규정하고 있으나, 「소득세법 집행기준」22-105-2에서는 “퇴직금을 중간정산한 근로자에게 최종 퇴직시 퇴직금과 명예퇴직금 등을 함께 지급하는 경우 퇴직금에 대한 근속연수는 중간정산시점부터 명예퇴직금에 대한 근속연수는 최초 입사일부터 각각 기산한다”고 규정하고 있는바,

위 집행기준과 관련 유권해석(원천세과-615, 2011.9.30., 재소득-52, 2004.2.25.)은 명예퇴직금이 회사에서 오래 근무한 공로를 인정하여 전체 근무기간을 기준으로 산정된 금액이므로 중간정산 이후에 지급받았다 하여 중간정산일로부터 퇴직시까지의 기간을 근속연수로 보는 것은 불합리하며, 명예퇴직금의 경우 중간정산을 하였는지 여부 및 언제 하였는지에 따라 퇴직소득세액에 큰 차이가 발생하므로 근속연수를 중간정산일 이후의 기간으로 보는 것은 부당하다고 해석한 것이다.

특별명예퇴직자는 모회사의 경영방침에 따라 현물출자와 함께 해당 사업부 직원들이 자회사로 전출된 것으로 모회사와 청구법인은 해당 직원들을 계속근로로 보았고, 대법원도 “기업의 인적․물적 조직이 흡수․통합되거나 조직변경을 거친다 하더라도 그 기업자체가 폐지됨이 없이 동일성을 유지하면서 존속되고 있는 한, 이는 경영주체의 변경에 불과하여 근로관계는 새로운 경영주에게 승계되고, 이와 같이 근로관계가 포괄승계됨에 있어 근로자가 자의에 의하여 사직서를 제출하고 퇴직금을 지급받았다면 계속근로의 단절에 동의한 것으로 볼 수 있지만, 그것이 근로자의 자의에 의한 것이 아니라 기업의 경영방침에 의한 일방적인 결정에 따라 퇴직과 재입사의 형식을 거친 것에 불과하다면 이러한 형식을 거쳐서 퇴직금을 지급받았더라도 근로자에게 근로관계를 단절할 의사가 있었다거나 계속근로의 단절에 동의하였다고 볼 수 없고, 따라서 계속근로관계도 단절되지 아니한다”고 판시(대법원 1999.6.11. 선고 98다18353 판결)하고 있는바, 모회사와 자회사인 청구법인에서의 계속근로를 기준으로 지급한 쟁점명예퇴직금에 대하여는 모회사 입사일부터 근속연수를 기산하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

2013.1.1. 「소득세법」제22조의 개정으로 퇴직을 원인으로 지급받는 대가는 명칭 여하에 관계없이 퇴직소득으로 보도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제105조에 따라 퇴직소득에 대하여 중간정산을 한 자는 퇴직소득 중간지급일의 다음날부터 퇴직한 날까지를 근속연수로 하고 있으며, 같은 법 제148조에서 중간정산 등으로 퇴직금을 분할하여 지급받은 경우 퇴직소득세를 정산할 수 있는 제도를 신설하여 법정퇴직금과 명예퇴직금 등을 구분할 실익이 없으며,

청구법인은 쟁점명예퇴직금에 대하여 근속연수 계산시 모회사 입사일을 기산일로 적용하여야 한다고 주장하나, 모회사에서 출자관계에 있는 자회사(청구법인)로 전출할 당시 퇴직금을 중간정산한 직원은 「소득세법 시행령」제203조에 의한 퇴직소득세액의 정산사유에도 해당하지 아니한다.

따라서 처분청이 청구법인의 퇴직소득세 경정청구를 거부한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법정퇴직금 중간정산 근로자에게 지급한 특별명예퇴직보상금에 대하여 퇴직소득세 산정시 근속연수의 기산일을 모회사 입사일로 볼 것인지 아니면 자회사 입사일로 볼 것인지

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것)

제22조(퇴직소득) ① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

② 제1항 제1호에 따른 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금으로 한다.

③ 퇴직소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)으로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액(제1항 제1호의 금액은 제외하며, 2011년 12월 31일에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.