가.청구법인은 1994.1.1. OOO에 OOO주식회사’라는 법인명으로 설립하여 전기발전업을 영위한 업체이다.

나. 1995년 11월부터 OOO에 댐과 발전장치 등 OOO(이하 “쟁점자산”이라 한다) 공사를 진행하던 중 1996년 수해로 인하여 유실되었고, 동 쟁점자산에 대하여 재해손실로 계상한 OOO중OOO이후 바로 복구되었으므로 당초 재해손실이 아닌 자산으로계상하여 감가상각을 하였어야 하므로, 쟁점자산 처분일이 속하는 2011사업연도 법인세 계산 시 상각 후 원가인 OOO을 손금산입하여야 한다는 취지로 2011사업연도 법인세 OOO을 환급하여 달라는 경정청구서를 2014.8.31. 처분청에 제출하였다.

다. 처분청은 경정청구 대상금액 OOO(상각 전 원가)에 대하여 청구법인이 당초 재해손실로 처리하였고, 이에 대하여 손금불산입 세무조정을 한 사실이 없으며, 재해손실로 인해 이후 사업연도에 발생한 전기이월결손금을 채무면제이익과 상계하는 등 세법상 결손금으로서 처리를 한 후, 현재 시점에 와서 당초 처리의 잘못을 이유로 2011사업연도 법인세 계산 시 손금산입하여야 한다는 청구주장은 동일한 건에 대하여 비용을 이중으로 인정해 달라는 것으로 보아 청구법인에게 2014.9.22. 경정청구 거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.5. 이의신청을 거쳐 2015.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 당초 계상한 재해손실은 잘못된 회계처리이므로 이를 수정신고하여 익금산입(유보)한 금액의 범위 내 유보금액인 댐 OOO건물 OOO합계 OOO쟁점자산의 처분시 손금산입되어야 한다.(주위적 청구)

(가) 「법인세법」 제42조 제3항 제2호에서 “고정자산의 경우 천재지변·화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것에 한하여 자산의 장부가액을 감액할 수 있다”고 규정하고 있고, 이 규정에 의하면 “파손되거나 멸실된 것에 한하여”라고 하였으므로 청구법인에서 1996.7.27. 재해손실 OOO을 계상하였다 하더라도 이는 잘못된 회계처리이며, 그 근거는 아래와 같다.

1) 1996.7.27. 재해손실 계상액은 확정손실가액이 아닌 재량적 손실추정액을 세무상 미리 손금으로 인식한 것으로서 객관적 근거자료에 의거 산정된 것이 아니라 댐이 수몰되자 회계장부상 건설가계정 등에 대해 OOO의 비망계정 없이 전액을 재해손실로 계상한 것으로 객관적인 증빙서류 등에 의해 입증되는 경우가 아니다.

2) 하류로 떠내려간 수 억원에 달하는 터빈발전기 등을 인양하여 재사용하였고, 재사용한 경우 1996.7.27.자로 재해손실 반영한 분에 대해 재해손실을 환입하는 회계처리가 필요했고, 그 이유는재사용시에는 100% 전액이 재해손실이 되는 것이 아니라 원상태로 회복하는 데 소용되는 금액이 재해손실로 반영되어야 하기 때문이다.

3) 댐의 상층부인 가동보 부분이 물에 떠내려 온 이물질로 엉켜 있어 상당부분 훼손되었지만 재해손실을 100% 반영하기 위해서는 화재와 같이 전소되는 경우인데 상대적으로 보의 상당부분은 골격을 그대로 유지하고 있었고, 아래쪽인 보 부분은 훼손정도가 그리 심하지 않았으므로 보 부분에 해당하는 댐의 하층부는 대부분 재사용하였다.

4) 2011.5.23. 서울고등법원 제23민사부 화해권고결정에서 OOO가 보상금 OOO억을 수령할 수 있었던 것은 최초 준공검사 신청시(1985년 11월) 기부체납 받은 시설물(특히 댐의 하단부 보)이 존재하였기 때문으로 기존의 공작물이 존재하고 있음을 알 수 있다.

5) 위 화해권고결정을 통해 청구법인에게 OOO억원의 보상금을 수령토록 결정한 것은 1998.5.4. 준공 당시 댐의 장부가액이 OOO임에도 그 투입비용이 OOO억원 이상 소요되었음을 인정한 것으로,1998.5.4. 댐의 장부가액 OOO은 너무 과소하다는 것이고, 이는곧 1996.7.27. 재해손실을 과다하게 계상하였음을 인정하는 것이다.

6) 조세심판원의 심판례(조심 2008서1333, 2009.4.1.)에서 “쟁점자산 중 토지 및 건물 등에 부착되어 있는 기계장치 및 설비장치는 이를 철거하여 폐기하지 아니하면 다른 사업을 할 수 없는 것이므로 새로운 사업의 필요경비에 산입하는 것이 타당하다.”라고 결정한 예에서 보듯이 재해손실을 100% 인정하려면 기존의 소수력발전소는 폐기하고 새로운 소수력발전소가 건립되어야 하며, 재해손실 계상액 만큼의 공사원가가 소요되어야 함에도, 청구법인에서는 1998.5.4.준공 당시 약 OOO백만원의 장부가액만 존재하므로 1996.7.27. 장부가액에 대해 100% 재해손실을 계상한 것은 잘못된 회계처리라 할 것이다.

(나) 그래서 정상적인 회계처리였다면, 준공시점인 1998.5.4.에 다음과 같이 회계처리 하였어야 하였다.

이에 따라 실질적인 재해손실가액은 1996.7.27. 수해발생 이후부터 1998.5.4. 준공시까지 수해복구 등을 위하여 지출된 OOO이다. 즉, 1996.7.27. 재해손실을 계상하였다 하더라도 원상회복을 위하여 지출한 비용이 OOO이고 재해손실로 인해 상실된 자산의 가액은 원상회복을 위해 지출된 비용인 복구비용이기 때문이다.

(다) 1998.5.4. 재해손실액을 환입하는 회계처리를 하지 않은 잘못된 회계처리로 인해 청구법인의 재무제표는 이월결손금이 과다하게 되었고, 청구법인에서는 대표이사 가수금 OOO을 채무면제이익을 계상하였으며, 이월결손금 보전한 후 2012.12.31.에도 대표자가수금 OOO을 채무면제한 후 이월결손금 보전에 사용하였다.

(라) 1996.7.27. 재해손실 계상액 OOO에 대한 이월결손금 공제내역 등을 검토해 보면 아래 <표1>과 같다.

위에서 보듯이 정상적인 회계처리였을 경우 채무면제이익이 이월결손금과 공제될 수 있는 금액이 OOO으로 당초 채무면제이익으로 공제받은 OOO보다 더 크므로 당초에 계상한 채무면제이익은 감가상각비로 반영될 수 있었던 금액으로 결손금 공제가 가능한 것이다.

(마) 처분청에서 비용의 이중공제라고 경정청구를 거부하였는바, 회계상 비용의 이중공제에는 해당한다 하더라도 2001.12.31. 이월결손금 OOO은 공제시한 5년 경과로 영구히 소멸하여 과세소득을 줄이지 않았으므로 과세소득의 이중공제에는 해당되지 않는다.

(바) 장부에 계상되지 아니한 부외자산에 대해 조세심판원의 심판례(조심 2011서1894, 2012.03.15.)에서 “장부에 계상되지 아니한 부외자산은 그 취득가액을 평가하여 익금산입하며, 이때 익금의 귀속시기는부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도 중 최초 사업연도로 하고, 이 경우 최초 취득가액을 장부가액으로 하는 것이 원칙이나, 취득가액 및 감정가액이 확인되지 않는 경우 개별공시지가를 취득가액으로본다”고 결정하였고, 이에 따라 청구법인에서는 부과제척기간 내최초의사업연도인 2009사업연도에 대하여 아래 <표2>와 같이 2015.2.17.익금산입(유보)하는 법인세 수정신고서(납부세액 : OOO원)를 접수한 바 있다.

(사)이때 익금산입 금액의 산정은 장부가액에 따라야 하지만, 부외자산에대한 장부가액은 없는 상황이고 보상금과 관련된 감정평가액은 2010.10.8.제출된 것으로 2009사업연도에는 적용할 수가 없는 상황이어서 정상적인 회계처리였다면 1998.5.4. 재해손실환입 OOO을 댐으로 환입하였을 것이기에 이를 취득가액으로 산정하였다.

이는 댐이 1996년 12월 완공예정이었다는 점을 감안하여 볼 때 1996.7.27. 재해손실 OOO을 계상액을 「법인세법」 제52조 제2항에 의거 1998.5.4. 댐 준공 당시 취득가액으로 하고, 실제 재해손실인 1998.12.31. 기 반영된 장부가액 시설장치 OOO을 차감한 OOO과 동일하며, 정률법에 의한 감가상각비 계산내역은 아래 <표3>과 같다.

또한, 부외자산에 해당하는 보일러실, 숙소동 등 건물에 대해서는 2009년 기준시가에 의거 건물 OOO을 익금산입(유보)하였다.

(아)따라서,당초 계상한 재해손실은 잘못된 회계처리이므로2009사업연도 수정신고한 익금산입(유보) 금액의 범위 내 유보금액인댐 OOO건물 OOO합계 OOO에 대해 쟁점자산의 처분시 손금산입(△유보)되어야 한다.

(2) 위 방법을 인정하기 어렵다면, 2011.5.23. 서울고등법원의 화해권고결정에서 인정한 자본적 지출액 OOO억원을 근거로 수정신고하여익금산입(유보)한 댐 OOO건물 OOO합계 OOO은쟁점자산의 처분시 손금산입되어야 한다.(예비적 청구)

(가) 청구법인은 OOO과의 소수력발전소 소유권 확인소송 당시 수해피해 및 공사비 관련 제출하였던 서류로 복구공사 투입비 현황 등을 제출하였고, 비록 소송 당시 구체적인 노무비대장 등의 자료는 보존기한(5년) 경과와 수해피해 발생시 유실 등으로 제출하지는 못하였지만 사법부에서 이를 인정한 것이다.

(나) 소송 당시 구체적인 노무비 대장 등 건설원가에 대해 그 지출증빙을 제출 못한 데에는 아래와 같은 사유가 있다.

1) 회계장부 및 증빙의 보존년한은 보통 5년이 경과하여 찾을 수가 없었다는 점이다.

2) 수 차례의 수해피해로 인해 노무비 대장 등 상당수의 지출증빙이 유실되었다.

3) 1990년대 말과 2000년대 초에는 전자세금계산서나 분기별 일용직 지급명세서 제출이 의무화 되지 않았고, 개인사업자 등과의 거래가 투명화되지 않았다.

4) 노무비 대장 등 지출증빙이 유실되고 개인 및 개인사업자 등과의 거래가 전산화 또는 투명화 되지 않아 그 지출증빙 등이 세무대리인에게 전달되지 않아서 회계장부에 반영될 수가 없었다.

(다) 그럼에도 불구하고 사법부에서 서울고등법원 제23민사부 화해권고결정을 통해 청구법인에게 OOO억원의 보상금을 수령토록 결정한 이유는 ① 보상 당시 소수력발전소는 완공된 상태로 존재하였다는 점, ② 이 건 소수력발전소를 신축한 이후에도 1999년 8월경, 2000년 11월경, 2001년 7월경, 대규모 수해피해를 입어 복구비용만 OOO억원 이상이 소요되었다는 점, ③ 구체적인 증빙의 법적 보존기한(5년)이 경과하여 폐기되었거나 노무비대장 등이 수 차례의 수해피해발생으로 유실되는 등 구체적인 명세서 등을 제출할 수 없는 부득이한 사유가 존재하였다는 점, ④ 복구공사 투입비 현황에서 보듯이 청구법인이 당해 시설물에 투입한 비용이 OOO억원이 넘었던 점 등이다.

(라) 세법을 적용함에 있어 사법부의 결정을 무조건적으로 따라야 할 것은 아니지만, 아래 <표4>의 청구법인의 보상내역 현황에서 보듯이 부외자산에 대한 보상금은 OOO에 달한다.

(마) 이는 서울고등법원 제23민사부 화해권고결정을 통해 소수력발전소를 신축한 이후에도 1999년 8월경, 2000년 11월경, 2001년 7월경, 대규모 수해피해를 입어 복구비용만 OOO억원 이상을 소요하였다는 점을 인정한 것이다.

(바) 앞에서 설명한 바와 같이 장부에 계상되지 아니한 부외자산에 대해 부과제척기간 내 최초의 사업연도인 2009사업연도 귀속으로위 <표2>와 같이 2015.2.17. 익금산입(유보)하는 법인세 수정신고서(납부세액 : OOO원)를 접수한 바 있다.

(사) 이때 익금산입 금액의 산정은 조세심판원의 심판례(조심 2011서1894, 2012.3.15.)에 따라 장부가액에 따라야 하지만, 부외자산에 대한 장부가액은 없는 상황이고 보상금과 관련된 감정평가액은 2010.10.8. 제출된 것으로 2009사업연도에는 적용할 수가 없는 상황이었으므로 장부가액을 산정할 방법을 강구한 결과 청구법인이 서울고등법원 화해권고결정에 의거 수해복구비용(자본적 지출액) OOO억원을 「법인세법」 제52조 제2항에 따라 아래 <표5>와 같이 2001.12.31. 수해복구비용 지출 당시 취득가액으로 산정하였다.

(3) 따라서, 서울고등법원의 화해권고결정에서 인정한 자본적 지출액 OOO억원을을 근거로 2009사업연도 귀속분을 수정신고하여 익금산입(유보)한 댐 OOO건물 OOO합계 OOO은 쟁점자산의 처분시 손금산입되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 1996년 집중호우로 인한 재해손실 약 OOO억원 계상 후 결산조정으로 손금인정받은 점, 1998년말 쟁점자산에 대하여 대차대조표에 OOO백만원의 자산으로 계상한 후 처분시점인 2011년도에 취득가액을 평가증하고자 하나 이는 「법인세법」상 인정될 수 없는 점, 고액의 재해손실 계상 후 1998년 쟁점자산이 준공되는 등 이후에도 충분히즉시상각의제로 세무조정(수정신고)이 가능하였으나 그렇게 하지 않고지금에 와서야 1996년 계상하였던 재해손실을 즉시상각의제로 보아2011년 쟁점자산의 처분시 원가에 산입하여야 한다는 주장은 일관성이없어 보이는 점으로 볼 때 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

또한, 당초 재해손실로 인정받은 금액이 채무면제이익과 상계 또는 이월결손금 소멸 등 세법상 결손금의 소멸절차에 따라 진행되었을 뿐이고 당초 손금으로 계상한 사실은 변하지 않으므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

(2) 화해권고결정문상 증거자료에는 복구비용에 대한 피해내역에 대해서만 나타나 있을 뿐 구체적인 지출 근거자료를 확인할 수 없어 손금으로 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 당초 손금계상한 재해손실에 대해 잘못된 회계처리이므로 수정신고하여 익금산입(유보)하고, 쟁점자산의 처분시 동 금액을 손금산입(△유보) 할 수 있는지 여부(주위적 청구)

(2) 법원 화해권고결정에서 인정한 수해복구비용 OOO억원을 근거로 수정신고하여 익금산입(유보)하고, 쟁점자산의 처분시 동 금액을 손금산입(△유보) 할 수 있는지 여부(예비적 청구)

나.관련 법령

(1) 법인세법

제42조【자산·부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1.「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 고정자산의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

③ 다음각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 제1항과 제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

1. 재고자산으로서 파손 부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것

2. 고정자산으로서 천재지변·화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것

(2) 법인세법 시행령

제31조【즉시상각의 의제】① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물 기계 설비 등의 복구

5. 기타 개량 확장 증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

③ 법인이 각 사업연도에 지출한 수선비가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 그 수선비를 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 이를 자본적 지출에 포함되지아니하는 것으로 한다.

1. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 300만원 미만인 경우

2. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재 재무상태표상의 자산가액(취득가액에서 감가상각누계액상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우

3. 3년 미만의 기간마다 주기적인 수선을 위하여 지출하는 경우

④ 다음각 호의 것을 제외하고 그 취득가액이 거래단위별로 100만원 이하인 감가상각자산에 대하여는이를그 사업에 사용한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 계상한 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

1. 그 고유업무의 성질상 대량으로 보유하는 자산

2. 그 사업의 개시 또는 확장을 위하여 취득한 자산

제78조【재고자산 등의 평가차손】① 법 제42조 제3항 제2호에서 "천재지변·화재 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 사유를 말한다.

1. 천재 지변 또는 화재

2. 법령에 의한 수용 등

3. 채굴예정량의 채진으로 인한 폐광

③ 법 제42조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 동항 각호의 규정에 의한 자산의 장부가액을 당해 감액사유가 발생한 사업연도에 다음 각 호의 규정에 의한 평가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 방법을 말한다.

1. 법 제42조 제3항 제1호의 재고자산의 경우에는 당해 재고자산을 사업연도 종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액

2. 법 제42조 제3항 제2호의 고정자산의 경우에는 사업연도 종료일 현재 시가로 평가한 가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 2011년까지 수력발전업을 영위하였고, 그 연혁은 아래 <표6>과 같으며, 2011년 OOO소수력발전소 수몰보상금으로 OOO만원을 수령하고 법인세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 제출한 계정별원장 및 대차대조표를 보면 1996.7.27. 집중호우유실로 쟁점자산이 차감되었고, 채무면제이익으로 1998년분 OOO1999년분 OOO이 각각 해당연도의 전기이월결손금에 보전되었음이 나타난다.

(3)쟁점자산의 집중호우유실로 인한 수해피해(1996.7.26. 1996.7.30.)와복구상황이 청구법인이 제출한 수해피해 및 복구 비교사진첩에 나타나며, 1996.8.14. OOO가 발행한 재해확인서에 의하면 1996.7.27. 풍수해로 인하여 쟁점자산의 콘크리트 가동보, 옹벽, 발전기 등 피해사실(총액 OOO만)을 확인하였음이 나타난다.

(4) 청구법인(당시 OOO주식회사)을 원고로, OOO를 피고로 하여 OOO2010.12.16. 의정부지방법원 2010금제5676호로 공탁한 보상금 OOO의 공탁금출급권자가 원고임을 청구취지로 한 서울고등법원 제23민사부 화해권고결정(2011.5.13.)의 주요내용은 다음과 같다.

(5)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「법인세법」상 고정자산평가는 역사적 원가주의에 입각하여 평가손익은 원칙적으로 인정하지 않지만 예외적으로 천재지변 등의 사유로 인하여 그 감액사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 한정하여 결산조정에 의한 평가손실을 손금으로 인정하고 있는 점, 청구법인은 1996년 집중호우로 인한 재해손실 약 OOO억원을 계상 후 결산조정으로 손금인정 받은 점, 청구법인은 1998년말 쟁점자산에 대하여 대차대조표에 OOO백만원의 자산으로 계상하여 놓은 후 처분시점인 2011년도에 취득가액을 평가증하고자 하나 이는 「법인세법」상 인정되기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

화해권고결정문상 증거자료에는 복구비용에 대한 피해내역에 대해서만 나타나 있을 뿐 공사의 시점, 거래처, 대금 등 복구비용 OOO억원에 대한 구체적 세부내역 및 구체적인 지출 근거자료를 확인할 수 없어 손금으로 인정하기 어려운 점, 사회통념상 복식장부를 기장하는 법인이 OOO억 이상의 큰 비용을 장부계상에 누락하였다고 보기어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.