가.청구인은 OOOOO OOO OOO 308-48 소재 기와지붕 단층주택(대지 94.5㎡, 건물 69.62㎡이고 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2001.11.27.취득하여 2010.6.7. 매매로 김OO 및 이OO에게 양도하고건물을 제외한 토지부분을 주택부수토지의 양도로 보아 장기보유특별공제를 적용하여2010.7.29.양도소득세 6,036,650원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이쟁점주택의 매매계약 당시 쟁점주택과 연접한 주택(OOOOO OOO OOO 309-10 대지 94㎡, 건물 74.05㎡ 단층단독주택으로 2010.7.15. 양도하고 1세대 1주택 비과세로 신고, 이하 “쟁점외주택”이라 한다)을 소유하였다 하여 쟁점주택의 양도에 대하여1세대 2주택 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 필요경비 중 증빙이 미비한 20,500,000원을 부인하여 2011.2.14. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 9,811,130원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여2011.4.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택을 양도하고 예정신고 기한내에 신고서를 제출하고 세액을 자진납부하였는 바, 처분청은 과세예고 전에 쟁점주택 신고내용의오류부분을 보완하도록 지도 및 안내를 하였어야 함에도 청구인의 수정신고의사표시를 무시하고 확정신고 기한(2011.5.31.)이 도래하기 전에 일방적으로 과세함은 납세자의 경정청구 권리를 무시한 부당한 처분이고, 청구인은 1984년에 건축된 쟁점주택을 취득하여 2001년 보수공사하던 중 지붕기와와벽이 무너져 30,000,000원 정도를 들여 현장에서 노임을 지급하는 보수공사를 하였는데 10년이 경과한 후에 시공자의 사업자등록이나 공사비에 대한 금융증빙을 제출토록 함은 무리한 요구이며, 쟁점주택을주택신축판매업자에게 양도하면서 청구인이 950만원의 비용을 들여 건물을 철거하여 토지만을 양도하기로 하였으나 양수인의 편의상 2010.6.22. 중도금만 받고 토지를 양도하고 양수인의 2010.7.1. 건축허가 신청(건축허가일2010.7.19.) 후2010.7.15. 잔금을 받는 과정에서 양수인의 근저당 설정 때문에 건물을 멸실하지 못하고 등기이전을 함에 따라 증빙자료를 준비하여 소명할 수 있는 시간이 필요함에도 서류상의 형식적인 내용만으로과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 수정신고를 할 기회를 주지 않았다고 주장하는 이유는 서로 연접한 쟁점주택 및 쟁점외주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 주장하려고 한 것이나, 쟁점주택과 쟁점외주택의 취득 및 양도시기가 각각 다를 뿐만 아니라 건물 등기부 및 주택의 개별공시가액도 별도로 되어 있고, 청구인은 2007.4.1. 쟁점외주택에서 쟁점주택으로 주소를 이전한 것으로 되어 있어 쟁점주택과 쟁점외주택은별개의 주택에 해당하여 청구주장과 같이 수정신고 기회를 박탈한 것이아니며, 쟁점주택의 건물 보수공사비 20,500,000원에 대해서도 구체적인공사 항목 및 대금지급내역 등 금융증빙이 전무하여 건물 보수공사비로인정하기 어려우며, 쟁점주택은 2010.5.29. 매매계약되어 2010.7.27.멸실된 것으로 확인되어 쟁점외주택은 매매계약일 현재 주택수에 포함되어 1세대 2주택에 해당하고 소형주택(쟁점주택의 기준시가 1억1,700만원) 및 사업용토지에도 해당하지 아니하여 장기보유특별공제 대상이 아니므로 쟁점주택 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 필요경비를 부인한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 주택 부수토지의 양도로 양도소득세 예정신고하였으나,처분청이 주택의 양도로 보아 필요경비 부인하여 확정신고 기한내 경정고지한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)청구인은2010.7.29. 양도소득세 예정신고시쟁점주택의 건물을 제외한 토지만을 양도한 것으로 하여 양도소득세 과세표준(양도가액 2억원, 필요경비 28,401,000원, 장기보유특별공제 15,983,760원)을 신고한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은청구인의 양도소득세 예정신고에 대하여 청구인이 토지와 건물을 함께 하여 쟁점주택을 양도하였고, 쟁점주택 양도당시 쟁점외주택을 보유한 1세대 2주택자라 하여 장기보유특별공제를 배제하는 한편 필요경비 중 20,500,000원을부인하여 양도소득세 확정신고기한(2011.5.31.)내인2011.2.14. 양도소득세를 경정·고지하였는 바, 처분청이 제시하는 자료에 의하면 쟁점주택 및쟁점외주택의 현황 및 매매계약 등은 아래 <표>와 같다.

(가) 2010.5.29. 작성된 쟁점주택의 매매계약서에 의하면, 매매대금2억원, 계약시 계약금 2,000만원, 2010.6.18. 중도금 8,000만원,2010.6.22. 잔금 1억원, 특약사항은 현 시설상태의 매매계약인 것으로 되어 있다.

(나) 쟁점주택 및 쟁점외주택의 등기부등본에 의하면, 쟁점주택은1984.10.22. 표제부에 등재(벽돌조시멘트 기와지붕단층주택)되었고,2001.11.27.청구인이 매매로 취득하여 2010.6.22.(등기접수일, 매매원인일2010.5.29.)타인에게 소유권이전경료되었고, 쟁점외주택은2010.5.29. 매매를 원인으로 2010.7.15.(등기접수일) 타인에게 소유권이전경료된 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 청구인의 양도소득세 예정신고에 대하여 처분청의 사전지도 및 안내없이 확정신고 기한내에 양도소득세를 경정·고지함은납세자의 권리를 무시한 처분이고, 쟁점주택의 수선경비 등이 자본적지출에해당하므로 필요경비로 인정하여야 한다는 주장을 하며,쟁점외주택의 매매계약서(계약일 2010.5.30., 매매대금 4억1,000만원, 계약시 계약금 4,000만원, 2010.6.22.중도금 1억8,000만원, 2010.7.15. 잔금 1억9,000만원, 특약사항 현 시설상태의 매매계약임), 쟁점주택의 보수공사비(임금)1,100만원을 노무자 대표 임OO이 2002.4.10. 영수하였다는 영수증(무인날인)과 시멘트·골재·벽돌 목재·샷시·설비·페인트 등 자재대금 950만원 합계 2,050만원이라는 임OO의 확인내역서, 쟁점주택양수인이 쟁점주택 지번 외 1필지에 대하여 2010.7.19. OO구청장에게제출한 ‘건축·대수선·용도변경허가서’ 및쟁점주택의 철거 및 신축공사로 폐기물을 처리하였다는 수집운반업자의 건설폐기물 처리확인서,OO토건 오OO이 김OO에게 제출하였다는 쟁점주택의 철거 및 토목공사 견적서(950만원) 등을 제시하고 있다.

(4)한편, 청구인의 심판청구 대리인 세무사 신OO은「국세기본법」제58조 및 같은 법 시행령 제47조에 의한 의견진술(전화, 2011.6.13.15:15)을 통하여 쟁점주택을 취득하여 수리한비용 2,050만원과 쟁점주택 양도시 건물을 청구인이 철거하는 조건으로 한철거비용 950만원 합계 3,000만원을 필요경비에 산입하여야 한다는 주장을 하였는 바, 같은 날 우리 심판원 조사공무원이 임OO이 작성한 위확인서에 대하여2011.6.13. 13:30임OO(핸드폰 011-238-OOOO, 주민등록번호420711-1001＊＊＊)과 통화한 바,임OO은 쟁점주택의기둥만 놔둔상태에서지붕, 외벽 단열처리, 정화조설치 등 대수선 공사를 하였는데 사실상기둥만 제외하고 새로이 집을 짓는거나 마찬가지의 공사를 하였다고 답변하였다.

(5) 살피건대, 「소득세법」제114조 제2항은 “납세지 관할 세무서장 또는지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”라고 규정함으로써 처분청이예정신고에 대하여 이를 경정할 수 있을 뿐 아니라 양도소득세는 신고납세방식의 조세로서 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되는 것이므로 청구인의 권리를 무시하였다고 볼 수 없고,

「국세기본법」제45조의2【경정 등의청구】제1항에 따라처분청의 경정처분 후 경정청구를 제기할 수 있으므로청구인에게 경정청구등의 기회를 부여하지 않았다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 하겠다.

한편, 청구인은 쟁점주택 양도당시 쟁점주택 건물을 청구인이 철거하는 조건으로 하여 철거비용 950만원이 소요되었다는 주장을 하나,2010.5.29. 작성한 쟁점주택 매매계약서의 특약사항으로 현 시설상태의 매매계약인 것으로 약정하였고, 쟁점주택의 철거 토목공사견적서가 청구인이 아닌 타인(김OO)에게 제출되고 있는 점 등으로 보아 쟁점주택 양도에 따른 건물철거비용 950만원을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다.다만, 청구인이쟁점주택을2001년에 취득하여 보수공사를 하던 중 지붕기와와벽이 무너져 30,000,000원 정도의 비용이 소요되었다는 청구주장을 보면, 쟁점주택은1984년에 건축된 건물(벽돌조시멘트 기와지붕단층주택)로서청구인이취득할 당시 수선할 필요성이 있었을 것으로 보이고, 노무자 대표자라는 임OO은 기둥을 제외한 상태에서 사실상 새로이 건축한 것과 같은대수선공사를 하였고 이에 소요된 비용이2,050만원이라고 확인·진술하고 있는 것으로 보아2,050만원은 쟁점주택의 대수선에 따른 자본적 지출경비로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.