가. 청구법인은 2016.6.10. OOO 토지상에 건축물 56,276.26㎡(OOO이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고, 2016.7.13. 및 2016.7.19. 그 취득가액을 OOO으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고 및 납부한 후 2016.8.24. 쟁점건물의 신고가액 중 OOO(이하 “쟁점가액”이라 한다)을 중복기장하여 취득세 등을 과다신고하였으므로 쟁점가액에 대한 취득세 등은 환급되어야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.10.18. 제출된 자료만으로는 쟁점가액을 인정하기 어렵다고 보아 이를 거부하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2016.6.10. 쟁점건물을 신축(취득)하고 2016.7.13. 처분청에 과세표준을 OOO으로 하여 산출한 취득세 등 OOO을 신축공사비내역과 관리항목별원장조회(이하 “당초신고원장”이라 한다)를 첨부하여 신고·납부한 후 건설중인자산의 누적기표금액을 본계정인 건물원장에 대체분개하는 과정에서 취득신고 당시 제출한 취득가액 중 일부가아래와 같이 과소 및 과다신고된 사실을 발견하였다.

① 전산DATA 집계과정에서 누락된 2008사업연도 및 2009사업연도 공사비 합계 OOO2016사업연도 차입원가(건설자금이자)에 대하여 당초 추정치로 신고한 OOO과 결산 결과 산정된 OOO과의 차액 OOO(이하 공사비 OOO을 포함하여 “누락가액”이라 한다)을 추가로 과세표준에 산입하여야 한다.

② 전산DATA를 가공하고 집계하는 과정에서 건설중인자산 차변 누계액만 집계하고 대변 누계액을 차감하지 않은 상태에서 DATA가공시 대변 금액을 OOO원으로 처리함에 따라 OOO이 이중계상되었는바, 먼저 2011사업연도 차입원가(건설자금이자) OOO(이하 “이 건 차입원가”라 한다)을 건설중인자산에 이중계상하였고, 다음으로 2012사업연도말에 2008사업연도부터 2012사업연도까지의 건설중인자산 차변 누계액 OOO(2008사업연도OOO2009사업연도 OOO2010사업연도 OOO2011사업연도 OOO2012사업연도 OOO)을 사용목적에 따라 재고자산 OOO투자자산 OOO으로 재분류하고 2013사업연도에 원상회복시키는 회계처리 과정에서 건설중인자산 계정에 재고자산 OOO(이하 “이 건 건설경비”라 하고 이 건 차입원가를 포함하여 “이 건 가액”이라 한다)을 다시 한번 계상하였으므로 이중계상된 이 건 차입원가와 이 건 건설경비의 합계인 OOO(이 건 가액)은 과세표준에서 차감되어야 한다.

이와 같이 이중계상을 하게 된 이유는 모든 상장법인이 한국채택국제회계기준(이하 “K-IFRS”라 한다)에 따라 건설중인자산계정을 사용목적에 따라 재고자산, 투자부동산 및 유형자산으로 분류하여 회계처리하여야 하는바,청구법인의 경우 각 현장별·연도별 건설경비의발생건수가 너무 많아 공사발생원가 발생시 마다 해당계정으로 회계처리하는 것은 실무상 불가능하여 건설경비 발생시에는 모두 유형자산의 건설중인자산으로 회계처리하였다가 년도말에 설계개요상 면적으로 안분(재고자산, 유형자산 및, 투자자산)하여 본계정으로 대체하고, 차기 연도에 다시 유형자산의 건설중인자산으로 역분개하여 누적관리하고 있는데, 회사정책에 따라 2013사업연도말에 쟁점건물을 분양 및 임대목적에서 전부 임대로 사업목적을 변경함으로써 건설 관련 계정상호간의 계정재분류가 필연적으로 발생하게 되었고 이에 따른 회계처리에는 오류가 없었으나 취득세를 신고하는 과정에서 단순히 건설중인자산 차변계정을 집계하여 신고함에 따라 이 건 가액이 이중으로 신고되었을 뿐이다.

따라서, 당초 신고한 취득세 과세표준 OOO을 근거로 신고·납부된 취득세 등 OOO 중 과다신고된 이 건 가액OOO에서 과소신고된 OOO을 차감한 쟁점가액OOO에 해당하는 취득세 등은 환급되어야 함에도 처분청이 ‘제출된 자료만으로는 취득가액을 과다신고하였다고 인정하기 어렵다’는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) OOO의견

청구법인은 쟁점건물의 신축과 관련하여 K-IFRS에 따라 회계연도 말에 건설중인자산 계정 차변누계액을 임대 및 분양의 면적비율로 안분하여 투자자산 및 재고자산에 계정대체 하였다가 다음 사업연도 초에 건설중인자산계정으로 역분개하는 방식으로 관리하고 있는데, 2011.12.31.까지의 건설중인자산 계정의 차변누계액 OOO을 2011.12.31. 대변에 OOO(투자자산)과 OOO(재고자산)으로 기장하였다가 2012.1.2. 역분개 시 대변에 OOO과 OOO으로 기장함으로써 OOO을 누락시키는 한편, 2011.12.31. 차변에 차입원가(2011사업연도분 건설자금이자) OOO을 기장하였음에도 2012.1.2. 역분개 시 차변에 OOO(투자자산)과 OOO(재고자산)으로 착오로 기장하여 이 건 차입원가 OOO이 중복 기장하는 결과를 초래하였으며, 또한2012.12.31.까지의 건설중인자산 계정차변누계액 OOO에 대하여 2012.12.31. 대변에 OOO(투자자산)과 OOO(재고자산)을 기장하였으나, 역분개를 미실시한 상태에서 2013.12.31. 또다시 차변에 OOO을 중복 기장한 결과, 대변누계액이 OOO인 상태에서 2013사업연도 공사비 OOO에 OOO(이 건 견설경비)을 더한 OOO을 계상하는 결과를 초래한 사실이 확인되고 있는바, 이 건 차입원가와 이 건 건설경비를 합한 OOO(이 건 가액)이 쟁점건물의 취득신고가액에서 이중으로 등재된 것으로 보이는 점, 당초 취득세 신고 당시 누락가액OOO이 과세표준에 포함되지 아니한 점, 투자자산에 계정대체 차변누계액이 OOO(2016사업연도 미정산 비용에서 OOO차액 발생)으로 확인되는 점 등에 비추어 쟁점건물의 취득가액은 신고가액OOO에서 누락가액을 합산하고 이 건 가액을 차감한 쟁점가액에 대하여는 취득세 등을 경정·결정하여야 한다.

(2) OOO시장(처분청) 의견

객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 기업회계기준 등에 의하여 체계적으로 기재되고 있어 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있다(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895 판결, 같은 뜻임) 할 것으로, 청구법인이 2008사업연도 공사비 OOO2009사업연도 공사비 OOO합계 OOO과2016사업연도 차입원가(건설자금이자) OOO의 누락가액에 대한 취득세 과세표준 추가 산입 부분은 인정할 수 있지만,쟁점건물의사용승인에 따라 취득세 신고 당시 제출한 신축공사비 내역상 과세표준OOO은관리 항목별 원장조회 차변의 합계 금액(대변은 OOO원)으로 나타나는 반면 청구법인이 제출된 자료만으로는 취득가액을 과다신고하였다고 인정하기 어려우므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점건물의 취득세 신고 당시에 건설비용(건설중인자산계정) 집계과정상의 오류로 과세표준이 쟁점가액만큼 과다하게 신고되었다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2.「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기·가스·열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장·군수·구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 2016.6.10. 쟁점건물(연면적 : 56,276.26㎡, 주용도 : 판매시설 및 오피스텔)을 취득(사용승인)하고 2016.7.13. 취득가액을 OOO으로 하여 취득세 등을 신고(2016.7.19. 납부)하였다.

(나) 청구법인은 쟁점건물의 정당한 취득가액이 OOO으로 당초 신고한 OOO과의 차액인 OOO(쟁점가액)에 대한 취득세 등은 환급되어야 한다고 주장하는바, 그 쟁점가액 산출 내역은 다음 <표>와 같다.

<표> 쟁점가액 산출 내역

(단위 : 원)

(다) 청구법인은 위 주장과 관련하여 2008사업연도부터 2013사업연도까지 발생한 쟁점건물의 신축공사비 내역, 계정별원장(건설중인자산 및 투자부동산) 등을 제출하였는바, 그 내역은 다음과 같다.

1) 청구법인은 K-IFRS에 따라 쟁점건물을 신축하는 과정에서 발생된 경비를 건설중인자산에 기장하고 매회계년도말에 쟁점건물의 사용목적에 따라 투자자산 등으로 계정을 재분류하였으며, 회계연도말 이루어진 계정재분류 분개는 익년도 초에 원상회복하여 관리하여왔는바, 원상회복 시 재수정분개가 이루어진 부분을 회계담당자에 따라 해당부분에서 부수(-)금액으로 정리하거나 반대부분에서 정수(+)금액으로 대체분개하는 방식으로 처리하여 온 것으로 나타난다.

2) 이 건 차입원가의 경우 2008사업연도부터 2011사업연도까지 발생한 건설경비 OOO(2011사업연도에 발생한 이 건 차입원가 OOO포함)을 건설중인자산에 계상하고 2011사업연도말에 재고자산과 투자자산으로 재분류한 후 2012.1.2. 원상회복하는 과정에서 OOO은 해당 계정(재고자산 및 투자자산)에서 차감하였으나, 이 건 차입원가는 건설중인자산으로 대체분개하여 차변에 기장함에 따라 건설중인자산에 이 건 차입원가만큼 한 번 더 계상되었다.

3) 이 건 건설경비의 경우에도 이 건 차입원가와 마찬가지로 건설중인자산에 계상된 2008사업연도부터 2012사업연도까지 발생한 건설경비 OOO을 2012사업연도말에 재고자산OOO과 투자자산OOO으로 재분류한 후 2013사업연도 초에 원상회복하는 과정에서 OOO(이 건 건설경비)를 건설중인자산으로 대체분개하여 차변에 기장함에 따라 건설중인자산에 이 건 건설경비만큼 한 번 더 계상되었다.

4) 투자부동산 원장(2016.11.30.)에 의하면 쟁점건물에 대한 최종 차변금액이 OOO으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계 없이 무조건 동 가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니라 할 것(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895. 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 청구법인이 제출한 장부 등에 의하면 이 건 차입원가 및 이 건 건설경비(이 건 원가)를 건설중인자산에 계상하고 연도말에 타계정(재고자산과 투자자산)으로 대체하였다가 다음연도초에 건설중인자산으로 원상회복시키는 과정에서 이 건 원가를 해당 계정에서 차감하지 않고 역분개함에 따라 건설중인자산 차변에 이 건 원가가 한번 더 계상된 것으로 나타나는 점, 청구법인은 취득세 신고 시 쟁점건물의 건설중인자산 차변만 단순 집계함으로써 중복계상된 이 건 원가가 포함된 금액을 과세표준으로 한 점, 쟁점건물의 투자자산 원장상 최종 금액이 이 건 원가가 제외된 OOO(2016사업연도 미정산 비용에서 일부 차액 발생)으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 가액을 이중으로 신고한 사실이 인정되므로 그 가액에서 과소신고된 누락가액을 차감한 쟁점가액은 쟁점건물의 취득세 과세표준에서 제외되는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.