청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 소재 청구외 OO건설주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)와 1998.7.16 충청남도 아산시 도고면 OO리 OOOO 12,448㎡에 공장부지조성계약(이하 “쟁점공사”라 한다)을 체결하고, 공급가액이 580,000,000원인 3매의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 1999.1기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

이에 대하여 처분청은 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하여, 1999.5.11 청구법인에게 99.1기 부가가치세 13,450,000원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.7.30 심사청구를 거쳐 1999.12.16 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 아산시청으로부터 알루미늄호일 재생사업 승인을 받아 청구외법인과 쟁점공사 계약을 체결하였으며, 그 공사가 완성되어 공사대가를 지급하고 정상적인 세금계산서를 교부받았는 바, 쟁점공사중 옹벽, 배수공사 및 자재구입비 203,587,000원 상당은 토지에 대한 자본적 지출에 해당하지 않아 매입세액 공제가능하고, 자본적지출로 보는 경우에도 실제 거래한 쟁점세금계산서에 대하여 세금계산서합계표불성실 및 신고불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인이 OOOOOO공사로부터 재활용산업육성자금 융자지원대상자로 선정되어 공장부지에 대한 토목공사를 시공한 사실은 인정되나, 청구외법인은 1998.12.31 폐업된 법인으로 가공세금계산서를 발행한 사실이 적발되어 관할세무서로부터 부가가치세 1,232,836,950원이 부과되어 체납된 불성실법인으로 쟁점공사의 실제시공자로 인정하기 어렵고, 청구외법인이 쟁점공사를 실제 시공하였다 하더라도 쟁점공사는 공장용지를 조성한 토목공사이므로 이는 토지에 대한 자본적지출로서 매입세액 공제대상에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서의 거래가 실제거래인지

② 쟁점공사가 토지조성과 관련한 자본적 지출에 해당하는지

③ 가산세 부과가 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조【납부세액】제1항은 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액』이라고 규정하고 있고, 제2항은 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』 고 하면서, 그 제1호에서 『제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서 생략)』 이라고 규정하고 있고, 그 제4호에서 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』 이라고 규정하고 있으며,

같은 법 시행령 제60조【매입세액의 범위】제6항은 『법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.』고 규정하고 있다.

같은 법 제22조【가산세】제4항 제1호는 『사업자가 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있으며, 제5항 제1호는 사업자가 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인이 1999.1기 부가가치세 예정신고시 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 신고한데 대하여 처분청은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 가공의 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 이에 가산세 13,354,440원을 가산하여 부과한 사실이 이건 부가가치세 결정결의서 등의 심리자료에 의하여 확인된다.

이에 대하여 청구법인은 쟁점세금계산서는 청구법인이 쟁점공사에 관한 계약을 청구외 법인과 체결하고 정상적으로 수수한 세금계산서라는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점세금계산서를 발행한 청구외 법인이 관할세무서인 강남세무서장이 1998.12.31자로 직권폐업 처리한 법인으로서, 폐업일이후 가공세금계산서를 발행한 것으로 적발되어 관할세무서에서 부과한 부가가치세 1,232,836,950원을 체납하였다가 1999.6.30자로 결손처분된 불성실법인이라 하여, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보았다.

이에 대하여 청구법인은 쟁점공사 당시에 청구외 법인은 실제 영업을 계속하고 있었으며, 청구외 법인이 1999.1기 부가가치세 예정신고시에 쟁점세금계산서에 대한 매출세액을 신고하였다고 주장하면서, 청구외법인이 1999.1기 예정신고시 제출하였다는 신고서를 제출하였다.

국세청 전산자료(T·I·S)에 의하면, 강남세무서장은 1999.5.15자로 청구외 법인을 직권폐업처리하면서 그 폐업일자를 1998.12.31자로 소급하였음이 확인되고, 청구법인이 제출한 청구외 법인의 신고서가 강남세무서에 접수된 사실은 강남세무서의 『99년도 등기문서 접수대장』에 의하여 확인되고 있으나, 국세청 전산자료에 의한 청구외 법인의 부가가치세 신고내역은 청구법인이 당 심판원에 제시한 신고서와 상이하고 쟁점세금계산서의 매출세액이 신고된 사실이 확인되지 아니한다.

사실이 이러하다면, 청구외 법인이 1999.1기 부가가치세 신고시에 쟁점세금계산서를 신고한 사실이 확인되지 않으며, 쟁점세금계산서의 발행금액이 580,000,000원으로 고액인데도 불구하고 이에 대한 금융자료를 제시하지 못하고 있는 점등을 고려한다면, 처분청에서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점공급가액에 대한 매입세액을 불공제하고 이건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다는 청구법인의 주장은 이유없는 것으로 판단되며, 이에 따라 쟁점공사금액중 토지와 관련된 자본적 지출에 해당되지 아니하는 금액을 매입세액 공제하여야 한다거나, 관련 가산세부과를 취소하여야 한다는 청구법인 주장 또한 이유없는 것으로 판단된다.

라. 따라서, 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.