2. OO세무서장이 2006.4.1. 청구인에게 한 종합소득세 1999년도귀속분 66,163,920원 및 2000년도귀속분 116,298,050원의 부과처분은 이를 취소한다.

가. 청구법인은 1992.5.25.～2001.12.31.기간 동안 직물제조 및 수출업을 영위한 폐업법인으로 주식회사 OOOOOOO로부터 1999년 제1기중 89,614,000원, 1999년 제2기중 39,721,110원, 합계 129,335,110원(이하 “쟁점1금액”이라 한다), 주식회사 OOOO으로부터 2000년 제2기중 164,505,600원(이하 “쟁점2금액”이라 한다)의 영세율매입세금계산서를 수취하여 이를 당해과세기간의 손금으로 산입하였다.

나. 청구법인의 관할 세무서장인 OO세무서장은 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 영세율매입세금계산서를 자료상으로부터 수취한 허위의 세금계산서로 보아 매입사실을 부인하여 2006.1.13. 청구법인에게 부가가치세(가산세) 1999년 제1기분 1,792,280원, 1999년 제2기분 794,420원, 2000년 제1기분 3,290,100원, 합계 5,876,800원을 결정고지하고, 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 당해사업연도 법인소득계산시 손금불산입하는 한편, 동 금액을 대표자상여로 소득처분하여 청구법인에게 법인세 1999사업연도분 67,217,010원, 2000사업연도분 73,978,730원, 합계 141,195,740원을 결정고지하고 청구인에게 소득금액변동상황을 통지하였다.

다. 한편, 청구법인의 대표이사 OOO의 주소지 관할세무서장인 OO세무서장은 OO세무서장으로부터 통보받은 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 인정상여처분금액을 청구인 OOO의 1999년도 및 2000년도의 소득금액에 가산하여 2006.4.1. 청구인에게 종합소득세 1999년도분 66,163,920원, 2000년도분 116,298,050원, 합계 182,461,970원을 결정고지하였다.

다. 청구법인 및 청구인 OOO은 이에 불복하여 2006.4.11. 및 2006.4.25. 이의신청을 거쳐 2006.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구(법)인 주장 및 처분청 의견

가. 청구(법)인 주장

(1) 처분청(OO세무서장)은 청구법인에게 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 영세율세금계산서를 교부한 주식회사 OOOOOOO 및 주식회사 OOOO이 자료상으로 확정되었다는 이유만으로 청구법인에 대하여 정상거래 여부를 확인함이 없이 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 가공매입한 것으로 보아 부가가치세(가산세) 부과 및 법인소득 계산시 손금불산입(인정상여)처분하였는 바, 청구법인은 혼방직물 및 면직물 등을 위탁 제조하여 전량 수출하는 법인으로 원재료를 전량 내국신용장에 의거 영세율로 매입하므로 허위의 세금계산서를 수취하여 부당하게 부가가치세 매입세액을 공제받을 여지가 없으며, 청구법인에게 원재료를 납품한 업체가 거래은행을 통하여 대금을 추심하였음이 (구)OOOO(O OO은행)발행 외국환거래계산서 등에 의하여 확인됨에도 청구법인이 2001.12.31. 폐업으로 제품수불부, 인수증 등 원시기록을 보관하지 못해 실지거래사실을 객관적 증빙에 의하여 입증하지 못한다하여 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 가공매입한 것으로 보아 손금불산입 및 대표자상여로 소득처분함은 부당하다.

(2) 예비적으로, 이건 처분이 정당하다고 하더라도 국세부과제척기간 5년이 경과한 후 부과한 쟁점1금액에 대한 부과처분은 부과권이 소멸된 후의 부과처분으로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인에게 영세율세금계산서를 교부한 주식회사 OOOOOOO 및 주식회사 OOOO은 OO세무서장 및 OO세무서장의 자료상혐의자조사결과 자료상으로 확정된 자이며,청구법인이 실지거래사실을 입증하는 증빙으로 제시한 외국환거래계산서에 의하여 대금지급사실만이 확인될 뿐 청구법인이 이들 매입처로부터 실물을 실지로 매입하였는지, 매출처인 주식회사 OOOOOO에 실지로 납품하였는지 여부를 확인할 수 있는 제품수불부, 인수증 등의 객관적 증빙을 제시하지 아니하여 실지거래사실이 확인되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 이 건 처분은 자료상으로부터 허위의 세금계산서를 수취한 경우로서 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 “사기 기타 부정한 행위”에 해당되어 부과제척기간은 10년이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

실지매입사실을 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제22조【가산세】④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표 를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표 의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일 부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대 통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서 합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재 하여 신고한 때

(2) 법인세법 제19조【손금의 범위】② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(3) 법인세법 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) OO세무서장은 OO세무서장 및 OO세무서장으로부터 수보한 과세자료에 의하여 청구법인이 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 가공매입한 것으로 보아 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과하는 한편, 법인소득계산시 손금불산입하였는 바, 이 건 처분근거가 되는 OO세무서장 및 OO세무서장의 자료상혐의자조사내용을 살펴본다.

(가) OO세무서장의 자료상혐의자조사복명서에 의하면, 쟁점1금액의 세금계산서를 교부한 주식회사 OOOOOOO은 1999.2.5.～2000.10.23.기간 동안 서울특별시 OOO OOO OO OOOO에서 직물제조업으로 사업자등록한 법인으로 1999년 제1기～2000년 제2기 과세기간 중 총매출 5,614,198천원(영세율매출 5,538,520천원, 일반매출 75,678천원), 총매입 5,429,015천원으로 신고하였으나, 대표이사 OOO은 명의사장에 불과하고 실지사업자는 OOOO(O), (O)OOOOOO, (O)OOOOOOO, (O)OOOO, (O)OOOOO 등 5개의 자료상업체를 내세워 실질적인 자료상행위를 주도한 혐의로 2000.4.2.이후 2002.3.20.까지 5회에 걸쳐 고발된 정태규로 확인되었으며, 사업장확인결과 대량의 원단을 보관할 창고나 제조시설이 전무하고, 가공매입금액이 총매입금액의 89.7%(4,871,574천원)로 확인되어 매출금액 모두 가공매출로 확정한 사실이 확인된다.

그러나, 매입금액 중 465,550천원의 원단매입금액은 정상매입분으로 확인하였으며, 쟁점1매입금액은 조사당시 폐업법인인 청구법인이 실지매입한 사실을 입증하는 소명자료를 제시하지 아니하여 가공거래로 확정한 것으로 보이고, 자료상혐의자 조사 당시 쟁점1매입금액에 대하여 실물거래여부를 확인하여 가공거래로 확정된 것으로는 보이지 아니한다.

(나) 또한, OO세무서장의 자료상혐의자조사복명서에 의하면, 주식회사 OOOO은 1987.4.1. 설립한 법인으로 2000.5.19. OOO가 대표이사로 취임하면서부터 폐업일(2000.12.31.)까지 부분적으로 허위세금계산서를 수수한 것으로 확인된 법인으로 17개 업체로부터 3,249,547천원의 가공매입세금계산서를 수취하고 1998년 제1기～2000년 제2기 기간 중 총매출액 16,647,830천원 중 1,173,773천원의 가공매출세금계산서를 교부한 것으로 확정하였다.

그러나, 조사당시 폐업법인인 청구법인이 쟁점2금액을 실지매입한 사실을 입증하는 소명자료를 제시하지 아니하여 위장가공거래혐의가 있는 것으로 확정한 것으로 보이며, 범죄일람표상 가공매출세금계산서 발행금액 1,173,773천원에는 포함되지 아니한 것으로 보인다.

(2) 청구법인의 법인세 및 부가가치세과세표준 신고내역을 살펴보면, 1999년도에는 매출 2,125,184,662원, 매입 1,828,895,145원, 2000년에는 매출 1,440,849,285원, 매입 1,414,784,978원을 신고하여 신고부가가치율이 1999년 14%, 2000년 2%수준에 불과하여 동종업종(제조·화섬직) 전국평균부가가치율(5억이상) 20.69%에 현저히 미달하는 것으로 보이나 결산서(제조원가명세서)상에 노무비 등이 계상되어 있지 아니하고 외주가공비만 1999사업연도 120,133,192원, 2000사업연도 5,420,091원이 계상되어 있는 점에 비추어 실지로는 직접 제조하지 아니하고 화섬직 등 섬유를 매입하여 외주가공을 거쳐 주식회사 (주)OOOOOO 1개 업체에 100% 영세율 매출한 것으로 보인다.

(3) 청구법인의 매출처인 주식회사 OOOOOO의 부가가치세 신고상황을 살펴보면, 1999년 제1기～2000년 제2기 과세기간동안 100% 영세율매입·매출로 신고한 사업자로 국세통합전산망(TIS) 조회결과 국세체납 등 불성실사업기록이 확인되지 아니하므로 정상사업자로 추정된다.

(4) 청구법인은 주식회사 OOOOOO(OOOOOOOOOOOO, OOOO OOO)과 물품공급계약서를 체결하여 직물을 공급하면서 주식회사 OOOOOOO 및 주식회사 OOOO 등으로부터 내국신용장을 개설하여 직물을 구입하였다고 주장하면서 이를 입증하는 증빙으로 (O)OOOO(O OO은행)이 발행한 결제내역집계표, 외국환거래계산서, 계좌기본원장조회내역서 등을 제출하고 있는 바, 실지거래사실을 인정할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청(OO세무서장)은 청구법인이 증빙으로 제시한 외국환거래계산서 및 결제내역집계표에 의하여 청구법인이 (구)OO은행을 통하여 내국신용장을 개설하여 대금을 결제한 사실을 인정하면서도 청구법인이 거래당시 제품수불부, 인수증 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 청구법인이 주식회사 OOOOOOO 및 주식회사 OOOO으로부터 직물을 구입하여 주식회사 OOOOOO에 납품하였다는 주장이 명확하게 확인되지 아니한다는 의견이다.

(나) 그러나, 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인에게 쟁점1금액의 영세율세금계산서를 교부한 주식회사 OOOOOOO이 상습적인 자료상으로 확인된 점은 인정되나 매입금액 중 일부 465,550천원은 정상매입으로 확인된 점에 비추어 동액 상당액의 정상매출분도 있을 것으로 추정되며, 청구법인에게 쟁점2금액의 영세율세금계산서를 교부한 주식회사 OOOO은 1998년 제1기～2000년 제2기 기간 중 총매출액 16,647,830천원 중 일부 1,173,773천원의 가공매출세금계산서를 교부한 것으로 확인되었고, 이에는 청구법인에게 매출한 쟁점2금액이 포함되어 있지 아니한 점에 비추어 쟁점1금액 129,335,110원 및 쟁점2금액 164,505,600원을 단지 자료상과의 거래금액이라 하여 실물거래가 없는 가공거래로 단정하는 것은 타당한 것으로 보이지 아니한다.

(다) 또한, 내국신용장에 의하여 거래대금을 결제한 사실을 인정하면서도 청구법인이 거래당시 제품수불부, 인수증 등 객관적인 증빙을 제시하지 못한다 하여 실지거래사실을 부인하는 것은 청구법인이 2001.12.31.자로 폐업한 법인이며, 국세기본법 제85조의 3에서 “장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다”고 규정하고 있는 점에 비추어 합리적인 것으로 보이지 아니한다.

(라) 사실이 이러하다면, 쟁점1매입금액은 자료상으로 고발된 사업자로부터 영세율 세금계산서를 교부받았다 하더라도 대금지급사실이 인정되고, 관련 거래증빙을 제시하지 못한다 하더라도 그 거래증빙의 보존의무기간이 경과한 점을 고려할 때 실물거래를 인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

또한, 쟁점2매입금액의 경우, 거래상대방이 매출금액 중 일부만을 가공세금계산서를 교부하였고 자료상혐의조사 당시 쟁점2매입금액을 가공거래금액으로 확정하지도 아니하였으며 처분청이 대금지급사실은 인정하고 있으므로 추가적인 증빙에 의하여 가공거래사실이 입증되지 아니하는 한 가공매입으로 본 처분은 잘못된 것으로 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO 같은 뜻임).

(5) 이 건 처분을 전부 취소하는 이상 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부에 대하여는 심리실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인들의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.