가. 처분청들(세부내용은 ＜별지2＞ 기재와 같다)은 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인들(세부내용은 ＜별지2＞ 기재와 같다)이 소유하고 있는 토지에 대하여「지방세특례제한법」(2019.4.30. 법률 제16413호로 개정된 것, 이하 같다) 제41조 제7항에 따라 의과대학의 부속병원이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 그 면적의 100분의 50에 대하여는 재산세를 면제하고, 나머지(이하 “쟁점토지”라 한다)는 「지방세법」제106조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 구분하여 2019.9.16., 2019.9.17. 및 2019.9.25 청구법인들에게 재산세 등 OOO원(세부내용은 ＜별지2＞ 기재와 같고, 이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.

나. 청구법인들은 이에 불복하여 2019.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인들 주장 및 처분청들 의견

가.청구법인들 주장

「지방세법」(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것, 이하 같다) 제106조 제1항에서 재산세 과세대상 토지를 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상으로 각각 분류하도록 규정하고 있고, 재산세 과세대상 토지 중 재산세가 경감되는 부분의 토지 역시 위 규정에 따른 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상 중 어느 하나에 반드시 포함되어야 한다고 규정하고 있으며, 「지방세법」제106조 제1항에서「지방세법」또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 대하여는 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있으므로 재산세가 경감되는 부분의 토지에 대하여는 「지방세법」제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상에 명시적으로 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 「지방세법」제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 보아야 할 것(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결)인바, 이 건 재산세 등은 쟁점토지를 분리과세대상으로 구분하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다.

나. 처분청들 의견

「지방세법 시행령」제102조에서 분리과세대상 토지를 한정적으로 열거하고 있는 이상 「지방세법」제106조 제1항 제1호 나목 및 제2호 단서(이하 “쟁점조항”이라 한다)는 그 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산 또는 별도합산과세대상으로 보지 않겠다는 것으로 재산세 경감비율에 해당하는 토지를 제외한 나머지 토지는 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 구분하겠다는 취지로 해석하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청들이 이 건 토지 중 경감 비율만큼 토지에 대하여 재산세를 면제하고, 나머지(쟁점토지)는 그 현황에 따라 종합합산 또는 별도합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 분리과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : ＜별지1＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청들은 쟁점토지를 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 구분하여 청구법인들에게 2019년도 재산세 등 OOO원을 부과․고지하였다.

(2) 「지방세법」제106조 제1항에서 재산세 과세기준일(61.) 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 공지상태나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지 등은 별도합산과세대상(제2호)으로, 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지 등은 분리과세대상(제3호)으로, 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지는 종합합산과세대상(제1호)으로 각각 구분하되 다만, 재산세가 면제 또는 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외한다고 규정하고 있다.

(3) 지방세법령에서서 분리과세대상 토지를 규정한 이유는 국가 등의 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세 할 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 분리과세 함으로써 종합합산과세 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로 그 대상은 「지방세법」제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 규정한 토지로 한정된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임)이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 문언적 측면에서 쟁점조항은 재산세가 경감되는 토지(경감비율에 해당하는 토지)를 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 보지 않겠다는 것일 뿐 재산세가 경감되지 않는 나머지 부분(쟁점토지)을 분리과세대상으로 구분한다는 것은 아닌 점, 쟁점조항을 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상이 아닌 경우 분리과세대상으로 구분한다는 의미로 해석한다면 「지방세법 시행령」제102조 제1항에서 열거하고 있는 분리과세대상토지에 해당하지 않는 쟁점토지의 경우에는 과세대상 구분체계(종합합산, 별도합산, 분리과세) 어디에도 속하지 않는 논리적 모순이 발생하는 점, 2019.12.3.「지방세법」이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한 점, 종합토지세가 신설된 1989년부터 현재까지 약 30년간 재산세 경감비율을 먼저 과세표준 합산에서 제외하고 나머지 부분에 대하여 그 현황 등에 따라 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 재산세 경감대상이 아닌 쟁점토지를 그 현황에 따라 별도합산과세대상 또는 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것)

제106조[과세대상의 구분 등] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지·자원의 공급 및 방송·통신·교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(2) 지방세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 개정된 것)

제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다.

＜별지2＞ 청구법인들 현황, 처분청, 과세대상 및 재산세 부과액