처분청은 청구인이 2001. 3. 19. ○○시 ○○동 ○○○번지(산○○번지) 잡종지 870㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구인이 소유하고 있던 ○○시 ○○동 산○○번지 임야 991.74㎡ 중 870㎡와 교환 취득한 후 이 사건 토지의 시가표준액을 취득가액으로 하여 취득세 등을 신고납부하자 같은 날 이를 수납하여 징수결정하였으나, 2004. 3월 세무조사결과 이 사건 토지의 법인장부상 취득가액이 167,498,273원임을 확인하고 그 취득가액에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부세액을 차감한 취득세 3,227,950원, 농어촌특별세 295,880원, 등록세 4,841,920원, 지방교육세 886,670원, 합계 9,253,420원을 2004. 6. 14부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이동통신공용기지국을 설치·제공함으로써 개별기지국 설치에 따른 자연환경 훼손과 중복투자를 방지하기 위해 정보통신부 주도하에 설립된 법인으로서, 공용기지국 설치를 위해 1998. 3. 27. 청구외 권○○ 소유의 ○○시 ○○동 산○○번지 임야 1,121㎡중 991.74㎡를 180,000,000원에 취득하고 1998. 7. 21.에 소유권 이전등기를 하였으나, 토지분할로 인하여 산○○번지가 산○○번지(다시 산○○번지로 분할되었으며, 이후 잡종지인 ○○번지로 전환되었음)등으로 분할되었고, 당초 취득하려는 토지는 이 사건 토지인 산○○번지(○○번지)였음에도 불구하고, 매도인이 제시한 부동산양도신고확인서를 바탕으로 등기를 하게 되었으며, 이러한 착오등기에 대하여 1998. 7. 29.에 매도인 권화섭과 토지매매계약에 관한 변경계약서를 작성 및 이에 대한 공증을 완료하여 2001. 4. 4에 교환을 통하여 소유권을 원상회복한 것이므로 변경계약에 의하여 교환취득한 이 사건 토지에 대하여 취득세 등을 과세하는 것은 이중과세로서 불합리하고, 또한 신고납부 당시 시가표준액이 33,060,000원(38,000/㎡)임에도 불구하고 청구인이 처분청에 제출한 부동산 교환가액 자료로 제출한 토지계정명세서상의 취득가액인 167,498,273원으로 과세표준으로 하여 과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 이미 취득한 토지를 착오등기를 이유로 다른 토지와 교환하여 취득한 경우 취득세 등의 부과처분의 적법성 여부가 쟁점이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제104조에서 취득의 정의를 “매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.”라고 규정하면서, 법 제111조제5항제3호 및 동법시행령 제82조의2제1항제2호에서 취득세의 과세표준에 대하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득의 경우에 대하여는 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있고, 동시행령 제73조제1항제1호에서 취득의 시기를 규정하면서 법 제111조제5항 각호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다라고 하면서, 제3항에서 제1항·제2항 및 제5항의 규정에 의한 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998. 7. 21.에○○시○○동 산○○번지 임야 1,121㎡ 중 991.74㎡를 취득하여 소유권이전등기를 경료하였고, 2001. 3. 19.에 위 토지 중 일부(870㎡)를 이 사건 토지와 교환하는 계약을 체결하여 2001. 4. 4.에 취득세 신고납부 및 소유권이전등기를 경료한 사실은제출된 관계서류에서 알 수 있다.

이에 대하여청구인은 최초계약 당시 산○○번지가 분할된 사실을 모르고 계약을 체결하여 등기를 하였으나, 등기 후 이 사실을 알고 변경계약을통하여 산○○번지로 취득대상을 변경하였으며, 기지국 건설도 산○○번지 상에 정상적으로 착공을 하였고, 이 후 교환계약을 통하여 ○○번지 토지를 취득하였더라도 이는 최초 계약의 원인무효를 전제로 한 소유권의 원상회복에 불과한 것이므로 이에 대한 취득세 등 부과처분은 이중과세로서 부당하다고 주장하고 있는 것에 대하여 살펴보면, 비록 청구인과 매도인 청구외 권화섭은 1998. 7. 29. 변경계약서를 체결하여 매매대상물건을 산○○번지에서 산○○번지로 변경하여 인증까지 받았다고는 하나, 이 후 그 변경계약내용을 실현시키기 위한 착오에 의한 등기말소 및 재등기 절차를 거치지 아니하였으며, 이로부터 2년 6개월이 경과하여 다시 교환계약을 체결하고 소유권이전 등기를 한 점 등으로 볼 때, 청구인은 산○○번지에 대한 소유권을 2년 6개월간 정당하게 행사하였다고 볼 수 있을 것이며,청구인이 토지를 취득하려는 목적이 공용화기지국 건설이었고 건설계약체결및 착공이 최초계약 직후인 1998. 5. 6.에 이 사건 토지(○○번지)에서 이루어졌고, 최초계약서의 매매 대상토지 산○○번지는 매도인과 청구인의 착오에 의한 것으로서 1998. 7. 29.에 변경계약을 통하여 그 계약 내용을 변경하였다고는 하나, 이러한 사실만으로는 최초계약을 무효라고 인정할 수는 없다고 할 것이고, 2001. 3. 19.에 교환계약으로 이 사건 토지를 취득한 것을 소유권의 원상회복에 의한 취득으로 인정할 수도 없다고 할 것이고, 또한 과세표준과 관련하여 살펴보면, 이 사건 토지의 취득은 다른 토지와의 교환계약을 통한 것이므로 유상취득에 해당하고, 그 취득가액은 법인 토지계정명세서상에서 확인되고 있으므로 시가표준액을 과세표준으로 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이므로 이 사건 토지에 대한 처분청의 취득세 등 부과처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27.

행 정 자 치 부 장 관