가. OOO 토지 및 같은 읍 OOO 토지 등 7필지의 취득세 등에 대한 청구는 각하하고,

나. 2017.3.16. 현재 부지조성공사를 마친 OOO의 토지에 대하여는 실제 도로 등의 부지조성공사의 완료여부, 동 토지에 학교용 건물 등의 조성계획 및 사용내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 청구법인은 2009년 10월부터 2011년 4월까지 OOO를 취득하고 「지방세법」제107조 제1호 및 「지방세특례제한법」제41조에 따른 학교 등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등 합계 OOO을 감면받았다.

나. 처분청이 쟁점토지를 유예기간(3년) 내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등의 자진납부를 안내하자 청구법인은 2012년 11월부터 2014년 4월까지 취득세 등을 신고·납부하였다가, 2014.7.16. 신고·납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2014.8.18. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 법인 소속인 OOO의 중장기 발전계획OOO을 추진하는 과정에서 기존 학교시설부지로는 시설 확충 등이 불가능하여 쟁점토지 등을 지속적으로 매입하고 관계기관과의 협의, 사업실시계획 인가, 환경영향평가, 토목설계 계약체결 등 제반절차를 진행함에 있어 정상적인 노력을 다하였으나 일부 사업부지의 매수지연으로 인한 민사소송 및 쟁점토지 중 일부 소유자가 제기한 도시관리계획변경결정에 대한 취소소송 등으로 인하여 불가피하게 유예기간을 경과한 것이어서 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 사실에 대하여 정당한 사유가 있으므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 쟁점토지 중 일부OOO에 해당하므로 이에 대하여는 「지방세법」제11조 제1항 및 제131조 제1항의 규정에 따라 농지에 대한 세율OOO을 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」제20조 제3항에 따르면 취득세를 경감받은 후에 해당 과세물건이 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고·납부하여야 하나 쟁점토지 중 OOO 토지의 경우 법정신고기한이 경과(유예기간 만료일부터 30일 이내)한 후에 취득세 등을 신고하였거나 처분청이 직권으로 부과·고지한 것이어서 경정청구 대상에 해당하지 아니하므로 이 부분에 대한 심판청구는 부적법하다.

(2) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 OOO 도시관리계획변경(안)이 처분청의 인가를 거쳐 2010.8.2. 1차 고시가 이루어진 후 현재까지 착공신고 등을 한 사실이 없고, 처분청이 2014년 12월경 현장확인 등을 실시한 결과 그 이용 상태가 취득 당시의 상황(임야, 전, 답)과 변동이 없는 것으로 확인되는 점, 청구법인이 제시하고 있는 소유권 이전 관련 민사소송 건(3필지)에 대하여 살펴보면 청구법인은 이미 사업토지의 3분의 2 이상을 취득하여 일부 매수가 지연된 토지가 존재하더라도 사업을 진행하는 데 아무런 문제가 없었던 것으로 보이고, 위 민사소송 건은 이미 잔금이 모두 지급되어 청구법인이 언제든지 법원 등의 조정을 통해 소유권이전을 받을 수 있었을 뿐만 아니라 쟁점토지 총 94필지 중 단지 3필지 때문에 해당 사업이 지연되었다는 청구주장은 납득하기 어려운 점, 청구법인이 제시하고 있는 취소소송이 사업지연의 정당한 사유가 되는지 여부에 대하여 항소심 판결의 주요 내용을 보면 분쟁대상의 토지를 배제하더라도 4년제 일반대학으로의 필요한 교지기준을 구비하는데 아무런 지장이 없다 하여 원고승소 판결을 한 것에 불과하여 해당 소송이 패소판결로 확정된다 하더라도 청구법인의 사업에 중대한 위기나 존폐에 심각한 영향을 미치는 것이 아니라 분쟁대상 토지를 일부 배제하여 얼마든지 사업을 다시 진행할 수 있고 청구법인 또한 소송 중에도 각종 인허가 처리를 예정대로 진행한 점 등에 비추어 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 사실에 대하여 정당한 사유가 있다는 청구주장은 이유가 없다.

(3) 청구법인은 쟁점농지에 대하여 농지의 세율을 적용하여야 한다고 주장하나 해당 토지가 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되었는지 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료가 없으므로 위 청구주장 또한 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지 중 7필지의 취득세 등에 대한 청구가 적법한 것인지 여부

② 청구법인이 쟁점토지를 유예기간(3년) 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(주위적 청구)

③ 쟁점토지 중 일부에 대하여 농지의 세율(취득세 1,000분의 30, 등록세 1,000분의 10)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인은 2004년 4월경 OOO 중장기발전계획을 수립하고 2009년 10월부터 2011년 4월까지 쟁점토지 등을 취득한 것으로, 2009년 10월 OOO 확장을 위한 도시관리계획변경(안)을 입안·제안하였으며, 2010년 5월 위 도시관리계획변경(안)을 신청하였는데, 청구법인이 신청한 도시관리계획변경(안)은 주민공람 등 관계중앙부처 협의 등을 거쳐 2010.8.2. 도시관리계획변경 및 지형도면 고시OOO가 이루어진 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 쟁점토지 중 OOO의 취득일 및 취득세 등 신고·부과내역은 아래 <표1>과 같다.

OOO

(3) 쟁점토지 소유자 중 한 사람인 정OOO은 소유하고 있던 토지 10,582㎡는 부모 등의 분묘 11기가 있는 선산이므로 1차 고시에서 이를 제외시켜 달라고 수차례 요구하였으나 받아들여지지 않자 2010년 10월경 위 1차 고시에 대하여 취소소송을 제기하였고, 2011.5.4. 1심에서 원고가 패소OOO하였다가, 2011.12.22. 항소심에서 승소OOO 하였으며, 위 항소심 판결은 2014.7.10. 대법원OOO에서 아래와 같이 원심 파기환송 판결을 거쳐 2014.9.25. 환송심에서 패소OOO하였고, 원고의 재상고 포기로 2014년 10월경 확정되었는데, 대법원 2014.7.10. 선고 OOO의 주요내용은 아래와 같다.

OOO

한편, 청구법인이 제시하고 있는 쟁점토지 중 소유권이전에 대한 민사 분쟁내역은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(4) 처분청은 위 항소심 판결의 경우 원고의 토지를 해당 사업에서 배제하더라도 4년제 일반대학으로서 필요한 교지기준을 구비하는데 아무런 지장이 없어 도시관리계획변경 등을 통하여 사업을 다시 진행할 수 있는 점, 쟁점토지 94필지 중 민사분쟁이 발생한 것은 3필지에 불과하고 해당 토지들은 모두 잔금이 지급되어 언제든지 법원 등의 조정을 통해 소유권이전등기를 받을 수 있는 상태인 점 등에 비추어 이러한 사유만으로 정당한 사유를 인정하기는 어렵다는 의견이고, 청구법인은 학교법인과 같이 목적사업의 준비기간이 장기인 경우 토지의 지속적인 매입활동 자체도 목적사업을 위한 노력으로 보아야 하고 일반대학교 허가기준만을 충족하는 일부 매입만으로는 목적사업을 달성할 수 없으며, 특히 시설결정 구역 내 미 매입토지 및 소유권 분쟁토지가 산발적으로 존재하고 있어 건물 건립 등이 거의 불가능하였다며, 쟁점토지의 취득과정 및 목적사업 진행내역을 제시하였는데 그 내용은 아래 <표3>과 같고, 2017.3.16. 현재 아래 <표4>의 부지조성공사를 마친 OOO에 상당하는 토지에 대하여는 실제 도로 등의 부지조성공사의 완료하고 그 일부에 드론 교육장을 설치·운영 중이라며, 1차 토목부지 드론교육장 조성공사 품의서(2017.12.7.)·포장계획평면도·표준도급계약서(2017.12.27. 수급인 : 주식회사 OOO) 등을 제출하였다.

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점7필지에 대하여 유예기간(취득일부터 3년) 만료일부터 30일이 경과하여 추징대상이 되는 세액을 신고하였는바, 이는 「지방세법」제20조 제3항에서 규정하고 있는 법정신고기한이 경과된 기한 후 신고에 해당하므로 경정청구대상으로 볼 수 없다고 판단된다.

(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 관련 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유한 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유가 있는지를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.

청구법인이 제시하는 법적 분쟁사유는 쟁점토지OOO 중 일부(10,582㎡)에 불과하여 대상인 3필지를 제외할 경우 4년제 일반대학으로 인가받거나 학교용지로 사용하는 데 있어 중대한 장애사유가 있다고 하기는 곤란해 보이고, 일부 토지에 대하여 소유권이전에 관한 민사 분쟁이 발생하였다는 사정 또한 내부적 사유에 불과한 것이므로 토지를 취득한 후 3년 내에 해당 사업에 사용하지 못할 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 하겠다.

다만, 청구법인은 쟁점토지 중 2017.3.16. 현재 부지공사를 마친 상태인 76,024㎡ 상당의 <표4>의 토지는 <표3>과 같이 많은 법적·행정적 준비절차 등을 거쳐 2014.11.21. OOO으로부터 도시계획시설OOO사업 실시계획(변경)인가고시 이후 2015.1.27. 진입로에 대한 토목공사가 착공되고 2017.3.16. 현재 완공되어 해당 교육사업에 사용되고 있다고 주장하므로, 처분청이 동 토지에 대하여 실제 도로 등의 부지조성공사의 완료여부, 동 토지의 지상에 학교용 건물 등의 조성계획 및 사용내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

(7) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점농지가 취득 당시의 지목과 현황이 농지이므로 농지세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 실제 농작물의 경작이나 식물의 재배 등으로 이용되었다고 인정할 만한 증빙이 없고,「농지법」에 따르면 청구법인과 같은 법인은 원칙적으로 농지 취득이 불가능하고, 농지전용허가 등을 받아 농지가 아니라 다른 용도로 사용하기 위한 절차가 선행되어야 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「 지방세기본법」제96조 제4항과「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호·제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 지방세기본법

제51조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

(2) 지방세법(2011.1.1. 법률 제10221호로 개정된 것)

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 30

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(3) 지방세법(2011.1.1. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제131조(부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지

부동산가액의 1,000분의 10

(4) 지방세법 시행령(2011.1.1. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제89조(정의규정) ② 법 제131조 제1항에서 "농지"란 다음 각 호의 토지를 말한다.

1. 등기 당시 공부상 지목이 전, 답 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지. 이 경우 농지 경영에 직접 필요한 농막(農幕)·두엄간·양수장·지소(池沼)·농도(農道)·수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함한다.

2. 등기 당시 공부상 지목이 목장용지인 토지로서 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 사용되는 토지, 초지 및 사료밭

(5) 지방세특례제한법(2011.8.19. 법률 제10628호로 개정되기 전의 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ①「초·중등교육법」 및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(6) 농지법

제6조(농지 소유 제한) ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

7. 제34조 제1항에 따른 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 인가·허가·승인 등을 포함한다)를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우