2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 청구법인은 2009.2.20. OOO OOO 제22지구 재개발사업지구 내에 있는 OOOOO OOO OOO OOOOO 외 135필지(이하 “사업대상토지”라 한다)상의 주거·업무·숙박·판매시설용 건축물 153,615.33㎡(지하 8층·지상 40층, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대한 준공인가를 받고 관련 법령에 의한 관리처분계획에 따라 이 건 건축물 중 종전 토지 소유자의 지위에서 분양 취득한 업무시설 117세대와 아파트 25세대(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 2009.3.19. 그 취득가액 169,433,285,537원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,388,665,710원, 농어촌특별세 338,866,570원, 등록세 1,355,466,280원, 지방교육세 271,093,250원, 합계 5,354,091,810원을 신고하고 취득세 등은 2009.3.23.에, 등록세 등은 2009.6.3.에 각각 납부하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 1986.12.23. 사업대상토지에 대하여 구 「도시재개발법」(1989.12.30. 법률 제4175호로 개정되기 전의 것)에 따른 OOO OOO 제22지구 재개발사업시행자이고, 동시에 위 사업대상토지를 사업시행인가 이후 종전 조합원으로부터 승계취득함으로써 위 사업대상토지의 82.89%를 소유하게 되면서 위 재개발사업의 33% 지분권자가 된 자로서 2009.2.20. 사업대상토지상에 주상복합건축물인 이 건 건축물을 건축하고 관리처분계획에 따라 종전 토지 소유자의 지위에서 이 건 건축물의 약 33%(쟁점 건축물)를, 사업시행자의 지위에서 이 건 건축물의 약 63%를 각각 취득한 후 2009.3.18.이 건 건축물 중 종전 토지 소유자의 지위에서 취득한 쟁점건축물에 대하여구 「지방세법」(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전 법률 제4651호) 제109조 제3항의 규정과 구 「OOOOO 재개발구역내 토지 및 건축물에 대한 시세 과세면제에 관한 조례」(1991.12.31. OOOOO 조례 제2843호로 개정되기 전 조례 제2062호, 이하 “개정전 조례”라 한다)의 규정을 근거로 취득세 등의 비과세 또는 면제신청을 하였다가 처분청이 이를 반려하자 2009.3.19. 이 건 취득세 등을 신고납부하였는바,

개정전 조례 제2조에서 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자 또는 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업시행인가 당시의 토지 및 건축물 소유자가 「도시재개발법」의 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고,

청구법인은 위 재개발사업대상토지의 소유자로서의 지위와 재개발사업시행자로서의 지위를 동시에 가지고 있었으며, 1986.12.27. 구 「도시재개발법」에 따른 재개발사업시행인가를 받아 사업을 진행한 후 2009.2.20. 사업대상토지상에 이 건 건축물을 건축하고 이에 관한 준공인가를 받은 다음 관리처분계획에 따라 종전 토지 소유자의 지위에서 쟁점건축물을 취득하였으므로 이는 개정전 조례에 따른 취득세 등의 면제요건을 충족하였다고 보아야 할 것으로,

비록 위 재개발사업시행인가를 받은 이후 개정전 조례가 개정(1991.12.31. 조례 2843호로 개정된 「OOOOO 도시개발사업에 대한시세 과세면제에 관한 조례」, 이하 “개정후 조례”라 한다)되면서 위 취득세 등의 면제조항이 삭제되었지만 경과규정인 부칙 제2항에서“이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제 하였거나 과세면제하여야 할 시세에 관하여는 종전의 예에 의한다”라고 규정하고 있는 점,

OOO OO(OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO)에서 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 불리하게 개정된 경우 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 조례를 적용하여야 하고, 이러한 법리의 적용은 조례가 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우를 당연한 전제로 하고 있는 것이므로, 그와 같은 유형의 조례 개정이 있은 후 다시 당해 조례가 개정되고 그 개정에 대하여 종전의 예와는 달리 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 따로 두지 아니하였다 하더라도 이미 기득권 등 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 위 법리는 그대로 적용된다고 판시하고 있는 점,

OOO OO(OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO)에서 세법이 개정된 경우에 개정된 세법 부칙이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 ··· 부과 또는 감면하여야 할 ··· 세에 대하여는 종전의 예에 의한다’라는 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로 마땅히 구법을 적용하여야 한다고 판시하고 있는 점,

구 행정자치부 심사결정례(OOOOOOOOOO, OOOO, OOOO, OOOOOOOOOOO)에서 재개발사업시행으로 건축물에 대한 사업시행 인가 당시 종전 조례상 취득세와 등록세의 면제대상인 경우, 취득·등기 당시 종전 조례가 폐지되고 경과규정이 없더라도 기득권 등 신뢰보호의 요건을 갖춘 경우에는 종전 조례에 의하여 취득세와 등록세를 면제함이 타당하다고 하고 있는 점,재개발사업은 상당한 장기간에 걸쳐 이루어지고 이 건 취득세 등은 사업시행 또는 사업개발대상토지의 취득 당시 당연히 부담이 예상되는 일회적인 세금으로서 납세의무자의 신뢰를 보호하는 것이 과세행정에 큰 부담이 된다고 볼 수 없는 점 등에비추어 볼 때,

청구법인이 종전 토지 소유자로서 한 행위는 기득권 내지 신뢰는 보호되어야 함이 타당하다 하겠으므로 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.

(2) 한편, 처분청은 비과세 또는 감면대상이 되는지 여부는 일반적으로 납세의무 성립 당시 비과세 또는 감면규정을 기준으로 판단하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 이러한 원칙에 이의를 제기한 것이 아니라 일정한 요건충족을 전제로 대법원 판례와 심사결정례 등에서 인정되는 세법상 신뢰보호원칙의 적용을 주장하는 것이므로 이러한 처분청의 주장은 청구법인의 신뢰보호원칙 주장에 대한 반박이 될 수 없고,

(3) 처분청은 신뢰보호원칙이 적용되려면 장래 일정한 기간 동안 특별히 비과세한다는 취지의 규정이 필요하다고 주장하나, 청구법인이 제시한 대법원 판례는 첫째, 명백히 개정 법령이나 조례가 납세의무자에게 불리하게 변경되었을 것, 둘째 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 … 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 의한다는 규정형식의 경과규정을 둘 것, 셋째 납세의무자가 개정전 일정한 원인행위를 할 것을 요건으로 하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정이 적용될 수 있다는 법리를 설시하고 있으며,

처분청이 제시한 OOO OO(OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO)는 청구법인이 앞서 제시한 대법원 판례를 변경한 것이 아니라 오히려 부칙조항을 근거로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다는 점을 대전제로 하여, 장래 한정된 기간 동안 특별히 비과세한다는 취지의 명시적 규정이 없다면 구체적 사정에 따라 비과세를 인정하지 않는 경우도 있을수 있다는 예외적 상황을 인정한 것에 불과하다고 보아야 할 것이고,

더구나 위 대법원 판례는 양도소득세 관련 사건으로 재개발사업과 관련된 이 건과는 사실관계를 달리하고 있을 뿐만 아니라 위 대법원 판결 이후에 선고된 OOOOOO OO(OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO, OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OOOOO OO OO) 역시 일관되게 신뢰보호를 인정하고 있으므로 위 대법원 판례는 이 건의 선례로 인정할 수는 없다 할 것이며,

(4) 처분청은 1989.1.10. 조례 2394호로 개정된 구 「OOOOO 재개발구역내 토지 및 건축물에 대한 시세 과세면제에 관한 조례」에서 재개발사업시행인가 당시의 토지 및 건축물의 소유자로 그 감면대상을 제한하고 있었으므로 당해 조례의 시행일인 1989.1.1. 이후에 승계취득한 토지 부분에 대한 건축물인 쟁점건축물에 대하여는 감면조례를 적용할 수 없다고 주장하나,

위 조례 제2조 제2호는 이미 대법원에서 “재개발사업의 시행에 따라 취득하게 되는 대지 또는 건축시설에 대한 취득세를 면제받는 대상자를 당해 재개발사업시행인가 당시의 소유자에 한하도록 하였음은 구 「지방세법」 제109조 제2항의 규정에 의하여 비과세대상의 기준이 되는 소유자의 범위를 부당하게 제한한 것으로서 그에 저촉되어 무효이다”라고 판시(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO)한 이상, 이 부분에 대한 주장은 더 살펴볼 필요가 없다 하겠고,

(5) 처분청은 특별경과규정의 존재로 인하여 이 건에는 개정전 「지방세법」을 적용할 수 없다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 신뢰보호의 요건이 갖추어진 다음에는 그 이후의 단순한 부칙규정을 이유로 이미 실체적으로 성립된 신뢰를 배제할 수는 없다 하겠으므로 위 처분청의 주장은 잘못이 있다.

나. 처분청 의견

첫째, 「지방세법」 제29조 제1항 제1호 및 제2호에서 취득세는 과세물건을 취득하는 때에, 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 각각 납세의무가 성립한다고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제73조 제4항에서 「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한함)으로 건축한 주택을 「도시개발법」 제40조에 따른 환지처분 또는 「도시 및 주거환경정비법」 제54조의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음 날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 취득의 시기를 규정하고 있으므로,

지방세법령에 의한 취득세와 등록세의 비과세 내지 감면대상이 되는지 여부는 납세의무 성립 당시의 비과세 또는 감면규정을 기준으로 판단하여야 하며,

둘째, 부칙에 두는 경과규정은 개개의 조문이나 세목에 대한 적용시점을 규정하는 특별경과규정과 당해 개정법령 전체의 적용에 관한 일반적인 사항을 규정하는 일반적 경과규정으로 구분되며, 최근 일반적 경과규정에 대하여 OOO(OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO)에서 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 ···세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.”와 같은 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다고 판시하고 있어 ‘비과세 경과규정’은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세한다는 취지로 규정되어 있지 않으면, 종전 규정인 ‘비과세 경과규정’으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어렵다 하겠고,

만약 기득권 내지 신회보호를 위하여 납세자에게 유리한 종전 법규가 적용된다면 세율이 인상되거나 과세표준액이 인상되더라도 그 이전에 낮은 세율이 적용되고 있을 당시에 취득한 것이라면 모두 종전 법을 적용하여야 한다는 결론에 이르게 되므로 쟁점건축물 취득에 대하여 구 「지방세법」(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전) 109조 제3항 또는 개정전 조례의 규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이며,

셋째, 청구법인이 감면의 근거로 제시하고 있는 구 「OOOOO 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세 과세면제에 관한 조례」 중 1989.1.10. 조례 제2394호로 개정된 조례(시행일 1989.1.1.) 제2조 본문 및 제2호에서 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업시행인가 당시의 토지 및 건축물의 소유자가 「도시재개발법」의 규정에 의하여 지정된 도시재개발구역내에서 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있으므로,

청구법인이 1989.1.1. 이후 승계 취득한 토지 소유자의 지위에서 분양 취득한 쟁점 건축물에 대하여 감면조례를 적용하여 취득세 등을 감면할 수는 없다 하겠고,

더구나 「지방세법」상 등록세 비과세규정은 1995.1.1.에서야 신설되었으므로 1989.1.1. 이후 취득한 부동산 관련으로 소유자의 지위에서 분양취득한 부동산에 대하여 등록세를 비과세 또는 감면할 수는 없다 할 것이며,

취득세 또한 1993.12.27. 법률 제4611호로 「지방세법」이 개정되면서 1994.1.1.부터 종전 부동산 가액을 초과하는 청산금 부분에 대하여는 비과세가 배제된다는 규정이 신설되었고, 2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 「지방세법」 부칙 제4조에서 제109조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 당시 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호로 폐지되기 전의 법률) 및 「도시계획법」(법률 제6243호로 개정되기 전의 법률)의 규정에 의한 환지계획 등에 의하여 취득한 토지에 대하여도 이를 적용한다고 하면서, 그 제5조에서 제109조 제3항 제2호의 개정규정은 이 법 시행전에 종전의 제109조 제3항 본문의 규정에 의한 사업시행인가 당시의 소유자(상속인 포함)로부터 부동산을 승계취득한 자가 환지계획 등으로 이 법 시행 후에 취득하는 부동산에 대하여도 이를 적용한다고 규정하고 있으며, 또한 2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되어 2006.1.1.부터 시행된 「지방세법」 부칙 제3조 제1항에 취득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 과세물건부터 적용하되, 다만 제261조 제1항 단서의 개정규정을 제외한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 등기 또는 등록하는 재산권 그 밖의 권리부터 적용하되, 다만 제261조제1항 단서의 개정규정을 제외한다고 규정하는 등 일반경과규정과는 별도로 특별경과규정을 두고 있으므로 청구법인이 주장하는 일반적 경과규정은 적용될 여지가 없다 하겠으므로, 청구법인이 신고납부한 이 건 취득세 등은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 토지 취득 당시에는종전 조례상 도심지 재개발사업시행으로 취득한 건축물은 취득세와 등록세의 면제대상이었으나, 쟁점건축물 취득 당시에는 종전 조례가 폐지된 경우 청구법인의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 조례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) OOOOO 재개발구역내 토지 및 건축물에 대한 시세 과세면제에 관한 조례(1985.12.30. 조례 제2062호로 개정되고,1986.12.31 조례 제2136호로 개정되기 전)

제2조【과세면제】다음 각 호에 해당하는 자가 「도시재개발법」의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세, 등록세 및 면허세를 면제한다. 다만, 재개발사업계획에 의한 사업인가 조건을 위반하거나, 관계법령에 위반하여 건축하는 경우에는 이미 과세면제된 취득세, 등록세 및 면허세를 추징한다.

1. 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다)

2. 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 시행 당시의 토지 및 건축물 소유자

(2) OOOOO 재개발구역내 토지 및 건축물에 대한 시세 과세면제에 관한 조례(1989.1.10. 조례 제2394호로 개정되고 1991.12.31. 조례 제2843호로 개정되기 전의 것)

제2조【과세면제】다음 각 호에 해당하는 자가 「도시재개발법」의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다. 다만, 재개발사업계획에 의한 사업인가 조건을 위반하거나, 관계법령에 위반하여 건축하는 경우에는 이미 과세면제된 취득세 및 등록세를 추징한다.

1. 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다)

2. 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아취득하는 당해 재개발사업시행인가 당시의 토지 및 건축물 소유자

부칙

이 조례는 1989년 1월 1일부터 시행한다.

(3)OOOOO 도시개발사업에 대한 시세 과세면제에 관한 조례(1991.12.31. 조례 제2843호로 개정된 것)

제2조【과세면제】① 다음 각 호에 해당하는 자가 「도시재개발법」의 규정에 의하여 지정된 재개발구역( 「도시개발법」 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한한다. 이하 같다) 및 「도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법」의 규정에 의하여 지정된 주거환경개선지구내에서 주거환경개선사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.

1. 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자 및 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다)

2. 제1호의 규정에 의한 사업시행자로부터 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시 당시의 토지 및 건축물 소유자

부칙

제2조【적용례】이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다.

(4) 지방세법

제29조【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】③ 「도시개발법」에 의한 도시개발사업과 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 의한 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」 등 관계법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우, 사업시행인가(승계취득일 현재 취득 부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의 2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역지정 또는 정비구역지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다.

④제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

제111조【과세표준】⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액·가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제127조의2【대체취득등기에 대한 비과세】② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

부칙

제1조【시행일】이 법은 2008년 1월 1일부터 시행하고, 부칙 제6조는 2008년 7월 1일부터 시행한다.

제3조【도시재개발사업 등으로 인한 대체취득 비과세에 관한 적용례】제109조 제3항 제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 도시개발구역으로 지정되거나 정비구역으로 지정되는 분부터 적용한다.

제5조【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4)지방세법 시행령

제73조【취득의 시기 등】④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을 「도시개발법」 제40조에 따른 환지처분 또는 「도시 및 주거환경정비법」 제54조의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음 날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

제79조의3【수용시의 초과액 산정기준】③ 법 제109조 제3항 제2호의 규정에 의한 초과액은 환지계획 등에 의한 취득부동산의 과세표준액(사실상 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상 취득가액을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준액(승계취득할 당시의 취득세 과세표준액을 말한다)을 공제한 금액으로 한다.

(5) 구 지방세법(1990.12.31. 법률 제4269호로 개정되기 전의 것)

제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】② 「토지구획정리사업법」의 규정에 의한 토지구획정리사업과 「도시계획법」의 규정에 의한 재개발사업 및 개발예정구획조성사업의 시행으로 인하여 소유자가 환지받는 경우와 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

(6) 구 지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것)

제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】③ 「토지구획정리사업법」의 규정에 의한 토지구획정리사업과 「도시계획법」의 규정에 의한 재개발사업 및 개발예정구획조성사업의 시행으로 인하여 소유자가 환지받는 경우와 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

(7) 구 지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정된 것)

제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】③ 「토지구획정리사업법」에 의한 토지구획정리사업, 「도시계획법」에 의한 도시개발예정구역조성사업과 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 사업시행인가 당시 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물과 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시재개발법등 관계법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.

부칙

제1조【시행일】이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.

제7조【일반적 경과조치】이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나. 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 관하여는 종전의 예에 의한다.

(8) 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)

제109조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】③ 「도시개발법」에 의한 도시개발사업과 「도시재개발법」에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획등에 의한 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 「도시재개발법」 등 관계법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)

부칙

제1조【시행일】이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다

제4조【환지계획 등에 의하여 취득하는 토지에 대한 적용례】제109조 제3항의 개정규정은 이 법 시행당시 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호로 폐지되기 전의 법률을 말한다) 및 「도시계획법」(법률 제6243호로 개정되기 전의 법률을 말한다)의 규정에 의한 환지계획 등에 의하여 취득한 토지에 대하여도 이를 적용한다.

제5조【승계취득자의 환지계획 등에 따른 취득부동산에 대한 적용례】제109조 제3항 제2호의 개정규정은 이 법 시행전에 종전의 제109조 제3항 본문의 규정에 의한 사업시행인가 당시의 소유자(상속인을 포함한다)로부터 부동산을 승계취득한 자가 환지계획 등으로 이 법 시행후에 취득하는 부동산에 대하여도 이를 적용한다.

제10조【일반적 경과조치】이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 1979.9.21. 구 건설부장관은 OOOOO OOO OOO OOOOO 주변에 대한 재개발구역지정 고시(OOOOO OOOOOOOOOO)를 하였고, 1986.12.23. OOOOOO은 OOOOO OOO OOO OOOOO 외 127필지 11,623.7㎡ 일원의 OOO OOO OOOOO 재개발사업에 대하여 시행인가(OOOOO OO OOOOO)를 하였다.

(2) 청구법인은 1991.12.31. 이전(1987.12.30.～1991.9.19.)에 재개발사업구역 내 사업대상 토지 중 7,763.4㎡를 취득하였고, 1992.1.1. 이후 일부 토지를 취득하였다.

(3) 처분청은 2009.2.19.에는 OOOOOO 제22지구 도시환경정비사업 관리처분계획변경인가 고시(OO OOOOOOOOO)를, 2009.2.20.에는 사업시행자인 청구법인에게 OOO OOO OOOOO 도시환경정비사업 준공인가증(OOOOOOOO)을 교부하였다.

(4) 살피건대, 도시재개발사업과 관련한 감면대상을 개정전 조례에서는 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업시행 당시의 토지 및 건축물 소유자로 규정하고 있다가 1989.1.10. 조례 개정을 통하여 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자로부터 분양받아 취득하는 당해 재개발사업시행인가 당시의 토지 및 건축물 소유자로 축소하였지만,

OOO OO(OOOOOOO OO, OOOOOOOOOO)에서 위 개정 조례(조례 제2394호)는 재개발사업의 시행에 따라 취득하게 되는 대지 또는 건축시설에 대한 취득세를 면제받는 대상자를 당해 재개발사업 시행인가 당시의 소유자에 한하도록 한 것은 상위법인 구 「지방세법」(1990.12.31. 법률 제4269호로 개정되기 전의 것) 제109조 제2항에 의하여 비과세대상의 기준이 되는 소유자의 범위를 부당하게 제한한 것으로서 그에 저촉되어 무효이고,

위 조례가 무효라는 의미는 재개발사업 시행인가 이후 재개발사업지구 내의 대지나 건축시설을 취득하여 소유자가 된 조합원도 그 인가 당시의 조합원과 마찬가지로 취득세 비과세적용대상임에도 불구하고 조례에 의하여 면제대상에서 제외하여 부과대상으로 삼은 것이라는 점에 있으므로, 소유자의 자격을 갖춘 것인지의 여부는 개별적으로 확정하여야 한다고 판시하고 있는바,

청구법인은 비록 OOO OOO 제22지구 재개발사업시행인가일인 1986.12.23. 이후인 1987.12.30.부터 1991.9.19.까지의 기간 동안에 위 재개발사업구역 내 사업대상토지의 일부(7,763.4㎡)를 취득하였으므로(1992.1.1. 이후 취득한 토지가 일부 있음), 위 개정전 조례에 의한 감면적용대상으로서의 요건을 충족하고 있었다고 보아야 하겠고,

그렇다면 그 후 1991.12.31. 조례 개정을 통하여 개정후 조례에서는 감면적용대상을 「도시재개발법」의 규정에 의한 시행자 및 「도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법」의 규정에 의한 시행자로부터 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시 당시의 토지 및 건축물 소유자로한정하면서, 부칙 제2항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 경과규정을 둔 이상,

청구법인이 종전 토지 소유자의 지위에서 취득한 쟁점건축물에 대하여는 개정전 조례에 의한 취득세 등의 면제규정의 기득권 및 신뢰는 보호되어야 한다고 봄이 타당하므로 쟁점건축물 중 1992.1.1. 이전에 취득한 토지 소유자의 지위에서 취득한 부분은 위 조례에 의한 취득세 등의 감면대상으로 보아야 할 것이다.

따라서 청구법인이 이 건 취득세 등을 신고납부한 것은 일부 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.