서울특별시 강남구 OO동 OOOOOOO에서 건설업을 영위하는 청구법인은 1999.2.11. 금융산업의 구조개선과 관련하여 주식회사OOOO(OO도 춘천시 OO동 OOOOOO 소재, 이하 “OO은행”이라 한다)이 OOOOOO주식회사(서울특별시 중구 OO동 OOOO 소재, 이하 “OO종금”이라 한다)를 흡수합병(합병비율 1 : 5.38839)함에 따라 그가 합병전에 소유한 OO종금의 주식 대신 OO은행 주식 15,212,825주를 교부받았다.

청구법인은 교부받은 OO은행주식 15,212,825중 3,974,741주를 1999사업연도에 양도하고 당해 양도주식의 가액을 수입금액으로 하고 당해 양도주식에 상당하는 OO종금주식의 취득가액을 원가로 한 법인소득금액을 타소득에 합산한 과세표준 및 세액을 1999사업년도의 법인세 신고시 처분청에 신고하였다.

이와 같은 법인세 신고가 있은 후에 청구법인은 경정청구기간내인 2000.11.30자로 OO은행과 OO종금의 합병으로 인하여 법인세법령의 규정에 의하여 계산한 의제배당소득금액 62,331,311,040원은 조세특례제한법의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하였지만 양도주식의 취득가액을 계산함에 있어서는 가산되어야 하므로 이를 취득가액에 가산하면 신고된 법인세과세표준 및 세액은 감액되어야 한다는 경정청구를 처분청에 하였다.

이에 대하여 처분청은 조세특례제한법 제49조의 규정에 의거 금융기관의 합병으로 인한 의제배당소득에 대하여는 법인세가 과세되지 아니하는 것이므로, 청구법인의 양도주식에 대한 의제배당소득을 당해 주식의 취득가액에 가산하고 손금산입하는 것은 법인세가 이중으로 감면되는 결과가 초래된다는 이유로 2000.12.11. 경정청구를 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

정부의 금융기관 구조조정에 따라 OO종금이 OO은행에 흡수합병됨으로 인하여 발생된 의제배당소득이 조세특례제한법 제49조의 규정에 의거 법인세가 비과세되었다 하더라도, 합병으로 인한 의제배당소득은 종전의 장부가액에 가산하여 원가를 구성하는 것이 타당하므로 청구법인이 1999사업연도에 계열분리계획에 따라 처분한 양도주식에 대한 의제배당소득은 취득가액에 가산하고 손금에 산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

합병대가로 받은 합병법인 주식의 처분시에 당초부터 비과세소득으로 법인세가 과세되지 아니한 의제배당소득을 합병법인 주식의 취득가액에 가산하고 손금에 산입하는 경우, 법인세가 이중으로 면제되는 효과로 인해 결과적으로 중복감면되는 것이므로, 당초 비과세된 의제배당소득을 취득가액에 가산하지 아니함이 타당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

합병으로 교부받은 신주를 양도한 경우, 과세되지 아니한 의제배당소득을 신주의 취득가액에 가산하고 손금산입하는 것이 타당한지 여부를 가리는 데에 있다.

나. 관련법령

조세특례제한법(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 제49조【금융기관합병에 대한 법인세 등 과세특례】제1항에서『금융산업의 구조개선에 관한 법률에 의한 금융기관(이하 이 조에서 금융기관 이라 한다)이 동법에 따라 1999년 12월 31일 이전에 합병 또는 영업을 전부 양도하는 경우 그 합병 또는 영업의 전부양도로 인하여 소멸하는 금융기관의 주주·사원 또는 출자자가 지급받는 소득세법 제17조 제2항 제3호·제4호 또는 법인세법 제16조 제1항 제4호·제5호의 규정에 의한 소득에 대하여는 소득세 또는 법인세를 과세하지 아니하며, 당해 금융기관에 대하여는 법인세법 제77조의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세는 이를 과세하지 아니한다』고 규정하고 있다.

법인세법(1999.12.28 법률 제6047호로 개정되기 전의 것) 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】제1항에서『다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

1.～4. (생략)

5. 합병으로 인하여 소멸하는 법인(이하 피합병법인 이라 한다)의 주주등이 합병으로 인하여 설립되거나 합병후 존속하는 법인(이하 합병법인 이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액(이하 “합병대가”라 한다)이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액』이라고 규정하고,

같은 법 시행령 제14조【재산가액의 평가 등】에서『법 제16조 제1항 각호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 “주식 등”이라 한다)인 경우에는 다음 각목의 금액

가. 법 제16조 제1항 제2호·제3호·제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등(동항 제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 것에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는 출자금액』이라고 규정하고,

그 제72조【자산의 취득가액 등】제1항에서『법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1.～3. (생략)

4. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 1999.2.9. 금융기관 구조조정에 따라 OO종금과 OO은행이 합병(OO종금 주식 1주당 OO은행 주식 5.38839주의 합병비율)함에 따라 합병당시 피합병법인의 주식 2,823,260주를 보유한 청구법인은 합병대가로 합병법인인 OO은행의 주식 15,212,825주를 교부받았다.

이와 같은 합병으로 인하여 청구법인의 법인세법 제16조 제1항 제5호에 의한 의제배당금은 합병법인인 OO은행의 1주당 액면가액 5,000원에 청구법인이 피합병법인인 OO종금의 주식을 취득하기 위하여 소요된 1주당 가액 903원을 차감한 가액인 주당 4,097원에 청구법인이 합병으로 인하여 교부받은 OO은행 주식수 15,212,825주를 곱한 62,331,311,040원이 된다.

이와 같이 법인세법에 의하여 의제된 배당금 62,331,311,040원은 조세제한특례제한법 제49조 제1항의 규정에 의하여 비과세되며 청구법인도 1999사업연도 법인세 신고시 이를 과세소득에서 제외하여 신고하였다.

(2) 법인세법 제16조 제5호의 기업합병으로 인한 배당금의제의 규정은 피합병법인의 순자산을 취득한 합병법인이 그에 대한 대가로 합병신주 또는 합병교부금을 피합병법인의 주주에게 교부함에 따라 당초 피합병법인의 주식 취득가액을 초과하는 이익이 동 주주에게 귀속되는 것을 배당금으로 의제하여 과세하도록 하기 위한 규정으로서 전시 법인세법 제16조 제5호는 피합병법인의 주주에 대한 배당금으로 의제되는 금액 즉, 합병으로 인하여 피합병법인이 주주에게 귀속되는 이익을 합병신주 또는 합병교부금의 합계금액인 합병대가와 피합병법인의 주주가 합병전에 피합병법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액의 차액으로 하도록 하였다.

한편, 법인세법시행령 제14조 제1항 제1호는 피합병법인의 주주가 합병대가로 합병법인으로부터 주식을 교부받은 경우에는 교부받은 주식의 액면가액으로 평가한 가액을 배당으로 의제되는 금액으로 하도록 규정하고 있다.

이와 같이 법인세법시행령 제14조 제1항 제1호가 배당으로 의제되는 금액을 산출함에 있어서 피합병법인의 주주가 교부받은 주식의 가액을 액면가액으로 평가하도록 한 것은 피합병법인의 순자산을 취득한 합병법인이 그에 대한 대가로 합병법인의 주식 또는 합병교부금 등을 피합병법인의 주주에게 교부하게 되는데, 이때 교부되는 주식의 액면가액으로 배당으로 의제되는 금액을 계산하도록 하기 위함이다.

(3) 법인세법시행령 제72조 제1항 제4호는 합병에 의하여 주주가 주식을 취득하는 경우에는 당해 주식의 가액은 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호의 금액인 배당의제금액을 가산하도록 규정하고 있다.

이는 피합병법인의 주주가 합병으로 인하여 취득한 주식의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액인 합병대가가 그 피합병법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과한 경우 이를 배당으로 의제하여 과세하는 경우에는 과세된 배당의제금액을 합병으로 인하여 취득한 주식의 취득원가에 가산하기 위함이라고 보인다.

즉, 피합병법인의 주주가 소유한 피합병법인의 주식대신 합병으로 인하여 합병법인의 주식을 취득하고 이를 계기로 하여 배당으로 의제되어 과세되는 경우에는 그가 취득한 합병법인의 주식의 취득원가는 피합병법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 가액에 배당으로 의제된 금액을 가산하도록 함으로써 당해 합병신주가 양도되었을 때에 취득가액으로 공제하여 당해 합병신주의 양도에 따른 소득금액을 계산하도록 하기 위함이라고 보인다.

이와 같이 합병과 관련된 법인세법의 제규정은 피합병법인의 주주에게 합병에 따라 배당으로 의제하여 과세하면서 동 가액을 취득원가에 가산하도록 하는 규정을 마련해 두고 있다고 할 것이다.

(4) 조세특례제한법 제49조 제1항은 이 건과 같이 금융산업의 구조개선에 관한 법률에 의한 금융기관이 동법에 따라 1999.12.31 이전에 합병을 하는 경우 피합병법인의 주주등이 지급받는 법인세법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 소득에 대하여는 법인세를 과세하지 아니하도록 하였다.

이는 금융산업의 구조개선을 위하여 금융기관이 합병을 하는 경우 당해 합병에 따른 피합병법인의 주주에게 배당으로 의제되는 금액에 대하여는 과세를 하지 아니함으로써 금융산업의 구조개선에 관한 법률이 목적으로 하고 있는 금융기관의 합병 등을 통한 금융산업의 구조개선을 지원하려는 정책적 목적을 달성하기 위함이라고 보인다.

그런데 조세특례제한법 제49조 제1항은 금융산업의 구조개선에 관한 법률에 의한 금융기관이 합병을 하는 경우 피합병법인의 주주에게 귀속하는 배당으로 의제하는 금액에 대하여 비과세한다고 규정하고 있을 뿐 피합병법인의 주주가 합병으로 인하여 취득한 합병법인의 주식가액에 대하여는 정한 바 없다.

이러한 경우 합병신주의 취득가액에 관한 법인세법의 규정이 적용되어야 할 것이나, 법인세법령의 관련 규정이 합병으로 인하여 배당으로 의제되어 과세되는 것을 전제로 한 규정은 조세특례제한법에 의하여 배당으로 의제되는 금액이 비과세되는 경우에는 적용되기 어렵다고 하여야 할 것이다.

그러한 의미에서 앞서 (3)에서 본 바와 같이 법인세법시행령 제72조 제1항 제4호의 규정은 합병으로 인하여 피합병법인의 주주에게 배당으로 의제되는 금액이 과세되는 것을 전제로 한 규정이라고 볼 때에, 조세특례제한법의 규정에 의하여 배당으로 의제되는 금액이 과세되지 아니한 경우에는 적용되기 어렵다 하겠다.

그러한 점에서 배당으로 의제되는 금액이 비과세되는 데도 불구하고, 동 규정을 적용하여 배당으로 의제되는 금액을 합병신주의 취득가액에 가산하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.