가. 청구법인은 「도로교통법」제120조에 따라 교통안전교육, 교통방송등교통안전관련 사업을 영위하고 있는 비영리법인으로, 2005사업연도부터 2009사업연도에 청구법인(본부 및 20개 지부 등)의 임직원들에게지급한 직급보조비 합계 12,330,344,932원(이하 “쟁점직급보조비”라한다)및 월정직책급 합계 2,309,907,455원(이하 “쟁점월정직책급”이라 한다)을비과세소득으로 보아 원천징수하지 아니하였다.

나.처분청은 쟁점직급보조비 및 쟁점월정직책급을 근로소득으로 보아청구법인에게 2011.2.10. 2005년 귀속 근로소득세 128,653,200원 외【별지2】목록기재의 각 부과처분(합계 1,895,934,410원으로 이후 14,479,100원이 직권 감액경정되었음) 및 2011.3.10. 지급조서 미제출에따른법인세(가산세) 293,677,380원(2005사업연도 68,351,590원, 2006사업연도70,690,420원, 2007사업연도 71,395,080원, 2008사업연도 75,227,840원, 2009사업연도 8,012,450원)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 법률에 따른 준정부기관으로 기획재정부가 작성·시달한 「예산 및 기금운용계획 집행지침」에 따라 직급보조비 및 월정직책급을 지급하였고, 위 규정에 따라 직급보조비 및 월정직책급을 비과세 소득처리하여 비과세 관행이 성립되었는 바, 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있는 것으로 이 건 처분이 정당성을 갖기 위하여는처분청이 이 건 직급보조비 및 월정직책급의 성격이 「예산 및 기금운용계획 집행지침」에서 규정한 바와 달리 근로소득에 해당함을 입증하여야 하나, 이에 대한 입증이 이루어지지 아니하였으므로이 건 처분은 위법한 것으로서 취소되어야 한다.

설령, 위 주장이 받아들여지지 아니한다 할지라도, 이 건 월정직책급은그 지급방법, 지급경위 및 사용내역 등에 비추어 부서관련 비용일 뿐, 개인의 소득으로 볼 수 없으므로 이 건 처분 중 월정직책급에 대한 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

직급보조비 및 월정직책급은「소득세법」상 비과세 대상으로 열거되어 있지 아니하고, 예산집행지침 등에 열거된 직무수행에 사용된 것이라고 볼 수 있는 아무런 증빙이 없는 점, 각 직급에 따라 매월 정액이 정기적으로 지급되는 점 등에 비추어 볼 때 실질적으로 근로제공의 대가이며, 청구법인이 2009년부터 예산편성시 직급보조비를 직무수행경비가 아닌 인건비 항목으로 편성·집행한 것은 직급보조비를인건비로 판단하였음을 알 수 있으므로 쟁점직급보조비와 쟁점월정직책급을 근로소득으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점직급보조비와 쟁점월정직책급를 근로소득에 해당한다고 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제14조【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법

제12조【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

자. 대통령령으로 정하는 실비변상적(實費辨償的) 성질의 급여

제20조【근로소득】① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여

(3) 소득세법 시행령

제12조【실비변상적 급여의 범위】법 제12조 제3호 자목에서 “대통령령으로 정하는 실비변상적(實費辨償的) 성질의 급여란” 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 법령·조례에 의한 위원회등의 보수를 받지 아니하는 위원(학술원 및 예술원의 회원을 포함한다)등이 받는 수당

3. 일직료·숙직료 또는 여비로서 실비변상정도의 금액(종업원의 소유차량을 종업원이 직접 운전하여 사용자의 업무수행에 이용하고 시내출장등에 소요된 실제여비를 받는 대신에 그 소요경비를 당해 사업체의 규칙등에 의하여 정하여진 지급기준에 따라 받는 금액중 월 20만원이내의 금액을 포함한다)

제38조【근로소득의 범위】① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

1. 기밀비(판공비를 포함한다. 이하 같다)·교제비 기타 이와 유사한 명목으로 받은 것으로서 업무를 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여

(4) 국가재정법

제21조【세입세출예산의 구분】① 세입세출예산은 필요한 때에는 계정으로 구분할 수 있다.

② 세입세출예산은 독립기관 및 중앙관서의 소관별로 구분한 후 소관 내에서 일반회계·특별회계로 구분한다.

③ 세입예산은 제2항의 규정에 따른 구분에 따라 그 내용을 성질별로 관·항으로 구분하고, 세출예산은 제2항의 규정에 따른 구분에 따라 그 내용을 기능별·성질별 또는 기관별로 장·관·항으로 구분한다.

④ 예산의 구체적인 분류기준 및 세항과 각 경비의 성질에 따른 목의 구분은 기획재정부장관이 정한다.

제44조【예산집행지침의 통보】기획재정부장관은 예산집행의 효율성을 높이기 위하여 매년 예산집행에 관한 지침을 작성하여 각 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다.

(5) 국가재정법 시행령

제7조【예산의 과목구분】세입예산의 관·항·목의 구분과 설정, 세출예산 및 계속비의 장·관·항·세항·목의 구분과 설정, 국고채무부담행위의 사항 구분은 기획재정부장관이 정하는 바에 따른다.

제18조【예산집행지침의 통보】① 기획재정부장관은 법 제44조에 따른 예산집행지침을 매년 1월말까지 각 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다.

② 제1항에 따른 예산집행지침에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 경비유형 및 비목별 예산집행에 관한 사항

2. 법 제46조 제2항 및 법 제47조 제1항 단서에 따른 전용 및 이용권 위임범위에 관한 사항

3. 그 밖에 기획재정부장관이 필요하다고 인정하는 사항

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2005사업연도부터 2009사업연도에 임직원들에게 쟁점직급보조비와 쟁점월정직책급를 지급하면서 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 근로소득세를 원천징수하지아니하였고, 처분청은이를 근로소득으로 보아 청구법인에게 지급조서미제출에 따른 법인세(가산세)와 원천징수하지 아니한 근로소득세를경정·고지하였음이처분청에서 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 「공공기관의 운영에 관한 법률」제5조(공공기관의 분류)에 의거 위탁집행형 준정부기관으로서, 같은 법 제50조(경영지침)에 근거하여 매년 공공기관운영위원회의 심의·의결을 거쳐 마련되는 「공기업·준정부기관 예산편성지침」에 따라 예산을 편성하고 있으며,

동 지침의 주요항목으로는 인건비, 경비, 사업비, 자금 및 기타예산,예비비 등이고, 인건비는 다시 총인건비, 수당, 퇴직급여, 경영평가 성과급 및 직무수행실적 평가성과급, 기타로 구분되며, 경비항목도경상경비, 복리후생비, 업무추진비, 사내근로복지기금, 기타로 구분되고,행정사항으로 “본 지침에 별도의 규정이 없는 경우, 예산의 편성은 「예산안 편성 및 기금운용계획안 작성 지침」및 「예산안작성 세부지침」의 관련 규정을 준용함을 원칙으로 한다” 라고 기재되어 있다.

(3) 「국가재정법」제44조(예산집행지침의 통보)에서는 기획재정부장관은예산집행의 효율성을 높이기 위하여 매년 예산집행에 관한 지침을작성하여 각 중앙관서의 장에게 통보하도록 되어 있고, 이에 따라기획재정부장관이 매년 각 중앙관서의 장에게 시달하고 있는 「예산 및 기금운용계획 집행지침」에서는 각 중앙관서의 예산 및 기금운용계획 집행에 대한 기본원칙과 기준을 제시하고 있으며 그 내용 중직급보조비 및 월정직책급에 대하여 보면 다음과 같이 인건비(100목)가아닌 물건비(200목)로 분류하고 있고, 물건비는 다시 직무수행경비(250목), 업무추진비(240목), 특수활동비(230목) 등 6개 비목으로 구분되어 있다.

(4) 청구법인은 2005～2008사업연도에는 직급보조비와 월정직책급을경상경비(물건비)로 편성하여 집행하였고, 2009사업연도에는 직급보조비는인건비로, 월정직책급은 경상경비(물건비)로 편성하여 집행하였으며,

직급보조비의 경우 모든 임직원을 대상으로 아래＜표1＞와 같은 금액이 급여와 별도로 매월 1일 개인계좌로 지급되었고,

〈표1〉직급보조비 지급단가

(단위 : 원)

월정직책급은 부장급 이상의 직위가 부여된 임직원 및 이사장이 지정하는 교통과학연구원의 연구팀장을 대상으로 아래＜표2＞와 같은 금액이 별도로 매월 1일 부서계좌로 지급되었음이 처분청의 심리자료에의거 확인된다.

〈표2〉월정직책급 지급단가

(단위 : 원)

(5) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사시 청구법인 중 OOO의 2005～2009사업연도 월정직책급에 대하여는 업무관련 사용처 증빙이 입증되었다 하여 비과세로 처리하였음이 처분청 심리자료에 의거확인되고, 청구법인은 이 건 심판청구시 쟁점월정직책급과 관련된 사용처 증빙자료를 별도로 제시하고 있다.

(6) 위의 내용을 종합하여 보면,

(가) 「소득세법」제20조, 같은 법 시행령 제38조는 기밀비(판공비를 포함)·교제비 기타 이와 유사한 명목으로 받은 것으로서 업무를 위하여 사용된것이 분명하지 아니한 급여는 근로소득의 범위에 포함되는것으로규정하고 있고, 과세대상이 되는 근로소득에 해당하는지여부는그 지급된 금원의 명목이 아니라 성질에 따라 결정되어야 할것으로서그 금원의 지급이 근로의 대가가 될 때는 물론이고 이는 근로를전제로그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 규칙적으로지급되는것이라면 과세의 대상이 되는 것으로 보아야 한다(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결 참조).

(나) 쟁점직급보조비의 경우, 청구법인의 모든 임직원에게 별도의 사용목적이나 사용방법 등에 관한 구체적인 기준이 없이 임직원의개인계좌로 입금되었고, 청구법인도 2009사업연도부터 인건비 항목으로 예산편성 및 집행한 점과 동 금액이 업무와 관련하여 지출되었다고볼 만한 증빙을 제출하지 아니하여 이는 근로소득에 해당하는 일반 수당과 같다고 보여지므로 처분청이 이를 근로소득에 해당한다고 보아과세한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 다만, 쟁점월정직책급의 경우, 매월 정액으로 일정 직책이상의 관리자를 지급대상으로 하여 부서계좌로 지급되고 있는 점, 처분청도 청구법인의 충북지사에 대하여 업무관련성을 인정하여 비과세소득으로 인정한 점, 이 건 심판청구시 청구법인이 2005～2009사업연도의월정직책급에 대한 관련 사용처증빙을 별도로 제시하고 있는 점 등으로보아 이는 유관기관 등과의 업무협의 및 직책수행에 소요되는 제 활동경비로서 실비변상적 금액으로서 근로소득에 해당되지 아니하는 측면이있으므로, 처분청에서 청구법인이 별도로 제시한 사용처 증빙자료를 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점월정직책급중 업무관련 지출로 인정되는 경우에는 비과세대상으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정함이타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세 기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여주문과 같이 결정한다.OOO