가. 원고는 2007. 12. 31. 주식회사 케이알산업과 함께 에스에이치공사로부터 서울 강동구 강일동 70번지 일대의 강일2지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라고 한다)에 택지개발사업 부지를 조성하는 내용의 단지조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)를 공사대금 22,288,357,000원으로 정하여 도급받았다

(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다). 이 사건 공사 대상 부지에는 국민주택 건설부지 151,840㎡, 국민주택규모를 초과하는 주택건설부지 40,114㎡, 기타 103,571㎡가 포함되어 있다.

나. 서울특별시는 에스에이치공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안을 검토한 결과 한 사업지구 내에서 국민주택과 국민주택규모 초과 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세’는 면제된다고 보아, 에스에이치공사에 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

다. 에스에이치공사는 이에 따라 이 사건 공사와 관련하여 전체 공동주택 건설부지 중 국민주택규모를 초과하는 건설부지 비율(48.62%)에 상응하는 공사대금만 부가가치세 부과대상에 해당하고, 국민주택 건설부지 비율(51.38%)에 상응하는 공사대금은 부가가치세 면세대상에 해당한다고 보아 원고에게 위 국민주택규모를 초과하는 건설부지 비율에 상응하는 공사대금에 대한 부가가치세 1,186,830,677원을 포함한 공사대금 26,397,000,000원을 지급하였고, 원고는 위 1,186,830,677원을 2008년 제2기부터 제2012년 제1기까지...