2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 95%는 원고가, 나머지 5%는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 7. 1. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 10,639,943,484원 부과처분을

취소한다.

가. 원고는 부동산임대업을 하기 위하여 2006. 3. 16. AA산업 주식회사로부터 서울강서구 BB동 1005-21 소재 토지와 건물(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 대금 340억 원에 매수하고, 2006. 6. 23. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2008. 4. 30. CC종합건설 주식회사(이하 'CC종합건설'이라 한다)에 이사건 부동산을 대금 700억 원에 매도하는 계약을 체결하고(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다), 매매잔금을 받지 않은 상태에서 2008. 6. 19. CC종합건설 앞으로 이 사건부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 원고는 2009. 3. 31. 이 사건 매매계약 대금 700억 원과 이 사건 부동산의 장부가액 41,338,247,988원의 차액 28,661,752,012원을 익금(유형자산 처분이익)에 산입하고, 고유목적사업비 20,326,168,372원, 고유목적사업준비금 1,212,613,200원을 손금에 산입하여 2008 사업연도 법인세로 278,124,958원을 신고하였다.

라. 피고는 ① 원고가 수익사업에 사용된 차입금에 대한 지급이자 명목으로 2007 사업연도의 손금에 산입한 지급이자 중 1,417,285,109원과 2008 사업연도 손금에 산입한 지급이자 중 1,083,876,362원 합계 2,501,161,471원은 수익사업 아닌 용도로 사용된 차입금에 대한 지급이자라고 보아 손금 부인하고, ② 2008 사업연도 손금에 산입한 고유목적사업비 20,326,168,372원과 고유목적사업준비금 1,212,613,200원은 원고가 주무관청에 등록되지 않아 고유목적사업준비금 설정대상 법인이 아니라는 이유로 손금 부인하여, 2013. 7. 1. 원고에게 2008 사업연도 귀속 법인세 11,200,398,590원(가산세 포함)을 추가로 경정・고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2013. 10. 4. 이의신청을 하였고, 피고는 2013. 10. 30. 취득세 등 1,797,784,000원을 추가로 손금에 산입하라는 결정에 따라 당초 고지한 법인세 중 838,580,068원을 감액 경정하였다(위와 같이 원고가 2009. 3. 31. 신고한 법인세 278,124,958원에 피고가 2013. 7. 1. 경정・고지한 11,200,398,594원을 더하고, 피고가 2013. 10. 30. 감액 경정한 838,580,068원을 빼고 남은 법인세 10,639,943,484원을 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 이의신청 결정을 받은 후 2014. 2. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2014. 6. 30. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6, 14, 15, 28, 33, 36 내지 38, 46호증, 을제1 내지 3, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 유형자산 처분이익에 관하여

원고는 2007년 초 CC종합건설에 서울 강서구 BB동 1013-3번지 외 4필지 지상에 원고 교회 건물을 신축하는 공사를 맡겼고 그 후 CC종합건설과 이 사건 매매계약을 체결하였는데, 원고는 매매잔금 273억 8,400만 원을 받기 전 이 사건 부동산을 CC종합건설에 양도하여 CC종합건설이 이를 담보로 대출을 받아 원고 교회 신축공사비를 조달하도록 하였다. 이에 CC종합건설은 5개 저축은행으로부터 570억 원을 대출받고 2008. 6. 19.경 이 사건 부동산에 관하여 자신 명의로 소유권이전등기를 하는 동시에 케이비부동산신탁 주식회사(이하 '케이비 신탁'이라 한다)에 신탁하였다.

그런데 이 사건 부동산 일대를 사업구역으로 하여 설립된 화곡3주구주택정비사업조합(이하 '화곡3주구 조합'이라 한다)은 2008. 9. 25.경 케이비 신탁을 상대로 매도청구소송을 제기하였고, 2011. 4. 22. 서울고등법원에서 62,202,587,200원에 이 사건 부동산을 매매하라는 판결을 받았다. 그런데 이미 여러 차례 신탁계약의 변경을 통하여 2010년 말에는 이 사건 부동산의 신탁원부상 선순위 우선수익권자들의 채권은 702억원에 달하였고, CC종합건설도 2010년 말 기준 누적결손금이 140억 원에 달하였으므로, 위 매도청구소송 판결에 따른 매매금액으로는 원고가 매매잔금 273억 8,400만 원을 회수할 수 없게 되었다.

이에 원고와 CC종합건설은 2011. 3. 31. 원고 교회 신축공사를 중단하기로 합의하고, 2011. 4. 30. 이 사건 매매계약 대금도 500억 원으로 감액하기로 합의하여, 원고는 잔금 중 200억 원을 받지 못하게 되었다. 또한 CC종합건설이 지급하기로 한 나머지 잔금 73억 8,400만 원도 CC종합건설의 재무상태에 비추어 사실상 회수가능성이 없다. 따라서 원고가 법인세 신고 당시 익금에 산입한 28,661,752,012원의 유형자산 처분이익 중 위와 같이 감액하기로 합의하였거나 회수할 수 없게 된 금액 273억 8,400만 원은 익금에 산입할 수 없고, 이러한 사정은 국세기본법 및 시행령에서 정한 후발적 경정사유에 해당하므로 2008 사업연도의 과세표준 산정에 반영되어야 한다.

[원고는 당초 위와 같은 취지로 주장하다가, 원고와 CC종합건설 사이에 원고가 교회건물 신축공사가 완료될 때까지 이 사건 부동산 일부를 CC종합건설로부터 임차하여 사용하고 이 사건 매매대금 잔금 273억 8,400만 원을 임대차보증금으로 갈음하기로 한듯한 사정이 나타나자, 위 임대차보증금 반환채권 273억 8,400만 원이 회수 불가능하게 되었으므로 이 또한 후발적 경정사유에 해당하여 2008 사업연도 과세표준에 반영되어야 한다는 취지의 주장을 선택적 주장으로 추가하였다.]

2) 지급이자 손금불산입에 관하여

원고는 수익사업인 부동산임대업을 하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 그 과정에서 금융기관으로부터 대출을 받았으므로 이에 대한 지급이자는 수익사업에 대한 것이므로 손금산입 대상이다. 그런데 원고 교회 신축공사가 시작되자 원고는 수익사업에서 일부 자금을 공사비로 지출하였으므로, 피고는 법인세법 제28조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제53조 제2항에 따라 수익사업과 비수익사업의 적수산출방법에 따라 지급이자 중 비수익사업에 사용된 부분을 계산하여 해당액만큼 손금 부인하였어야 한다. 그런데 피고는 법적 근거 없이 한국은행 경제통계시스템에서 확인되는 중소기업대출 가중평균금리를 활용한 방법으로 지급이자 부인액을 계산함으로써, 1,708,391,678원 만큼 과다하게 지급이자를 부인하였다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 유형자산 처분이익 부분 주장에 대한 판단

1) 관련 법리

법인세법 제40조 제1항은, "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다."고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다.

이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청일 뿐 아니라 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항의 입법 취지에도 부합한다. 다만 대손금과 같이 법인세법이나 관련 법령에서 특정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, 경상적・반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 후발적 사유의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다.

여기에서 말하는 후발적 사유에는 사업상의 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함된다고 봄이 타당하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다. 또한 납세의무의 성립 후 소득의 원인이 된 채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하게 되었다면, 이는 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에 준하는 사유로서 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호가 규정한 후발적 경정청구사유에 해당하므로, 이를 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고2011두1245 판결, 대법원 2014. 1. 29. 선고 2013두18810 판결 참조).

이하 위 법리에 따라 ① 원고가 사업상의 정당한 사유로 CC종합건설에 매매잔금을 감액하였는지, ② CC종합건설의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 매매잔금이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하게 되었는지에 관하여 살펴본다.

2) 인정사실

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제5, 6, 8, 9, 22, 23, 28, 36 내지 38호증, 을 제6, 8호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다(앞서 처분의 경위에서 본 사실관계더라도 시간적 흐름에 따라 여기에서 함께 살펴본다).

① 원고는 2006. 3. 16. AA산업 주식회사로부터 이 사건 부동산을 대금 340억 원에 매수하고, 2006. 6. 23. 소유권이전등기를 마쳤다.

② 원고는 2007. 1. 20. CC종합건설과 사이에, 공사기간 2006. 12. 28.부터 2009. 3. 31.까지, 공사대금 318억 3,700만 원(부가가치세 별도)으로 정하여 CC종합건설이 서울 강서구 화곡3동 1013-3번지 외 4필지 지상에 원고 교회 건물을 신축하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 '이 사건 공사계약'이라 한다).

③ 화곡3주구 조합은 2007. 11. 3. 기존 정비구역에 인접한 이 사건 부동산 등을 정비구역에 추가하는 내용의 임시총회 결의를 하고 2008. 1. 14. 조합설립변경인가를 받았는데, 위 임시총회 결의에 앞서 재건축 동의를 받는 과정에서 원고는 재건축에 동의하지 않았다.

④ 원고는 2007. 12. 18. CC종합건설과 이 사건 부동산에 관한 매매약정을 체결하고, CC종합건설은 2007. 12. 24. 이 사건 부동산에 소유권이전청구권 가등기를 마쳤다. 그 후 원고는 2008. 4. 30. CC종합건설과 이 사건 매매계약을 체결하였는데, 대금 지급방법에 관하여 ㉠ 계약금 50억 원은 이 사건 공사계약에 따른 기성대금 미지급금 채무와 상계하고, ㉡ 중도금 376억 1,600만 원은 CC종합건설이 원고의 금융기관 대출채무 321억 원과 임대차보증금 반환채무 35억 1,600만 원을 인수하고 나머지 20억 원을 원고에게 현금으로 지급하며, ㉢ 잔금 273억 8,400만 원은 이 사건 공사계약에 따른 신축공사를 완료하고 기성대금과 정산하여 지급하기로 하였다.

⑤ CC종합건설은 2008. 6. 19. 이 사건 부동산에 관하여 가등기에 기한 소유권이전등기를 마쳤고(그와 동시에 화곡3주구 조합이 매도청구권에 기한 소유권이전등기청구권을 피보전권리로 하여 2006. 5. 29. 서울남부지방법원 2008카합696호 가처분 결정에 기하여 마쳐둔 처분금지가처분등기도 말소되었다), 같은 날 원고의 금융기관 대출채무 321억 원을 피담보채무로 한 근저당권설정등기도 말소되었다.

⑥ CC종합건설은 자신 앞으로 소유권이전등기를 한 2008. 6. 19. 이 사건 부동산을 케이비 신탁에 신탁하였다. 최초 신탁원부에는 수익권리금 합계 570억 원의 금융기관들이 공동 제1순위 우선수익자로, 수익권리금 273억 8,400만 원의 원고가 제2순위 우선수익자로 기재되었다(이후 2010. 2. 16. 신탁계약 변경을 통하여 공동제1순위 우선수익자들의 수익권리금은 702억 원으로 증액되었다).

⑦ 화곡3주구 조합은 2008. 9. 25. 서울남부지방법원 2008가합18933호로 수탁자인 케이비 신탁을 상대로 하여 대금 58,081,476,000원에 이 사건 부동산을 매도할 것을 구하는 소를 제기하였다.

⑧ 원고와 CC종합건설은 2009. 1. 9. 이 사건 공사계약 중 준공예정일을 2010.12. 31.로 연장하고, 공사대금을 53,436,000,000원(부가가치세 별도)으로 증액하는 변경계약을 체결하였다.

⑨ 원고와 CC종합건설은 2011. 3. 31. 이 사건 공사계약을 더 이상 진행하지 않기로 합의하면서, 원고는 CC종합건설에 미지급금 22억 7,000만 원을 지급하는 것으로 공사대금 정산을 완료하고 CC종합건설은 원고에게 시공성과물 등을 넘겨주기로 하였다.

⑩ 화곡3주구 조합이 제기한 매도청구 소송에서 항소심인 서울고등법원은 2011. 4. 22. '케이비 신탁은 화곡3주구 조합으로부터 622억여 원을 지급받음과 동시에 화곡3주구 조합에 소유권이전등기절차를 이행하라.'는 취지의 판결을 선고하였다.

⑪ 원고와 CC종합건설은 2011. 4. 30. 이 사건 부동산 매매대금을 500억 원으로 감액하고, 조정 후 잔금 73억 8,500만 원은 매도청구 소송이 종결된 후 지급하기로 합의하는 내용의 합의서를 작성하였다(이하 '이 사건 감액합의서'라 한다)

3) 판단

위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고와 CC종합건설 사이에 사업상 정당한 사유에 기초하여 매매잔금 200억 원을 감액하기로 합의하였다고 인정하기 어렵고, CC종합건설의 도산 등으로 나머지 매매잔금 73억 8,500만 원이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하게 되었다고 보기도 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 원고는 잔금을 받기 전 이 사건 부동산의 소유권을 CC종합건설에 이전하여 CC종합건설이 이를 담보로 원고 교회 신축공사 자금을 조달할 수 있도록 편의를 제공하였다고 주장한다. CC종합건설이 신탁원부상 기재된 대출금 570억 원을 대출받았다면 원고로부터 인수한 대출금 320억 원을 상환하고 원고에게 중도금 20억 원을 지급하고서도 약 230억 원의 여유자금을 확보할 수 있다. 그런데 원고가 그처럼 편의를 보아주었음에도 CC종합건설이 신축공사를 완료하지 못하고 결국 공사 중단에 이르게된 상황에서, CC종합건설의 매매잔금 감액 요구를 받아들여 CC종합건설의 이 사건 부동산 취득 부대비용 및 금융비용의 지출을 감안한 금액 200억 원을 감액하였다는 주장(갑 제9, 10호증 참조)은 이해하기 어렵다.

② 위와 같이 원고는 CC종합건설이 거액의 신축공사 자금을 조달할 수 있도록 편의를 제공해 주었고, 갑 제50호증에 의하면 원고는 신축공사 중단 합의 이전까지 CC종합건설에 기성대금 약 231억 원보다 약 86억 원이 더 많은 약 317억 원을 지급한 것으로 기재되어 있다. 그런데도 원고는 이 사건 공사를 중단하기로 합의하면서 CC종합건설에 미지급금 22억 7,000만 원을 추가로 지급하기로 약정하고 그 이후 실제 9억 원 이상을 지급하였다. 원고가 CC종합건설에 매매잔금 273억 8,400만 원을 받아야 할 상황이었다면 이러한 공사 중단 합의와 미지급금 지급은 합리적으로 설명하기 어렵다(CC종합건설의 신축공사 대금채권과 원고의 매매잔금 채권은 서로 정산하여야 할 관계이므로, 신축공사 중단시 매매잔금 채권의 처리에 관하여 합의가 있었어야 할 것으로 보인다).

③ 원고와 CC종합건설이 이 사건 매매계약을 체결할 당시 화곡3주구 조합은 이 사건 부동산을 정비구역에 포함시켜 조합설립 변경인가를 받았고 이 사건 부동산에 처분금지가처분등기도 마친 상황이었으므로, 원고와 CC종합건설은 원고가 화곡3주구조합설립에 동의하지 않아 조만간 매도청구 소송이 제기되리라는 사실을 알고 있었던 것으로 보인다. 그럼에도 원고와 CC종합건설은 이 사건 매매계약을 체결하고, 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 부동산을 신탁하고 금융기관으로부터 570억 원의 대출까지 받았다. 이러한 상황에서 원고가 매도청구 소송결과로 인한 불이익을 혼자 감수하였어야 한다고 보기는 어려우므로, 원고가 CC종합건설에 매매잔금을 감액해 주어야 할 정당한 사유를 인정할 수 없다.

④ 원고가 2008. 7. 1. CC종합건설과 사이에 매매잔금 273억 8,400만 원을 임대차보증금으로 갈음하기로 하고, 화곡3주구 조합이 원고를 상대로 하여 제기한 이 사건 부동산 인도청구 소송에서 원고가 위 임대차보증금의 존재를 주장하며 동시이행의 항변까지 하였다면, 이미 매매잔금은 임대차보증금으로 전환되어 더 이상 존재하지 않는 채권인데도 원고와 CC종합건설 사이에 매매잔금을 감액한 이유 및 그 중에서도200억 원만 감액하기로 한 이유를 설명하기 어렵다.

⑤ 위와 같은 여러 이례적인 정황들에 비추어 보면, 원고와 CC종합건설 사이에는 매매잔금 지급, 신축공사 기성대금 지급, 임대차보증금 전환 및 기타 여러 금전관계가 얽혀 있고, 또한 이 사건 소송에서 드러나지 않은 이면약정이 존재할 것으로 강하게 의심된다. 이러한 사정 하에서 원고와 CC종합건설 사이에 매매잔금 감액 약정이 실제 있었다고 인정하기 어렵고, CC종합건설로부터 받아야 할 채권이 실현되지 않았다고 보기 어렵다.

라. 지급이자 손금불산입 부분 주장에 대한 판단

1) 앞서 본 인정사실, 갑 제2, 4, 19 내지 21, 33 내지 38, 40 내지 48호증, 을 제2, 3, 14호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 차입금 지급이자로 계상한 금원 중 채권자가 불분명하거나 교회 신축공사대금 등 수익사업 아닌 용도에 사용한 자금에 해당하는 지급이자만 손금불산입하여야 하고, 원고가 수익사업과 비수익사업을 구분경리하지 않은 경우 수익사업 아닌 용도에 사용한 자금에 해당하는 지급이자는 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제28조 제1항 제4호 나목 및 구 법인세법시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제53조 제2, 3항을 준용하여 계산하는 것이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 일부 이유 있다.

① 피고는 이 사건 처분 당시 원고가 금융기관으로부터 빌린 자금 중 일부가 원고 교회 신축공사 대금 등 수익사업 아닌 용도에 사용되었음을 확인하였다. 이에 피고는 원고가 수익사업인 부동산임대업을 영위할 목적으로 2006. 6.경 이 사건 부동산을 취득하면서 금융기관으로부터 빌린 320억 원에 대하여 2006 사업연도에 이자비용으로1,045,839,557원이 지출되었음을 전제로, 그에 해당하는 이자율을 6.2%로 추정한 뒤 위 이자율이 중소기업대출 가중평균금리 수준이라고 보고, 2007 및 2008 사업연도 중 매월 중소기업대출 가중평균금리에 위 차입금 320억 원을 곱하여 산정한 이자를 수익사업에 대한 지급이자로 인정하면서 이를 초과하여 지급한 이자는 손금불산입하였다.

② 이 사건에서 원고가 제출한 단기차입금 및 장기차입금(이하 계정 구분 없이 '차입금'이라고만 한다)과 전도금 및 고유목적사업비(이하 계정 구분 없이 '전도금'이라고만 한다) 계정별 원장, 대차대조표에 따른 차입금, 전도금 잔액은 아래 표와 같다.

③ 한편 원고는 이자비용으로 2006 사업연도에 1,045,839,557원, 2007 사업연도에3,561,285,109원, 2008 사업연도에 2,142,068,142원을 계상하였는데, 위 이자비용 중2007 사업연도 2,838,312,953원, 2008 사업연도 1,892,429,887원은 증거로 제출된 객관적 자료에 의하여 이자지급 사실이 인정되나, 나머지 이자비용은 이자가 실제 지출되었는지 그 대출금의 채권자가 누구인지 등을 알 수 있는 자료가 없다.

④ 원고는 수익사업인 부동산임대업을 영위할 목적으로 2006. 6. 23. 이 사건 부동산을 대금 340억 원에 매수하면서, 중도금 및 잔금 지급 용도로 사용하기 위하여 금융기관으로부터 320억 원을 대출받았다. 그런데 대차대조표상 2006년 말 유형자산 계정잔액은 약 413억 원이고, 2006년 말 차입금 잔액도 약 365억 원인 점에 비추어 보면,원고는 2006 사업연도 중 이 사건 부동산에 추가적으로 시설비 등을 지출하였던 것으로 보인다. 그리고 2007 사업연도 말 및 2008. 6. 말 기준으로 차입금 잔액에서 전도금 잔액을 차감한 금액이 약 360억 원 내지 370억 원 정도로 일정한 것을 보면 원고가 추가로 대출받은 금원은 교회 신축공사 대금 등 수익사업 아닌 용도에 사용된 것으로 보인다.

2) 위와 같은 사정을 기초로 정당한 지급이자 손금불산입액을 계산하면 다음과 같다. 우선 지급사실이 확인되지 않거나 채권자가 불분명한 지급이자는 구 법인세법 제28조 제1항 제1호에 따라 손금에 산입할 수 없다. 다음으로 수익사업 아닌 용도에 사용된 차입금에 대한 지급이자는 구 법인세법 시행령 제53조 제2, 3항을 준용하여, 채권자가 분명한 지급이자 액수에 채권자가 분명한 차입금 적수 대비 수익사업 아닌 용도에 사용된 차입금 적수의 비율을 곱하여 계산하는 것이 타당하다. 이러한 방법으로 정당한 지급이자 손금불산입액을 계산하면 아래 표와 같다(채권자가 분명한 차입금 적수는 증거로 제출된 금융거래내역으로 차입원금이 확인되는 경우 이를 이용하여, 금융거래내역으로는 차입원금을 확인할 수 없는 경우 관련 근저당권의 채권최고액을 통하여 추정한 차입원금 액수를 이용하여 각각 계산하였다).

마. 소결

앞서 본 바와 같이 원고의 지급이자 손금불산입에 관한 주장을 일부 받아들여 이를 추가로 손금산입할 경우 정당세액(총부담세액)은 10,304,589,456원이 되고, 이는 이 사건 처분에 따른 세액(총부담세액) 10,639,943,484원 보다 335,354,028원이 작으므로,이 사건 처분 중 335,354,028원 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하며, 소송비용은 승소비율에 따라 원고와 피고가 분담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.