가. 원고는 산업기계 및 밸브 제조업 등을 영위하는 법인으로 부산 강서구 A 소재 공장 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)와 관련하여 2014. 10. 2.과 2014. 11. 19. 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)로부터 공급가액 각각 2억 원과 2억 4,800만 원의 매입세금계산서 2장(이하 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다), 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다)로부터 공급가액 각각 1억 원과 1억 5,200만 원의 매입세금계산서 2장을 수취한 다음, 그에 따른 매입세액 합계 7억 원을 공제하여 2014년 제2기분 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 이 사건 공사의 원도급자가 C이고 B이 그 하도급자라고 보고 원고가 이 사건 공사의 공급가액 7억 원 전부에 관하여 C로부터 매입세금계산서를 수취하였어야 한다고 판단한 다음 이 사건 세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2015. 6. 18. 원고에게 이에 상응하는 2014년 제2기분 부가가치세 58,699,710원(가산세 포함, 납부기한 연장과 관련하여 함께 부과된 13,562,260원에 대하여는 원고가 다투지 아니하였다)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2015. 9. 16. 이의신청을 거쳐 2016. 1. 18. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2016. 4. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7호증, 을 제1~3호증(가지번호 포함. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지 원고는 이 사건 세금계산서 내용과 같이 B에 이 사건 공사를 도급하였으므로, 위 세금계산서가 사실과 다르다고 본 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단 (1) 인정사실 (가) 원고는 2014. 6. 13. 부산ㆍ진해경제자유구역청장으로부터 이 사건...