가. 청구법인은「의료법」에 의하여 설립된 의료법인으로 2010.9.3. 경기도OOO대지 10,244㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다) 중 51/100을 공유지분으로 취득하여 현재까지 소유하고 있다.

나. 처분청은 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 2011년 귀속 재산세가 부과된 사실을 확인하고 그것에 따라 2011.11.16. 청구법인에게 2011년 귀속 종합부동산세OOO원 및 해당 농어촌특별세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여2011.1.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO를 이전하기 위하여 쟁점토지를 취득하였으며, 「지방세특례제한법」제38조는 청구법인과 같은 의료법인이 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산은 2012.12.31.까지 재산세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제45조는 토지에 대한 재산세 감면규정을 적용함에 있어 직접 사용의 범위에는 감면대상인 업무에 사용할 건축물을 건축 중인경우를 포함한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 재산세 과세기준일(2011.6.1.) 직후인 2011.6.27. 연구소 건축에 착공하였으며, 기준일에는 준비과정 중이어서 당시 의료업에 직접 사용한 것으로 보아야 하며, 또한 청구법인은 2010.9.3. 쟁점토지를 취득한 직후부터 건축사무소와협의하여 건물신축을 위한 설계용역계약을 체결한 점, 신축을 준비하는 기간 중 성남시가 2011년 1월 ‘대형 건축물 굴토심의규정’을 신설함에따라 청구법인이 2011.5.11. 심의서류를 접수하여 2011.6.1. 심의를 받은 점 등을 감안하면, 재산세 과세기준일이 지난 며칠 후에 착공한 것에 정당한 사유가 있음에도 종합부동산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

경기도 성남시 분당구청장은 쟁점토지가 과세기준일 현재 재산세의비과세 및 감면 대상에 해당하지 아니하는 종합합산과세대상으로 보아 2011년 귀속 재산세를 부과한 사실이 확인되고 있는 이상, 그 처분에 따라 종합부동산세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

과세기준일(2011.6.1.) 후인 2011.6.27. 신축에 착공하여 재산세가 부과된 쟁점토지가 종합부동산세 면제대상에 해당되는지 여부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법 제3조【과세기준일】종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제6조【비과세】①「지방세특례제한법」또는「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

② 「지방세특례제한법」제4조에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

제11조【과세방법】토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조【납세의무자】① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1.종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2.별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

(2) 지방세법 제106조【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. (이하 생략)

제114조【과세기준일】재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

(3) 지방세특례제한법 제38조【의료법인 등에 대한 과세특례】① 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에대하여는 「지방세법」제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 2012년 12월 31일까지 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 이 건 청구에 앞서 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 포함시켜 재산세를 부과한 처분에 대하여 심판청구를 제기하였는데, 그에 대한 결정(조심 2011지936, 2012.6.18.)은 아래와 같다.

재산세는 과세기준일 현재 실제 사용하는 용도에 따라서 과세하는 대물과세 성격의 조세인 점, 2011년의 재산세 과세기준일 현재청구법인은 쟁점토지에 대한 착공신고 또는 실제 착공을 하지 아니한 점, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하여 면제하는 범위에 건축 중인 경우를 포함하나 그러하지 못한 정당한 사유를 규정하고 있지는 아니한 점 등을 고려하면, 청구법인은 2011년의 과세기준일 현재 쟁점토지를 의료업에 직접 사용한다거나 의료용 건축물을 건축 중이라고하기는 사실상 어려운 만큼, 그것에 대하여 재산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 살피건대, 「종합부동산세법」제3조에서 “종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제12조에 과세기준일 현재 토지분 재산세의납세의무자는 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있는바, 종합부동산세는 과세기준일 현재의 재산세 납세의무자 현황에 따른 재산에 대하여 부과하도록 규정하고 있으므로 처분청이 재산세 과세처분에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 하여 종합부동산세를 부과한 것은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.