2.OO지방국세청장이 2006.1.13. 청구법인에게 청구법인의 재단이사장 이OO을 소득자로 하여 한 10,583,256,320원의 소득금액변동통지처분은주식회사 OO 주식(676,160주)의 양도시기를 2001.12.28.로 하여 동 주식을 상속세및증여세법 제63조의 규정에 따라 평가하여 그 소득금액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 이를 기각합니다.

가. OO지방국세청장은 주식회사 OO에 대한 주식변동사항조사를 실시한 바, 청구법인이 보유 중이던 주식회사 OO 주식 676,160주(이하 ”쟁점주식“이라 한다)를 장OO에게 110,000주를 1주당 5,005원으로 550,550,000원, 김OO에게 180,000주를 1주당 5,000원으로 900,000,000원, 홍OO에게 150,000주를 1주당 5,000원으로 750,000,000원, 김OO에게 140,160주를 1주당 5,000원으로 730,800,000원, 이OO에게 90,000주를 1주당 5,005원으로 450,450,000원 계 3,380,800,000원에 양도한 사실에 대하여 쟁점주식의 취득자금 3,380,800,000원의 실제 납부자인 주식회사 OO의 대표자 이OO이 쟁점주식을 취득한 사실상의 소유자인데 형식상 장OO 외4인을 양수자로 하는 계약서를 작성하고 주식등변동상황명세서에 이들에게 양도한 것으로 기재하여 이를 잔금청산일인 2002.1.9.에 청구법인이 재단이사장인 이OO에게 쟁점주식을 저가 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점주식의 가액을 보충적평가방법으로 평가한 13,964,056,320원(1주당 20,652원)을 시가로 하여 법인세를 과세하도록 처분청에 통보하고, 2006.1.13. 10,583,256,320원을 대표자 이OO에게 상여처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

나. 이에 처분청은 청구법인에게 2005.12.9. 쟁점주식에 대한 평가액 13,964,056,320원과 신고가액인 3,380,800,000원과의 차액인 10,583,256,320원을 익금산입하여 2001.3.1.～2002.2.28.사업연도 법인세 5,727,020,480원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 학교법인인 공익법인으로서 상속세및증여세법 제49조에서 2001.12.31. 이후에는 동일한 내국법인 발행주식의 5% 보유기준을 제한하여 쟁점주식을 매도하고자 일간신문에 액면가액으로 공매공고를 하였으나 응찰자가 없었고 쟁점주식을 2001.12.31.까지 처분하여야 하는 상황에서 부득이 장OO외 4명의 사전승낙 없이 매매계약서를 작성하고 그 대금은 청구법인의 대표자인 이OO으로부터 가수하여 납입한 양 가장하여 주식회사 OO에게 양도계약서를 제출하였다.

청구법인은 사립학교법에 의한 학교법인이므로 수익사업에서 발생한 소득은 조세특례제한법 제74조제1항에 따라 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 계상할 수 있어 조세를 부당히 감소시킨 사실이 없고 굳이 저가양도 할 이유도 없는데도 단지 쟁점주식의 양수대금을 이OO이 대납하였다 하여 이OO에게 저가양도한 것으로 보아 법인세법 제52조의 부당행위계산부인규정을 적용하여 법인세를 과세하고 대표자 상여처분한 것은 부당하다.

(2) 설령, 청구법인이 쟁점주식을 이OO에게 양도한 것으로 보더라도 주식회사 OO의 주주변동상황을 보면, 특수관계가 없는 제3자간의 주식거래가 있었는데 2001.12.27. 견OO는 쟁점주식과 같은 주식회사 OO 주식 324,100주를 1주당 5,000원에 특수관계자가 아닌 안OO, 이OO, 유OO에게 양도하였으며, 이에 대해 처분청은 위 거래가액으로 관련 제세를 과세하였다. 이와 같이 쟁점주식의 양도일 직전에 제3자간 주식거래가 있어 거래사실과 거래가액을 처분청에서 적정한 것으로 인정한 매매사례가액 등의 시가(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OO OO OO)가 있는데도 불구하고 쟁점주식을 보충적평가방법에 의하여 평가하는 것은 부당하므로 이들의 매매사례가액을 시가로 인정하여야 한다.

(3) 법인세법시행령 제68조제1항제3호에서 익금시기는대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기·등록을 하거나 당해 자산을 인도 또는상대방이 사용 수익하는 경우에는 그 이전등기일,인도일, 사용수익일 중 빠른 날로 되어 있는 바,쟁점주식의 발행회사인주식회사OO이 2001.1.1.～2001.12.31.사업연도법인세 신고시제출한 주식등변동상황명세서에 2001.12.31.양도한 것으로 신고하였으므로 쟁점주식의양도일은 늦어도 상대방이 당해 주식을 사용·수익할 수 있는 2001.12.31.로 보아야 한다.

법인세법기본통칙에서 “사용수익일이라 함은 당사자간의 계약에 의하여 사용수익을 하기로 약정한 날을 말하는 것이나, 별도의 약정이 없는 경우에는 자산을 양도하는 법인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 당해 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날”로 규정하고 있는 바,청구법인은 쟁점주식을 상속세및증여세법의 규정에 따라 2001.12.31.까지 처분하여야 하는 상황에서 2001.12.31. 주식을 양도하고 주식발행법인인 주식회사 OO에주식변동내용을 통지하였고, 2001.12.28. 관할 OOOO교육감에게 매각보고 하였는 바,쟁점주식은 청구법인에서 보나주식회사OO에서 볼 때 주권행사를 2001.12.31.이후에는청구법인이 전혀 행사할 수 없는 것이다.

따라서 쟁점주식은 2001.12.31.이후에는 양수인이 모든 권리를 행사하는 것으로 2001.12.31. 이전 쟁점주식은 사용승낙된 것으로 보아 그 양도시기는 2001.12.31. 이전으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점주식을 이OO에게 실제 양도하지 아니하였다고 주장하는 바, 먼저, 청구법인의 주장 및 처분의 정당성을 따져보기 이전에 이 건 심판청구가 기한내 제기된 적법한 심판청구인지에 대하여 보면, 처분청은 청구법인에게 이 건 2001.3.1.～2002.2.28.사업연도 법인세 5,727,020,480원의 납세고지서를 2005.12.8. 등기우편으로 발송(OOOO O OOOOOOOOOOOOO)하였고, OOOO동우체국은 동 납세고지서를 2005.12.9. 청구법인의 직원인 최OO에게 송달하였음이 확인된다.

청구법인은 이 건 심판청구서를 2006.3.10. 국세심판원에 직접 접수(OOOO O OOO)하였음이 확인되므로 청구법인은 납세고지서를 송달받은 날(2005.12.9.)부터 91일이 경과한 2006.3.10. 심판청구를 제기하였다.

(2) 청구법인은 상속세및증여세법 제49조에서 2001.12.31. 이후 동일한 내국법인 발행주식의 5% 초과분에 대한 보유를 제한함에 따라 쟁점주식을 양도하게 되었다. 이OO은 개인자금 730백만원과 주식회사 OOOO으로부터 받은 가수금 2,820백만원 계 3,550백만원으로 쟁점주식 양수대금 3,380,800천원을 청구법인에게 지급하고 주식회사 OO은 2001사업연도 법인세과세표준신고시 주식등변동상황명세서에 김OO외 4명으로 주주를 변경하였다. 이는 이OO이 자신의 자금으로 쟁점주식을 취득한 사실상의 소유자이나 형식상으로 김OO외 4명을 양수자로 하여 계약서를 작성하여 명의를 신탁한 것이다. 따라서 청구법인은 특수관계자인 이OO에게 시가보다 현저하게 낮은 가액으로 쟁점주식을 처분하였으므로 법인세법 제52조의 규정에 의한 시가와 거래가액의 차액 10,583백만원을 상여처분한 것은 정당하다.

(3) 매매사례가액을 쟁점주식의 시가로 보아 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 견OO는 2001.12.27. 쟁점주식과 동일한 주식회사 OO 주식 418,100주를 안OO 외 3인에게 양도하면서 1주당 5,000원에 양도한 사실은 확인되고 있다. 이OO은 견OO의 양도주식에 대하여 그의 여동생 이춘엽의 관련인 안OO 외 3인에게 주식취득자금을 현금증여한 사실을 세무조사시 확인서에 의하여 진술하였고 이에 대하여 안OO 외 3인에게 증여세를 결정고지하여 완납하였으며 이에 대한 불복은 없었다.

이와 같이, 주식대금의 현금증여자인 이OO의 사위인 견OO가 그의 장모인 안OO 및 안OO의 남동생인 안OO 등에게 양도한 주식 거래분은 특수관계가 없는 제3자간의 자유로운 거래에 의하여 결정된 매매사례가액으로 볼 수 없으므로 위의 거래를 매매사례가액으로 보아 증여재산가액을 평가하여 달라는 주장은 이유없다.

(4) 청구법인은 쟁점주식을 양도한 귀속시기는 잔금청산일인 2002.1.9.이 아니라 사용수익일인 2001.12.31.로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 금융거래를 조사한 바 이OO이 쟁점주식의 잔금을 2002.1.9. 지급하였음을 확인하였고 통상 사업연도가 12월말인 법인은 법인세과세표준신고서를 다음 해 3월의 신고기간 중에 작성하는 것을 감안할 때, 주주명부의 명의개서일자가 불분명하므로 이OO의 잔금청산일인 2002.1.9.에 쟁점주식을 김OO외 4인에게 명의를 신탁한 것으로 보아 쟁점주식의 귀속시기는 2002.1.9.로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

①심판청구기간을 경과하지 않은 적법한 불복제기로서 본안심리대상인지 여부

② 청구법인이 쟁점주식을 청구법인의 대표 이OO에게 실제 양도하지 아니한 것으로 볼 수 있는지 여부

③ 실제 양도한 것으로 본다면, 매매사례가액을 시가로 인정할 수 있는지 여부

④쟁점주식의 양도시기를 2001.12.31.로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.

1. 심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

제68조【청구기간】① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

제81조 【심사청구에 관한 규정의 준용】제61조제3항 및 제4항ㆍ제63조ㆍ제65조와 제65조의 2의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제63조 제1항 중 “20일내의 기간”은 이를 “상당한 기간”으로 한다.

(2) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은대통령령으로 정한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】①법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율 요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항 제2항의 규정을 준용함에 있어서 직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다) 은 이를 각각 직전 6월 로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

(4) 상속세및증여세법 (2002.12.18. 법률 제6780호로 개정되기 이전의 것)

제4조【증여세 납세의무】① 수증자는 이 법에 의하여 증여세를 납부할 의무가 있다. 다만, 수증자가 영리법인인 경우에는 당해 영리법인이 납부할 증여세를 면제하되, 제45조의 2의 규정에 의한 증여세를 명의자인 영리법인이 면제받은 경우에는 실제소유자(영리법인을 제외한다)가 당해 증여세를 납부할 의무가 있다.

제41조의 2【명의신탁재산의 증여의제】① 권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 그 재산의 가액을 그 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세회피목적없이 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우

2. 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 주식 등 이라 한다) 중 1997년 1월 1일 전에 신탁 또는 약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 기재되어 있거나 명의개서되어 있는 주식 등에 대하여 1998년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한다) 중 실제소유자명의로 전환한 경우. 다만, 당해 주식 등을 발행한 법인의 주주(출자자를 포함한다)와 특수관계에 있는 자 및 1997년 1월 1일 현재 미성년자인 자의 명의로 전환한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우 제1항제2호의 규정에 의한 유예기간 중에 주식 등의 명의를 실제소유자명의로 전환하지 아니하는 경우에는 조세회피목적이 있는 것으로 추정한다.

③ 제1항제2호의 규정은 주식 등을 유예기간 중에 실제소유자명의로 전환하는 자가 당해 주식을 발행한 법인 또는 그 출자된 법인의 본점 또는 주된 사무소의 관할세무서장에게 그 전환내용을 대통령령이 정하는 바에 따라 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

제49조【공익법인 등의 주식 등의 보유기준】① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 주식 등의 보유기준 이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가 지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28 개정)

1. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지(1998.12.28. 개정)

2. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지(1998. 12.28. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주식 등의 보유기준의 계산방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

다. 나목외의 OO증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

제78조【가산세 등】④ 세무서장 등은 공익법인 등이 제49조제1항 각호의 1에 규정된 기한 경과 후 동항의 규정에 의한 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세과세기간 또는 법인세 사업연도종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식 등에 대하여 매년말 현재 시가의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

(5)상속세및증여세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17828호로 개정되기 이전의 것) 제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조제1항제1호 다목의 규정에 의한 OO증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 의한다.

1주당가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율(이하 “순손익가치”라 한다)

② 제1항의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액＝당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①의 이 건 심판청구가 청구기한내 제기한 적법한 불복청구인지에 대하여 본다.

㈎ 처분청의 관련 기록에 의하면, 처분청은 2005.12.8. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 5,727,020,480원의 납세고지서를 등기우편(OOOO OOOOOOOOOOOOO)으로 발송하였고, 청구법인은 그 납세고지서를 2005.12.9. 청구법인의 직원인 최OO이 수령하였음이 OO우체국장의 우편물배달증명서에 의하여 확인되며,

또한, OO지방국세청장이 청구법인에게 대표자 이OO을 소득자로 한 이 건 소득금액변동통지서를 2006.1.13. 발송한 사실이 OO지방국세청장이 보관한 특수우편물수령증(OOO OOOOO, OOOO OOOOOOOOOOOOO)에 의하여 확인된다.

㈏ 청구법인은 이 건 법인세 부과처분에 대하여 심판청구를 제기함에 있어 국세기본법 제65조제1항제1호와 제68조제1항 및 제81조 규정에 의하여 당해 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 제기하여야 하나 이 법인세납세고지서를 수령한 날인 2005.12.9.부터 91일이 경과한 2006.3.10.에서야 제기하였는 바, 이 건 법인세 결정고지에 대한 심판청구는 청구기간이 경과한 후의 부적법한 청구이므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제1호의 규정에 의하여 각하하는 것이 타당하다.

㈐그렇지만, 처분청이 이 건 법인세를 결정고지하고 그에 터잡아 대표자 인정상여처분을 함에 있어 이OO을 소득자로 한 10,583,256,320원의 소득금액변동통지한 처분은 처분청이 2001.1.13. 발송하였고 청구법인은 그 이후 수령한 것이므로 이에 대하여는 청구기한내 제기한 적법한 불복청구이다.

㈑ 소결론

그러므로, 처분청이 청구법인에게 한 법인세부과처분에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 소득금액변동통지처분에 대한 심판청구는 적법한 불복청구이므로 본안심리대상으로 판단된다.

(2) 사실 관계

㈎ OO지방국세청의 조사종결복명서(2005.6.20.) 및 답변서 등에 의하여 OO지방국세청장이 주식회사 OO의 주식이동상황에 대하여 조사한 기록에 의하면, 청구법인이 쟁점주식을 장OO 외4인에게 양도한 것으로 한데 대하여 그 실제 주식취득대금 납부자는 이OO으로 보고 청구법인이 쟁점주식을 이OO에게 저가양도한 것으로 보아 보충적평가방법에 의하여 주식가액을 평가하여 청구법인이 신고한 가액과의 차액을 익금산입하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하고 이OO에게 대표자 상여처분하였으며, 장OO외 4인에게는 명의신탁재산에 의한 증여의제로 증여세를 각 과세하였다.

이OO은 개인자금 730백만원과 주식회사 OOOO으로부터 받은 가수금 2,820백만원 계 3,550백만원으로 쟁점주식 양수대금 3,380,800천원을 청구법인에게 지급하였고 주식발행법인인 주식회사 OO은 2001사업연도 법인세과세표준신고시 주식등변동상황명세서에 장OO외 4명에게 양도한 것으로 신고하였으며, 주식회사 OO의 주주명부에 장OO 외 4인이 주주로 명의개서가 되었는지의 증거는 찾아 볼 수 없다.

㈏주식회사 OO이 관할 영등포세무서장에게 법인세과세표준신고시 제출한 2001.1.1.～2001.12.31. 사업연도 주식등변동상황명세서에 의하면, 청구법인이 쟁점주식을 1주당 5,000원씩 3,380,800천원에 장OO외 4인에게 양도(취득일자는 1993.7.1.)한 것으로 기재되어 있다.

㈐ 청구법인이 2001.12.28. 장OO과 체결한 양도양수계약서에 의하면,「제1조(계약체결) OOOO(갑)이 장OO(을)에게 쟁점주식 110,000주를 550,550,000원으로 양도양수계약을 체결한다. 제2조(대금지급) 계약금 55,060천원은 계약체결과 동시에 지급하고 중도금 26,000천원은 2001.12.31. 잔금 469,490천원은 2002.1.9. 지급한다. 제3조(주주명의개서) 1) 갑은 본 계약과 동시에 주주명부(주식회사 OO)의 주주를 을의 명의로 개서하고 명의개서가 완료된 주주명부를 확인하여 을에게 통보하여야 한다」고 기재되어 있다.

㈑ 장OO 등의 진술서(2005.10.17.)에 의하면, 장OO은 OO지방국세청장의 증여세과세예고통지를 받고서야 쟁점주식의 명의신탁 사실을 알았는데 주식회사 OO은 물론이고 OOOO이나 이OO과는 일면도 없으며 본인의 명의를 누구한테 위임하거나 주식양도양수계약서를 직접 작성하거나 증권거래세신고도 한 사실이 없으며 주주로 등재된 사실조차 몰랐다는 취지로 진술하고 있다.

㈒ 청구법인이 제시한 2001학년도 세입세출결산서 등에 의하면, 청구법인은 OOOO OOO OOO OOO OOO번지에서 1967.12.1. 설립한 OOOOO등학교로서 이사장은 이OO이며, 2001학년도 세입세출예산액은 OO중학교가 783,102천원(원조보조금 697,874천원)이고 OO고등학교는 2,611,017천원(원조보조금 1,437,332천원)으로 확인된다.

㈓상속세및증여세법(2002.12.18. 법률 제6780호로 개정되기 이전의 것)제41조의 2 제1항에서 “권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는재산에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 그 재산의 가액을 그 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 보되 조세회피목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우나 주식 중 1997.1.1. 전에 신탁 또는 약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 기재되어 있거나 명의개서되어 있는 주식 등에 대하여 1998.12.31.까지의 기간 중 실제소유자명의로 전환한 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정되어 있고,

제49조제1항에 의하면, 공익법인이 1996.12.31. 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식을 보유하고 있는 경우에는 2001.12.31.까지 보유기준을 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 하고 같은 법 제78조제4항에 의하면, 세무서장 등은 공익법인이 위 유예기간이 경과 후 보유기준 초과 주식에 시가의 5에 상당하는 금액을 10년간 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과하도록 규정되어 있다.

㈔ 청구법인은 보유기준 초과 주식에 대한 가산세를 피하고자 쟁점주식을 매각하기 위하여 일간신문에 1주당 5,000원(액면가액)으로 공매공고를 하였으나 응찰자가 없어 부득이 장OO외 4인에게 양도한 것으로 하였다고 주장하며제시한 자료에 의하면, 2001.12.24. OOOO신문에 공매공고를 통하여쟁점주식 676,160주를 1주당 5,000원, OOOO산업주식회사 주식704,500주는 1주당 5,000원에, 2001.12.25. OOOO신문에OOOO산업주식회사 주식287,250주는 1주당 5,000원에 각 공매공고를 하였고, 청구법인의 2001.12.26. 이사회회의록(회의소집통보일자는 2001.12.24.임)에 의하면, 수익용기본재산(주식) 매각건에 대하여보유기준(5%)의 초과분에 대한 가산세 과세문제로 주식을 매각하여 현금으로 정기예탁하는 것이 법인수익에 이익이 된다고 판단하여 주식매각결의를 한 것으로 나타난다.

㈕수익용기본재산처분허가신청 공문(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)에 의하면, 청구법인은 2001.12.27. OOOO교육감에게 “우리 법인이 보유하고 있는 수익용 기본재산인 OOOO산업주식회사 주식(쟁점주식은 사립학교법 제5조, 동법시행령 제5조 및 법인 정관 제7조에 의한 보통재산이므로 그 처분에 주무관청의 허가가 불필요하다고 함)이 상속세및증여세법 제49조제1항제2호에 따라 1996.12.31. 현재 동일한 국내법인의 발행주식 총수의 5/100를 초과하는 주식에 대하여 2001.12.31.까지 보유기준(5%) 이내로 줄여야 하고 동 의무를 이행하지 아니하는 경우 같은 법 제78조제4항에서 향후 10년간 매년말 현재 시가의 5/100에 상당하는 가산세를 부과하도록 되어 있는 바, 특별한 수입원이 없는 우리 법인으로서는 매년 막대한 액수의 가산세를 납부할 방법이 없어 보유기준을 초과한 주식을 처분하여 현금으로 관리하고자 하니 허가하여 주기 바란다”는 내용으로수익용기본재산(OOOOOOOOOO OO,OOO OO,OOOO)처분허가신청을 하였고,OOO교육감은 2001.12.28. 수익용기본재산처분허가(OO OOOOOOOOOO)를 하였으며, 수익용기본재산처분결과보고 공문(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에 의하면, 청구법인은 2001.12.28. OOOO산업주식회사 주식 159,510주는 1주당5,005원으로 처분금액 798,347,510원, 127,740주는 1주당 5,010원에 639,977,400원에 처분하였는데 매각금액이 허가금액보다 적은 사유는 비상장주식인 관계로 신문공고에도 불구하고 원매자가 소수(3명)에 불과하고 액면가 보다 높은 가격으로 매수하겠다는 사람이 없어 몇차례 협상을 통하여 겨우 계약을 체결하였으며 이는 경기침체와 건설시장의 불안정성이 가장 큰 요인으로 사료된다는 이유를 명기하였다.

(3) 판단

㈎ 쟁점②에 대하여 본다.

① 청구법인은 쟁점주식을 상속세및증여세법 제49조에 따라 공익법인의 보유기준 초과주식에 대한 가산세를 피하기 위하여 일간신문에 주식공매공고를 통하여 매각하고자 하였으나 매수자가 없어 부득이 쟁점주식의 명의를 장OO 외4인에게 이전한 것이지 청구법인이 법인세법 제52조의 조세의 부담을 부당히 감소시킬 목적으로 특수관계자인 이OO과의 거래를 하지 아니하였는데도 이OO이 실제 취득한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 부당하다고 주장한다.

② 그렇지만, 주식회사 OO이 쟁점주식을 장OO 외4인에게 양도하였다고 신고하였고 그 양수대금을 이OO이 청구법인에게 지급하였으며, 상속세및증여세법 제49조에 의한 가산세를 피하기 위하여 이러한 행위를 한 것으로서 조세회피목적이 없었다거나 이OO이 실제 취득하지 아니하였다고 보기는 어려워 법인세법 제52조의 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 특수관계자와 거래한 것으로 보지 아니할 수도 없다.

③ 소결론

그렇다면, 청구법인이 쟁점주식을 대표자 이OO에게 실제 양도하지 아니하였다거나 이러한 행위에 조세회피목적이 없어 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이 부당하다는 주장은 이유없다.

㈏ 쟁점③에 대하여 본다.

① 청구법인은 쟁점주식을 이OO이 실제 양도한 것으로 보더라도 쟁점주식을 1주당 20,652원으로 평가한 것은 부당하므로 매매사례가액을 시가로 인정하여야 한다고 주장하며, 평가기간 및 그 이후의 매매사례와 동종업종의 상장주식의 거래가액 등을 제시하고 있다.

② 청구법인이 주장하는 매매사례를 보면, 주식회사 OO의 주주인 견OO가 2001.12.27. 418,100주를 안OO에게 94,000주, 안OO에게 86,100주, 유OO에게 87,000주, 이OO에게 151,000주를 1주당 5,000원에 각 양도하였다.

여기서, 견OO는 이OO의 사위이고 안OO은 견OO의 장모이며 안OO은 안OO의 남동생으로서 OO지방국세청장이 조사한 기록에 의하면, OO지방국세청장은 위 주식거래에 대하여 이OO이 안OO 등이들에게 주식취득자금을 현금증여로 보아 증여세를 과세한 사실이 있다.

③ 청구법인이 제시한 주식매매계약서 및 증권거래세납부서에 의하여 평가기간 이후 쟁점주식과 동종주식의 매매사례를 보면, 2003.3.25. 조OO가 이OO에게 36,440주, 김OO이 장OO에게 10,000주, 2003.3.27. 김OO이 조OO에게 4,440주, 조OO가 조OO에게 36,000주, 2003.3.28. 김OO이 손OO에게 40,000주, 김OO에게 90,000주의 총 216,880주를 1주당 5,500원으로 각 양도한 것으로 나타난다.

④ OOOOOO원의 공시자료로 제시한 동종업종의 상장주식의 거래가액을 보면, OO건설협회의 2001년 도급순위 1 내지 3위인 OOOO주식회사 주식의 2001.12.31. 종가는 3,055원, OOOO주식회사는 6,950원, 주식회사 OO건설은 2,680원이며, 쟁점주식의 발행법인인 주식회사 OO은 도급순위 23위로서 20위의 OO산업주식회사는 3,395원, 25위인 OOOO주식회사는 725원, 28위의 OO건설주식회사는 650원, 29위인 OO기업주식회사는 3,160원, 55위인 OOOO주식회사는 4,015원으로 나타나고 있다.

⑤ 법인세법 제52조제2항에 의하면, 부당행위계산부인 규정을적용하는 시가는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하고, 같은 법 시행령 제89조제1항에서 그 시가의 범위는 당해 거래와유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다고 규정하고 있다.

⑥ 검토하건대, 비상장주식은 상장주식과 달리 매일 대량거래가 행하여 지지 아니하는 시장성이 적은 사정을 감안하더라도 양도자가 특수관계자인 안OO과 그의 동생인 안OO 및 타인 2명에게 주식을 동일자로 양도한 사실 등에 비추어 안OO을 제외한 주식취득자는 특수관계자가 아니라고 하여도 이 거래를불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 보기는 어렵다.

⑦ 소결론

따라서, 청구법인이 주장하는 이 건 매매사례가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

㈐ 쟁점④에 대하여 본다.

청구법인은 쟁점주식의 양도시기는 2002.1.9.이 아닌 2001.12.31.이라고 주장하므로 이를 살펴본다.

① 법인세법 제40조제1항에 의하면, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고 같은 법시행령 제68조제1항제3호에 의하면,상품 등외의 자산 양도의 귀속시기는 그 대금 청산일, 이전등기·등록일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 규정되어 있다.

② 청구법인은 학교법인으로서 상속세및증여세법 제49조제1항 및 제78조에 의하여 공익법인이 주식보유기준 초과분에 대하여 2001.12.31.이전에 처분하지 아니하면 이에 대한 증여세 가산세가 과세되는 상황에서 이사회의결을 거쳐 쟁점주식을 장OO 외4인에게 양도한 것으로 양도양수계약서를 작성하였으며, 그 양도양수계약서에 2001.12.28. 쟁점주식 양도양수계약을 체결하면서 계약금은 계약체결과 동시에 지급하고, 중도금은 2001.12.31.에, 잔금은 2002.1.9. 지급하기로 약정하였으나 양도자가 계약과 동시에 주주명부의 주주를 매수자 명의로 개서하고 명의개서가 완료된 주주명부를 확인하여 통보하도록 약정되었으며,

거래 당사자가 아닌 주식발행법인인 주식회사 OO이 2001사업연도 법인세과세표준신고시 주식등변동상황명세서(2001.1.1.～2001.12.31.)에 쟁점주식을 2001사업연도에 양도한 것으로 신고하였고, 청구법인의 이사회에서 2001.12.31.까지 처분하도록 결의하였으며 2001.12.31.까지 처분하여야 하는 쟁점주식 이외의 수익용기본재산인 OOOOOO주식회사 주식도 주무관청인 OOOO교육감에게 2001.12.28. 처분하였다고 보고한 사실 등을 종합하여 볼 때, 쟁점주식의 사실상 양도시기는 비록 주주명부에 명의개서가 되지 아니하였다 하여 매매대금 청산일이라기 보다는 계약당사자간에 체결한 주식양도양수계약서에 명시된 2001.12.28.을 사용수익일 또는 인도일로 보는 것(OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)이 상당하다.

③ 소결론

그렇다면, 청구법인의 대표에게 인정상여처분한 소득금액변동통지처분은 쟁점주식의 양도시기를 2002.1.9.이 아닌 2001.12.28.을 기준하여 쟁점주식을 상속세및증여세법 제63조의 규정에 따라 평가하여 그 소득금액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조와 제65조제1항제1호 내지 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.